genome.fa.s7819.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007819.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110156_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3855360

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3037--3068	15	2.1	16	94	5	57	6	25	18	50	1.70
3812--3845	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
6209--6496	81	3.6	79	75	5	238	32	18	16	32	1.93
9745--10041	42	7.0	42	78	6	258	25	20	17	36	1.94
9742--10041	86	3.5	85	80	5	304	25	20	17	36	1.95
10070--10183	43	2.6	43	84	2	138	29	20	14	35	1.93
13931--13988	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
21588--21807	111	2.0	111	97	0	413	44	11	8	35	1.70
21869--21909	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
22114--22222	49	2.2	49	78	1	119	26	26	29	17	1.97
22252--22328	29	2.7	29	93	4	129	35	9	22	33	1.85
23317--23358	15	2.7	16	85	3	59	52	2	0	45	1.13
23583--23611	15	1.9	15	100	0	58	34	6	3	55	1.44
23770--23814	22	2.0	23	86	4	65	31	11	11	46	1.74
25383--25435	17	3.1	17	88	0	79	41	5	15	37	1.70
25441--25487	17	2.8	17	80	0	58	42	8	19	29	1.80
30027--30055	12	2.5	12	94	5	51	27	0	10	62	1.28
29988--30125	74	1.9	74	90	3	224	29	3	14	52	1.59
42440--42487	18	2.6	18	81	15	62	70	4	4	20	1.21
43032--43058	12	2.2	12	100	0	54	51	0	0	48	1.00
42973--43192	76	2.9	77	84	8	279	55	11	1	31	1.44
44174--44226	2	29.0	2	78	17	62	47	1	0	50	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44174--44226	5	9.7	6	91	4	62	47	1	0	50	1.12
50273--50339	31	2.2	30	84	10	82	64	4	8	22	1.41
50274--50331	21	2.8	21	72	12	57	65	5	8	20	1.40
50403--51084	342	2.0	341	91	4	1119	43	7	4	44	1.53
62271--62310	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
68479--68517	21	1.9	21	89	5	62	41	10	10	38	1.73
68750--68808	23	2.7	22	87	10	77	22	38	18	20	1.93
71960--71999	21	1.9	21	89	0	62	30	10	10	50	1.69
74108--74156	22	2.3	21	82	10	55	53	0	0	46	1.00
74303--74391	23	4.0	23	75	7	78	57	1	3	38	1.23
75755--75783	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
75833--75891	21	2.9	21	78	14	61	37	3	0	59	1.14
85658--85696	14	2.7	14	88	4	51	51	0	0	48	1.00
86594--86622	7	4.1	7	100	0	58	27	0	0	72	0.85
87271--87297	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
87792--87828	19	1.9	19	94	0	65	35	8	21	35	1.83
87805--87953	74	2.0	74	100	0	298	44	8	14	32	1.75
92293--92329	19	1.9	19	94	0	65	35	8	21	35	1.83
92306--92454	74	2.0	74	100	0	298	44	8	14	32	1.75
97806--97833	11	2.5	11	100	0	56	53	17	0	28	1.44
102534--102569	14	2.6	14	90	0	54	58	2	13	25	1.49
102548--102615	29	2.3	31	82	10	79	58	1	10	29	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103138--103176	21	1.9	20	84	5	51	71	12	0	15	1.14
104632--104848	100	2.2	99	91	2	348	29	17	18	35	1.94
105288--105576	98	2.9	99	87	1	409	43	10	15	30	1.80
106742--106805	30	2.1	30	85	0	83	34	28	18	18	1.95
107479--107690	64	3.3	63	78	5	221	27	17	20	34	1.95
109325--109380	3	18.7	3	100	0	112	66	0	0	33	0.92
110567--110618	26	2.2	23	83	13	61	40	7	17	34	1.78
112901--112947	25	1.9	24	82	4	58	38	2	8	51	1.45
119594--119636	21	2.0	22	86	4	61	32	0	2	65	1.06
119605--119663	14	4.1	14	77	14	57	30	1	0	67	1.00
127731--127764	17	1.9	18	88	5	52	73	5	20	0	1.04
127952--127989	20	1.9	20	88	0	58	36	5	31	26	1.79
128143--128217	38	2.0	37	84	5	98	49	4	0	46	1.20
129014--129050	17	2.2	17	86	13	51	54	0	8	37	1.30
130259--130299	17	2.5	17	80	11	50	21	7	2	68	1.26
135278--135317	20	2.0	21	90	5	64	27	17	22	32	1.96
137654--137695	20	2.1	20	90	0	66	54	0	19	26	1.44
139465--139503	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
144824--144867	22	2.0	22	81	0	52	68	13	0	18	1.22
145060--145100	3	13.7	3	84	0	55	26	36	4	31	1.78
147098--147172	5	15.0	5	75	20	59	72	1	0	26	0.93
147086--147172	16	5.4	16	76	14	81	72	1	0	26	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147099--147163	8	8.2	8	77	16	64	70	1	0	27	0.96
147121--147174	17	3.2	18	89	7	78	72	1	0	25	0.95
147090--147172	28	2.8	29	82	15	91	71	1	0	27	0.94
147182--147244	10	6.3	10	77	0	72	33	0	36	30	1.58
147182--147238	20	2.8	20	94	0	96	35	0	36	28	1.58
147736--147800	25	2.5	26	85	11	82	46	3	0	50	1.17
147784--147822	20	2.0	20	85	10	53	43	0	0	56	0.99
148881--149154	137	2.0	137	100	0	548	27	17	17	37	1.92
151853--151911	6	9.8	6	77	0	55	28	18	22	30	1.97
151859--151923	30	2.2	30	97	0	121	27	16	24	30	1.97
153109--153157	24	2.0	24	96	0	89	40	12	8	38	1.72
153480--153574	47	2.0	47	84	6	122	34	0	2	63	1.07
153492--153552	21	3.0	21	74	13	56	31	0	1	67	1.01
155291--155493	64	3.0	67	75	11	218	30	12	8	47	1.72
155666--155698	17	1.9	17	93	0	57	30	36	24	9	1.86
162065--162106	20	2.1	20	100	0	84	35	30	14	19	1.91
162215--162263	20	2.5	20	96	0	89	28	30	18	22	1.97
162430--162480	22	2.3	22	93	0	84	19	43	15	21	1.88
162856--162951	20	4.8	20	84	1	95	15	16	21	45	1.84
162919--162958	20	2.0	20	90	0	62	12	12	22	52	1.72
164940--164993	19	2.8	19	85	0	63	9	12	25	51	1.70
164998--165066	20	3.5	20	91	0	111	18	20	24	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165053--165096	20	2.2	20	95	0	79	13	13	22	50	1.77
165000--165086	40	2.2	40	82	0	102	18	17	24	40	1.91
165570--165698	21	6.1	21	75	0	114	20	37	18	23	1.94
165580--165713	42	3.2	42	89	2	189	22	37	18	21	1.94
165575--165713	21	6.6	21	70	3	100	22	37	18	21	1.94
167236--167300	20	3.2	20	86	4	87	43	26	16	13	1.86
167384--167500	20	5.8	20	91	0	171	27	17	21	33	1.96
169933--169986	24	2.2	24	90	0	81	44	20	12	22	1.85
170640--170673	17	2.0	17	100	0	68	23	5	35	35	1.79
170947--170992	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
170958--170994	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
172230--172258	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
175618--175690	31	2.4	31	97	0	137	35	23	17	23	1.95
175702--175788	32	2.8	32	87	5	124	33	17	17	32	1.93
175975--176012	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
176730--176784	24	2.5	21	83	16	83	20	27	23	29	1.99
176735--176783	24	2.0	24	100	0	98	20	30	20	28	1.98
178886--178919	16	2.1	17	88	5	52	38	2	17	41	1.65
180040--180084	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
181786--181852	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
184929--184973	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
186666--186732	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193313--193388	20	3.7	20	75	18	66	31	23	18	26	1.97
195254--195290	18	2.0	19	94	5	67	13	0	27	59	1.35
195258--195301	18	2.5	18	85	3	63	18	0	27	54	1.44
195980--196016	19	1.9	19	94	0	65	24	35	16	24	1.95
195917--196045	65	2.0	64	82	14	158	31	25	16	27	1.96
195991--196108	57	2.1	57	85	4	159	32	23	15	28	1.95
206442--206492	19	2.7	19	96	0	93	29	27	21	21	1.99
206541--206761	21	10.6	21	68	20	124	24	18	23	33	1.96
206541--206786	42	5.9	41	84	5	239	24	18	22	34	1.96
206627--206782	21	7.4	21	70	18	101	23	18	20	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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