genome.fa.s7819.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007819.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110156_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3855360

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

This is table  10  of  17  ( 2007 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1910191--1910216	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1916167--1916241	21	3.6	21	94	0	123	21	34	32	12	1.90
1920278--1920318	17	2.5	17	84	7	50	68	7	0	24	1.15
1922200--1922247	9	5.4	9	80	2	53	35	37	0	27	1.57
1924191--1924242	22	2.4	22	90	9	81	59	5	3	30	1.39
1925283--1925364	27	2.8	28	75	17	78	46	9	9	34	1.70
1928720--1928878	80	2.0	77	85	6	212	33	2	11	52	1.51
1930235--1930279	18	2.5	18	100	0	90	44	4	4	46	1.43
1936139--1936256	60	2.0	60	91	0	191	17	41	7	33	1.78
1938811--1938864	27	2.0	26	86	13	74	62	0	0	37	0.95
1938929--1938961	14	2.4	14	90	5	50	81	0	3	15	0.80
1939334--1939378	11	4.1	11	80	11	56	73	0	0	26	0.84
1939328--1939383	22	3.2	16	73	26	51	75	0	0	25	0.81
1939714--1940408	84	8.4	84	76	6	596	25	19	24	30	1.98
1939702--1940323	165	3.8	165	83	3	644	25	20	23	30	1.99
1939799--1940410	249	2.4	251	85	4	772	25	19	24	30	1.98
1939912--1940400	165	2.9	168	83	6	469	26	19	23	30	1.98
1940532--1940841	110	2.9	110	91	1	484	24	20	22	32	1.97
1944490--1944525	14	2.6	14	86	4	56	66	0	0	33	0.92
1944913--1944997	33	2.6	34	90	5	122	28	14	17	40	1.88
1944927--1944997	33	2.2	33	97	0	133	26	11	19	42	1.85
1945049--1945109	5	11.6	5	80	13	52	70	0	0	29	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1945046--1945106	3	20.7	3	78	18	58	70	0	0	29	0.88
1945046--1945109	27	2.4	27	87	10	96	70	0	0	29	0.88
1947954--1948007	24	2.2	25	90	3	83	31	11	27	29	1.91
1948026--1948068	19	2.3	19	95	0	77	23	27	25	23	2.00
1949984--1950018	18	1.9	18	88	11	54	25	20	5	48	1.71
1955720--1956124	202	2.0	202	100	0	810	33	14	17	34	1.90
1957367--1957537	36	4.7	36	90	5	274	26	5	18	49	1.69
1957367--1957533	73	2.3	73	92	4	275	26	5	17	49	1.68
1957551--1957632	37	2.2	36	89	2	119	28	4	19	47	1.70
1957568--1957690	55	2.2	54	84	8	167	30	7	17	45	1.75
1957363--1957687	18	17.7	18	66	16	125	28	6	18	47	1.72
1957625--1957738	37	3.1	37	82	2	140	32	6	14	46	1.70
1957734--1957820	37	2.4	36	81	7	95	26	4	19	49	1.67
1957752--1957819	18	3.7	18	73	11	57	25	5	19	50	1.70
1957770--1957819	19	2.7	18	79	11	57	26	4	22	48	1.68
1961140--1961170	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1961529--1961666	60	2.3	59	78	14	147	36	15	12	36	1.85
1962070--1962114	23	1.9	24	95	4	83	40	4	0	55	1.20
1966462--1966508	2	24.0	2	95	4	87	48	0	0	51	1.00
1971818--1971855	15	2.5	15	83	12	51	36	0	0	63	0.95
1971813--1971863	18	2.9	18	82	8	61	37	0	0	62	0.95
1982022--1982063	2	21.5	2	81	13	52	50	0	2	47	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1985725--1985779	23	2.4	23	90	3	85	18	21	36	23	1.95
1991543--1991580	19	2.0	19	94	0	67	13	21	42	23	1.88
1992263--1992333	24	3.0	24	81	2	90	21	25	23	29	1.99
1993186--1993225	19	2.1	19	85	4	53	35	12	2	50	1.54
1993832--1993975	69	2.1	69	100	0	288	25	20	27	26	1.99
2006280--2006585	154	2.0	154	98	0	594	22	19	25	32	1.98
2022244--2022296	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
2026672--2026733	24	2.7	23	75	24	67	14	0	11	74	1.08
2026677--2026733	13	4.5	13	78	20	59	14	0	10	75	1.05
2027239--2027296	27	2.1	27	81	6	64	46	5	3	44	1.42
2027760--2027811	18	2.7	19	77	19	63	30	3	1	63	1.23
2031682--2031918	114	2.1	114	92	0	393	38	15	19	25	1.92
2034586--2034624	19	2.1	19	85	0	51	58	0	23	17	1.38
2036128--2036169	22	2.0	22	95	4	77	69	0	0	30	0.89
2048715--2048754	21	1.9	21	94	0	71	32	12	5	50	1.62
2048745--2048821	33	2.4	32	82	8	102	31	9	14	45	1.76
2049236--2049532	120	2.5	120	83	4	368	49	7	13	29	1.70
2052657--2052715	31	1.9	31	92	0	100	33	11	16	37	1.86
2054369--2054415	16	2.7	17	80	12	51	57	0	0	42	0.98
2054966--2055151	89	2.0	90	92	5	311	23	22	21	32	1.98
2055588--2055630	21	2.0	21	86	13	61	46	2	0	51	1.13
2055626--2055656	12	2.6	12	100	0	62	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2055616--2055686	16	4.6	16	77	18	62	49	0	0	50	1.00
2055639--2055690	8	6.2	8	76	8	50	48	0	0	51	1.00
2055703--2055767	27	2.4	28	82	5	71	43	0	1	55	1.09
2057705--2057739	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2065333--2065595	133	2.0	134	99	0	519	28	25	21	24	1.99
2067519--2067582	33	1.9	33	96	0	119	43	18	12	25	1.85
2067571--2067668	43	2.3	43	82	3	108	31	12	22	33	1.91
2067980--2068024	2	22.0	2	95	4	81	48	2	0	48	1.13
2073627--2073683	24	2.4	24	85	5	71	15	14	12	57	1.65
2073645--2073694	24	2.0	25	88	3	75	12	16	16	56	1.68
2075368--2075409	23	2.0	21	86	13	59	28	2	21	47	1.63
2076054--2076083	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2076297--2076394	39	2.5	40	91	4	157	32	16	17	33	1.92
2084499--2084537	12	3.4	11	92	3	51	64	35	0	0	0.94
2084507--2084537	6	5.2	6	100	0	62	64	35	0	0	0.94
2088119--2088164	17	2.8	16	80	6	56	23	2	0	73	0.94
2104444--2104520	24	3.2	24	98	0	145	33	19	28	18	1.95
2105832--2105896	23	2.8	23	80	0	76	16	24	24	33	1.96
2110653--2110713	23	2.7	23	78	0	68	19	27	24	27	1.99
2112183--2112211	3	10.0	3	92	7	51	34	34	0	31	1.58
2112184--2112211	14	2.0	14	100	0	56	35	35	0	28	1.58
2114242--2114285	15	2.9	15	82	3	52	65	2	0	31	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2118827--2118870	19	2.5	18	82	13	56	36	4	0	59	1.18
2118901--2118960	23	2.7	23	82	10	81	58	0	1	40	1.08
2122534--2122879	163	2.1	164	85	2	464	33	14	14	36	1.87
2122534--2122879	82	4.2	81	87	2	442	33	14	14	36	1.87
2125637--2125719	31	2.7	31	94	0	139	25	30	14	30	1.95
2127752--2127811	31	1.9	31	86	0	84	25	23	11	40	1.88
2132993--2133317	163	2.0	161	97	2	616	37	19	17	26	1.93
2136434--2136560	63	2.0	63	100	0	254	25	22	15	37	1.93
2136912--2137068	77	2.0	77	98	0	305	58	13	6	21	1.57
2150630--2150682	15	3.4	15	77	10	61	22	32	26	18	1.97
2150630--2150698	32	2.2	32	89	0	102	21	31	26	20	1.98
2150806--2150860	22	2.6	21	80	5	65	40	1	0	58	1.09
2152112--2152152	2	21.5	2	90	9	68	48	0	0	51	1.00
2152233--2152265	16	2.1	16	94	0	57	60	24	9	6	1.49
2152329--2152385	23	2.5	23	85	0	69	61	17	5	15	1.52
2152349--2152394	23	2.0	23	83	8	58	63	23	4	8	1.42
2152664--2152721	10	5.4	10	80	15	71	55	10	15	18	1.68
2152651--2152721	34	2.1	34	91	0	115	56	11	14	18	1.67
2152651--2152738	14	7.0	14	69	26	56	54	12	14	18	1.71
2160007--2160037	13	2.3	14	94	5	55	54	6	6	32	1.51
2160914--2161406	253	2.0	251	91	4	814	46	7	11	34	1.68
2163818--2163848	13	2.3	14	94	5	55	54	6	6	32	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2164729--2165210	251	1.9	253	93	2	837	46	7	11	35	1.68
2168439--2168500	29	2.1	30	87	3	90	29	3	3	64	1.25
2168640--2168733	29	3.2	29	80	8	109	56	0	7	36	1.28
2169267--2169314	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2170344--2170451	37	3.0	38	82	7	111	33	6	18	41	1.76
2174865--2174984	35	3.3	36	87	6	172	31	4	20	43	1.71
2177821--2177855	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2180649--2180687	17	2.3	17	100	0	78	53	5	25	15	1.62
2187750--2187775	12	2.2	12	100	0	52	23	19	34	23	1.96
2195241--2195276	11	3.2	11	84	7	54	52	2	0	44	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17