genome.fa.s7782.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007782.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110065_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3900615

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817459--817492	17	2.0	17	88	0	50	14	2	29	52	1.56
820099--820152	22	2.4	22	78	3	63	68	0	1	29	1.00
825105--825168	28	2.3	28	86	0	92	32	12	18	35	1.89
826283--826347	2	32.5	2	100	0	130	49	0	0	50	1.00
827676--827713	18	2.1	19	95	5	69	47	0	7	44	1.32
827684--827723	18	2.2	18	86	0	53	60	0	2	37	1.11
828265--828321	19	2.8	20	77	22	66	0	43	5	50	1.24
828265--828317	18	2.7	20	80	16	58	0	43	3	52	1.19
828334--828458	39	3.2	39	96	0	232	2	36	11	50	1.51
828448--828497	21	2.4	21	86	0	73	6	32	14	48	1.67
831243--831272	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
831245--831281	19	1.9	19	88	0	56	72	0	2	24	0.97
831264--831302	20	1.9	21	89	5	62	79	2	7	10	1.02
831585--831712	36	3.5	37	86	7	156	42	10	2	43	1.52
831585--831727	36	3.9	37	83	9	145	43	9	2	44	1.52
832370--832409	20	2.0	20	90	4	64	25	17	37	20	1.94
832480--832515	18	2.1	18	89	5	56	36	0	0	63	0.94
832613--832670	29	2.0	29	100	0	116	24	17	24	34	1.96
835041--835096	21	2.7	21	94	0	94	21	14	21	42	1.88
835195--835348	43	3.6	43	84	4	195	31	22	22	22	1.98
838024--838545	41	12.6	41	73	8	294	32	18	19	29	1.95
838079--838365	84	3.5	83	76	8	221	32	18	20	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
838079--838575	164	3.0	164	79	5	470	32	18	19	28	1.96
838056--838387	125	2.7	121	82	5	371	32	18	20	28	1.96
838269--838607	164	2.1	165	90	1	545	32	17	19	29	1.95
839247--839298	24	2.2	24	89	0	77	57	15	13	13	1.65
839559--839608	19	2.5	20	80	6	57	32	16	12	40	1.84
848965--849008	21	2.1	22	87	8	65	38	0	0	61	0.96
848969--849013	14	3.2	15	75	12	51	37	0	0	62	0.96
860679--861168	245	2.0	245	99	0	971	41	22	13	23	1.89
863877--864061	91	2.0	91	100	0	370	40	11	11	35	1.79
863869--864021	49	3.3	49	62	23	121	37	15	11	35	1.82
863926--864064	43	3.1	43	61	23	97	41	10	12	36	1.76
865061--865115	16	3.4	16	84	0	74	21	25	16	36	1.94
865280--865342	21	3.1	21	68	13	51	50	3	4	41	1.39
865306--865387	30	2.8	29	81	10	87	43	7	2	46	1.44
865312--865424	29	3.9	29	78	15	94	40	7	1	49	1.42
865344--865425	36	2.3	36	93	2	139	37	9	0	52	1.35
865355--865419	22	3.0	22	80	15	64	38	10	0	50	1.37
865386--865476	22	4.2	22	75	9	89	38	10	0	50	1.38
865344--865413	13	5.5	13	72	19	58	37	10	0	52	1.35
865444--865506	2	31.0	2	87	9	92	46	3	0	50	1.17
865839--865965	60	2.0	64	92	7	217	63	7	8	19	1.47
866076--866409	6	56.3	6	93	4	563	48	17	0	33	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866944--867800	2	432.0	2	66	21	224	49	1	6	42	1.40
867037--867905	12	72.3	12	66	24	141	49	1	7	41	1.40
867418--868015	22	27.6	22	70	20	276	52	1	7	38	1.40
867750--868013	103	2.5	103	79	14	233	52	2	8	36	1.45
867934--867974	13	3.5	13	75	25	54	53	0	7	39	1.29
867980--868031	19	2.8	19	88	2	70	57	1	5	34	1.33
868674--868736	24	2.6	24	76	2	63	34	22	22	20	1.96
875046--875184	69	2.0	69	100	0	278	37	26	5	30	1.80
875547--875595	24	2.0	25	92	4	82	28	24	24	22	1.99
876898--877323	2	213.0	2	68	19	205	40	4	2	51	1.37
876927--877064	13	10.7	12	66	28	54	36	7	2	54	1.40
877236--877304	27	2.5	27	81	6	86	37	5	1	55	1.33
881425--881485	20	3.0	20	95	2	104	27	19	18	34	1.95
881849--881909	26	2.3	26	83	10	79	47	4	3	44	1.41
881901--881953	19	2.7	19	82	5	61	49	1	3	45	1.31
881901--881955	21	2.6	21	82	5	67	49	1	3	45	1.30
882035--882288	2	125.0	2	66	17	114	46	5	3	44	1.42
882035--882219	11	17.4	11	67	19	63	44	5	3	46	1.44
881919--882212	20	14.9	19	73	15	158	44	5	4	45	1.46
890956--890995	20	2.0	20	100	0	80	35	10	25	30	1.88
891648--891777	60	2.2	59	76	4	134	29	16	19	35	1.93
895669--895889	110	2.0	111	99	0	435	38	17	14	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895975--896086	46	2.4	46	96	0	206	29	19	11	39	1.87
896946--897068	31	4.0	31	89	2	185	39	21	17	20	1.92
898413--898453	3	13.0	3	90	10	64	63	0	36	0	0.95
898409--898453	16	2.8	16	100	0	90	62	0	37	0	0.96
898413--898453	13	3.2	12	90	10	64	63	0	36	0	0.95
899501--899542	21	2.0	22	85	4	59	57	4	2	35	1.33
903135--903275	70	2.0	70	100	0	282	25	17	21	36	1.94
905019--905110	32	2.9	32	98	1	177	51	19	5	23	1.68
905243--905522	140	2.0	140	100	0	560	32	17	19	30	1.94
905652--905772	3	40.3	3	91	0	188	33	4	0	61	1.18
907146--907186	20	2.0	21	85	4	57	41	2	2	53	1.27
907326--907422	48	2.0	49	97	2	187	32	15	18	32	1.92
908565--908597	16	2.0	17	88	5	50	0	9	12	78	0.95
919598--919969	83	4.6	82	89	5	569	27	13	22	36	1.92
919598--919969	165	2.3	161	90	4	570	27	13	22	36	1.92
920795--921342	109	5.0	112	93	3	873	38	13	18	29	1.90
920795--921342	222	2.5	224	91	3	882	38	13	18	29	1.90
921660--921758	3	34.3	3	82	11	127	36	3	0	60	1.12
921660--921767	55	2.0	55	94	3	191	37	2	0	59	1.12
923099--923140	19	2.2	20	82	4	50	40	2	2	54	1.26
926510--926591	27	3.2	25	75	22	82	51	21	15	10	1.75
927188--927243	25	2.1	27	84	12	73	51	0	3	44	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
928809--928852	18	2.3	20	85	14	67	31	0	15	52	1.44
940205--940299	36	2.6	36	75	3	102	37	16	21	24	1.93
942011--942051	21	1.9	21	85	5	55	24	31	24	19	1.98
942755--942845	31	3.0	31	74	18	93	36	24	18	20	1.95
942772--942845	28	2.5	29	86	8	105	37	22	18	20	1.94
953107--953270	90	1.8	89	93	1	283	36	11	6	45	1.67
959898--960073	90	2.0	88	93	2	298	36	11	6	44	1.67
973966--974028	30	2.1	30	81	0	72	26	19	20	33	1.96
982273--982313	21	2.0	21	85	4	57	21	7	31	39	1.81
987987--988027	20	2.0	21	90	4	66	51	0	0	48	1.00
987981--988027	20	2.4	19	82	10	58	53	0	0	46	1.00
988408--988482	27	2.8	25	81	18	82	40	5	1	53	1.32
988408--988513	25	4.1	27	79	15	100	38	3	0	56	1.24
988429--988517	26	3.2	27	77	19	94	37	2	0	60	1.09
989240--989281	17	2.5	16	82	17	50	50	7	7	35	1.57
989743--990189	179	2.5	179	90	4	668	29	14	12	44	1.81
990060--990635	113	5.1	112	94	0	965	25	14	14	45	1.83
991104--991141	15	2.5	15	79	12	51	39	5	2	52	1.38
994957--994997	21	2.0	21	90	0	64	58	0	2	39	1.11
995754--995779	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
998683--998938	45	5.7	45	87	1	325	29	19	10	40	1.85
998683--998938	135	1.9	135	86	1	361	29	19	10	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
998876--999026	79	1.9	79	91	0	248	28	25	9	36	1.88
999489--999563	19	3.6	21	79	15	77	28	24	16	32	1.96
999530--999568	19	2.2	18	86	9	53	30	20	15	33	1.94
1003126--1003182	21	2.7	21	78	10	55	31	1	15	50	1.54
1003249--1003298	22	2.3	22	76	13	59	48	2	24	26	1.62
1010199--1010223	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1018412--1018446	18	1.9	18	88	0	52	74	2	22	0	0.95
1029546--1029613	22	2.8	24	80	19	79	47	2	0	50	1.16
1033916--1034030	55	2.1	54	87	4	169	25	7	21	45	1.79
1039711--1039740	14	2.1	14	93	0	51	30	13	20	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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