genome.fa.s2647.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002647.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005406_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7027529

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1855244--1855744	209	2.4	209	92	1	837	36	16	22	24	1.94
1855541--1855820	118	2.4	116	86	3	368	35	17	24	23	1.96
1856742--1857302	141	4.0	139	85	7	707	23	14	15	46	1.83
1857505--1857552	18	2.8	17	80	20	55	14	2	6	77	1.06
1863809--1863843	18	1.9	18	100	0	70	48	17	0	34	1.47
1875569--1875635	22	3.0	22	73	20	57	11	22	1	64	1.35
1888842--1888943	43	2.4	43	84	0	123	34	22	22	20	1.97
1889810--1889969	75	2.1	75	86	2	214	35	14	23	26	1.93
1890367--1890576	20	9.6	20	68	19	89	43	10	24	21	1.83
1890387--1890508	46	2.7	46	96	0	217	42	10	24	22	1.85
1890433--1890578	66	2.2	66	91	2	240	41	10	26	21	1.86
1890381--1890585	112	1.8	112	95	0	374	42	10	23	22	1.85
1892818--1892942	64	1.9	65	87	4	182	31	22	17	28	1.97
1898768--1898826	21	2.7	22	78	5	66	27	22	25	25	2.00
1898767--1898830	23	3.0	21	75	8	74	26	23	25	25	2.00
1904190--1904215	12	2.2	12	100	0	52	42	15	34	7	1.75
1905828--1905862	12	2.8	13	86	8	54	37	11	0	51	1.38
1911166--1911389	95	2.4	95	89	0	331	33	14	26	26	1.94
1911360--1911411	20	2.6	20	84	0	68	32	9	26	30	1.89
1911782--1911975	46	4.0	46	80	11	217	44	9	20	25	1.81
1912975--1913042	23	2.9	24	76	12	70	30	20	27	20	1.98
1913697--1913845	70	2.1	69	95	2	271	27	6	9	57	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1917271--1917306	18	2.0	18	88	0	54	61	0	13	25	1.33
1921810--1921847	19	2.0	19	89	0	58	36	10	21	31	1.87
1929140--1929348	41	5.1	40	78	2	139	29	17	16	36	1.92
1934295--1934357	27	2.3	27	100	0	126	20	7	14	57	1.62
1937153--1937211	21	2.8	22	87	7	86	20	8	20	50	1.73
1937395--1937489	43	2.2	43	83	9	115	35	22	16	25	1.95
1942712--1942762	21	2.4	22	86	3	68	54	23	3	17	1.59
1949125--1949167	19	2.3	19	91	0	68	53	13	16	16	1.73
1951451--1951567	41	2.9	41	84	0	135	35	17	20	27	1.95
1957400--1957536	13	10.9	12	68	22	59	69	2	2	24	1.16
1957986--1958015	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1958023--1958063	11	3.6	11	87	6	55	65	4	4	24	1.32
1958081--1958132	25	2.0	26	85	11	70	67	1	1	28	1.12
1958153--1958191	9	4.3	9	80	0	51	69	0	2	28	1.02
1958147--1958191	21	2.2	20	88	4	63	68	0	2	28	1.01
1958753--1958857	37	2.8	37	81	2	122	30	14	14	40	1.85
1959588--1962446	106	27.0	106	91	0	4442	22	17	25	34	1.96
1963409--1963463	22	2.5	22	96	0	101	23	10	27	38	1.88
1963859--1964203	170	2.0	173	92	2	579	24	16	21	37	1.94
1964222--1964305	23	3.6	23	78	15	75	3	14	9	72	1.23
1968939--1968999	10	6.3	9	74	20	52	80	3	4	11	0.99
1969523--1969563	11	3.6	11	87	6	55	65	4	4	24	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1969646--1969690	12	3.7	12	81	3	54	66	0	4	28	1.11
1969647--1969695	24	2.0	24	92	0	80	67	0	4	28	1.09
1969789--1969816	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1970268--1970346	37	2.1	37	83	0	95	32	8	13	44	1.75
1970279--1970350	37	1.9	37	88	0	108	31	9	15	43	1.79
1977328--1977394	36	1.9	34	87	6	98	56	0	1	41	1.08
1991459--1992292	419	2.0	410	95	2	1506	34	15	22	28	1.94
1995010--1995062	27	2.0	27	96	0	97	32	26	16	24	1.97
1998188--1998220	12	2.8	12	95	0	57	57	15	27	0	1.38
2003190--2003232	20	2.2	20	86	0	59	30	11	20	37	1.89
2008089--2008320	54	4.2	54	86	5	304	34	19	19	26	1.96
2016665--2017174	54	9.4	54	87	3	677	35	21	18	24	1.96
2019554--2019587	17	2.0	17	88	0	50	55	2	0	41	1.15
2020807--2020839	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
2021012--2021108	25	3.5	27	80	10	108	42	8	2	47	1.45
2024787--2024865	39	2.0	39	87	0	113	32	27	18	20	1.96
2026191--2026252	21	2.8	22	83	11	74	32	27	14	25	1.95
2026211--2026309	23	4.4	23	77	5	87	32	22	18	27	1.97
2036873--2036921	19	2.5	20	78	21	59	67	0	8	24	1.18
2037334--2037384	21	2.5	21	90	6	79	47	7	11	33	1.69
2041355--2041385	16	1.9	16	100	0	62	32	0	3	64	1.09
2053990--2054030	17	2.4	17	95	0	73	14	21	4	58	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2064611--2064835	82	2.8	83	77	12	225	30	17	19	32	1.95
2064775--2064908	41	3.3	41	81	1	144	26	18	18	35	1.94
2068335--2068889	42	13.1	43	73	9	309	27	22	17	32	1.96
2068414--2068811	84	4.7	84	80	8	419	26	22	16	34	1.95
2068336--2068778	168	2.6	167	87	3	580	27	21	16	33	1.95
2068770--2068850	39	2.1	39	88	0	117	25	25	18	29	1.98
2069817--2069853	17	2.1	18	90	5	58	35	0	32	32	1.58
2070095--2070122	5	5.6	5	100	0	56	0	17	0	82	0.68
2076000--2076034	17	2.1	16	89	5	52	25	5	14	54	1.62
2080022--2080469	225	2.0	225	94	0	781	36	19	18	26	1.94
2084609--2084655	24	2.0	24	91	0	76	55	8	8	27	1.59
2092484--2092631	76	1.9	76	93	0	251	41	6	17	33	1.76
2093126--2093192	33	2.0	33	91	0	107	31	2	11	53	1.52
2096043--2096139	45	2.2	44	82	12	117	45	0	5	49	1.24
2098739--2098766	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
2105367--2105456	11	8.4	11	76	4	94	16	5	18	58	1.57
2105367--2105456	21	4.2	22	80	5	103	16	5	18	58	1.57
2105376--2105464	32	2.8	32	92	0	142	14	4	22	58	1.54
2106793--2107202	36	11.4	36	82	2	430	33	22	24	20	1.97
2107285--2107374	11	8.4	11	77	4	103	16	4	18	60	1.53
2107285--2107374	21	4.2	22	81	5	112	16	4	18	60	1.53
2107293--2107382	32	2.8	32	93	0	144	14	4	22	58	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2118656--2118696	18	2.3	18	100	0	82	17	51	21	9	1.74
2118683--2118728	23	1.9	24	86	8	67	19	34	23	21	1.96
2120025--2120063	18	2.2	18	90	0	60	51	0	17	30	1.46
2121228--2121299	24	3.0	23	79	4	81	20	13	16	48	1.80
2121208--2121299	48	1.9	48	84	4	123	22	13	15	48	1.79
2122649--2123059	198	2.1	198	87	0	588	31	15	17	34	1.92
2123148--2123265	20	5.8	20	63	16	53	24	26	18	30	1.98
2123091--2123458	199	1.8	199	90	1	594	30	20	17	31	1.96
2123344--2123448	42	2.5	42	78	6	115	24	20	20	34	1.96
2123815--2124025	45	4.7	45	80	2	192	24	15	20	39	1.91
2123815--2124031	90	2.4	90	81	6	242	25	15	19	39	1.91
2123979--2124142	51	3.2	50	84	9	185	26	19	15	38	1.91
2124825--2124867	18	2.4	18	85	11	61	69	23	0	6	1.12
2125751--2125813	2	31.5	2	93	0	108	52	0	0	47	1.00
2125948--2125980	12	2.6	13	85	9	50	45	0	0	54	0.99
2133847--2133904	2	28.5	2	96	3	107	50	0	1	48	1.11
2138225--2138286	23	2.7	23	74	0	61	19	25	19	35	1.95
2141716--2142098	148	2.6	151	74	12	342	45	8	6	39	1.60
2142677--2142729	21	2.4	23	78	12	67	18	33	15	32	1.92
2143406--2143468	3	20.7	3	86	3	90	61	0	1	36	1.05
2143722--2144184	45	10.3	45	90	0	676	35	18	21	23	1.95
2144118--2144260	76	1.9	74	88	2	214	34	20	20	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2144192--2144372	45	4.0	45	93	1	290	30	21	24	23	1.99
2144081--2144305	121	1.9	121	90	0	360	34	19	20	24	1.96
2144028--2144341	166	1.9	164	91	1	511	33	19	22	24	1.97
2145027--2145105	22	3.6	22	89	0	122	36	13	16	32	1.88
2146445--2146624	75	2.4	75	93	0	306	27	22	18	31	1.97
2149442--2149503	32	1.9	32	93	0	106	19	17	19	43	1.88
2149958--2150044	10	9.2	10	80	16	98	0	17	1	81	0.75
2149959--2150036	8	9.9	8	82	9	81	0	15	1	83	0.72
2149970--2150038	25	2.6	29	76	21	78	0	15	1	82	0.74
2152827--2152896	26	2.6	27	71	10	63	57	8	14	20	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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