genome.fa.s7744.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007744.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110007_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4276731

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1997580--1997674	44	2.2	44	84	5	131	71	0	21	7	1.10
1997582--1997744	73	2.2	72	82	13	183	72	0	20	6	1.10
1997647--1997715	19	3.7	18	73	22	61	76	1	18	2	0.98
1997641--1997718	25	3.1	25	77	17	81	75	1	20	2	0.99
1997635--1997718	6	13.3	6	75	16	64	75	1	21	2	0.99
1997589--1997718	14	9.1	14	73	15	88	73	0	20	5	1.08
1997725--1997780	13	4.2	13	74	17	60	75	0	17	7	1.03
1999548--1999651	42	2.5	42	82	1	129	22	23	21	33	1.97
1999811--1999910	42	2.4	42	79	14	111	25	20	22	33	1.97
1999290--2000064	257	3.0	256	87	3	1083	32	16	17	34	1.92
2000496--2000672	38	4.7	38	94	0	300	24	18	18	38	1.92
2002482--2002610	59	2.2	59	83	2	152	28	18	24	27	1.98
2002667--2002708	20	2.1	20	90	0	66	16	9	26	47	1.77
2002709--2002900	44	4.4	44	91	6	302	38	6	22	33	1.79
2002709--2002900	85	2.2	88	90	6	302	38	6	22	33	1.79
2003773--2003921	38	3.9	38	83	6	194	24	19	16	39	1.92
2003940--2004072	45	3.0	45	78	2	151	23	16	17	42	1.88
2004675--2005751	134	8.1	134	88	2	1535	28	18	20	32	1.96
2005913--2006055	3	48.0	3	88	6	211	30	0	1	67	0.99
2011811--2011884	20	3.7	20	68	10	60	20	16	10	52	1.73
2013145--2013218	23	3.2	21	76	14	58	32	18	27	21	1.97
2016101--2016151	22	2.3	22	77	12	52	45	1	1	50	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2019660--2019733	32	2.3	32	80	0	94	27	8	21	43	1.80
2021701--2021738	17	2.2	18	85	4	51	50	0	5	44	1.24
2022650--2022701	23	2.3	23	82	0	59	15	7	13	63	1.51
2023553--2023621	23	3.0	23	78	0	75	36	30	10	23	1.88
2023671--2023714	18	2.4	18	96	0	79	20	9	22	47	1.78
2026343--2026383	21	2.0	21	85	9	57	78	0	17	4	0.93
2027782--2027843	21	3.0	21	90	0	97	32	30	8	29	1.86
2029541--2029566	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
2031956--2032402	54	8.3	54	87	3	605	35	15	17	31	1.91
2032298--2032380	27	3.1	27	64	25	66	38	14	14	32	1.86
2037308--2037368	29	2.1	29	90	6	97	49	14	13	22	1.78
2043442--2043525	19	4.5	19	74	14	68	33	2	4	59	1.31
2043432--2043508	38	2.0	39	89	2	120	33	1	6	58	1.32
2043480--2043525	19	2.5	19	92	3	76	32	4	2	60	1.28
2043505--2043541	13	2.7	14	84	15	51	37	2	0	59	1.12
2046051--2046268	82	2.7	82	78	8	212	32	12	16	38	1.86
2059010--2059053	18	2.4	18	92	0	70	6	2	40	50	1.42
2059010--2059053	6	7.3	6	78	0	52	6	2	40	50	1.42
2059292--2059613	103	3.2	99	79	8	355	31	4	30	34	1.76
2063333--2063396	25	2.5	25	92	2	101	50	1	4	43	1.32
2063387--2063473	33	2.6	33	92	0	138	43	5	8	42	1.58
2063416--2063490	18	4.3	18	78	10	84	44	5	4	46	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2063481--2063506	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
2063664--2063889	20	10.8	20	64	21	56	43	4	5	46	1.47
2063700--2063824	65	1.9	64	83	4	162	44	4	4	45	1.46
2063639--2063848	105	2.0	106	85	10	288	44	5	5	45	1.48
2063850--2063897	9	5.2	9	75	5	51	39	4	8	47	1.53
2063817--2063993	96	1.9	93	83	8	232	41	6	6	45	1.56
2063978--2064016	11	3.5	11	85	0	51	43	2	5	48	1.38
2064076--2064288	79	2.6	82	75	17	194	46	3	4	45	1.40
2063724--2064295	2	278.5	2	64	22	140	44	4	5	45	1.47
2071389--2071592	101	2.0	102	98	0	392	27	19	17	35	1.94
2072981--2073019	21	1.9	21	84	5	53	28	15	23	33	1.95
2074441--2074656	108	2.0	108	100	0	432	34	12	21	32	1.90
2081420--2081585	85	2.0	85	81	2	199	30	17	19	32	1.95
2081564--2081608	13	3.5	13	84	0	63	35	15	20	28	1.93
2093325--2093444	60	2.0	61	90	4	190	57	3	17	21	1.54
2101170--2101392	95	2.3	95	83	4	272	30	16	26	27	1.97
2101338--2101392	22	2.6	21	80	8	67	29	14	29	27	1.95
2101714--2102118	59	6.9	59	89	1	616	40	10	20	28	1.85
2107888--2108063	95	1.9	95	87	0	262	30	18	25	26	1.98
2108040--2108088	20	2.5	19	87	9	64	28	18	30	22	1.97
2108409--2108861	59	7.9	59	84	6	563	37	13	20	28	1.90
2108409--2108861	170	2.6	171	82	7	499	37	13	20	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2108423--2108860	229	1.9	223	87	2	633	38	12	19	28	1.89
2110613--2110647	17	2.0	18	88	5	54	60	0	0	40	0.97
2114558--2114603	22	2.2	20	85	11	58	47	17	4	30	1.67
2120039--2120088	11	4.5	11	85	5	64	0	10	10	80	0.92
2120039--2120098	10	5.5	11	78	9	61	0	8	10	81	0.87
2122882--2122936	4	13.8	4	74	14	51	25	0	3	70	1.03
2122881--2122938	28	2.1	28	93	0	98	29	0	3	67	1.07
2123785--2123941	43	3.7	43	81	0	170	29	19	19	31	1.96
2123785--2123982	86	2.3	86	80	1	209	28	21	18	31	1.97
2126121--2126158	20	1.9	20	94	0	67	42	15	13	28	1.85
2127502--2127837	167	2.0	167	97	0	627	31	16	18	33	1.93
2145057--2145091	17	2.0	18	88	5	54	28	28	17	25	1.97
2146071--2146108	20	1.9	20	88	0	58	34	15	23	26	1.95
2148681--2148832	75	2.0	76	88	3	227	42	16	15	25	1.88
2150462--2150491	16	1.9	15	93	6	51	46	0	23	30	1.52
2150486--2150536	6	9.3	6	89	10	67	54	0	29	15	1.41
2150497--2150544	20	2.3	21	89	7	71	54	0	29	16	1.43
2156559--2156715	75	2.1	76	84	1	199	43	15	17	24	1.87
2157015--2157047	13	2.5	13	100	0	66	21	30	9	39	1.84
2162575--2162708	60	2.2	60	78	5	155	39	5	21	32	1.78
2162870--2162903	16	2.2	15	89	5	50	17	5	17	58	1.57
2162875--2162957	31	2.7	32	85	7	100	16	14	18	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2165400--2165572	59	3.0	58	85	5	231	32	12	20	34	1.89
2165946--2166267	68	4.8	68	90	0	520	33	14	22	29	1.93
2166104--2166206	32	3.1	32	65	22	77	33	14	21	30	1.93
2165946--2166264	135	2.4	136	95	0	559	33	14	22	30	1.93
2166277--2166513	81	3.0	80	83	3	262	38	12	21	28	1.89
2171028--2171083	20	2.8	20	81	2	60	26	14	32	26	1.95
2172477--2172626	69	2.2	69	83	3	178	52	21	6	20	1.69
2175329--2175555	118	1.9	117	84	2	303	53	4	11	29	1.57
2175522--2175606	29	2.9	29	89	0	125	57	1	7	34	1.33
2178911--2178961	22	2.3	22	86	3	66	39	17	19	23	1.92
2181505--2181714	44	4.9	41	72	12	118	26	13	3	56	1.54
2181533--2181750	44	5.0	44	73	6	142	26	16	4	52	1.63
2181567--2181750	87	2.1	87	82	6	212	25	18	4	51	1.66
2181602--2181750	44	3.4	43	75	8	149	24	20	4	50	1.66
2182895--2183095	104	1.9	104	100	0	402	38	12	17	30	1.88
2185649--2185885	118	2.0	118	100	0	474	40	15	16	27	1.88
2187475--2187510	17	2.1	17	94	0	63	41	27	11	19	1.85
2189774--2190112	170	2.0	169	99	0	669	35	17	17	29	1.92
2198113--2198145	17	1.9	17	93	0	57	45	6	9	39	1.61
2202615--2202646	16	2.0	16	93	0	55	65	25	0	9	1.22
2202950--2202980	8	3.9	8	95	0	53	9	3	0	87	0.66
2204272--2204321	17	2.9	17	87	0	73	42	6	14	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2224598--2224635	19	1.9	20	84	10	51	39	0	7	52	1.31
2225052--2225107	24	2.3	24	84	6	69	8	16	28	46	1.77
2225062--2225110	14	3.8	14	79	20	70	8	14	26	51	1.70
2225063--2225124	24	2.6	24	92	0	97	9	14	22	53	1.70
2225636--2225760	11	10.6	11	72	13	88	32	18	24	25	1.97
2225636--2225692	23	2.5	23	91	0	87	33	19	22	24	1.97
2225693--2225761	23	3.0	23	93	0	111	30	18	24	26	1.98
2225774--2226164	199	2.0	199	97	0	737	22	18	20	38	1.94
2225809--2226127	101	3.2	101	65	16	273	22	16	21	38	1.92
2226190--2226248	16	3.7	16	90	0	91	10	11	18	59	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16