genome.fa.s7816.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007816.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110151_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3994936

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2326499--2326589	47	2.0	46	82	6	112	12	20	0	67	1.23
2329848--2329897	24	2.1	24	85	7	66	24	2	14	60	1.45
2331638--2331678	21	2.0	21	85	0	55	46	12	21	19	1.82
2335786--2335877	46	2.0	46	93	0	157	20	17	30	31	1.96
2338337--2338459	32	3.8	31	83	4	138	33	14	11	40	1.82
2338380--2338480	32	3.2	32	82	0	85	35	16	11	35	1.86
2342443--2342526	32	2.6	32	83	3	107	33	16	9	40	1.81
2348507--2348538	16	2.0	16	93	0	55	31	15	0	53	1.43
2356203--2356290	34	2.6	33	81	13	99	62	12	4	20	1.47
2358286--2358333	16	3.0	16	81	6	53	66	0	0	33	0.92
2361369--2361398	13	2.3	13	94	0	51	23	6	13	56	1.60
2365333--2365470	55	2.5	55	83	1	161	36	18	9	35	1.83
2365333--2365450	54	2.2	54	85	1	155	35	19	10	34	1.86
2365435--2365719	57	5.0	57	89	6	434	38	18	9	32	1.84
2368057--2368099	20	2.2	20	86	0	59	18	4	13	62	1.48
2374983--2375025	20	2.2	20	82	0	50	18	4	16	60	1.52
2379627--2380265	55	11.7	55	78	8	392	31	19	19	29	1.97
2379638--2380265	110	5.7	109	80	8	587	31	19	20	28	1.97
2379641--2380265	218	2.9	216	81	5	659	31	19	20	28	1.97
2384795--2384987	30	6.5	29	74	7	127	58	10	12	18	1.63
2386309--2386350	15	2.9	14	80	16	50	59	2	0	38	1.10
2386548--2386808	133	2.0	130	84	9	343	23	16	33	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2386767--2386861	46	2.1	46	89	0	145	23	15	30	30	1.95
2386636--2386988	176	2.0	178	85	4	480	24	16	32	26	1.96
2386814--2387075	134	2.0	134	81	6	316	23	17	32	26	1.96
2387119--2387368	66	3.9	64	82	6	258	41	12	19	26	1.87
2387114--2387388	132	2.1	131	80	8	310	41	12	18	28	1.86
2387968--2388161	30	6.5	29	71	13	117	57	11	13	17	1.65
2389483--2389530	12	3.8	12	78	8	51	70	2	0	27	0.98
2402675--2402788	60	1.9	59	90	1	183	28	15	25	29	1.96
2402844--2402889	20	2.3	20	88	0	65	17	4	21	56	1.58
2402886--2402993	46	2.4	45	87	4	155	37	6	23	33	1.80
2409578--2409620	20	2.2	20	91	0	68	18	4	20	55	1.60
2414879--2414934	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
2417122--2417278	3	51.7	3	85	7	165	39	0	0	59	1.02
2417126--2417280	34	4.4	34	85	11	190	40	0	0	59	1.02
2417141--2417278	37	3.9	36	86	5	174	39	0	0	59	1.03
2423705--2423772	3	22.7	3	91	5	111	32	0	1	66	1.01
2425814--2425878	27	2.4	27	79	10	69	30	7	0	61	1.24
2437479--2437881	83	4.8	83	93	1	664	27	12	23	36	1.91
2438712--2439134	110	3.8	112	88	5	621	35	13	19	30	1.91
2438707--2439214	110	4.6	113	86	7	551	36	14	19	30	1.91
2439124--2439387	86	3.1	86	90	2	386	34	18	17	29	1.94
2439296--2439650	113	3.2	110	81	10	420	36	14	18	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2439578--2439633	17	3.2	17	69	18	51	50	8	21	19	1.75
2439296--2439651	112	3.2	107	81	9	419	36	14	18	30	1.91
2439966--2440039	3	24.7	3	86	10	107	29	0	1	68	0.97
2441191--2441223	2	17.0	2	87	6	50	54	0	0	45	0.99
2444295--2444419	34	3.8	34	73	19	129	42	10	14	32	1.79
2444777--2444816	18	2.3	18	83	8	57	25	5	2	67	1.23
2444814--2444892	2	40.5	2	74	18	51	39	3	0	56	1.17
2444784--2444934	54	2.7	54	83	10	164	34	6	1	57	1.33
2445332--2445373	4	10.2	4	82	14	50	19	4	0	76	0.96
2445332--2445373	9	5.1	8	83	11	50	19	4	0	76	0.96
2445332--2445373	21	2.0	20	86	4	57	19	4	0	76	0.96
2448378--2448458	7	10.3	7	73	23	56	77	7	14	0	0.97
2448396--2448425	10	3.0	10	95	0	51	83	10	6	0	0.81
2448378--2448432	20	2.7	21	76	13	62	80	5	14	0	0.89
2448400--2448488	45	2.0	46	82	10	112	75	8	14	1	1.10
2448382--2448477	25	3.3	28	72	18	81	77	8	13	1	1.05
2449109--2449152	22	2.0	22	91	8	72	38	22	11	27	1.88
2449587--2449622	18	2.0	18	94	0	63	16	8	33	41	1.78
2450103--2450383	36	8.0	36	79	9	312	25	19	14	40	1.89
2450061--2450383	72	4.6	73	77	10	248	26	19	15	39	1.91
2450261--2450382	37	3.4	36	84	8	160	24	19	14	40	1.89
2450159--2450347	102	1.9	102	89	2	299	26	18	13	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2450123--2450444	137	2.4	135	84	3	441	27	19	12	39	1.88
2450342--2450496	62	2.4	62	82	8	168	32	21	8	37	1.83
2450342--2450512	68	2.6	65	81	7	188	32	21	8	36	1.84
2451127--2451317	105	1.8	104	88	5	296	32	26	20	19	1.97
2452070--2452186	34	3.6	34	72	21	122	42	11	14	31	1.81
2452593--2452676	2	42.5	2	74	15	59	40	3	0	55	1.17
2452597--2452719	53	2.3	55	81	13	132	37	6	0	55	1.32
2453140--2453171	4	7.8	4	93	6	55	21	3	0	75	0.95
2453734--2453758	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2454722--2454747	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2473974--2474030	29	1.9	30	89	3	89	49	14	17	19	1.80
2474057--2474172	30	3.9	29	86	4	142	61	3	12	23	1.46
2475789--2475832	3	15.7	3	81	13	58	65	0	2	31	1.05
2475791--2475829	19	2.1	19	95	0	69	66	0	2	30	1.05
2475780--2475833	22	2.5	22	80	14	67	62	0	1	35	1.06
2476133--2476479	130	2.7	130	90	2	520	23	17	32	27	1.97
2482486--2482595	30	3.7	30	79	3	116	59	3	13	23	1.51
2482443--2482593	59	2.5	59	81	5	162	56	4	13	25	1.57
2483567--2483608	3	14.7	3	80	9	52	66	0	2	30	1.04
2483568--2483608	17	2.4	16	84	11	55	68	0	2	29	1.03
2495487--2496369	81	10.9	81	84	1	1029	32	22	10	34	1.88
2495485--2496369	242	3.7	240	83	3	1058	32	22	10	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2495472--2496333	323	2.7	320	82	5	979	32	22	10	34	1.88
2496529--2496662	57	2.4	57	87	1	189	33	14	11	40	1.82
2500640--2500811	46	3.8	46	89	2	251	38	7	22	31	1.82
2504154--2505174	81	12.9	81	79	8	956	32	22	10	34	1.88
2504154--2505174	235	4.3	234	80	8	878	32	22	10	34	1.88
2508381--2508785	203	2.0	201	96	1	749	28	20	18	33	1.96
2509162--2510042	81	10.9	81	83	2	930	31	22	11	34	1.89
2510204--2510337	56	2.4	56	87	1	187	32	18	8	40	1.80
2516858--2517033	85	2.1	83	82	10	214	32	17	18	31	1.94
2523374--2523459	39	2.2	39	97	0	163	44	18	8	29	1.78
2526042--2526165	63	2.0	63	95	3	225	33	13	22	30	1.93
2532711--2533009	155	1.9	157	94	4	534	36	13	20	30	1.90
2533371--2533444	32	2.4	31	86	2	103	29	10	18	40	1.85
2533922--2533960	19	2.1	19	100	0	78	28	15	20	35	1.93
2537247--2537556	81	3.8	81	82	2	345	37	11	21	29	1.89
2537899--2537968	22	3.1	22	66	11	61	41	10	22	25	1.85
2537626--2538091	45	10.3	45	84	3	501	39	11	22	26	1.88
2537686--2538044	181	2.0	181	91	2	578	37	11	23	27	1.89
2542180--2542566	81	4.8	81	87	2	517	36	10	21	31	1.88
2542684--2543054	45	8.2	45	86	2	478	36	11	24	26	1.90
2554078--2554120	22	1.9	23	90	4	70	27	13	11	46	1.78
2558238--2558307	21	3.2	21	63	21	54	31	22	8	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2558134--2558319	44	4.2	44	90	2	282	33	23	6	36	1.81
2558336--2558445	43	2.5	44	88	2	159	37	19	5	38	1.75
2558578--2558712	61	2.2	60	79	6	148	30	20	11	37	1.88
2558522--2559019	59	8.4	59	77	9	415	28	22	10	37	1.88
2564262--2564575	44	7.3	44	83	7	376	34	22	6	36	1.79
2564393--2564553	81	2.0	80	85	1	214	36	22	5	35	1.78
2564352--2564575	125	1.8	123	88	1	340	34	22	5	36	1.79
2564499--2564583	43	2.0	44	92	2	145	34	17	7	41	1.77
2564716--2564850	61	2.2	60	80	6	157	29	20	11	37	1.89
2564810--2565033	59	3.8	58	77	11	215	28	22	11	37	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14