genome.fa.s7782.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007782.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110065_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3900615

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1997409--1997506	6	16.3	6	80	0	70	36	7	34	21	1.81
1997424--1997510	3	29.0	3	77	0	84	35	5	34	24	1.79
1997412--1997502	42	2.2	42	91	0	146	35	7	35	21	1.83
1997409--1997506	18	5.4	18	78	0	88	36	7	34	21	1.81
1998998--1999681	184	3.7	184	97	0	1275	35	14	16	33	1.89
2002492--2002543	23	2.3	23	90	6	79	34	1	19	44	1.62
2006417--2007098	54	12.7	54	86	4	866	25	19	20	34	1.96
2006417--2007670	162	7.9	161	80	7	1377	27	19	19	34	1.95
2007159--2007670	54	9.5	54	85	0	628	28	18	18	34	1.95
2012966--2013660	54	12.9	54	85	1	860	25	18	20	35	1.95
2014011--2014065	22	2.5	22	96	0	101	23	12	21	41	1.88
2015286--2015702	208	2.0	209	99	0	827	25	23	12	38	1.90
2018161--2018225	33	2.0	33	96	0	121	29	20	7	43	1.79
2019142--2019886	54	13.7	54	86	4	984	25	19	21	33	1.97
2021452--2021476	13	1.9	13	100	0	50	48	28	0	24	1.52
2022828--2022914	30	2.8	31	84	6	113	29	16	3	50	1.61
2022828--2022949	62	1.9	67	83	11	166	29	15	3	51	1.59
2022828--2022951	34	3.8	32	84	5	135	29	15	4	51	1.61
2023110--2023178	31	2.2	32	84	5	88	21	14	4	59	1.53
2023125--2023210	30	2.8	30	77	11	86	22	18	4	54	1.61
2026437--2026490	27	2.0	27	92	0	90	42	7	12	37	1.72
2029333--2029359	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2032316--2032397	43	1.9	43	84	0	110	26	21	17	34	1.95
2036331--2036372	21	2.0	21	90	0	66	38	2	19	40	1.64
2039953--2040041	3	29.7	3	79	4	99	33	4	1	60	1.24
2046955--2047307	175	2.0	174	99	0	697	37	17	9	34	1.83
2056974--2057051	32	2.5	32	80	2	86	43	15	15	25	1.86
2063124--2063155	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2063370--2063402	17	1.9	17	88	11	50	54	0	24	21	1.45
2063984--2064012	14	2.1	14	93	6	51	55	0	13	31	1.39
2067251--2067284	18	1.9	18	94	5	61	50	0	26	23	1.50
2068165--2068192	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2068986--2069014	14	2.1	14	93	6	51	55	0	13	31	1.39
2072378--2072457	24	3.6	23	73	16	78	48	0	1	50	1.08
2072421--2072465	21	2.1	22	88	12	67	53	0	2	44	1.13
2074234--2074279	25	1.9	23	91	8	74	41	0	0	58	0.98
2074234--2074279	23	1.9	25	86	8	69	41	0	0	58	0.98
2078119--2078214	21	4.6	21	97	0	174	22	19	28	29	1.98
2079507--2079558	26	2.0	26	100	0	104	30	23	0	46	1.53
2088373--2088410	18	2.2	18	86	13	53	73	5	21	0	1.02
2097062--2097167	13	6.9	15	69	20	58	47	5	4	42	1.48
2097060--2097098	18	2.2	17	86	4	51	48	5	2	43	1.38
2097123--2097167	13	3.3	13	87	6	63	48	6	4	40	1.49
2097108--2097167	28	2.1	28	81	6	68	48	6	5	40	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2097193--2097230	17	2.2	17	86	13	51	42	0	2	55	1.14
2097342--2097384	20	2.2	20	87	4	61	41	0	37	20	1.53
2097575--2098102	40	12.8	42	76	6	366	30	20	17	31	1.96
2097617--2097996	123	3.1	123	82	3	464	28	21	17	31	1.96
2097595--2098015	163	2.6	162	78	4	373	30	21	17	30	1.96
2097575--2098014	123	3.6	122	79	6	433	29	21	17	31	1.96
2097575--2098079	123	4.1	122	78	6	430	29	20	17	31	1.96
2101104--2101430	43	7.6	43	89	0	474	40	19	18	21	1.91
2101668--2101843	2	91.0	2	70	14	120	44	1	5	47	1.36
2102054--2102154	21	5.0	19	81	12	105	48	8	2	39	1.50
2102082--2102154	11	7.2	11	69	27	54	50	9	1	38	1.44
2102075--2102154	19	4.1	19	85	9	106	50	8	2	38	1.47
2102554--2102706	65	2.4	64	84	7	193	30	22	17	29	1.97
2104009--2104039	15	2.1	15	93	0	53	35	25	0	38	1.56
2105244--2105290	11	4.3	11	91	0	76	38	23	19	19	1.93
2105244--2105290	22	2.1	22	96	0	85	38	23	19	19	1.93
2107319--2107353	17	2.1	17	100	0	70	34	5	37	22	1.78
2107630--2107664	17	2.1	17	100	0	70	34	5	37	22	1.78
2109343--2109383	21	1.9	21	85	5	55	60	21	9	7	1.52
2110562--2110607	24	1.9	24	86	8	67	30	0	4	65	1.12
2110585--2110622	17	2.3	17	90	4	60	36	0	5	57	1.21
2111554--2111679	45	2.8	45	95	0	216	27	27	23	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2111694--2111824	51	2.6	51	92	0	217	22	35	27	14	1.93
2111800--2111850	26	2.0	26	92	0	84	7	37	41	13	1.74
2112391--2112443	24	2.2	24	96	0	97	43	11	5	39	1.64
2112498--2112530	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2113267--2113664	199	2.0	199	100	0	796	34	15	23	27	1.95
2129980--2130028	14	3.4	14	80	5	53	71	0	18	10	1.13
2131030--2131565	55	9.9	54	86	4	713	28	15	28	28	1.96
2131029--2131565	164	3.3	164	89	2	769	28	15	28	28	1.96
2131037--2131565	108	4.9	110	91	1	764	28	14	28	28	1.96
2143027--2143073	8	5.9	8	85	7	51	27	0	29	42	1.56
2143032--2143080	23	2.2	22	85	3	62	26	0	28	44	1.54
2145181--2145354	89	2.0	88	95	2	312	37	11	6	44	1.66
2146253--2146289	2	18.5	2	100	0	74	51	48	0	0	1.00
2146289--2146337	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
2151326--2151355	2	14.5	2	93	6	51	50	3	0	46	1.18
2160236--2160268	17	2.0	17	94	5	59	36	6	27	30	1.81
2168872--2168924	25	2.1	25	92	0	88	45	20	9	24	1.81
2169012--2169329	159	2.0	159	99	0	627	32	22	14	30	1.94
2182383--2182413	16	2.0	16	93	6	55	25	0	12	61	1.32
2183976--2184023	23	2.1	23	84	0	60	43	10	18	27	1.82
2185656--2186025	202	1.8	201	82	1	472	25	18	20	35	1.95
2189145--2189198	28	1.9	28	92	0	90	20	48	20	11	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2189191--2189220	7	4.3	7	91	0	51	13	30	26	30	1.94
2190142--2190542	117	3.4	117	93	2	671	17	14	33	34	1.90
2203114--2203154	18	2.3	18	80	16	50	58	0	2	39	1.11
2203122--2203155	17	1.9	18	88	5	52	52	0	2	44	1.16
2209954--2210008	23	2.4	23	87	3	76	30	18	23	27	1.97
2211774--2211819	23	2.0	24	87	8	69	21	21	23	32	1.98
2213684--2213720	3	12.3	3	94	0	65	0	29	0	70	0.88
2214805--2215002	81	2.5	81	89	4	303	36	13	18	31	1.89
2214946--2215059	54	2.1	54	90	1	176	36	12	19	31	1.89
2215098--2215775	46	14.7	46	83	1	775	44	11	20	23	1.84
2219468--2219662	81	2.4	81	90	0	309	35	13	17	32	1.89
2220728--2220786	21	2.7	23	76	15	61	32	27	16	23	1.96
2227260--2227300	12	3.4	12	89	0	55	26	56	0	17	1.41
2227270--2227306	12	3.1	12	92	0	56	29	54	0	16	1.43
2228742--2228808	33	2.0	34	91	2	109	37	4	23	34	1.75
2229191--2229250	21	2.7	23	79	12	79	33	30	16	20	1.94
2231610--2231877	20	11.7	20	68	24	131	20	24	11	42	1.85
2231606--2232005	47	8.4	47	88	4	586	21	22	12	44	1.85
2231723--2232079	27	14.5	27	71	19	307	21	20	12	45	1.84
2231770--2232079	74	4.2	74	79	14	359	21	19	12	45	1.83
2231992--2232111	47	2.6	47	98	0	231	22	19	12	45	1.83
2232025--2232099	20	3.4	20	67	22	60	22	21	12	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2232476--2232699	95	2.3	95	81	5	238	27	22	14	36	1.93
2232667--2232719	20	2.7	20	82	11	65	24	20	18	35	1.95
2237390--2237420	15	2.0	16	93	6	55	58	12	0	29	1.35
2237626--2237665	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2238162--2238232	20	3.2	20	71	21	61	21	22	14	42	1.88
2238149--2238479	47	7.1	47	87	2	470	21	20	12	45	1.83
2238166--2238479	140	2.2	140	88	3	461	21	20	12	46	1.83
2238149--2238477	93	3.5	93	86	2	464	20	20	12	45	1.83
2241151--2241235	30	2.9	29	77	10	91	44	4	16	34	1.68
2245235--2245278	20	2.2	20	83	0	52	36	22	22	18	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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