genome.fa.s7816.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007816.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110151_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3994936

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2072290--2072343	21	2.6	21	75	0	54	22	16	25	35	1.95
2072472--2072497	11	2.4	11	100	0	52	34	0	7	57	1.27
2076473--2076501	15	1.9	15	100	0	58	41	6	10	41	1.66
2076444--2076689	37	6.6	38	76	11	197	42	4	12	40	1.63
2076706--2076754	14	3.4	15	81	13	50	30	0	4	65	1.11
2092914--2093100	91	2.1	90	83	5	227	26	19	21	32	1.97
2094759--2095910	39	29.6	39	86	1	1445	36	15	15	31	1.90
2095568--2096091	78	6.9	75	81	5	317	36	13	17	32	1.89
2096847--2096905	28	2.1	28	90	0	91	25	5	33	35	1.78
2097540--2097618	7	11.0	7	89	10	108	0	13	0	86	0.58
2097543--2097618	1	76.0	1	73	0	62	0	13	0	86	0.56
2097528--2097613	8	11.2	8	89	10	112	0	15	0	84	0.61
2097528--2097618	14	6.3	14	83	15	114	0	15	0	84	0.62
2097528--2097616	37	2.3	38	90	9	146	0	15	0	84	0.63
2097528--2097646	37	3.2	34	82	14	130	1	17	0	80	0.79
2097533--2097657	51	2.5	48	79	7	124	2	16	0	80	0.86
2097918--2097965	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2100735--2101026	117	2.5	117	85	3	374	38	10	21	29	1.87
2100759--2101026	59	4.6	57	67	9	162	39	10	21	28	1.87
2101179--2101237	30	2.0	30	83	6	75	42	6	16	33	1.75
2103156--2103284	60	2.2	58	88	2	186	30	17	24	27	1.97
2103346--2103388	20	2.2	20	86	0	59	18	2	23	55	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2110862--2110900	19	2.0	20	85	5	53	17	5	20	56	1.60
2112122--2112238	57	2.0	58	98	1	227	40	8	5	45	1.59
2117573--2117798	58	3.8	59	75	7	226	38	9	21	30	1.86
2117543--2117834	60	4.9	58	72	8	212	38	10	22	29	1.87
2117543--2117834	118	2.5	117	88	1	413	38	10	22	29	1.87
2119997--2120097	51	2.0	51	80	7	116	54	7	14	22	1.66
2121273--2121438	37	4.5	37	79	11	164	43	5	10	40	1.61
2121284--2121484	71	2.7	72	79	6	217	42	4	9	42	1.59
2121512--2121543	13	2.4	13	94	5	55	18	0	6	75	1.01
2123409--2123494	23	3.7	23	84	1	109	18	24	24	32	1.97
2128608--2128705	37	2.5	40	82	14	125	39	2	11	46	1.51
2128675--2128733	25	2.4	25	97	0	109	45	0	10	44	1.37
2128700--2128774	38	2.0	38	94	2	134	45	2	9	42	1.50
2128750--2128795	23	2.0	23	95	0	83	45	4	10	39	1.59
2128648--2128833	63	3.0	61	87	6	252	44	2	10	42	1.52
2128784--2128868	35	2.4	35	80	7	109	41	5	14	38	1.70
2128762--2128868	36	3.1	34	79	12	135	42	5	13	39	1.67
2128834--2128891	25	2.4	24	86	11	75	39	5	15	39	1.70
2128797--2128912	60	1.9	61	89	1	180	41	5	11	42	1.63
2128712--2128896	97	1.9	96	84	7	225	42	4	11	41	1.61
2128949--2129029	8	11.3	7	68	19	51	44	3	0	51	1.19
2133827--2133940	37	3.0	38	83	10	137	43	3	8	43	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2133849--2134039	95	2.0	95	86	6	271	43	4	9	42	1.57
2133934--2134103	36	4.8	36	75	12	172	41	4	12	41	1.63
2133886--2134002	60	2.0	60	86	3	166	44	4	9	41	1.56
2133935--2134103	70	2.4	71	89	4	252	41	4	11	42	1.63
2134191--2134232	15	2.7	15	85	10	50	35	2	0	61	1.09
2134213--2134258	2	23.5	2	86	4	67	43	0	0	56	0.99
2139624--2140002	131	2.9	131	89	0	544	36	15	12	34	1.86
2146948--2146980	3	11.3	3	93	6	59	66	0	0	33	0.92
2146952--2146981	14	2.1	14	100	0	60	63	0	0	36	0.95
2146944--2146980	17	2.2	16	95	4	65	67	0	0	32	0.91
2148752--2148814	13	5.2	12	78	19	69	55	0	1	42	1.09
2148769--2148815	11	4.2	11	84	15	69	55	0	0	44	0.99
2149932--2150194	137	1.9	133	95	3	472	31	12	32	23	1.92
2150632--2150665	16	2.1	17	89	10	54	70	5	0	23	1.09
2152044--2152265	122	1.8	122	100	0	444	24	18	21	36	1.95
2154253--2154286	15	2.3	15	89	0	50	0	2	14	82	0.79
2154253--2154310	30	1.9	31	89	3	91	0	6	12	81	0.88
2154485--2154758	137	2.0	137	96	0	503	31	13	30	24	1.94
2160505--2160536	16	1.9	17	93	6	57	40	0	31	28	1.57
2162926--2162972	18	2.6	18	100	0	94	31	19	21	27	1.97
2163567--2163670	23	4.4	24	79	7	115	20	21	25	33	1.97
2163575--2163691	24	5.0	24	75	13	73	23	19	23	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2168788--2168824	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2179024--2179074	9	5.4	9	79	9	57	0	3	15	80	0.86
2182293--2182391	24	4.2	24	79	6	87	36	24	14	25	1.93
2182328--2182393	23	2.8	23	76	2	69	37	25	15	21	1.92
2183069--2183118	21	2.4	21	86	3	66	34	20	12	34	1.89
2187099--2187154	17	3.3	17	100	0	112	25	0	46	28	1.53
2187349--2187398	18	2.6	19	76	17	50	30	18	24	28	1.97
2193242--2193347	32	3.6	29	80	13	110	35	11	12	40	1.79
2194678--2194726	16	3.1	16	77	14	57	77	2	2	18	0.96
2194700--2194735	16	2.2	16	95	0	63	75	2	2	19	1.06
2194817--2194862	24	1.9	24	81	0	56	67	6	2	23	1.25
2195574--2195602	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2196396--2196483	39	2.3	39	92	2	142	35	17	17	30	1.92
2196940--2197362	110	3.8	108	81	6	519	42	18	9	29	1.82
2196947--2197383	220	2.0	224	87	4	636	42	17	9	30	1.81
2202007--2202077	16	4.5	15	78	18	65	77	5	1	15	1.02
2202022--2202068	15	3.1	16	76	17	55	78	4	2	14	0.99
2204913--2204956	22	2.0	22	95	0	79	31	20	18	29	1.96
2213073--2213359	143	2.0	144	98	0	558	43	11	16	27	1.83
2221594--2221623	8	3.6	8	91	8	51	86	0	13	0	0.57
2221601--2221651	26	2.0	26	88	0	75	80	1	13	3	0.94
2228722--2229321	298	2.0	299	97	2	1136	34	24	18	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2231623--2231686	28	2.3	27	78	2	74	29	12	12	45	1.79
2233902--2233940	2	19.0	2	84	5	51	43	2	5	48	1.38
2234721--2234778	25	2.3	25	96	0	107	44	10	10	34	1.73
2235961--2236038	40	2.0	40	100	0	156	30	20	16	32	1.95
2244273--2244322	20	2.5	20	87	3	66	32	12	4	52	1.57
2247360--2247393	18	1.9	17	88	5	50	32	5	20	41	1.76
2247984--2248023	20	2.0	20	85	0	53	37	12	20	30	1.89
2249266--2249331	32	2.1	32	82	0	78	34	16	18	30	1.93
2251991--2252049	24	2.5	24	85	0	82	28	25	23	22	1.99
2252051--2252119	23	3.0	23	78	0	84	33	24	21	20	1.97
2252243--2252271	12	2.4	12	100	0	58	34	24	10	31	1.89
2257924--2257982	24	2.5	24	85	0	64	33	22	22	22	1.97
2257982--2258026	23	1.9	24	90	4	74	31	26	17	24	1.97
2259144--2259236	12	7.8	12	69	9	55	51	17	7	23	1.70
2259142--2259248	24	4.5	24	84	0	124	51	16	8	23	1.72
2269703--2269780	23	3.5	22	72	11	77	39	23	21	15	1.91
2275036--2275060	12	2.1	12	100	0	50	76	0	8	16	1.02
2276771--2276892	12	10.0	12	78	13	117	55	2	0	40	1.19
2276769--2276892	2	68.5	2	70	26	82	55	2	0	41	1.18
2276780--2276896	21	6.0	20	72	23	90	54	3	0	41	1.17
2276741--2276896	19	8.0	19	79	14	135	55	3	1	39	1.27
2276767--2276892	28	4.3	29	78	16	120	55	2	0	41	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2278302--2278400	49	2.0	49	96	0	180	30	12	12	45	1.78
2291981--2292087	40	2.7	40	97	0	196	21	16	28	32	1.95
2295187--2295229	21	2.0	21	90	0	68	62	2	9	25	1.37
2297854--2297931	31	2.5	31	80	0	84	32	12	28	26	1.93
2299365--2299407	23	2.0	21	82	17	52	60	2	11	25	1.43
2304618--2304761	5	27.6	5	71	23	86	54	2	3	39	1.32
2304618--2304756	37	3.7	38	80	18	157	53	2	3	39	1.33
2306090--2306129	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
2326188--2326224	16	2.2	18	85	9	51	13	5	2	78	1.03
2326499--2326569	21	3.0	25	71	23	71	12	18	0	69	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14