genome.fa.s7816.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007816.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110151_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3994936

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2565093--2565598	59	8.5	59	77	11	417	29	22	11	36	1.89
2564586--2565476	443	2.0	442	97	0	1667	29	21	11	37	1.88
2565451--2565550	31	3.3	31	63	18	84	29	24	10	37	1.87
2565102--2565598	176	2.8	174	75	10	463	28	22	11	37	1.89
2565323--2565630	118	2.6	115	83	10	390	29	23	11	35	1.90
2565323--2565630	59	5.3	58	82	9	253	29	23	11	35	1.90
2570476--2570797	44	7.3	44	86	2	425	34	21	6	38	1.78
2570476--2570797	88	3.6	88	89	3	468	34	21	6	38	1.78
2570938--2571073	62	2.2	61	80	10	161	29	22	11	36	1.89
2571020--2571233	117	1.8	118	81	7	265	29	21	12	36	1.90
2571214--2571253	20	2.0	21	90	5	64	40	17	10	32	1.83
2571334--2571449	61	1.9	62	87	1	171	30	19	12	37	1.90
2570848--2571608	375	2.0	375	93	1	1312	30	21	11	37	1.88
2571478--2571690	117	1.8	117	83	8	281	29	22	10	37	1.88
2571478--2571695	59	3.7	59	83	4	264	29	22	11	36	1.89
2573448--2573499	24	2.2	25	79	10	63	59	15	17	7	1.58
2573493--2573527	14	2.5	14	90	9	54	80	0	14	5	0.89
2579929--2579993	31	2.1	30	83	11	78	27	6	12	53	1.61
2583019--2583298	44	6.4	44	89	0	380	41	12	22	23	1.87
2585448--2585666	84	2.7	82	86	4	307	19	13	22	44	1.86
2586439--2586513	23	3.4	21	87	12	107	16	24	40	20	1.91
2589002--2589047	23	2.0	23	91	0	74	26	23	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2588985--2589064	23	3.6	22	74	14	67	20	23	30	26	1.98
2595158--2595862	81	8.7	81	83	5	755	23	18	20	38	1.93
2595164--2595862	242	2.9	241	82	7	794	23	17	20	38	1.93
2608282--2608402	59	2.1	59	84	3	154	28	14	21	35	1.93
2610122--2610535	54	7.7	54	84	3	521	34	10	16	38	1.83
2610122--2610608	162	3.0	160	80	8	515	33	11	16	38	1.84
2616543--2616592	20	2.5	20	100	0	100	38	10	26	26	1.87
2616618--2616684	19	3.5	19	97	0	125	41	11	14	31	1.83
2617144--2617588	54	8.2	54	89	2	653	32	11	18	37	1.86
2624031--2624188	84	1.9	85	89	4	248	25	18	22	33	1.97
2624196--2624272	39	2.0	38	89	2	118	24	7	24	42	1.81
2624271--2624386	36	3.2	36	80	9	128	42	14	17	25	1.87
2624532--2624720	37	5.4	37	69	16	123	40	11	18	29	1.86
2624509--2624744	102	2.3	102	91	2	375	38	11	19	31	1.86
2624653--2624831	87	2.1	87	90	0	277	37	11	18	32	1.87
2624546--2624936	189	2.1	188	81	4	464	39	12	17	30	1.86
2625743--2625862	32	3.8	32	73	8	111	32	23	14	30	1.94
2626999--2627053	13	4.6	12	78	14	51	1	18	3	76	1.02
2626999--2627040	13	3.3	12	84	12	57	2	16	2	78	0.96
2634048--2634163	45	2.6	45	83	2	135	32	10	21	35	1.87
2634274--2634366	23	4.0	23	72	10	73	20	18	24	36	1.95
2635832--2636053	49	4.6	49	85	4	290	37	14	20	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2637188--2637213	12	2.2	12	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2643907--2643945	12	3.4	12	79	13	55	12	23	46	17	1.83
2651231--2651273	22	2.0	22	95	0	77	11	23	46	18	1.82
2656953--2657493	138	3.9	138	85	3	673	29	28	15	26	1.96
2657814--2657876	29	2.2	28	83	5	81	33	1	0	65	1.03
2663472--2663521	17	2.9	17	82	11	57	76	2	22	0	0.89
2663470--2663532	24	2.6	24	85	7	74	76	3	20	0	0.93
2663486--2663534	14	3.6	13	81	13	55	79	2	18	0	0.83
2663486--2663533	18	2.8	18	87	12	66	79	2	18	0	0.84
2666200--2666325	67	1.9	67	86	0	180	25	17	14	42	1.87
2666334--2666876	138	3.9	138	86	1	705	29	28	15	27	1.96
2666334--2666876	276	2.0	276	88	1	811	29	28	15	27	1.96
2673927--2673993	24	2.8	24	95	2	116	56	14	14	13	1.67
2683843--2683884	2	21.0	2	100	0	84	0	0	50	50	1.00
2692792--2692863	26	2.8	26	91	0	117	36	26	13	23	1.93
2697249--2697318	23	3.0	24	85	8	92	34	27	22	15	1.95
2697251--2697393	24	6.1	24	81	6	100	32	25	22	18	1.97
2700747--2700779	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
2700835--2700878	16	2.8	16	92	0	79	56	22	11	9	1.62
2701610--2701684	24	3.1	24	84	0	87	54	20	12	13	1.70
2703427--2703479	20	2.7	20	84	0	70	16	30	22	30	1.96
2705923--2705962	21	1.9	21	94	0	71	32	10	10	47	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2706183--2706300	21	5.6	21	77	8	107	21	29	22	27	1.99
2706247--2706300	20	2.7	20	88	0	81	22	24	25	27	2.00
2706711--2706780	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95
2708798--2708837	21	1.9	21	89	0	62	30	10	10	50	1.69
2712064--2712120	24	2.4	23	76	2	60	38	24	19	17	1.93
2712111--2712228	24	5.0	23	83	6	130	33	26	22	18	1.97
2712111--2712228	47	2.5	47	80	4	139	33	26	22	18	1.97
2712124--2712237	24	4.8	24	84	2	142	30	25	24	19	1.98
2712708--2712768	29	2.1	30	90	3	97	47	26	1	24	1.61
2719570--2719659	44	2.0	44	97	0	171	42	18	17	21	1.90
2721641--2721676	5	7.8	5	87	12	51	77	0	0	22	0.76
2721641--2721677	9	4.1	9	90	10	58	75	0	0	24	0.80
2721821--2721847	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2722869--2722930	24	2.7	23	80	9	72	1	22	6	69	1.20
2728290--2728339	20	2.5	20	96	0	91	32	20	22	26	1.98
2731203--2731360	64	2.5	64	86	5	205	31	16	20	31	1.95
2733634--2733739	44	2.4	43	88	3	149	32	21	18	27	1.97
2733642--2733712	23	3.2	23	64	22	60	33	22	18	25	1.96
2733635--2733741	21	4.9	21	64	12	63	31	20	18	28	1.96
2739502--2739656	64	2.4	65	85	6	210	31	16	21	30	1.95
2744204--2744248	22	2.1	22	88	8	67	46	17	15	20	1.84
2754305--2754355	21	2.4	21	90	0	84	31	17	23	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2755344--2755689	170	2.0	173	94	3	612	33	15	9	40	1.80
2758338--2758469	66	2.0	66	98	0	255	38	17	19	24	1.93
2764519--2764596	23	3.7	23	68	19	69	30	8	12	47	1.73
2764511--2764607	40	2.4	41	92	1	160	30	9	12	47	1.73
2766896--2767157	20	11.6	20	66	24	105	44	11	22	22	1.83
2766914--2767040	26	5.3	26	66	21	89	45	11	22	20	1.83
2767006--2767131	26	5.3	25	65	24	76	46	11	20	21	1.83
2766882--2767215	46	7.3	46	85	2	420	45	11	20	23	1.83
2768200--2768336	67	2.0	67	100	0	274	32	10	11	45	1.74
2768522--2768548	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2779090--2779129	18	2.2	18	100	0	80	40	17	15	27	1.89
2787132--2787209	39	2.0	39	100	0	156	46	20	17	15	1.84
2789938--2789982	5	8.6	5	80	9	54	17	4	4	73	1.17
2795107--2795265	82	1.9	83	83	1	203	32	16	19	30	1.94
2797749--2797944	44	4.5	41	79	7	176	21	12	24	41	1.88
2797749--2797914	43	3.9	43	80	2	181	20	12	25	40	1.88
2798255--2798291	18	2.0	19	94	5	67	27	18	16	37	1.92
2798690--2798775	45	1.9	45	97	0	163	48	13	3	33	1.60
2798687--2798786	45	2.2	43	88	10	155	51	12	3	34	1.54
2804499--2804579	42	1.9	42	87	0	117	22	17	24	35	1.95
2804500--2804579	21	3.8	21	71	0	61	22	17	23	36	1.95
2805029--2805158	67	2.0	65	90	4	208	40	8	11	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2805387--2805449	27	2.3	26	77	20	67	58	20	3	17	1.52
2806580--2806645	31	2.1	31	94	0	114	19	16	25	37	1.93
2808226--2808263	20	1.9	20	84	10	51	28	7	2	60	1.38
2809493--2809547	21	2.6	21	77	5	58	30	14	23	30	1.94
2809533--2809607	21	3.6	21	72	13	73	22	21	25	30	1.99
2809514--2809602	42	2.1	42	85	4	117	23	17	28	30	1.97
2814639--2814680	21	2.0	21	86	9	59	23	26	19	30	1.98
2814710--2814762	17	3.0	18	83	2	72	30	15	32	22	1.94
2818205--2818271	17	4.0	17	76	9	66	26	14	31	26	1.95
2818577--2818691	54	2.1	54	83	0	149	35	18	18	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14