genome.fa.s7744.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007744.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110007_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4276731

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2235540--2235592	25	2.1	25	82	6	63	26	0	5	67	1.12
2235543--2235583	16	2.5	17	80	15	50	26	0	2	70	0.99
2238831--2238877	7	6.6	7	83	11	60	0	27	0	72	0.85
2238836--2238875	15	2.7	15	96	0	71	0	30	0	70	0.88
2239516--2239559	22	2.0	23	86	13	65	2	13	2	81	0.88
2239539--2239563	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
2241424--2241471	20	2.4	20	89	0	69	20	33	14	31	1.93
2254122--2254383	47	5.8	47	74	10	224	33	9	11	46	1.72
2265734--2265784	26	1.9	27	84	11	70	25	9	3	60	1.45
2268737--2268791	24	2.2	24	79	17	60	49	3	5	41	1.43
2268945--2269022	25	3.1	25	70	14	70	52	1	0	46	1.08
2268921--2269025	40	2.6	39	79	5	104	52	1	0	44	1.18
2268931--2269053	19	6.3	19	71	13	63	56	0	0	43	1.05
2268897--2269049	50	3.1	51	75	14	133	52	1	1	43	1.20
2268897--2269045	51	3.0	49	75	14	121	52	1	2	44	1.21
2269146--2269180	18	1.9	18	100	0	70	51	5	5	37	1.50
2269168--2269248	42	1.9	42	85	5	110	51	9	1	37	1.43
2269181--2269260	42	1.9	42	84	2	108	53	8	1	36	1.40
2272450--2272479	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
2280219--2280428	55	3.8	54	86	1	267	30	18	18	32	1.95
2280215--2280422	110	1.9	110	86	2	301	30	19	18	32	1.95
2282209--2282248	18	2.2	18	86	8	55	25	10	15	50	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2283934--2283976	17	2.5	17	82	14	52	34	0	2	62	1.08
2284064--2284116	27	2.0	27	92	0	88	30	13	22	33	1.92
2284595--2285923	664	2.0	664	99	0	2604	34	20	15	28	1.94
2300812--2300885	26	3.2	23	65	31	59	59	5	2	32	1.34
2302035--2302119	33	2.5	33	84	5	109	41	28	1	29	1.64
2302805--2302834	15	2.0	15	93	0	51	26	3	10	60	1.45
2303141--2303223	37	2.3	36	84	12	100	32	0	20	46	1.51
2303690--2303746	28	2.0	28	86	0	78	38	14	8	38	1.77
2304435--2304491	23	2.5	23	100	0	114	42	0	3	54	1.17
2309258--2309287	15	2.0	15	93	0	51	23	0	6	70	1.11
2319314--2319373	28	2.1	28	84	3	75	51	8	18	21	1.72
2319378--2319450	28	2.5	30	82	12	98	57	10	13	17	1.64
2319358--2319578	30	7.6	29	71	15	100	57	9	14	19	1.64
2319438--2319607	59	2.9	56	72	8	128	60	9	11	18	1.58
2321248--2321279	3	10.7	3	93	0	55	37	0	28	34	1.57
2322236--2322342	35	2.9	38	79	13	116	33	9	16	40	1.81
2322500--2322584	38	2.3	37	86	9	120	40	11	16	31	1.85
2323784--2323913	35	3.4	35	77	17	102	0	17	8	73	1.13
2323811--2323913	21	5.1	21	71	21	85	0	18	8	71	1.16
2323796--2323855	22	2.9	22	80	11	74	0	16	6	76	0.99
2323838--2323877	17	2.4	17	88	12	64	0	20	7	72	1.08
2323783--2323910	66	1.9	66	83	14	167	0	17	7	73	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2323796--2323903	39	2.7	39	79	13	114	0	18	8	72	1.15
2323785--2323911	13	9.8	13	73	23	85	0	17	8	73	1.13
2323809--2323909	52	2.0	51	82	7	125	0	18	7	72	1.15
2327552--2327592	22	1.9	22	90	5	66	60	12	0	26	1.31
2327944--2328034	30	3.0	29	74	7	83	58	10	10	19	1.62
2329676--2329798	3	41.0	3	100	0	246	66	0	0	33	0.92
2341169--2341219	20	2.6	20	84	12	70	33	15	5	45	1.71
2347936--2347977	17	2.4	18	92	4	68	23	4	0	71	1.05
2356046--2356075	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
2357824--2357870	21	2.2	21	77	7	51	27	10	2	59	1.42
2359068--2359114	22	2.2	21	88	3	67	72	2	4	21	1.12
2359069--2359136	32	2.1	33	86	8	95	67	2	4	25	1.23
2359689--2359713	10	2.5	10	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2360396--2360456	22	2.8	22	85	7	72	22	3	3	70	1.17
2360386--2360454	32	2.1	34	84	10	90	23	4	2	69	1.20
2360409--2360456	22	2.2	21	92	3	78	20	4	2	72	1.11
2361205--2361236	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2364406--2364564	33	4.9	33	85	6	191	26	18	28	25	1.98
2364407--2364564	64	2.4	65	85	8	198	26	18	28	25	1.98
2364643--2364771	44	3.0	43	87	1	168	22	19	21	36	1.95
2368237--2368282	14	3.0	16	78	12	51	28	4	8	58	1.47
2370993--2371051	27	2.2	27	93	0	100	28	15	16	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2375139--2375167	13	2.1	14	93	6	51	41	27	0	31	1.56
2380778--2380897	38	3.1	37	81	3	132	27	20	25	27	1.99
2386586--2386779	103	1.9	103	91	0	316	44	14	13	26	1.83
2393410--2393451	12	3.5	12	78	12	50	9	14	16	59	1.60
2393573--2393736	64	2.6	64	90	5	248	19	25	27	27	1.99
2396344--2396393	22	2.3	22	96	0	91	40	2	28	30	1.68
2397315--2397350	12	3.0	12	83	0	54	11	22	13	52	1.72
2403351--2403392	21	2.0	22	90	4	68	38	21	23	16	1.93
2404330--2404705	188	2.0	188	100	0	752	41	17	13	28	1.86
2410634--2410780	43	3.5	40	78	10	120	35	36	4	23	1.76
2411041--2411122	21	4.0	20	73	12	76	25	24	17	32	1.96
2411112--2411184	21	3.5	21	84	1	85	39	17	20	21	1.92
2411195--2411267	20	3.7	20	83	0	101	30	27	16	26	1.97
2411760--2411818	20	3.0	20	87	0	73	15	18	22	44	1.87
2411955--2412009	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
2413103--2413150	18	2.7	18	93	0	87	27	45	12	14	1.81
2413691--2413746	20	2.8	20	83	2	69	37	23	23	16	1.93
2413952--2413985	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
2414540--2414593	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
2414768--2414792	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2417120--2417211	19	5.4	18	68	24	74	45	18	21	14	1.84
2417120--2417244	33	3.8	33	92	0	196	45	17	23	13	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2417263--2417387	33	3.8	33	90	2	180	13	18	20	47	1.82
2417251--2417387	19	8.0	18	69	22	91	13	18	20	47	1.82
2417494--2417530	14	2.6	15	87	12	60	48	21	0	29	1.50
2419221--2419405	91	2.0	90	90	6	291	46	18	12	21	1.83
2421090--2421277	19	10.8	19	68	23	110	44	20	22	12	1.85
2421139--2421260	14	7.6	14	69	24	64	41	22	23	11	1.86
2421118--2421277	33	4.8	33	94	0	257	42	22	23	11	1.86
2421090--2421277	66	2.7	66	86	5	259	44	20	22	12	1.85
2421897--2421990	20	4.7	20	82	2	116	21	21	17	40	1.91
2421897--2421990	41	2.3	40	85	1	125	21	21	17	40	1.91
2421987--2422042	20	2.7	21	80	5	69	42	16	21	19	1.89
2422044--2422092	20	2.5	20	86	6	64	26	20	24	28	1.99
2423592--2423654	31	2.0	32	84	3	83	33	20	20	25	1.97
2429722--2429833	51	2.2	49	80	10	120	50	8	4	36	1.54
2431659--2431705	18	2.4	21	89	10	73	76	14	8	0	1.01
2431659--2431712	10	5.5	10	77	16	51	74	16	9	0	1.07
2436266--2436296	11	2.8	11	100	0	62	87	12	0	0	0.55
2436263--2436318	24	2.3	24	90	3	85	83	14	0	1	0.72
2436260--2436308	1	49.0	1	87	0	53	89	10	0	0	0.48
2444533--2444565	15	2.1	17	88	11	52	66	3	3	27	1.21
2456801--2456889	38	2.3	38	88	0	124	25	1	12	60	1.39
2460187--2460226	20	2.0	20	95	0	71	35	2	0	62	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2466622--2466647	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2469666--2469705	20	2.0	20	90	9	64	25	25	7	42	1.80
2480942--2480972	14	2.1	15	94	5	55	29	25	12	32	1.93
2484550--2484594	18	2.5	18	96	0	81	33	6	15	44	1.73
2488525--2488591	31	2.1	32	86	2	91	26	17	14	40	1.89
2500482--2500578	30	3.2	30	67	9	81	54	11	10	23	1.66
2500989--2501075	42	2.1	42	93	0	147	34	14	17	33	1.91
2510243--2510398	65	2.4	64	86	5	208	30	16	19	33	1.94
2510243--2510440	65	3.1	63	80	13	192	29	16	20	33	1.95
2515620--2515674	24	2.3	24	100	0	110	21	16	0	61	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16