genome.fa.s7782.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007782.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110065_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3900615

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2249358--2249403	23	1.9	24	82	8	58	30	6	8	54	1.56
2251506--2251620	60	1.9	60	85	7	162	58	7	11	22	1.58
2251502--2251634	60	2.2	60	76	5	146	60	6	10	21	1.52
2258860--2258892	9	3.8	9	88	8	50	21	0	0	78	0.75
2258859--2258892	17	2.0	17	88	0	50	23	0	0	76	0.79
2258859--2258894	13	2.8	12	91	8	54	22	0	0	77	0.76
2262948--2263039	34	2.7	34	84	0	112	42	22	11	22	1.86
2265221--2265256	18	2.0	18	94	0	63	30	16	0	52	1.44
2265742--2265882	37	3.8	37	78	0	147	24	16	13	45	1.83
2265743--2265882	74	1.9	74	84	0	190	25	16	13	45	1.84
2265889--2266250	45	8.0	45	80	2	325	22	18	16	42	1.89
2265889--2266250	135	2.7	135	81	0	366	22	18	16	42	1.89
2265889--2266294	45	8.9	45	79	2	276	22	18	16	42	1.89
2269293--2269352	31	1.9	31	93	0	102	40	6	10	43	1.64
2269822--2269865	15	2.7	15	80	19	52	54	0	2	43	1.12
2269860--2270027	24	6.4	28	80	13	198	53	2	0	44	1.13
2269860--2270027	52	3.2	52	95	0	309	53	2	0	44	1.13
2273431--2273486	24	2.3	24	84	0	67	53	14	19	12	1.72
2275516--2275544	15	1.9	15	100	0	58	13	20	48	17	1.81
2277661--2277717	20	2.7	21	75	8	62	26	24	15	33	1.95
2277706--2277797	20	4.6	20	91	2	141	38	17	19	25	1.93
2277703--2277852	20	7.5	20	90	2	117	31	22	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2277766--2277853	20	4.4	20	92	0	122	23	27	22	26	2.00
2278667--2278713	24	2.0	24	95	0	85	27	21	17	34	1.95
2280987--2281021	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
2281081--2281348	140	1.9	138	96	1	491	28	13	15	42	1.84
2281321--2281686	20	19.6	20	73	14	284	33	22	19	24	1.97
2281329--2281484	54	2.9	53	87	3	224	35	25	15	23	1.94
2281401--2281467	34	2.0	34	84	0	89	40	26	13	19	1.89
2281381--2281615	94	2.5	93	86	4	319	33	23	18	24	1.97
2281321--2281597	74	3.8	74	74	7	242	34	23	18	24	1.96
2281435--2281686	114	2.2	114	89	0	380	31	22	20	25	1.98
2281680--2281718	20	2.0	20	89	0	60	7	15	20	56	1.63
2281857--2281893	14	2.6	15	83	12	51	43	13	0	43	1.44
2283303--2283368	21	3.1	21	75	0	69	24	21	34	19	1.96
2283854--2283919	20	3.4	19	85	8	80	39	25	18	16	1.91
2283865--2283920	20	2.8	20	91	0	85	39	23	19	17	1.92
2283963--2284050	20	4.4	20	97	0	158	17	20	26	36	1.94
2283945--2284050	40	2.8	37	87	8	110	16	20	24	38	1.92
2284193--2284242	18	2.8	18	96	0	91	44	6	18	32	1.74
2285962--2286029	20	3.5	20	87	2	102	50	22	16	11	1.77
2286633--2286807	20	8.6	20	81	5	181	27	20	25	27	1.99
2287602--2287663	12	5.0	12	70	14	54	45	9	1	43	1.46
2287535--2287689	34	4.4	35	91	6	210	45	9	2	43	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2292593--2292632	15	2.9	15	85	10	50	52	7	0	40	1.30
2294393--2294430	18	2.1	18	95	0	67	34	36	7	21	1.82
2300845--2300882	18	2.1	18	90	0	58	31	36	10	21	1.87
2303927--2303979	21	2.4	22	84	6	63	54	0	3	41	1.18
2304240--2304318	40	1.9	41	89	7	124	37	8	13	39	1.77
2307584--2307654	30	2.4	30	88	2	108	38	9	8	43	1.68
2307575--2307654	29	2.7	29	84	5	108	38	8	8	43	1.67
2308185--2308218	16	2.0	17	88	11	52	58	5	0	35	1.22
2308734--2308769	18	2.1	18	94	5	65	38	0	0	61	0.96
2309054--2309078	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2309177--2309224	3	16.3	3	86	4	71	37	0	0	62	0.95
2309176--2309224	20	2.4	20	93	3	80	38	0	0	61	0.96
2309804--2309867	33	1.9	33	90	6	103	31	7	28	32	1.85
2313849--2313939	27	3.2	27	71	19	85	41	4	7	46	1.52
2313837--2313923	27	2.9	32	72	21	96	37	3	8	50	1.49
2323186--2323285	50	2.0	50	100	0	200	34	14	20	32	1.92
2331938--2331972	17	2.0	18	88	5	54	31	8	11	48	1.69
2334935--2335236	83	3.7	83	82	3	322	32	16	19	31	1.94
2334935--2335147	82	2.6	82	87	2	284	32	16	20	30	1.95
2335364--2335454	41	2.2	41	82	0	110	31	21	18	27	1.97
2339620--2339662	19	2.1	21	83	8	54	44	11	16	27	1.82
2339933--2339983	27	1.9	26	84	4	66	33	25	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2346351--2346393	21	2.0	21	86	0	59	37	23	13	25	1.92
2368757--2368826	32	2.2	32	97	2	133	21	15	14	48	1.80
2372606--2372632	11	2.5	11	100	0	54	55	7	0	37	1.28
2372916--2372979	21	2.7	24	83	13	71	64	0	10	25	1.26
2372932--2372982	22	2.4	20	84	12	66	70	0	7	21	1.12
2375003--2375044	22	2.0	22	90	4	68	50	11	4	33	1.60
2387043--2387105	31	2.0	31	87	0	90	23	22	12	41	1.88
2392047--2392076	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
2399297--2399663	40	9.2	40	66	15	136	25	22	14	36	1.93
2399275--2399676	80	5.1	79	84	5	506	25	22	15	36	1.93
2399289--2399676	158	2.4	159	85	3	514	25	22	14	36	1.93
2400667--2400706	12	3.6	12	83	16	59	42	0	0	57	0.98
2400693--2401097	22	18.6	22	87	5	581	39	0	11	48	1.43
2400898--2400957	17	3.2	17	75	20	66	43	1	13	41	1.54
2403250--2403542	100	2.9	101	93	1	507	39	18	6	35	1.77
2403551--2403589	8	4.8	8	84	6	51	38	0	61	0	0.96
2403885--2404088	101	2.0	101	91	0	327	38	18	5	37	1.73
2413944--2413968	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2416065--2416257	98	2.0	94	93	7	325	41	19	14	23	1.88
2418565--2418614	25	2.0	25	100	0	100	16	12	40	32	1.84
2418960--2419024	3	22.0	3	84	3	78	58	0	1	40	1.07
2418960--2419028	18	4.0	17	83	9	86	59	0	1	39	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2419257--2420153	121	7.6	120	79	10	937	26	20	14	37	1.92
2419591--2420171	113	4.9	119	80	12	657	27	20	14	37	1.92
2419373--2420147	234	3.3	236	96	2	1413	26	21	14	37	1.92
2419490--2420183	346	2.0	338	84	10	895	27	20	14	36	1.92
2420481--2420680	95	2.1	95	97	0	373	31	15	15	38	1.88
2421021--2421303	83	3.3	82	89	6	388	38	23	12	25	1.90
2422313--2422367	16	3.2	17	85	12	69	52	5	7	34	1.52
2422684--2422725	1	42.0	1	85	0	57	0	7	0	92	0.37
2422687--2422730	7	6.1	7	91	2	61	0	11	0	88	0.51
2422684--2422725	21	2.0	21	95	0	75	0	7	0	92	0.37
2429975--2430006	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
2434297--2434385	44	2.0	44	100	0	178	55	8	4	31	1.51
2435382--2435441	3	20.0	3	89	0	84	60	0	1	38	1.07
2435373--2435434	15	4.3	15	75	21	53	56	0	1	41	1.09
2436740--2437186	229	2.0	224	93	3	770	45	8	7	39	1.61
2438082--2438131	24	2.1	24	84	0	64	46	20	10	24	1.81
2438092--2438216	24	5.2	24	82	10	139	40	19	14	25	1.89
2443181--2443210	12	2.5	12	94	0	51	40	6	16	36	1.75
2449011--2449044	10	3.4	10	87	0	50	20	41	35	2	1.68
2453260--2453304	20	2.3	20	80	3	56	46	4	2	46	1.35
2453305--2453356	27	2.0	27	81	11	63	50	0	9	40	1.35
2466709--2466795	31	2.8	31	81	6	88	40	1	3	55	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2469211--2469277	31	2.2	31	86	0	98	22	25	13	38	1.90
2469876--2469907	15	2.1	15	100	0	64	21	21	25	31	1.98
2470010--2470054	16	2.8	16	86	0	72	33	17	11	37	1.85
2471810--2471876	31	2.2	31	91	0	107	25	28	10	35	1.89
2477471--2477509	20	2.0	20	94	0	69	41	10	20	28	1.85
2477589--2477668	25	3.2	25	71	7	72	41	16	23	18	1.90
2480223--2480288	28	2.4	25	79	16	69	28	15	22	33	1.94
2480293--2481272	244	4.0	244	98	0	1890	32	12	18	37	1.88
2486949--2487002	23	2.2	25	90	6	85	59	12	16	11	1.61
2495909--2495952	21	2.1	21	83	8	54	22	2	4	70	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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