genome.fa.s2647.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002647.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005406_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7027529

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6501--9006	182	13.9	182	94	1	4348	41	13	17	28	1.87
6374--9006	543	4.9	545	94	2	4430	41	13	17	27	1.87
6374--9006	907	2.9	905	95	1	4736	41	13	17	27	1.87
9133--9189	23	2.4	23	79	2	69	36	15	12	35	1.85
12473--12509	15	2.4	17	82	17	53	59	5	0	35	1.20
14722--14774	28	1.9	27	92	3	88	47	5	3	43	1.45
15311--15444	21	6.5	21	75	4	130	40	17	24	17	1.91
15433--15526	20	4.7	20	77	7	82	34	25	15	24	1.95
15311--15444	41	3.3	41	97	0	259	40	17	24	17	1.91
15430--15507	41	1.9	41	86	0	111	39	23	14	23	1.90
15311--15480	82	2.1	82	86	4	236	40	18	21	19	1.91
15714--15757	22	2.0	22	90	0	70	20	43	15	20	1.88
16021--16058	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
17378--17422	18	2.5	18	85	0	63	26	46	15	11	1.79
17949--18006	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
17933--18023	32	2.8	33	94	3	166	47	23	18	10	1.80
17895--18028	19	7.6	19	72	18	92	42	23	20	12	1.87
18065--18120	20	2.9	19	84	5	76	17	21	21	39	1.93
20113--20266	19	8.6	19	84	12	211	46	17	22	14	1.84
20204--20261	14	3.8	14	79	20	71	50	18	20	10	1.76
20147--20266	33	3.5	33	94	5	195	47	17	21	13	1.82
20285--20342	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21318--21371	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
23842--23972	19	7.7	19	66	23	94	42	19	22	14	1.88
23842--23968	33	3.8	33	88	4	202	42	19	22	14	1.88
23843--23975	66	2.0	66	97	0	248	41	19	22	16	1.90
23968--24010	19	2.2	20	87	4	61	16	16	23	44	1.86
24152--24188	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
25545--25611	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
25545--25667	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
27693--27791	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
27668--27833	20	9.1	19	73	16	127	43	22	21	12	1.85
27829--27895	19	3.5	19	85	2	89	10	16	25	47	1.78
28417--28509	20	4.6	20	78	2	78	24	16	24	34	1.95
28499--28591	20	4.5	21	75	4	91	18	24	17	39	1.91
28438--28572	41	3.3	41	83	4	139	20	20	20	38	1.94
28502--28591	41	2.2	41	97	0	171	18	24	16	40	1.91
30735--30775	10	4.1	10	84	12	57	31	29	0	39	1.57
30815--30855	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
30917--31138	111	2.0	111	96	0	408	35	8	10	45	1.69
33024--33062	15	2.6	15	87	0	60	30	20	35	12	1.90
33026--33060	18	1.9	18	94	0	61	28	20	37	14	1.91
33276--33360	35	2.5	33	76	14	82	24	8	11	55	1.63
35936--36010	29	2.6	30	87	8	102	42	10	17	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38513--38612	50	2.0	50	98	0	191	27	20	14	39	1.90
45234--45260	12	2.2	12	100	0	54	29	7	7	55	1.55
45891--45924	17	2.0	17	94	0	59	44	11	2	41	1.56
53212--53265	17	2.9	19	83	8	67	68	0	0	31	0.90
55854--55924	20	3.5	20	92	3	124	21	11	35	32	1.89
57576--57620	19	2.3	20	84	3	56	33	15	6	44	1.73
59157--59187	15	2.1	15	100	0	62	38	6	12	41	1.69
60260--60302	15	2.8	15	85	3	50	44	0	0	55	0.99
60278--60319	16	2.7	15	85	7	57	50	0	2	47	1.14
60343--60387	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
63263--63345	22	3.8	22	91	0	130	30	21	24	24	1.99
68049--68109	22	2.8	22	74	0	59	32	18	24	24	1.97
70779--71790	200	5.1	199	82	4	1132	34	13	13	38	1.84
70803--71790	399	2.5	399	82	4	1170	34	13	13	38	1.83
78510--78924	194	2.2	187	81	6	462	30	16	13	40	1.86
78876--78946	20	3.6	20	73	9	65	30	18	8	42	1.80
79592--80140	59	9.3	59	94	0	927	34	19	13	32	1.91
82552--82576	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
82552--82588	14	2.7	14	88	12	51	18	0	2	78	0.87
87625--87697	19	3.7	19	75	18	78	41	5	15	38	1.70
87619--87706	18	4.6	18	70	22	72	38	7	15	37	1.77
87626--87706	20	4.0	21	76	17	84	38	6	16	39	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93113--93363	44	5.7	44	77	7	215	27	21	17	33	1.96
93111--93365	88	2.9	87	79	6	246	27	21	17	33	1.96
93149--93404	132	1.9	132	82	3	318	28	20	17	33	1.95
93237--93404	88	1.9	88	81	4	205	29	19	18	32	1.95
96982--97057	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
97203--97240	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
97439--97488	23	2.2	23	92	3	84	18	8	4	70	1.28
97607--97655	3	16.3	3	86	0	71	28	2	2	67	1.13
97599--97651	12	4.7	11	84	8	56	30	1	1	66	1.13
97946--97973	13	2.2	13	100	0	56	32	28	25	14	1.94
98335--98380	20	2.3	20	84	0	56	36	15	19	28	1.92
98567--98606	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
98814--98926	34	3.3	34	98	0	217	30	13	33	23	1.92
99353--99385	10	3.0	11	87	12	50	18	0	6	75	1.00
99703--99740	16	2.5	15	83	8	58	26	5	7	60	1.46
100741--100791	2	27.0	2	88	11	81	49	0	0	50	1.00
100847--100897	21	2.5	22	84	12	65	52	0	3	43	1.19
100867--100895	15	1.9	15	100	0	58	55	0	3	41	1.17
100870--100903	17	2.0	17	100	0	68	52	0	5	41	1.25
102795--102846	21	2.5	21	93	0	86	44	32	21	1	1.63
103370--103425	29	1.9	29	85	7	78	33	12	30	23	1.92
106399--106462	27	2.3	27	97	2	119	34	25	10	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130414--130508	23	4.1	23	74	9	86	34	21	18	25	1.96
130415--130499	23	3.7	23	79	7	91	31	22	21	24	1.98
136211--136249	12	3.2	12	100	0	78	15	51	7	25	1.70
138353--138495	64	2.2	65	82	3	164	30	23	18	27	1.97
144167--144261	44	2.2	44	87	7	133	27	26	22	24	2.00
144167--144261	23	4.4	21	77	9	86	27	26	22	24	2.00
144186--144266	23	3.7	23	77	8	96	25	25	24	23	2.00
145794--145837	21	2.1	21	86	0	61	9	40	15	34	1.79
146183--146237	28	1.9	28	82	10	67	18	3	23	54	1.59
164420--164463	18	2.2	19	84	15	54	40	11	25	22	1.87
165128--165179	23	2.3	23	90	6	81	23	17	28	30	1.97
184396--184440	23	2.0	23	90	0	72	28	22	24	24	1.99
189106--189173	30	2.3	30	92	0	109	13	25	11	50	1.75
190753--190818	23	2.9	23	95	0	114	36	21	21	21	1.95
190977--191015	19	2.2	18	86	13	55	43	20	15	20	1.88
191574--191611	21	1.9	19	85	15	51	36	34	0	28	1.58
195746--195800	16	3.4	16	92	0	92	20	25	14	40	1.90
196058--196104	14	3.7	14	71	26	50	44	0	4	51	1.21
196057--196107	23	2.2	24	96	3	95	47	0	3	49	1.20
196428--196475	13	3.6	14	81	13	57	56	0	0	43	0.99
196446--196477	15	2.1	16	88	11	50	65	0	0	34	0.93
196770--196813	14	3.1	14	83	0	61	20	0	29	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196896--196969	2	37.0	2	91	5	123	47	0	1	51	1.09
197337--197415	14	5.6	14	74	5	79	21	0	29	49	1.50
197338--197415	21	3.7	21	80	0	75	21	0	29	48	1.50
197500--197541	2	20.0	2	85	9	57	45	2	2	50	1.27
197466--197541	27	2.8	28	80	9	68	46	5	2	46	1.39
196381--198088	572	3.0	572	91	4	2569	37	8	11	42	1.71
197909--197987	7	11.3	7	79	0	77	20	0	30	49	1.49
197909--197987	14	5.6	14	77	5	88	20	0	30	49	1.49
197915--197987	28	2.6	28	88	0	119	20	0	30	49	1.49
198296--198342	20	2.3	20	88	0	67	44	8	2	44	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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