genome.fa.s2647.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002647.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005406_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7027529

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198211--198334	2	64.0	2	77	17	129	46	3	1	48	1.28
198368--200782	4	616.2	4	90	5	3863	48	26	1	24	1.59
201150--201188	13	2.7	15	84	15	64	38	5	7	48	1.54
201159--201192	13	2.6	13	95	0	59	41	5	5	47	1.52
201991--202040	26	2.0	25	88	4	73	24	26	18	32	1.97
203605--203721	43	2.8	42	89	2	180	32	20	13	33	1.92
203605--203721	42	2.8	42	88	5	173	32	20	13	33	1.92
203606--203741	42	3.2	42	84	7	168	31	20	11	36	1.89
203605--203741	43	3.2	43	84	7	172	31	20	11	36	1.89
203606--203763	85	1.9	85	82	7	205	31	19	12	36	1.88
203930--204184	42	6.1	42	80	4	264	34	15	18	31	1.92
204469--204547	39	2.0	39	100	0	158	36	17	10	35	1.84
206572--206627	29	2.0	28	86	6	78	51	7	14	26	1.67
207745--207999	36	7.2	36	72	15	203	43	2	6	46	1.44
207745--207938	66	2.8	66	83	12	219	43	2	7	46	1.46
207785--207999	102	2.1	103	81	7	249	43	2	7	46	1.44
207745--207999	39	7.2	36	73	14	203	43	2	6	46	1.44
207935--208031	28	3.2	30	81	10	99	47	3	5	44	1.41
207968--208097	67	2.0	66	83	4	163	46	5	4	43	1.47
208093--208184	33	2.6	35	81	10	107	43	1	7	47	1.39
208181--208257	11	6.8	11	72	22	54	19	3	2	74	1.10
208183--208251	4	16.8	4	73	20	54	20	4	2	72	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208194--208257	24	2.6	25	80	14	71	20	4	1	73	1.09
209563--209621	23	2.6	22	76	7	64	20	1	3	74	1.05
210668--210700	17	1.9	17	93	0	57	6	12	9	72	1.26
211311--211355	18	2.5	18	89	7	65	11	11	8	68	1.39
214712--216541	165	11.2	165	95	2	3354	29	25	21	23	1.99
214712--216541	328	5.6	330	95	2	3354	29	25	21	23	1.99
214712--216541	493	3.7	495	96	1	3354	29	25	21	23	1.99
216494--216596	50	2.1	50	83	3	127	29	23	22	25	1.99
216417--216680	134	2.0	134	87	1	386	30	24	20	24	1.99
217311--217568	36	7.2	36	75	12	230	43	2	6	46	1.43
217311--217517	70	2.8	71	85	8	256	42	2	7	47	1.44
217505--217578	28	2.6	29	86	6	105	45	2	4	47	1.35
217671--217766	36	2.7	35	78	16	101	44	1	8	45	1.40
218961--219001	16	2.3	18	80	16	50	17	14	4	63	1.47
219022--219068	22	2.1	22	84	0	58	19	14	2	63	1.40
219141--219199	23	2.6	22	76	7	64	20	1	3	74	1.05
219262--219291	12	2.4	13	94	5	53	40	0	0	60	0.97
229723--229748	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
237801--237900	52	1.9	52	95	0	182	19	25	17	39	1.92
242286--242351	20	3.3	20	76	0	60	31	15	27	25	1.95
243059--243100	20	2.1	20	91	8	68	30	14	9	45	1.77
252685--252763	35	2.3	35	86	0	113	44	15	1	39	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252757--252831	35	2.1	35	82	0	87	37	1	20	41	1.60
255444--255536	44	2.2	44	86	3	127	49	7	7	35	1.59
256398--256644	5	48.6	5	69	18	104	73	2	4	19	1.13
256475--256650	9	22.1	8	69	18	61	73	2	3	20	1.11
256456--256554	48	2.1	48	83	10	127	75	3	4	17	1.08
256481--256524	16	2.6	17	82	13	56	75	2	4	18	1.09
256476--256644	18	8.9	18	70	15	94	73	2	3	20	1.09
256468--256644	27	6.4	27	70	18	91	74	2	3	19	1.09
256706--256788	43	1.9	45	82	7	109	68	0	6	25	1.12
256862--256895	2	17.5	2	93	6	61	52	0	0	47	1.00
259055--259202	60	2.3	60	80	10	152	14	23	10	51	1.73
260112--260142	14	2.2	14	100	0	62	25	19	6	48	1.72
270327--270368	5	9.0	5	80	15	54	80	0	19	0	0.70
270330--270365	9	4.0	9	88	0	54	83	0	16	0	0.65
270323--270375	16	3.2	17	76	10	65	79	1	18	0	0.83
270322--270375	23	2.3	23	87	3	81	77	3	18	0	0.91
270323--270365	9	5.0	8	83	13	50	81	0	18	0	0.69
274306--274354	24	2.0	24	100	0	98	32	12	12	42	1.79
277811--277872	25	2.6	24	82	12	74	79	0	12	8	0.94
277817--277936	7	16.7	7	79	16	86	78	5	14	2	1.02
277867--277934	14	4.8	14	90	3	100	77	8	13	0	0.98
277952--278017	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279918--279964	15	2.9	16	81	12	51	21	21	34	23	1.97
280057--280114	30	2.0	29	90	10	91	44	17	5	32	1.70
280057--280117	29	2.0	30	93	6	106	42	16	6	34	1.74
282325--282394	34	2.1	32	86	5	95	22	30	15	31	1.95
282750--282850	18	5.9	17	76	15	102	24	21	30	22	1.99
282769--282830	15	3.9	15	76	17	63	24	22	30	22	1.99
282751--282850	33	3.0	34	88	8	152	25	22	30	23	1.99
282977--283049	34	2.3	33	80	15	82	45	16	5	32	1.70
285006--285031	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
285637--285751	61	1.9	61	90	0	185	23	18	27	30	1.97
286994--287041	20	2.4	20	100	0	96	29	20	14	35	1.93
289458--289556	14	7.5	14	69	15	50	73	4	4	18	1.15
289490--289732	5	47.6	5	67	19	67	72	4	4	18	1.18
289500--289576	21	3.7	20	74	17	66	76	3	3	15	1.08
289500--289558	14	4.2	14	81	12	68	79	3	1	15	0.94
294948--294987	3	13.7	3	84	5	55	62	2	0	35	1.09
295413--295561	43	3.6	43	70	12	148	22	18	33	25	1.97
295183--295492	134	2.3	132	89	3	455	25	19	30	24	1.98
295402--295593	82	2.3	83	87	0	278	23	19	32	23	1.97
295619--295747	66	1.9	67	82	4	163	39	12	23	24	1.89
295873--296023	37	4.1	37	79	5	146	38	13	19	28	1.90
295856--296004	37	4.0	37	80	6	160	39	12	18	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
295856--296001	72	2.0	75	81	10	176	39	11	18	30	1.86
297187--297241	13	4.3	13	72	11	51	0	18	5	76	0.97
297217--297281	19	3.3	19	82	8	67	3	15	4	76	1.07
297233--297286	19	2.9	19	83	2	74	3	14	7	74	1.18
297276--297329	14	3.7	14	81	16	65	1	7	7	83	0.88
307118--307162	21	2.1	21	83	0	54	28	20	22	28	1.98
315808--315858	23	2.3	23	86	6	79	17	41	21	19	1.91
318796--318828	17	2.0	17	88	5	50	60	15	15	9	1.58
320110--320172	32	2.0	32	93	0	108	57	9	15	17	1.65
322608--322637	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
325578--325645	20	3.3	20	87	6	93	41	19	22	17	1.91
325691--325784	20	4.7	20	95	0	161	23	9	21	45	1.81
325800--325848	20	2.5	20	93	0	80	30	16	24	28	1.96
325743--325995	77	3.3	77	82	2	337	28	14	20	36	1.91
325919--326039	57	2.1	57	92	0	197	27	17	21	33	1.96
326012--326059	20	2.4	20	96	0	87	29	16	25	29	1.97
326049--326102	20	2.7	20	85	0	81	16	20	18	44	1.87
340147--340189	21	2.0	21	86	0	59	46	6	2	44	1.43
344139--344277	62	2.2	63	85	1	190	38	4	11	46	1.60
345262--345301	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
346168--346217	23	2.2	23	92	0	82	38	8	22	32	1.83
346131--346293	87	1.9	87	94	0	290	40	12	14	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
346288--347019	200	3.6	198	82	6	818	29	15	14	40	1.87
349854--349963	51	2.2	52	77	8	118	25	18	16	40	1.91
349655--350145	251	2.0	252	86	1	691	31	15	14	39	1.87
352927--352979	21	2.5	21	100	0	106	32	16	13	37	1.88
353148--353201	21	2.6	21	77	11	65	29	11	12	46	1.77
352948--353754	201	3.9	202	87	7	1201	31	17	13	36	1.89
352948--353754	200	3.9	201	85	7	1143	31	17	13	36	1.89
354646--355070	4	106.2	4	99	0	841	49	24	0	25	1.50
356260--356325	33	2.0	33	93	0	114	22	46	0	30	1.52
356358--356423	21	3.1	21	88	0	96	15	31	10	42	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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