genome.fa.s2647.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002647.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005406_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7027529

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2431237--2431573	38	8.8	37	73	15	202	43	6	4	44	1.51
2431232--2431573	37	8.9	37	76	11	285	42	6	4	45	1.51
2431372--2431396	11	2.3	11	100	0	50	44	8	8	40	1.63
2435095--2435179	11	7.2	11	72	22	66	31	36	3	28	1.74
2435093--2435196	36	2.9	36	94	1	174	30	36	2	29	1.72
2440801--2440885	11	7.2	11	72	22	66	31	36	3	28	1.74
2440798--2440902	36	2.9	36	95	1	185	30	36	4	28	1.78
2455720--2455765	24	2.0	23	91	4	74	23	4	6	65	1.35
2458689--2458713	12	2.1	12	100	0	50	36	16	24	24	1.94
2459888--2459935	13	3.7	13	85	0	69	35	16	18	29	1.93
2459886--2459935	26	1.9	26	95	0	91	34	16	20	30	1.94
2464981--2465014	16	2.1	16	88	0	50	23	0	5	70	1.09
2465024--2465080	15	3.8	14	80	15	60	31	19	1	47	1.60
2465027--2465060	16	2.1	17	94	5	61	29	20	0	50	1.49
2465434--2465469	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2489941--2489982	17	2.5	17	100	0	84	52	26	11	9	1.68
2491815--2491871	28	2.0	28	96	0	105	31	8	21	38	1.84
2494555--2494996	49	9.0	49	80	4	464	34	11	21	32	1.90
2494555--2494918	97	3.7	97	83	6	425	35	11	21	31	1.90
2494555--2494977	99	4.3	97	81	5	383	34	11	21	32	1.89
2502839--2503258	195	2.1	195	83	2	520	32	13	22	31	1.92
2502839--2503268	49	8.8	49	84	0	502	33	13	22	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2505467--2505508	22	1.9	22	90	0	66	19	4	7	69	1.31
2505677--2505709	16	2.0	17	88	5	50	18	9	0	72	1.10
2507222--2507875	326	2.0	324	97	0	1227	30	13	15	40	1.85
2513833--2513996	46	3.6	46	88	0	211	22	22	10	44	1.83
2513891--2513970	20	3.7	20	71	18	61	21	26	11	41	1.86
2513912--2514068	72	2.2	72	87	0	215	23	21	8	45	1.80
2513871--2514099	118	1.9	118	89	0	350	23	20	9	46	1.79
2514009--2514180	20	7.7	20	65	23	76	23	21	9	45	1.81
2513984--2514194	46	4.6	46	86	3	309	22	21	9	45	1.81
2513833--2514160	164	2.0	164	86	1	460	22	21	10	45	1.81
2515772--2515875	51	2.0	51	100	0	208	21	19	14	45	1.85
2520935--2521314	46	8.3	46	87	2	523	21	22	11	45	1.83
2520935--2521314	183	2.1	184	90	0	591	21	22	11	45	1.83
2522873--2522910	3	12.7	3	91	0	58	65	2	28	2	1.19
2530460--2530515	28	2.0	28	100	0	112	42	10	14	32	1.80
2531651--2531709	15	3.4	16	73	24	57	47	10	1	40	1.47
2536942--2537003	24	2.6	24	72	7	56	43	14	8	33	1.75
2539840--2539869	9	3.3	9	100	0	60	33	36	20	10	1.86
2563588--2563632	20	2.2	21	80	11	58	37	15	26	20	1.92
2563663--2563732	20	3.5	20	80	7	81	31	15	24	28	1.96
2564060--2564337	58	4.8	58	90	0	432	34	10	20	34	1.87
2566021--2566088	23	2.9	23	93	4	109	41	0	4	54	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2579624--2579656	17	1.9	17	93	0	57	42	9	15	33	1.78
2581029--2581054	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2584893--2584930	19	2.1	19	90	9	62	15	7	5	71	1.28
2601366--2601407	20	2.1	20	90	0	66	19	4	21	54	1.62
2608998--2609050	16	3.2	16	81	7	61	18	7	1	71	1.19
2608991--2609041	22	2.3	23	82	3	59	15	7	1	74	1.13
2609085--2609316	5	46.2	5	64	20	58	14	10	0	74	1.09
2609086--2609309	9	24.0	9	73	18	101	14	10	0	74	1.10
2609086--2609309	24	9.8	24	71	20	99	14	10	0	74	1.10
2609077--2609279	9	22.6	8	71	22	106	14	8	0	75	1.06
2609093--2609256	82	2.0	83	85	8	228	15	8	0	75	1.08
2609187--2609302	30	3.8	31	79	10	105	15	11	0	73	1.10
2609095--2609307	59	3.6	57	76	10	196	14	10	0	74	1.09
2609880--2610052	9	18.7	9	67	23	58	72	0	8	18	1.12
2609880--2610053	23	7.9	22	66	24	64	72	0	8	18	1.12
2609930--2609992	11	5.7	11	73	0	54	77	0	6	15	0.96
2609952--2610052	4	24.8	4	67	22	50	72	0	5	21	1.06
2609917--2609992	33	2.3	33	82	13	86	77	1	6	14	1.03
2609897--2609992	28	3.5	26	79	10	84	76	1	9	13	1.08
2609945--2610078	22	6.2	22	69	16	93	74	0	6	18	1.03
2609936--2610078	33	4.8	31	66	18	88	74	0	7	18	1.05
2609880--2610165	10	27.6	10	65	22	67	71	1	7	19	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2612630--2612659	14	2.1	14	93	0	51	26	0	0	73	0.84
2623206--2623314	31	3.4	31	71	14	96	22	22	18	37	1.94
2624300--2624347	21	2.4	21	80	19	59	22	0	4	72	1.01
2624903--2624941	19	2.1	19	85	9	53	66	2	7	23	1.30
2626316--2626412	5	18.4	5	74	19	56	15	4	3	77	1.05
2626319--2626448	26	4.7	26	69	21	77	16	5	3	75	1.11
2626321--2626370	18	2.7	18	82	17	66	8	8	2	82	0.93
2626420--2626454	4	9.0	4	93	6	63	25	0	0	74	0.82
2626475--2626607	5	26.6	5	67	24	52	15	7	3	73	1.19
2626529--2626632	9	11.3	9	73	16	63	14	6	2	75	1.11
2626525--2626622	26	3.7	26	69	18	69	14	6	3	76	1.10
2626515--2626689	49	3.5	48	75	13	165	14	8	2	74	1.17
2626529--2626657	22	5.5	23	73	18	81	13	7	2	75	1.11
2626589--2626652	32	2.0	33	84	9	87	14	9	1	75	1.12
2630836--2630870	13	2.6	13	90	4	52	2	17	2	77	1.02
2633825--2633849	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
2636287--2636503	75	2.9	75	89	1	299	27	0	12	58	1.41
2636478--2636544	21	3.2	21	77	10	68	23	2	14	58	1.51
2644229--2644373	30	4.7	30	80	3	119	31	23	13	31	1.93
2647077--2647140	29	2.2	29	80	5	76	31	18	7	42	1.79
2651627--2651692	30	2.2	30	83	0	78	28	27	13	30	1.94
2654026--2654327	44	6.9	44	89	2	428	41	11	21	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2656223--2656286	29	2.1	30	82	5	76	35	15	7	40	1.76
2657892--2657932	22	1.9	21	85	5	55	26	0	4	68	1.10
2657862--2657929	23	3.0	24	72	21	58	33	1	1	63	1.13
2659223--2659396	62	2.9	61	70	15	160	34	17	7	40	1.78
2660561--2660606	14	3.3	14	77	17	51	58	4	2	34	1.30
2666073--2666128	23	2.4	23	90	0	85	19	8	23	48	1.77
2667194--2667233	20	2.0	21	95	5	73	32	22	20	25	1.98
2672690--2672740	23	2.2	23	82	6	59	60	7	3	27	1.42
2674218--2674261	24	1.9	24	86	9	65	34	6	6	52	1.55
2674216--2674269	22	2.3	24	78	6	67	37	5	5	51	1.49
2674049--2674496	221	2.0	221	98	0	860	40	11	10	37	1.76
2676764--2676869	33	3.2	33	64	12	90	48	13	4	33	1.63
2676740--2676878	67	2.1	67	100	0	278	48	13	4	33	1.62
2676740--2676918	67	2.7	65	87	8	175	48	13	3	34	1.60
2679623--2679975	55	6.5	54	89	2	496	35	18	10	34	1.86
2679620--2679975	164	2.2	165	89	3	540	36	18	10	34	1.85
2679623--2679975	109	3.2	110	89	2	523	35	18	10	34	1.86
2686554--2686972	55	7.7	53	87	5	529	35	18	10	35	1.86
2686589--2686972	165	2.3	165	90	4	596	35	18	11	34	1.87
2687417--2687456	20	2.0	20	100	0	80	15	20	15	50	1.79
2692292--2692324	15	2.2	15	94	0	57	27	6	21	45	1.75
2692726--2692768	19	2.3	19	83	0	50	76	2	2	18	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2694081--2694126	24	2.0	23	86	4	65	76	4	0	19	0.96
2694189--2694289	33	3.3	33	70	19	94	46	7	2	42	1.48
2694224--2694328	50	2.1	49	82	7	122	45	9	4	40	1.58
2694254--2694330	21	3.3	23	75	13	68	45	10	6	37	1.64
2695140--2695373	74	3.2	73	74	2	225	23	21	20	33	1.97
2695484--2695517	2	16.5	2	93	6	59	47	0	2	50	1.16
2699881--2699950	32	2.2	32	94	0	122	34	17	10	38	1.83
2702238--2702300	25	2.4	27	81	5	76	46	4	0	49	1.23
2702210--2702383	22	7.7	23	67	16	87	46	5	1	45	1.37
2702322--2702459	22	5.6	25	66	19	83	48	5	1	44	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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