genome.fa.s7782.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007782.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110065_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3900615

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2506311--2506352	20	2.1	20	100	0	84	40	9	21	28	1.84
2508712--2508802	18	5.2	18	71	16	75	17	43	21	16	1.87
2508716--2508796	31	2.6	31	88	0	126	17	43	23	16	1.88
2513904--2513951	13	3.7	13	85	0	69	18	47	14	18	1.82
2513885--2513925	18	2.3	18	100	0	82	17	51	17	14	1.77
2513953--2513993	15	2.9	15	89	7	59	17	34	21	26	1.95
2518963--2519012	25	2.0	25	100	0	100	44	4	16	36	1.66
2519637--2519674	14	2.7	14	100	0	76	44	0	0	55	0.99
2521508--2521583	20	3.8	20	75	3	55	22	17	26	34	1.96
2525212--2525491	41	6.8	41	75	4	249	31	17	15	36	1.91
2525249--2525483	124	1.9	124	84	3	321	31	17	14	36	1.90
2528519--2528612	43	2.2	42	84	5	118	28	19	15	36	1.93
2528553--2528747	43	4.6	43	78	3	178	28	22	17	32	1.96
2528584--2528779	86	2.3	87	87	3	270	27	21	19	32	1.97
2528593--2528779	43	4.3	43	77	2	178	27	22	19	31	1.98
2531005--2531060	20	2.8	21	78	8	71	28	17	28	25	1.98
2538225--2538274	23	2.1	24	85	3	66	60	10	14	16	1.59
2553886--2553911	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2559674--2559733	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
2566036--2566097	22	2.9	21	83	9	81	29	22	24	24	1.99
2568218--2568280	30	2.1	30	97	2	119	58	1	6	33	1.33
2580644--2580710	17	3.9	17	80	3	71	41	8	13	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2583945--2583987	17	2.5	17	100	0	86	39	6	20	32	1.80
2585334--2585376	13	3.2	13	87	6	59	39	0	37	23	1.55
2589900--2589925	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2590449--2590501	25	2.1	25	100	0	106	50	11	0	37	1.38
2598526--2598632	22	4.8	23	82	7	132	28	26	16	28	1.97
2598526--2598649	45	2.9	44	84	8	168	29	25	16	28	1.97
2598615--2598668	18	3.2	18	69	15	51	27	25	20	25	1.99
2599820--2599862	23	1.9	22	90	4	68	13	11	4	69	1.33
2606369--2606410	22	1.9	22	90	9	68	14	11	4	69	1.34
2607714--2607759	11	4.2	11	78	15	51	73	4	10	10	1.22
2607714--2607759	22	2.1	21	88	11	67	73	4	10	10	1.22
2621301--2621342	14	2.9	15	80	13	52	47	2	2	47	1.28
2624253--2624328	32	2.4	32	77	4	82	47	6	2	43	1.43
2624382--2624420	15	2.7	14	80	7	51	46	2	2	48	1.29
2626301--2626386	23	3.8	22	84	6	118	31	23	17	27	1.97
2626296--2626383	46	1.9	45	88	2	131	34	22	15	27	1.95
2626468--2626533	35	1.9	34	87	6	98	27	30	18	24	1.98
2626904--2626968	34	1.9	34	84	6	87	33	13	24	27	1.93
2629031--2629088	18	3.1	18	85	11	80	27	12	13	46	1.79
2629298--2629387	23	4.0	23	87	5	114	31	23	17	27	1.97
2629309--2629387	23	3.6	23	91	5	119	30	24	16	29	1.96
2631199--2631234	3	12.3	3	91	5	56	66	2	0	30	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2634295--2634377	29	2.9	29	80	7	91	22	1	24	51	1.55
2634289--2634357	36	1.9	36	90	0	111	24	0	24	50	1.49
2645893--2645939	20	2.4	19	82	10	67	55	10	14	19	1.68
2645705--2646014	159	1.9	158	85	5	428	41	14	17	26	1.88
2646078--2646120	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
2648329--2648393	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
2648427--2648492	33	2.0	33	88	5	98	28	0	46	24	1.52
2649093--2649204	6	18.7	6	80	0	89	37	8	33	20	1.82
2649093--2649204	12	9.3	12	87	0	134	37	8	33	20	1.82
2650412--2651168	183	4.2	183	95	0	1351	35	15	16	33	1.90
2653549--2653613	25	2.6	25	97	0	121	40	9	13	36	1.77
2653945--2654017	23	3.2	23	94	0	119	34	4	21	39	1.73
2654367--2654439	23	3.2	23	90	0	110	35	5	20	38	1.76
2661781--2661946	85	2.0	85	86	2	235	56	11	1	30	1.45
2668019--2668059	17	2.4	17	100	0	82	21	21	4	51	1.67
2670068--2670097	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
2671920--2671975	30	1.9	29	82	7	69	19	16	12	51	1.75
2672879--2672917	20	2.1	19	86	13	55	23	15	2	58	1.49
2676591--2676631	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2676873--2676924	21	2.2	24	80	16	65	76	0	13	9	1.01
2676884--2676933	21	2.5	20	81	12	57	78	0	8	14	0.97
2678670--2678777	42	2.6	41	82	4	128	25	21	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2679192--2679305	42	2.7	42	82	6	144	25	21	23	28	1.99
2678806--2679280	247	1.9	247	85	5	656	28	14	20	36	1.91
2680891--2681414	261	2.0	263	97	0	998	24	10	12	52	1.71
2681446--2681475	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
2687052--2687106	28	2.0	28	100	0	110	47	12	18	21	1.82
2689213--2689293	2	40.5	2	100	0	162	50	0	0	49	1.00
2689355--2689429	35	2.1	35	90	0	114	34	29	26	9	1.88
2689505--2689595	24	3.8	24	85	2	121	37	19	17	25	1.94
2689505--2689595	47	1.9	48	88	2	139	37	19	17	25	1.94
2692075--2692108	15	2.1	16	89	10	52	23	26	35	14	1.94
2692098--2692173	13	5.5	13	73	14	71	17	21	43	18	1.88
2692106--2692177	31	2.3	31	87	0	99	15	19	45	19	1.85
2697870--2697910	13	3.1	13	96	3	73	48	0	0	51	1.00
2697870--2697909	19	2.1	19	86	13	55	47	0	0	52	1.00
2697870--2697909	6	6.1	7	86	13	59	47	0	0	52	1.00
2698144--2698182	15	2.4	17	83	16	64	35	5	0	58	1.20
2698150--2698183	15	2.3	15	100	0	68	32	5	0	61	1.20
2708417--2708491	28	2.7	28	100	0	150	30	4	13	52	1.59
2721444--2721602	65	2.5	63	83	10	189	31	23	17	27	1.97
2730075--2730104	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2730261--2730379	39	3.1	38	73	17	111	49	0	10	38	1.44
2730379--2730423	23	1.9	24	86	4	65	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2730968--2731007	17	2.4	17	87	4	55	45	0	0	55	0.99
2736506--2736706	97	2.1	96	95	0	357	26	12	18	41	1.87
2736806--2736877	32	2.3	32	83	7	85	22	26	26	25	2.00
2744131--2744179	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
2744310--2744342	16	2.1	16	94	0	57	66	0	0	33	0.92
2744302--2744453	62	2.4	62	77	14	143	65	3	5	26	1.30
2745968--2746971	94	10.4	94	95	1	1575	23	18	25	33	1.97
2746660--2746977	105	3.0	105	91	2	505	23	18	24	33	1.97
2747706--2747749	22	2.1	21	83	8	54	0	20	2	77	0.88
2758333--2758376	2	22.5	2	95	4	81	52	0	0	47	1.00
2758507--2758540	15	2.2	15	89	5	50	61	0	0	38	0.96
2758501--2758541	10	4.1	10	84	15	50	60	0	0	39	0.96
2758515--2758613	47	2.1	47	83	10	123	66	2	7	24	1.27
2758596--2758634	19	2.1	19	90	0	60	74	5	5	15	1.17
2758753--2758786	17	1.9	18	88	5	52	73	2	0	23	0.97
2786992--2787025	14	2.4	14	90	9	52	52	5	0	41	1.25
2794553--2794619	30	2.2	32	76	15	79	44	7	10	37	1.67
2794565--2794622	30	2.0	30	90	6	93	46	8	13	31	1.74
2796686--2796729	20	2.2	21	92	8	74	65	4	13	15	1.41
2797728--2797789	28	2.1	30	91	5	101	25	19	8	46	1.77
2797762--2798076	81	3.9	81	83	1	373	29	19	13	37	1.90
2797762--2798069	161	1.9	162	83	2	404	29	19	12	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2798027--2798227	68	3.0	68	84	1	206	31	22	15	29	1.95
2798067--2798228	68	2.4	68	85	4	227	32	22	16	28	1.96
2798222--2798373	59	2.7	56	86	7	211	32	20	13	34	1.91
2798783--2798855	22	3.5	22	79	15	77	24	28	16	30	1.96
2798725--2798914	95	2.0	96	87	1	274	26	24	16	31	1.97
2803439--2803738	81	3.7	80	86	2	429	28	20	13	37	1.90
2803726--2803876	68	2.2	68	87	0	212	29	20	16	33	1.95
2804510--2804730	95	2.3	95	80	6	216	28	24	13	33	1.93
2804695--2804757	21	3.0	21	95	0	108	26	26	11	34	1.90
2805947--2806036	32	2.8	32	84	5	110	54	3	14	27	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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