genome.fa.s7819.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007819.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110156_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3855360

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2614048--2614087	20	2.0	20	95	0	71	20	47	15	17	1.83
2614076--2614113	20	1.9	20	88	0	58	26	50	7	15	1.72
2614165--2614229	29	2.2	29	97	0	121	16	35	32	15	1.91
2622613--2622637	13	1.9	13	100	0	50	52	8	8	32	1.60
2622880--2622921	13	3.2	13	86	6	50	57	0	2	40	1.12
2628059--2628165	45	2.3	47	91	8	173	29	8	19	42	1.81
2637499--2637690	6	30.3	6	70	23	69	75	0	16	7	1.06
2637509--2637691	7	24.6	7	70	17	86	75	0	15	7	1.05
2637509--2637691	15	12.3	15	65	24	75	75	0	15	7	1.05
2637516--2637690	31	5.6	29	68	21	81	76	0	15	8	1.05
2637627--2637683	29	1.9	29	86	10	80	77	0	15	7	0.98
2637526--2637693	36	4.7	35	72	19	125	75	0	15	8	1.06
2637502--2637694	17	11.8	15	69	19	88	75	0	16	7	1.05
2637691--2637776	45	1.9	45	81	13	106	37	16	27	18	1.92
2638872--2638942	37	2.0	36	91	5	117	36	21	21	21	1.95
2638944--2639362	55	7.9	51	77	12	343	30	15	23	30	1.95
2638964--2639357	162	2.5	158	84	7	496	30	15	23	30	1.95
2639994--2640202	105	2.0	104	97	2	393	26	11	20	41	1.86
2650791--2650835	22	2.0	22	86	8	63	68	0	2	28	1.01
2650791--2650836	24	1.9	24	82	8	58	67	0	2	30	1.03
2661918--2661983	33	2.0	33	100	0	132	30	3	21	45	1.67
2665800--2666100	151	2.0	150	96	3	561	20	20	17	41	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2667361--2667395	17	2.1	17	100	0	70	28	34	5	31	1.81
2670654--2670705	27	2.0	26	85	10	72	50	0	0	50	1.00
2679386--2679419	14	2.4	15	85	14	54	50	26	0	23	1.50
2679387--2679439	21	2.5	21	81	0	61	50	26	0	22	1.49
2679517--2679828	156	2.0	156	96	3	576	47	16	10	25	1.77
2683036--2683073	20	1.9	20	100	0	76	23	28	10	36	1.88
2683505--2683542	18	2.1	19	90	5	60	36	23	0	39	1.55
2690206--2690239	11	3.0	12	91	8	54	76	0	8	14	1.01
2693311--2693348	16	2.4	17	86	13	62	26	0	5	68	1.11
2695075--2695142	27	2.4	31	74	25	85	19	45	16	19	1.85
2695454--2695481	9	3.1	9	100	0	56	35	21	42	0	1.53
2705837--2705892	23	2.4	23	84	0	76	23	16	10	50	1.76
2707869--2707926	29	2.0	29	96	0	107	53	3	12	31	1.54
2715451--2715497	23	2.0	24	84	12	62	59	8	2	29	1.39
2718507--2719388	128	6.9	128	94	1	1522	22	24	20	32	1.98
2719725--2719772	11	4.1	11	76	23	53	10	10	50	29	1.70
2719886--2719929	13	3.5	13	93	3	72	13	15	52	18	1.75
2721368--2721468	34	3.0	34	85	0	139	38	2	3	54	1.34
2721979--2722042	21	3.0	21	86	4	76	21	21	34	21	1.97
2722055--2722102	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
2723822--2723888	14	4.6	14	75	12	55	58	1	0	40	1.07
2723819--2723890	29	2.5	29	80	6	85	58	1	0	40	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2735805--2735855	25	2.0	25	96	0	93	29	15	35	19	1.93
2737512--2737571	21	2.9	21	80	7	68	46	33	1	18	1.59
2744148--2744196	16	2.8	18	79	17	59	59	0	2	38	1.09
2744165--2744208	22	2.0	23	86	4	63	56	0	0	43	0.99
2744501--2744689	94	2.0	92	88	4	281	38	10	8	42	1.71
2753082--2753123	22	1.9	22	90	0	66	0	21	2	76	0.90
2755786--2755821	18	2.0	18	88	0	54	30	13	2	52	1.55
2755844--2755898	20	2.8	20	100	0	110	58	0	9	32	1.30
2755844--2755894	9	5.1	10	73	17	52	54	0	9	35	1.33
2758461--2758493	14	2.4	14	95	5	59	42	30	0	27	1.56
2758467--2758514	21	2.3	20	82	10	53	41	27	0	31	1.56
2758808--2758873	24	2.8	24	74	19	66	45	0	3	51	1.16
2759584--2759629	22	2.1	22	100	0	92	17	4	52	26	1.63
2759723--2759748	10	2.6	10	100	0	52	30	11	7	50	1.67
2765608--2765661	27	2.0	27	82	3	65	48	9	7	35	1.63
2769856--2769899	20	2.2	20	88	8	63	79	0	2	18	0.83
2770571--2770672	37	2.8	37	89	0	141	30	14	14	40	1.86
2771125--2771320	83	2.4	83	85	0	259	25	19	24	30	1.98
2771508--2772460	106	9.0	106	93	0	1458	21	18	25	33	1.96
2773369--2773445	22	3.5	22	98	0	145	22	12	28	36	1.91
2774077--2774151	20	3.9	18	78	18	73	2	10	4	82	0.90
2774076--2774165	9	9.9	9	69	27	57	2	12	4	81	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2774107--2774153	25	1.9	24	86	4	67	0	12	4	82	0.80
2774076--2774160	37	2.3	35	84	11	109	2	11	3	82	0.89
2774075--2774152	7	11.0	7	77	15	72	2	11	3	82	0.91
2775328--2775364	16	2.3	16	95	0	65	29	13	27	29	1.94
2777829--2777990	4	40.2	4	66	27	53	70	2	4	22	1.17
2777829--2777919	46	1.9	48	84	4	123	74	4	1	19	1.05
2777899--2778052	78	2.0	80	81	12	185	64	2	7	25	1.34
2778598--2778695	37	2.6	37	81	0	115	32	14	12	40	1.83
2808136--2808225	44	2.0	44	95	0	162	22	23	14	40	1.90
2809605--2809637	11	3.1	11	86	8	50	39	0	0	60	0.97
2810239--2810277	13	3.1	12	88	7	51	53	0	2	43	1.14
2810259--2810301	19	2.2	19	84	12	52	58	2	2	37	1.24
2814125--2814181	20	2.9	21	79	7	66	15	26	29	28	1.96
2814125--2814182	19	3.0	20	78	9	66	15	25	29	29	1.96
2820070--2820107	20	1.9	20	88	0	58	13	26	36	23	1.91
2823945--2824168	117	1.9	117	82	5	283	28	15	8	47	1.75
2826577--2826616	21	1.9	21	89	0	62	35	10	2	52	1.48
2830052--2830521	235	2.0	235	100	0	940	36	18	18	26	1.94
2830714--2830746	16	2.1	16	94	0	57	33	3	0	63	1.10
2846312--2846387	40	1.9	40	83	5	100	53	7	2	35	1.44
2847027--2847051	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2847051--2847093	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2847844--2847900	20	2.8	21	89	7	91	22	26	10	40	1.86
2858790--2858835	24	1.9	24	82	8	58	19	17	17	45	1.85
2879465--2879506	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2881366--2881437	33	2.2	33	82	9	85	29	1	1	68	1.07
2894241--2894308	28	2.4	28	92	0	109	54	4	7	33	1.48
2900332--2900366	17	2.1	17	88	0	52	51	11	5	31	1.61
2903010--2903066	19	3.0	19	87	5	80	22	10	31	35	1.88
2903241--2903282	19	2.2	19	95	0	75	21	14	30	33	1.93
2903026--2903458	216	2.0	215	97	0	812	25	15	16	42	1.88
2903740--2903863	62	2.0	62	85	0	167	41	21	6	29	1.78
2903888--2903925	20	1.9	20	100	0	76	23	28	10	36	1.88
2906927--2907052	24	5.2	24	87	7	107	42	19	16	22	1.89
2906934--2907048	48	2.4	47	88	5	160	40	19	17	22	1.91
2906934--2907065	48	2.7	47	80	11	151	42	18	16	21	1.89
2909512--2909588	13	6.2	13	73	22	58	16	18	48	16	1.82
2909518--2909612	18	5.6	18	78	12	110	13	20	49	16	1.79
2909512--2909608	31	3.1	29	82	8	97	15	20	47	16	1.83
2911112--2911213	19	5.6	19	86	11	151	16	29	35	18	1.93
2911133--2911207	33	2.3	33	95	0	132	16	29	34	20	1.94
2911104--2911213	52	2.1	52	94	0	193	16	29	35	19	1.93
2912368--2912402	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
2916139--2916204	14	4.4	14	77	17	69	15	30	34	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2916147--2916210	19	3.7	18	74	20	64	17	31	34	17	1.93
2916139--2916210	33	2.2	33	92	0	117	16	30	34	18	1.93
2917359--2917393	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
2919721--2919773	21	2.5	21	87	0	79	28	28	22	20	1.99
2919791--2920042	40	6.2	40	92	2	398	21	19	23	35	1.96
2919807--2920038	21	11.4	20	67	20	135	21	19	22	36	1.95
2920697--2920766	23	3.2	23	76	15	94	37	20	22	20	1.95
2920712--2920806	19	4.6	20	75	15	95	34	25	20	20	1.96
2920698--2920791	42	2.2	42	94	0	161	36	22	20	21	1.95
2926645--2926717	30	2.3	34	74	11	82	30	16	0	53	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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