genome.fa.s7744.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007744.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110007_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4276731

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12070--12131	20	3.0	21	72	6	63	27	14	14	43	1.84
12200--12237	20	1.9	20	88	0	58	23	28	18	28	1.98
18678--18719	17	2.5	17	84	3	59	26	4	2	66	1.23
21828--21866	8	5.0	8	84	6	53	10	17	12	58	1.61
23048--23106	14	3.8	17	71	15	56	81	6	11	0	0.87
23056--23106	12	4.3	12	85	9	70	84	5	9	0	0.78
23041--23117	29	2.5	32	80	20	92	77	6	15	0	0.95
23050--23106	12	5.0	11	83	8	62	84	5	10	0	0.77
23703--23746	22	2.0	22	91	8	72	38	22	11	27	1.88
24710--24972	36	7.4	36	78	9	263	26	19	13	40	1.88
24649--25035	138	2.8	137	84	2	497	28	19	12	39	1.88
24752--24936	102	1.8	102	89	2	291	27	17	14	41	1.88
24930--25104	65	2.6	65	84	4	224	33	21	9	36	1.85
25708--26154	105	4.3	105	90	4	658	32	26	18	22	1.97
25708--26154	207	2.2	203	88	4	662	32	26	18	22	1.97
27236--27278	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
37180--37271	45	2.1	44	91	6	150	35	9	27	27	1.88
39020--39064	18	2.5	18	89	7	65	28	2	4	64	1.25
47447--47496	26	1.9	26	95	0	91	26	24	20	30	1.98
48332--48380	18	2.5	20	77	19	57	24	6	4	65	1.33
48337--48381	18	2.5	18	89	7	65	26	6	4	62	1.39
49894--49940	20	2.3	20	89	7	69	57	8	17	17	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49901--49959	23	2.8	21	80	17	68	52	8	18	20	1.71
50455--50486	13	2.5	13	95	5	57	65	0	0	34	0.93
50576--50652	39	1.9	41	86	5	113	48	3	9	38	1.53
51966--51998	6	5.5	6	96	0	57	15	0	12	72	1.12
54795--54826	15	2.1	15	100	0	64	31	15	25	28	1.96
55420--55814	43	9.3	42	80	4	319	24	19	20	35	1.96
55418--55814	85	4.7	84	80	5	354	24	19	20	35	1.96
66422--66473	18	2.9	18	85	0	68	28	26	21	23	1.99
67446--67488	20	2.2	20	100	0	86	25	25	18	30	1.98
69864--70384	144	3.6	146	83	3	604	40	14	11	33	1.82
71484--71544	2	30.5	2	100	0	122	49	0	0	50	1.00
75929--75980	23	2.3	23	89	0	77	38	7	19	34	1.80
75902--76131	87	2.6	87	93	0	388	43	9	14	33	1.77
76016--76063	23	2.1	23	92	0	78	39	8	18	33	1.81
76039--76182	64	2.2	64	91	0	243	42	9	13	34	1.78
76200--76665	200	2.3	198	86	2	639	30	15	14	40	1.87
76766--76854	31	2.9	32	78	8	96	49	0	0	50	1.00
77073--77105	17	1.9	17	100	0	66	24	6	6	63	1.40
77497--77580	42	2.0	43	81	11	102	50	0	1	48	1.08
77663--77714	24	2.2	24	80	16	65	40	0	5	53	1.25
77954--78002	24	2.0	24	96	0	89	14	8	14	63	1.52
77302--81526	816	5.3	807	92	3	6385	37	9	9	44	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78462--78540	27	3.0	26	77	14	74	40	2	2	54	1.27
78771--78819	24	2.0	24	100	0	98	16	8	12	63	1.51
79126--79207	42	2.0	42	80	9	96	52	1	1	45	1.16
79167--79243	30	2.5	30	77	12	75	50	2	1	45	1.23
80723--80768	23	2.0	23	87	8	67	60	2	0	36	1.09
80837--80905	24	2.9	24	79	18	81	43	0	2	53	1.15
90078--90124	20	2.3	20	96	0	85	21	31	25	21	1.98
90731--90813	30	2.7	30	77	5	87	50	1	0	48	1.08
90917--91003	30	3.1	29	70	20	78	33	3	4	58	1.35
91182--91222	21	2.0	21	90	0	64	41	19	0	39	1.52
91797--91839	13	3.4	12	78	9	50	62	0	0	37	0.95
94010--94086	39	2.0	38	90	7	120	35	10	10	44	1.73
94483--94521	20	1.9	19	85	10	51	15	7	0	76	0.99
95559--95669	50	2.2	49	79	7	116	17	32	30	19	1.95
95974--96016	16	2.7	16	82	7	52	30	2	4	62	1.28
99134--99194	11	5.3	11	73	11	59	24	29	19	26	1.99
99124--99194	24	3.0	24	80	14	92	29	28	18	23	1.98
100627--100741	7	16.4	7	75	0	68	21	3	33	41	1.70
100647--100722	35	2.2	35	80	0	89	22	5	31	40	1.76
100627--100741	21	5.5	21	74	0	95	21	3	33	41	1.70
101329--101377	20	2.5	20	100	0	98	18	22	24	34	1.96
105347--105405	24	2.5	24	94	5	102	18	28	27	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109035--109121	35	2.5	34	77	18	90	55	9	8	27	1.60
109112--109199	33	2.6	33	83	7	106	64	12	2	20	1.37
111199--111223	4	6.2	4	100	0	50	72	0	0	28	0.86
111347--111386	18	2.3	18	82	4	55	65	2	0	32	1.06
111343--111385	17	2.6	16	78	10	50	65	2	0	32	1.06
116116--116256	44	3.1	45	73	17	110	22	19	15	42	1.88
116589--116634	19	2.4	20	85	10	69	34	2	0	63	1.07
121620--122193	133	4.3	134	82	3	638	29	14	21	33	1.94
121604--122193	267	2.2	267	81	3	679	30	15	21	33	1.94
125161--125201	18	2.4	17	84	8	55	4	9	0	85	0.73
125142--125211	32	2.2	33	82	7	81	10	8	1	80	0.98
125186--125239	20	2.7	20	80	5	56	12	5	3	77	1.07
131702--131734	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
140570--140614	20	2.2	20	100	0	90	51	0	13	35	1.41
141589--141669	28	2.9	28	92	0	135	40	28	16	14	1.88
142477--142529	22	2.5	22	75	9	56	26	30	16	26	1.97
147686--147772	21	3.5	27	76	19	98	65	0	21	12	1.26
147664--147773	48	2.3	48	83	7	127	64	0	23	11	1.26
155427--155456	2	14.5	2	93	6	51	50	3	0	46	1.18
155848--155903	22	2.6	21	83	10	69	25	25	14	35	1.93
158477--158528	20	2.6	20	100	0	104	34	17	23	25	1.96
159256--159280	13	1.9	13	100	0	50	28	16	16	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163677--163740	22	2.9	22	80	0	83	23	25	18	32	1.97
165393--165473	28	2.9	28	92	0	126	18	19	25	35	1.95
165459--165507	18	2.7	18	96	0	89	18	24	30	26	1.98
174249--174317	25	2.7	25	95	2	120	68	4	10	17	1.35
174245--174337	25	3.7	25	87	5	116	67	4	11	16	1.36
174245--174351	25	4.2	26	86	7	89	67	4	13	14	1.38
178764--179186	83	5.3	81	74	12	306	31	13	17	38	1.88
179012--179150	41	3.4	40	71	13	111	30	12	16	41	1.85
178855--179140	153	1.9	153	84	3	389	29	11	17	40	1.86
180543--180603	29	2.1	29	90	0	95	24	22	4	47	1.71
181012--181697	59	11.8	59	89	3	1023	37	20	12	30	1.90
182036--182243	95	2.2	95	84	0	254	26	24	15	33	1.95
186564--186603	18	2.1	20	86	9	57	22	30	10	37	1.87
189258--189308	21	2.4	21	90	0	84	21	9	9	58	1.58
194268--194321	24	2.4	24	85	11	71	31	20	22	25	1.98
199832--199874	17	2.5	17	85	11	52	74	0	9	16	1.06
203265--203396	39	3.4	38	75	8	115	19	24	20	35	1.96
206731--206907	39	4.6	38	80	4	167	18	23	23	34	1.96
206771--206950	78	2.3	78	80	6	204	20	25	22	32	1.97
211644--211738	19	4.9	19	85	2	118	37	23	6	32	1.80
211658--211738	38	2.1	38	93	0	135	38	22	4	34	1.76
211747--211790	18	2.4	19	80	7	54	29	22	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212703--212756	24	2.2	24	86	0	72	25	14	16	42	1.87
214105--214294	95	2.0	95	100	0	380	36	9	22	31	1.86
215318--215512	54	3.3	61	76	14	190	31	17	22	28	1.97
215368--215457	20	4.8	20	69	15	66	34	16	21	27	1.95
215424--215467	20	2.2	20	84	8	54	40	20	20	18	1.91
215633--215714	26	3.2	26	65	13	71	50	13	2	34	1.55
215669--215694	13	2.0	13	100	0	52	61	15	0	23	1.33
215628--215736	50	2.2	50	91	0	173	51	16	1	30	1.55
216719--216930	42	5.2	41	78	13	206	21	17	41	19	1.91
216770--216837	35	1.9	35	82	11	86	22	11	50	16	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16