genome.fa.s7816.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007816.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110151_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3994936

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8575--8679	36	2.9	36	88	1	158	29	4	35	30	1.78
12688--12741	23	2.3	23	100	0	108	29	3	35	31	1.75
14123--14177	24	2.3	25	81	6	60	32	16	21	29	1.95
18103--18159	17	3.5	15	81	9	60	73	5	17	3	1.16
18112--18175	25	2.5	26	83	14	80	70	4	17	7	1.29
22636--22679	16	2.8	16	96	3	81	27	25	25	22	2.00
28542--28573	15	2.1	16	94	5	57	43	6	15	34	1.72
35533--35576	23	1.9	23	85	0	61	11	11	18	59	1.61
40744--40800	28	2.1	26	83	6	69	8	15	17	57	1.63
43343--43468	47	2.8	45	85	5	164	29	23	7	39	1.83
43573--43692	40	3.0	40	97	0	231	32	26	17	23	1.97
46555--46622	13	5.5	12	77	18	61	30	36	2	29	1.72
46562--46640	35	2.2	36	90	2	124	31	37	3	26	1.74
51073--51138	13	5.5	11	74	22	62	33	33	3	30	1.73
51051--51155	36	2.9	36	90	1	158	31	35	4	28	1.78
53630--53693	17	3.4	18	77	16	67	4	20	3	71	1.17
53646--53692	22	2.1	22	92	7	78	4	21	4	70	1.22
53645--53698	28	2.0	28	85	10	76	5	20	3	70	1.23
53634--53748	34	3.4	33	80	11	103	5	18	2	73	1.13
53705--53747	14	2.9	15	89	6	70	2	18	2	76	1.00
53672--53732	17	3.5	17	76	14	63	6	16	3	73	1.17
53667--53748	35	2.4	34	84	9	98	7	17	2	73	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56543--56669	45	2.8	45	83	8	157	29	22	7	40	1.82
56774--56895	40	3.0	40	98	0	235	32	27	16	23	1.96
61928--61962	14	2.6	14	90	4	54	80	0	20	0	0.72
62746--62988	127	1.9	127	99	0	477	30	18	20	30	1.96
73920--73952	16	2.1	16	100	0	66	33	18	6	42	1.75
76209--76355	79	1.9	79	91	0	240	26	23	27	22	1.99
79736--79795	24	2.5	24	84	7	79	8	18	11	61	1.54
80561--80706	79	1.8	79	91	0	238	26	23	28	21	1.99
82694--82752	27	2.3	24	85	8	82	83	8	6	1	0.89
82694--82752	12	4.6	13	83	8	77	83	8	6	1	0.89
90643--90675	16	2.1	16	100	0	66	33	18	6	42	1.75
96515--96564	17	2.9	17	84	0	64	36	14	6	44	1.69
98049--98077	14	2.0	15	93	6	51	10	0	27	62	1.28
101879--101926	24	2.0	24	91	0	78	27	25	14	33	1.94
103356--103476	23	5.1	23	69	24	74	31	35	3	29	1.74
103354--103493	36	3.9	36	95	0	237	31	35	3	30	1.75
103378--103474	13	8.0	12	69	26	53	30	35	3	30	1.73
103931--103962	15	2.1	16	88	11	50	81	0	18	0	0.70
104183--104216	16	2.2	16	89	5	52	29	32	0	38	1.58
107490--107598	36	3.0	36	94	2	184	31	34	4	29	1.78
112728--112909	90	2.0	91	88	1	267	20	26	21	30	1.98
117275--117304	15	2.0	15	100	0	60	13	26	20	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124455--124490	15	2.4	15	100	0	72	50	5	22	22	1.70
131057--131118	13	4.9	13	72	18	51	32	37	1	29	1.67
131059--131138	35	2.2	37	88	4	119	32	37	2	27	1.70
138153--138221	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
147439--147518	35	2.2	37	91	4	128	31	37	3	27	1.74
151533--151572	19	2.0	20	90	4	64	20	15	0	65	1.28
151838--151887	21	2.4	22	83	16	70	74	4	18	4	1.14
151871--151895	8	3.1	8	100	0	50	76	0	24	0	0.80
151851--151905	16	3.5	15	76	11	56	76	1	20	1	0.97
154785--154830	23	2.0	23	83	8	58	36	6	8	47	1.60
156147--156186	19	2.0	20	90	4	64	20	15	0	65	1.28
161467--161517	23	2.2	23	82	3	57	62	11	17	7	1.51
164252--164281	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
168289--168318	16	1.9	16	93	6	53	80	6	13	0	0.91
171745--171815	35	2.0	37	91	5	119	30	32	4	32	1.77
173117--173168	24	2.2	24	85	0	68	28	21	23	26	1.99
183591--183650	24	2.5	24	80	0	66	28	18	23	30	1.98
186317--186387	35	2.0	35	100	0	142	33	18	25	22	1.96
191759--191807	19	2.6	19	84	15	66	0	20	2	77	0.87
202633--202686	12	4.7	11	82	8	63	75	7	12	3	1.14
202634--202686	23	2.3	23	93	6	90	77	5	13	3	1.09
202634--202678	11	3.8	12	85	8	65	75	6	15	2	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212639--212743	36	2.9	36	94	1	185	30	36	4	28	1.78
238838--238878	11	3.6	12	83	9	59	82	0	17	0	0.66
238838--238878	17	2.4	17	92	8	66	82	0	17	0	0.66
238838--238878	6	7.2	6	83	10	59	82	0	17	0	0.66
239151--239183	17	1.9	17	93	0	57	33	30	0	36	1.58
241944--241997	28	1.9	28	96	0	99	27	18	11	42	1.84
243720--243766	20	2.3	20	100	0	94	17	4	8	70	1.29
250752--250805	28	1.9	28	92	0	90	42	12	18	25	1.86
254024--254205	90	2.0	91	89	1	276	20	28	23	28	1.99
254987--255040	23	2.3	24	83	3	74	61	12	16	9	1.56
258400--258572	90	1.9	91	86	1	249	22	27	21	28	1.99
262943--262982	21	1.9	21	84	0	53	42	20	15	22	1.88
262965--263013	20	2.5	20	89	0	71	42	14	16	26	1.86
263007--263170	61	2.7	60	88	3	231	30	25	21	22	1.99
263028--263170	20	7.1	20	76	9	146	30	25	20	23	1.99
263007--263170	41	4.0	41	75	16	151	30	25	21	22	1.99
263996--264049	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
266297--266331	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
266513--266560	20	2.4	20	85	0	60	37	20	16	25	1.93
267733--267784	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
268506--268554	25	2.0	25	84	8	64	71	4	16	8	1.26
271813--271864	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
272504--272671	20	8.4	20	91	2	239	35	24	19	20	1.95
272822--272887	30	2.2	30	94	0	114	56	12	1	30	1.45
274267--274365	21	4.7	21	74	0	81	21	20	37	21	1.95
274269--274378	42	2.6	42	79	2	114	23	19	37	20	1.94
274856--274898	20	2.2	20	95	0	77	58	20	4	16	1.56
274904--274972	20	3.5	20	94	2	113	33	26	18	21	1.97
274997--275156	20	8.6	20	71	15	110	20	20	21	36	1.95
274997--275156	74	2.2	74	93	0	266	20	20	21	36	1.95
277114--277169	20	2.8	20	86	0	76	50	19	16	14	1.79
277160--277237	33	2.3	34	82	8	97	39	21	21	16	1.92
277580--277652	22	3.3	22	88	0	110	23	15	41	20	1.90
277822--277927	20	5.2	20	75	10	99	27	20	24	27	1.99
277822--277948	61	2.1	61	91	2	202	25	22	25	27	2.00
277942--277990	20	2.4	21	93	3	82	26	18	14	40	1.89
277995--278043	21	2.4	21	86	10	66	38	20	20	20	1.93
305831--305863	16	2.1	16	100	0	66	42	6	18	33	1.75
312863--312966	33	3.1	33	82	9	95	30	36	1	30	1.69
315796--315840	24	2.0	23	82	8	56	37	22	17	22	1.94
317334--317437	33	3.1	33	82	9	95	30	36	1	30	1.69
317796--317825	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
328239--328288	19	2.7	18	82	17	66	0	20	2	78	0.86
330036--330078	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
331691--331742	21	2.6	21	87	6	72	32	13	5	48	1.66
332484--332508	8	3.1	8	100	0	50	76	0	24	0	0.80
332467--332518	16	3.1	16	81	13	52	75	1	21	1	1.00
334303--334353	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
335062--335111	14	3.9	13	73	21	52	78	2	20	0	0.86
335056--335111	19	3.1	18	82	17	71	78	1	19	0	0.84
335056--335111	11	4.7	11	74	21	51	78	1	19	0	0.84
338471--338517	19	2.5	19	89	6	69	36	14	6	42	1.72
347540--347576	5	7.6	5	82	17	51	0	18	0	81	0.70
347539--347576	14	2.6	15	91	8	69	0	18	0	81	0.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14