genome.fa.s7744.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007744.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110007_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4276731

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2786520--2786565	24	2.0	23	83	12	58	43	0	4	52	1.21
2790622--2790687	29	2.2	31	75	5	73	30	25	6	37	1.80
2801577--2801924	165	2.1	165	86	2	475	39	15	10	34	1.82
2801559--2801924	55	6.7	55	84	1	410	39	15	10	34	1.83
2802347--2802402	20	2.8	20	81	10	69	26	26	12	33	1.92
2808385--2808665	56	5.1	55	86	5	327	38	16	10	34	1.83
2808399--2808665	111	2.4	110	83	6	326	38	16	10	34	1.84
2808637--2808689	27	2.0	27	88	3	81	47	16	9	26	1.77
2808664--2808776	55	2.1	55	86	0	154	38	15	10	34	1.83
2808800--2808835	19	1.9	18	88	5	54	47	27	0	25	1.52
2809277--2809312	14	2.6	14	90	0	54	33	30	13	22	1.93
2814593--2814652	30	2.0	30	93	0	102	36	3	21	38	1.70
2814710--2814781	32	2.2	33	88	9	112	36	4	13	45	1.63
2814788--2814826	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2815291--2815341	12	4.0	12	74	20	50	70	11	1	15	1.25
2815829--2815859	12	2.5	12	94	5	53	32	6	9	51	1.60
2816498--2816548	20	2.6	19	78	3	57	29	13	7	49	1.70
2823570--2823599	15	2.0	15	100	0	60	40	0	33	26	1.57
2823856--2823898	20	2.2	20	83	8	52	46	16	4	32	1.67
2827088--2827274	92	2.0	92	100	0	374	52	16	12	18	1.74
2829962--2830055	28	3.4	28	85	1	118	37	21	13	27	1.91
2835740--2835777	19	2.0	19	94	0	67	31	15	23	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2837416--2837501	23	3.7	23	79	0	109	17	24	25	32	1.97
2837822--2837866	23	2.0	23	81	0	54	33	0	22	44	1.53
2841210--2841475	67	4.0	66	81	5	270	31	19	10	37	1.86
2841230--2841479	134	1.9	132	82	6	317	33	19	10	37	1.86
2841552--2842019	234	2.0	234	100	0	936	30	19	11	38	1.88
2843898--2843953	21	2.7	20	80	5	58	25	25	19	30	1.98
2844411--2844443	16	2.1	16	100	0	66	57	18	12	12	1.64
2847970--2848005	16	2.2	16	100	0	72	11	13	25	50	1.75
2848749--2848815	3	22.7	3	96	3	127	34	0	0	65	0.93
2854293--2854334	21	2.0	21	100	0	84	47	9	19	23	1.78
2855667--2855719	17	3.1	17	86	0	79	43	7	13	35	1.72
2855748--2855817	17	4.1	17	75	0	59	42	15	12	28	1.84
2866815--2866870	16	3.5	16	71	23	55	69	0	23	7	1.12
2868110--2868161	18	2.9	18	78	16	63	28	0	0	71	0.87
2868112--2868163	15	3.3	15	80	15	59	28	0	0	71	0.87
2868787--2868832	24	1.9	24	95	0	83	28	34	10	26	1.90
2869189--2869322	68	2.0	69	87	1	198	52	17	6	23	1.68
2869189--2869296	36	3.1	36	73	15	109	50	17	6	25	1.69
2869388--2869435	6	8.0	6	95	0	87	68	14	0	16	1.21
2872354--2872389	14	2.5	15	90	4	56	61	0	0	38	0.96
2879202--2879235	18	1.9	17	88	5	50	61	0	0	38	0.96
2879273--2879319	24	2.0	24	91	4	69	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2879304--2879408	11	8.6	11	71	20	59	57	1	0	40	1.10
2879246--2879404	63	2.5	63	91	5	252	56	1	0	41	1.10
2879280--2879385	35	3.2	35	67	19	100	53	0	0	45	1.06
2879315--2879378	24	2.4	27	80	12	80	53	1	0	45	1.10
2879825--2879879	28	2.0	28	82	7	67	25	9	7	58	1.55
2883863--2884051	36	5.2	36	83	2	236	32	22	25	19	1.97
2886600--2887723	216	5.3	215	92	1	1782	50	8	12	28	1.69
2886600--2887722	426	2.6	425	92	1	1814	50	8	12	28	1.69
2887849--2887897	24	2.0	24	84	0	62	38	8	10	42	1.68
2887873--2887907	18	1.9	18	100	0	70	40	11	8	40	1.72
2887886--2887955	35	2.1	34	89	5	106	44	10	5	40	1.62
2887938--2888041	33	3.2	34	77	17	89	42	7	3	46	1.51
2887992--2888170	2	86.0	2	72	21	111	48	6	2	43	1.42
2888177--2888330	18	9.1	18	64	18	71	42	7	8	40	1.64
2888195--2888312	33	3.6	33	73	6	114	40	7	9	42	1.66
2888342--2888395	26	2.2	24	79	17	67	44	5	1	48	1.37
2888695--2888988	112	2.6	111	84	4	385	31	25	5	37	1.79
2888694--2889020	113	2.9	110	84	5	406	32	25	5	36	1.80
2889167--2889207	11	3.6	11	86	3	55	41	43	4	9	1.59
2889183--2889340	73	2.2	73	92	0	262	44	42	5	7	1.56
2889241--2889302	22	2.8	22	72	0	61	43	48	3	4	1.40
2889342--2889408	20	3.3	20	83	4	62	44	38	1	14	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2889362--2889416	7	8.0	7	79	4	58	47	36	0	16	1.47
2889354--2889416	14	4.7	13	80	3	63	49	36	0	14	1.44
2889638--2889707	36	1.9	36	88	0	104	30	4	12	52	1.58
2889689--2890176	31	15.8	31	89	1	622	22	4	22	50	1.66
2892519--2892586	20	3.4	20	85	0	91	11	11	13	63	1.53
2893482--2893520	17	2.3	17	90	0	60	46	10	0	43	1.37
2899896--2899926	13	2.4	13	94	0	53	64	3	0	32	1.09
2899895--2899946	20	2.7	21	82	14	67	61	3	3	30	1.32
2902453--2902602	40	3.8	40	94	0	255	34	26	15	23	1.94
2906777--2906807	13	2.4	13	94	0	53	64	3	0	32	1.09
2909315--2909462	40	3.7	40	92	0	233	35	26	14	23	1.93
2909777--2909825	24	2.0	24	96	0	89	44	12	10	32	1.75
2910346--2910403	31	1.9	31	85	3	82	36	24	8	31	1.85
2910343--2910414	30	2.4	31	80	2	83	34	25	6	33	1.83
2911033--2911212	90	2.0	89	95	1	324	37	11	6	44	1.66
2913454--2913499	23	2.0	23	83	8	58	36	6	8	47	1.60
2916402--2916797	199	2.0	199	100	0	792	27	22	18	32	1.97
2920934--2921062	10	13.3	9	77	13	114	13	28	27	30	1.95
2920954--2921062	19	5.7	19	80	13	118	12	29	28	29	1.93
2920934--2921062	29	4.4	29	85	5	163	13	28	27	30	1.95
2925724--2925781	29	2.0	29	100	0	116	27	20	27	24	1.99
2928124--2928162	21	1.9	21	89	5	62	17	20	23	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2928127--2928204	10	8.1	9	74	13	57	16	25	25	32	1.96
2928127--2928198	29	2.4	29	84	6	83	16	23	26	33	1.96
2928192--2928249	19	3.2	18	80	9	73	20	48	22	8	1.77
2928200--2928257	17	3.3	17	87	4	71	20	46	20	12	1.82
2928251--2928283	7	4.9	7	92	7	59	15	27	30	27	1.96
2928253--2928279	13	2.1	13	100	0	54	14	29	29	25	1.95
2928287--2928336	22	2.3	22	100	0	100	38	18	14	30	1.89
2930290--2930464	90	1.9	90	91	2	289	37	9	6	46	1.62
2933774--2933819	2	23.0	2	95	0	83	50	2	0	47	1.13
2933848--2933977	6	20.3	6	70	20	77	2	18	2	76	0.99
2933855--2933968	14	8.2	13	72	10	75	2	16	2	78	0.99
2933838--2933955	33	3.4	32	75	21	94	1	19	1	77	0.95
2933892--2933971	21	4.4	18	73	15	67	2	15	3	78	0.99
2933857--2933984	54	2.4	54	81	7	136	3	18	2	75	1.04
2933889--2933989	47	2.1	47	81	13	111	2	16	2	77	1.02
2933892--2933974	15	4.5	20	74	20	74	2	15	3	78	1.00
2936662--2936748	45	1.9	45	93	4	149	28	22	10	37	1.87
2936852--2937001	40	3.7	40	85	2	203	34	26	14	24	1.94
2937318--2937366	24	2.0	24	96	0	89	44	12	12	30	1.78
2947027--2947109	22	3.9	22	75	13	84	24	30	24	21	1.99
2948682--2948721	18	2.2	18	91	8	64	45	22	32	0	1.53
2949013--2949091	17	4.6	17	73	10	63	22	2	22	51	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2954196--2954240	19	2.4	19	84	0	54	20	31	33	15	1.93
2958855--2958922	31	2.3	30	87	5	93	35	8	19	36	1.83
2959829--2959888	22	2.7	22	80	10	68	38	3	11	46	1.57
2960242--2960275	16	2.2	16	89	5	52	23	2	2	70	1.15
2960512--2960923	138	3.0	135	77	11	361	29	12	12	46	1.78
2960569--2961062	139	3.6	135	77	11	435	28	11	12	47	1.76
2960569--2960949	138	2.8	137	81	6	396	28	11	12	46	1.77
2962933--2962964	14	2.1	16	88	11	50	34	28	12	25	1.92
2965665--2965798	59	2.5	52	78	14	137	23	17	23	35	1.95
2965692--2965812	59	2.1	59	93	0	206	26	16	22	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16