genome.fa.s7744.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007744.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110007_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4276731

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2515652--2515722	35	2.0	35	86	0	97	23	19	2	53	1.58
2520540--2520593	22	2.5	22	96	0	99	40	12	31	14	1.84
2523337--2523375	20	2.0	20	94	0	69	30	12	10	46	1.75
2526359--2526426	26	2.4	29	78	9	79	61	11	13	13	1.56
2526419--2526448	15	2.1	15	93	6	53	76	3	20	0	0.92
2527661--2527703	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
2533138--2533168	16	1.9	16	93	0	53	35	0	3	61	1.12
2535153--2535228	34	2.3	33	84	4	91	30	0	5	64	1.15
2535175--2535256	30	2.6	31	76	9	85	39	0	2	58	1.11
2535184--2535269	15	5.4	15	69	17	50	39	0	2	58	1.11
2536963--2537010	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
2537014--2537106	21	4.5	21	88	8	111	18	33	26	21	1.96
2537041--2537097	20	2.8	20	94	2	96	19	35	22	22	1.96
2537636--2537708	32	2.2	34	80	9	89	57	2	2	36	1.27
2538088--2538434	124	2.8	124	96	2	637	31	19	26	22	1.97
2539447--2539836	195	2.0	194	99	0	771	31	19	22	27	1.98
2541700--2541737	13	3.0	13	88	3	60	44	0	0	55	0.99
2542918--2543002	31	2.7	31	87	7	111	32	2	2	62	1.21
2549863--2549909	23	2.0	23	83	8	58	36	12	0	51	1.40
2551172--2551299	31	4.1	31	74	7	116	32	20	17	28	1.96
2552415--2552457	21	2.0	21	86	8	61	34	18	23	23	1.96
2552563--2552660	46	2.1	47	98	1	189	31	29	0	38	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2557417--2557447	16	1.9	16	93	0	53	41	16	16	25	1.88
2558501--2558535	18	1.9	18	94	0	61	25	11	28	34	1.91
2567178--2567448	45	6.0	45	84	0	344	25	20	12	41	1.87
2567195--2567448	135	1.9	135	90	0	409	25	20	11	42	1.86
2567896--2567949	22	2.6	20	75	11	54	27	27	11	33	1.91
2570889--2571170	2	151.0	2	67	16	124	40	0	58	1	1.07
2570908--2571168	28	9.0	29	70	20	140	39	0	59	1	1.05
2571069--2571154	9	9.0	9	69	20	50	36	0	63	0	0.94
2584657--2584955	149	2.0	149	98	1	582	26	14	23	35	1.93
2586651--2586684	17	2.0	17	94	0	59	29	20	17	32	1.96
2589430--2589764	82	4.1	82	79	5	369	27	16	19	36	1.93
2589435--2589721	159	1.8	159	87	1	432	28	16	17	37	1.92
2591029--2591116	7	11.9	7	72	23	65	2	18	0	79	0.83
2591020--2591106	15	5.3	15	75	17	59	3	18	0	78	0.89
2592379--2592408	3	10.0	3	92	0	51	3	30	0	66	1.07
2596300--2596337	19	2.0	19	89	0	58	23	7	39	28	1.83
2598792--2598910	8	15.1	8	81	3	62	8	31	10	50	1.66
2598814--2599009	4	49.8	4	81	3	164	7	27	16	48	1.73
2598794--2599011	12	18.4	12	75	6	142	9	27	14	48	1.74
2600284--2600402	59	2.0	59	100	0	238	28	20	18	32	1.96
2601114--2601146	10	3.4	10	91	4	50	72	0	0	27	0.85
2603621--2603721	51	2.0	51	100	0	202	45	6	13	33	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2611138--2611177	20	2.0	21	85	14	57	27	17	7	47	1.74
2611879--2611920	19	2.2	19	86	0	57	42	11	7	38	1.69
2613143--2613180	19	2.0	19	90	10	60	28	7	10	52	1.64
2613373--2613435	27	2.3	27	78	10	65	53	1	3	41	1.26
2615978--2616100	59	2.1	58	79	10	133	42	9	7	40	1.66
2617485--2617867	138	2.8	137	80	6	366	42	12	14	31	1.82
2619596--2620009	54	7.7	54	83	2	501	35	17	14	33	1.90
2623223--2623258	19	1.9	18	88	5	54	2	8	5	83	0.89
2626657--2626685	14	2.0	15	93	6	51	55	0	13	31	1.39
2629700--2629796	44	2.2	43	85	1	122	31	16	18	32	1.93
2630086--2630124	19	2.1	19	85	4	53	51	2	10	35	1.50
2632546--2632619	20	3.6	19	76	16	69	32	13	24	29	1.93
2638329--2638427	44	2.2	44	85	0	144	32	19	17	31	1.94
2638348--2638426	24	3.5	24	71	13	76	34	16	16	32	1.91
2638721--2638760	19	2.1	19	90	0	62	52	7	5	35	1.51
2640662--2640715	27	2.0	27	100	0	108	44	18	22	14	1.86
2642789--2642830	15	2.9	15	82	3	50	28	23	21	26	1.99
2644646--2644712	24	2.8	24	84	8	91	22	14	16	46	1.84
2644646--2644729	24	3.5	24	79	9	64	21	14	16	47	1.82
2647910--2647956	21	2.2	21	85	7	60	36	0	10	53	1.36
2653654--2653842	66	2.8	69	83	5	224	26	24	18	30	1.98
2653721--2653951	109	2.2	105	82	4	284	26	22	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2653836--2654100	70	3.8	70	84	5	304	25	24	16	33	1.96
2653836--2654100	139	1.9	139	82	3	327	25	24	16	33	1.96
2653826--2654120	139	2.1	139	79	3	324	24	25	17	32	1.97
2655866--2656092	25	8.9	26	66	13	139	45	20	7	26	1.78
2655866--2656266	203	2.0	203	85	2	536	44	22	7	25	1.79
2655866--2656266	51	7.9	51	89	2	495	44	22	7	25	1.79
2657827--2657878	3	17.0	3	81	18	63	32	1	0	65	1.04
2657827--2657878	15	3.4	15	84	10	70	32	1	0	65	1.04
2657827--2657890	31	2.1	31	82	11	78	35	1	0	62	1.05
2659503--2659539	19	2.0	18	89	5	56	18	2	21	56	1.54
2661094--2661135	17	2.5	17	85	11	59	40	7	30	21	1.80
2670837--2670951	16	7.1	15	75	15	88	4	17	2	75	1.08
2670835--2670900	17	3.5	18	76	15	62	6	16	3	74	1.15
2670847--2670924	28	2.8	25	76	16	66	6	15	2	75	1.11
2670838--2670951	31	3.5	30	76	14	93	4	17	2	75	1.08
2672036--2672066	6	5.2	6	100	0	62	32	35	16	16	1.91
2683089--2683123	16	2.2	16	89	0	52	54	8	8	28	1.60
2687065--2687555	81	6.1	81	80	4	456	38	10	20	30	1.86
2687065--2687555	161	3.0	157	80	5	502	38	10	20	30	1.86
2700702--2700882	95	1.9	94	85	5	249	39	11	23	25	1.87
2701286--2701857	81	7.1	81	87	2	792	35	11	20	32	1.88
2706275--2706386	27	4.2	26	80	6	116	33	12	8	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2706284--2706386	54	1.9	54	84	7	138	33	12	8	44	1.73
2709544--2709605	24	2.7	24	78	9	58	53	0	0	46	1.00
2710330--2710368	3	13.0	3	94	0	69	35	0	0	64	0.94
2718118--2718238	7	17.4	7	83	10	76	85	0	8	5	0.79
2718125--2718336	36	5.3	38	76	16	155	80	0	14	4	0.89
2718140--2718316	18	8.8	19	77	14	135	84	0	12	2	0.74
2718174--2718319	11	13.3	11	77	12	131	84	0	14	0	0.65
2718175--2718260	1	86.0	1	90	0	118	93	0	6	0	0.37
2718146--2718260	35	3.3	33	84	11	142	88	0	8	2	0.60
2718174--2718318	17	8.0	18	75	16	77	84	0	14	0	0.65
2718657--2718694	19	2.0	19	100	0	76	26	31	0	42	1.56
2720150--2720914	134	5.7	134	83	4	873	29	23	17	29	1.97
2720219--2720962	402	1.9	402	83	3	969	30	24	16	28	1.96
2721101--2721142	3	14.3	3	80	14	52	26	2	0	71	0.98
2730295--2730327	15	2.2	15	89	10	50	15	0	18	66	1.25
2734270--2734310	17	2.4	17	91	0	64	34	0	2	63	1.08
2738653--2738716	2	32.0	2	93	0	110	53	0	0	46	1.00
2739235--2739271	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
2742010--2742081	24	3.0	24	91	2	119	30	12	26	30	1.93
2747351--2747397	20	2.3	20	88	0	67	46	10	19	23	1.80
2747736--2747895	64	2.5	64	81	2	169	31	23	14	30	1.94
2755086--2755132	20	2.3	20	88	0	67	46	10	19	23	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2761180--2761220	16	2.7	16	88	7	59	60	19	7	12	1.54
2761283--2761349	10	6.4	10	76	10	71	58	20	11	8	1.60
2761283--2761357	23	3.4	23	75	12	68	58	22	10	8	1.57
2761612--2761671	14	4.1	14	91	4	93	53	15	16	15	1.74
2764342--2764383	21	2.0	22	90	4	68	23	30	23	21	1.99
2767439--2767590	45	3.3	46	72	18	118	28	15	17	38	1.90
2769191--2769229	18	2.1	19	90	4	62	2	20	2	74	1.06
2773849--2773879	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2775299--2775351	22	2.4	22	100	0	106	41	20	7	30	1.80
2778426--2778463	2	19.5	2	89	5	60	47	2	0	50	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16