genome.fa.s7744.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007744.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110007_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4276731

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
547543--547611	21	3.2	22	78	19	58	23	17	27	31	1.97
548053--548153	35	2.7	38	78	10	127	36	2	14	45	1.61
553356--553415	20	2.9	21	74	18	63	30	10	26	33	1.89
553387--553435	20	2.5	20	83	6	55	34	12	24	28	1.91
554146--554266	23	5.3	23	86	6	151	23	19	25	31	1.98
556652--556772	23	5.3	23	86	6	151	23	19	25	31	1.98
561338--561885	272	2.0	275	98	1	1066	31	17	12	37	1.87
568412--568451	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
574520--574578	28	2.1	28	83	0	73	33	27	10	28	1.89
574520--574578	14	4.2	14	80	0	64	33	27	10	28	1.89
588016--588060	19	2.4	19	92	0	72	33	26	15	24	1.95
592346--592404	16	3.4	16	70	17	55	57	6	16	18	1.61
592336--592407	36	2.0	36	94	0	126	50	8	19	22	1.74
592505--592532	14	2.0	14	100	0	56	21	35	0	42	1.53
595285--595555	2	142.5	2	65	23	97	44	3	5	47	1.42
595298--595475	7	24.9	7	68	18	55	42	2	5	48	1.41
597579--597684	3	35.0	3	75	16	85	58	1	1	37	1.20
597570--597683	10	10.8	10	76	16	81	57	1	1	39	1.20
597581--597684	31	3.4	29	77	17	106	58	1	1	37	1.20
597570--597683	28	4.3	27	73	14	87	57	1	1	39	1.20
607828--607969	37	3.9	37	82	5	173	33	17	10	38	1.84
607810--607961	37	4.2	36	81	3	169	31	16	12	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
608336--608443	29	3.5	30	70	25	82	25	19	12	42	1.87
608291--608442	64	2.4	65	87	5	211	25	18	15	41	1.89
608959--609042	3	28.0	3	100	0	168	33	0	0	66	0.92
609410--609453	20	2.2	20	83	0	52	54	31	2	11	1.48
609559--609623	2	32.5	2	100	0	130	50	0	0	49	1.00
611949--612025	3	25.0	3	71	10	57	57	2	5	35	1.35
619566--619627	22	2.8	22	87	0	97	27	25	17	29	1.98
623866--623899	13	2.6	13	85	0	50	76	11	11	0	1.02
625745--625791	23	2.0	24	91	4	78	40	17	6	36	1.75
626526--626583	28	2.1	28	86	0	80	29	8	20	41	1.82
627192--627422	75	3.0	76	92	3	385	32	4	6	56	1.46
627304--627419	36	3.1	36	69	24	114	31	2	8	57	1.42
639733--639767	18	1.9	18	88	0	52	25	14	5	54	1.62
649240--649299	25	2.4	25	100	0	120	43	13	10	33	1.77
651841--651884	23	1.9	23	85	0	61	18	18	31	31	1.95
652292--652329	19	2.0	20	89	5	60	28	5	5	60	1.40
652291--652344	20	2.8	20	80	8	67	25	3	5	64	1.32
654727--654806	36	2.2	36	97	0	151	50	21	5	23	1.68
659349--659435	2	43.5	2	96	0	156	51	1	0	47	1.08
660454--660489	9	3.9	9	92	3	54	0	19	0	80	0.71
661166--661219	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
663093--663982	81	11.0	81	89	0	1289	35	12	20	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
663982--664245	46	5.7	46	85	1	341	43	11	21	22	1.84
663982--664255	92	3.0	92	87	1	379	43	10	21	23	1.84
663984--664249	138	1.9	138	87	3	392	43	11	21	23	1.85
670497--670545	2	24.5	2	91	8	82	48	2	0	48	1.12
672676--673162	81	6.0	81	85	0	587	36	12	19	31	1.89
672700--673162	244	1.9	243	85	1	640	36	12	19	30	1.89
673162--673404	46	5.3	46	79	3	265	41	10	22	25	1.85
673162--673435	92	3.0	90	77	7	291	43	10	20	25	1.85
678853--678902	21	2.6	19	87	9	66	32	14	22	32	1.93
679413--680619	81	14.9	81	86	1	1589	36	11	19	31	1.88
680628--680972	46	7.6	46	80	2	347	43	11	20	24	1.85
681341--681686	136	2.5	135	87	1	485	21	15	28	34	1.93
684101--684218	10	11.4	9	72	21	74	2	17	1	77	0.96
684099--684131	14	2.4	14	100	0	66	6	15	0	78	0.93
684108--684218	7	15.0	7	70	20	75	1	18	1	78	0.93
684109--684218	14	8.0	13	74	22	84	1	18	1	78	0.94
684108--684215	23	4.9	20	77	18	94	1	17	1	78	0.93
684122--684216	36	2.5	37	83	14	115	1	17	2	78	0.90
684108--684216	51	2.1	51	83	8	132	1	17	1	78	0.92
689525--689554	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
692069--692187	56	2.1	56	95	0	211	31	13	21	32	1.92
692314--692402	3	29.7	3	84	4	117	65	1	4	29	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
699864--699938	2	37.5	2	100	0	150	49	0	0	50	1.00
700502--700581	38	2.1	38	92	0	133	36	11	10	42	1.74
704340--704406	12	5.4	12	71	11	55	49	0	2	47	1.16
704351--704400	15	3.3	15	91	0	82	46	0	4	50	1.20
704677--705182	55	9.3	55	86	1	689	29	22	14	33	1.94
704677--705182	217	2.3	218	89	1	766	29	22	14	33	1.94
705159--705668	54	9.4	54	82	3	564	23	24	19	32	1.97
705191--705668	109	4.4	109	87	2	619	22	25	19	33	1.97
704677--705669	55	18.3	55	80	6	612	26	23	17	33	1.96
705159--705669	163	3.2	161	80	5	550	23	24	19	32	1.97
705669--705752	37	2.3	37	81	8	100	20	17	16	45	1.86
706066--706198	37	3.6	37	87	2	187	25	18	20	36	1.95
706050--706198	37	4.1	36	83	6	176	24	18	20	36	1.95
706050--706198	73	2.0	73	84	5	194	24	18	20	36	1.95
708837--708871	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
715906--715935	14	2.1	14	100	0	60	36	6	20	36	1.79
715946--716136	92	2.1	92	91	0	310	47	18	7	26	1.75
731148--731179	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
733551--733728	29	6.2	29	79	5	157	33	1	17	47	1.58
740779--740817	18	2.2	18	95	0	69	20	51	17	10	1.74
748041--748080	21	1.9	21	89	0	62	37	35	0	27	1.57
749283--749333	24	2.2	23	82	10	59	13	1	27	56	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
754546--754777	85	2.7	85	90	1	349	55	13	3	28	1.53
764142--764175	13	2.7	13	90	4	52	70	2	0	26	1.01
764826--765055	85	2.7	86	91	3	369	54	12	3	30	1.52
784501--784622	49	2.6	46	79	11	138	40	7	20	31	1.80
793556--793589	18	1.9	18	88	5	52	50	0	20	29	1.49
796098--796213	49	2.5	45	84	5	142	39	7	20	31	1.81
796952--796989	18	2.1	18	90	0	58	31	36	10	21	1.87
799603--799639	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
806448--806477	15	2.0	15	100	0	60	33	13	20	33	1.91
810194--810274	38	2.2	35	87	10	110	51	0	2	45	1.14
810206--810294	38	2.3	37	81	9	90	59	1	1	38	1.12
814673--814891	45	4.9	45	83	2	260	29	20	9	40	1.84
814673--815008	90	3.9	90	77	8	268	28	22	10	38	1.87
814853--815015	79	2.1	79	87	2	229	25	23	11	39	1.87
820383--820612	45	5.1	45	79	1	246	31	18	9	40	1.82
820392--820612	90	2.4	91	82	2	273	30	18	9	41	1.82
820394--820651	90	2.8	90	78	4	259	29	20	10	39	1.85
824179--824240	31	2.2	28	83	13	74	29	29	24	17	1.97
830131--830168	18	2.1	18	90	9	60	28	26	28	15	1.96
831735--831786	22	2.5	20	82	14	61	26	25	15	32	1.95
831775--831855	34	2.4	34	93	0	135	28	18	19	33	1.96
832511--832540	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
833707--833814	32	3.4	32	92	5	168	18	26	29	25	1.98
835198--835309	55	2.0	55	91	0	179	24	11	10	53	1.68
840016--840638	310	2.0	312	97	1	1189	32	15	13	38	1.86
842491--842542	22	2.4	22	83	0	68	42	17	7	32	1.77
844799--844839	11	3.7	11	83	0	55	41	24	7	26	1.81
862613--862639	12	2.2	12	100	0	54	29	22	7	40	1.81
866989--867525	263	2.0	265	97	2	1001	31	18	9	40	1.83
871330--871385	16	3.6	16	72	18	55	33	3	1	60	1.24
872090--872132	2	22.0	2	90	4	70	51	0	0	48	1.00
883904--883956	27	2.0	27	100	0	106	47	11	3	37	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16