genome.fa.s7819.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007819.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110156_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3855360

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2221561--2221628	29	2.3	29	92	0	118	39	22	7	30	1.81
2221934--2222001	34	2.0	34	94	0	118	42	13	10	33	1.78
2227926--2227956	16	1.9	16	100	0	62	29	38	12	19	1.89
2238160--2238234	32	2.4	31	82	8	89	56	1	4	38	1.27
2239196--2239237	21	2.0	21	81	9	50	35	2	4	57	1.33
2252095--2252488	199	2.0	198	88	3	596	41	17	19	21	1.90
2258038--2258127	46	2.0	46	93	0	153	27	17	12	42	1.85
2259513--2259622	54	2.0	54	89	0	166	30	17	16	36	1.92
2280741--2280803	21	2.9	21	83	4	63	20	38	25	15	1.92
2280785--2280824	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
2284402--2284453	22	2.3	23	90	6	88	25	21	19	34	1.96
2285072--2285145	25	3.0	25	91	0	121	22	14	29	32	1.94
2288697--2288752	29	1.9	29	100	0	112	39	7	17	35	1.78
2288703--2288764	29	2.1	29	84	0	79	46	6	14	32	1.70
2291795--2291859	31	2.2	29	83	10	78	50	4	1	43	1.32
2297926--2298004	31	2.5	31	75	4	88	37	20	24	17	1.93
2316771--2316795	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
2321272--2321467	92	2.1	92	97	0	365	47	14	14	22	1.81
2321200--2321738	204	2.5	209	88	7	741	46	14	15	24	1.83
2321364--2321738	112	3.3	112	93	2	637	45	15	16	22	1.84
2321629--2322081	182	2.5	182	88	1	665	44	12	14	28	1.82
2324399--2324445	18	2.6	18	86	10	60	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2324727--2324761	17	2.1	17	94	0	61	51	0	0	48	1.00
2324901--2324936	13	2.8	13	86	0	54	69	8	2	19	1.27
2332617--2332652	16	2.2	17	90	5	56	27	44	11	16	1.82
2334360--2334416	20	2.8	21	73	17	57	43	3	3	49	1.36
2339651--2339718	2	34.0	2	100	0	136	50	0	0	50	1.00
2343279--2343423	51	2.8	50	84	4	191	49	13	11	26	1.74
2344228--2344268	17	2.4	17	80	19	50	51	0	7	41	1.30
2347831--2347883	21	2.5	21	81	0	70	20	22	18	37	1.94
2347873--2347986	20	5.7	20	88	2	174	38	19	21	21	1.93
2347873--2348004	40	3.3	40	88	3	176	37	20	21	21	1.95
2348542--2348614	33	2.2	34	85	7	96	15	19	24	41	1.89
2348586--2348650	20	3.2	20	86	0	67	15	15	24	44	1.85
2348602--2348656	20	2.8	20	88	0	74	10	14	23	50	1.74
2350534--2350768	20	12.4	20	79	12	210	42	20	18	18	1.89
2350815--2350881	20	3.3	20	89	0	71	22	17	20	38	1.93
2351364--2351407	21	2.3	19	88	11	63	20	34	20	25	1.97
2352998--2353073	33	2.3	34	95	2	136	46	19	22	11	1.82
2353088--2353163	33	2.3	34	93	2	127	14	23	18	43	1.87
2353155--2353249	20	4.8	20	90	3	156	20	22	25	32	1.97
2355672--2355726	24	2.3	24	84	6	67	38	16	18	27	1.92
2356558--2356608	20	2.5	20	90	0	84	27	19	23	29	1.98
2359064--2359481	206	2.0	206	99	0	818	30	20	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2359548--2359610	11	5.9	11	71	14	51	55	3	1	39	1.25
2359742--2359781	14	2.9	14	96	0	71	50	22	2	25	1.62
2359938--2359986	21	2.3	21	92	0	80	36	38	8	16	1.78
2359938--2359986	14	3.5	14	80	0	53	36	38	8	16	1.78
2361352--2361420	11	6.2	11	87	1	102	24	11	26	37	1.89
2361352--2361428	11	6.9	11	88	2	82	25	11	25	36	1.90
2363211--2363280	29	2.4	29	81	9	81	48	17	17	17	1.81
2365949--2366024	2	40.5	2	83	12	99	47	0	0	52	1.00
2368362--2368454	21	4.6	20	79	4	105	39	18	23	18	1.92
2368359--2368454	41	2.3	41	96	0	174	40	17	22	18	1.91
2368381--2368515	41	3.3	41	81	6	123	38	20	20	20	1.94
2368443--2368537	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
2369032--2369069	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
2370388--2370432	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
2370905--2370950	20	2.3	20	88	0	65	36	26	21	15	1.93
2370916--2370971	20	2.8	20	78	2	60	41	19	23	16	1.90
2370960--2371017	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
2370944--2371034	32	2.8	33	93	3	157	48	21	18	10	1.79
2370905--2371034	19	7.3	19	69	20	75	44	23	20	12	1.84
2371038--2371095	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
2371037--2371111	32	2.3	33	95	2	134	10	18	25	45	1.82
2371052--2371169	20	6.4	19	76	11	77	13	19	23	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2373016--2373051	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2373599--2373632	14	2.4	14	85	0	50	32	0	20	47	1.51
2374180--2374215	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2372767--2374588	581	3.1	584	97	1	3405	32	12	19	36	1.88
2375678--2375702	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2377951--2378070	19	6.7	19	71	20	62	44	20	24	10	1.83
2377970--2378070	19	5.8	19	70	21	96	45	18	23	11	1.83
2377972--2378066	33	2.9	33	98	0	181	44	18	24	12	1.85
2378066--2378108	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
2378094--2378127	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
2378247--2378283	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
2379666--2379757	41	2.2	41	82	1	112	23	16	38	21	1.93
2381744--2381947	19	11.1	19	78	13	185	43	21	22	12	1.86
2381839--2381947	58	1.9	57	90	1	173	45	21	20	12	1.84
2381744--2381947	33	5.6	38	81	9	185	43	21	22	12	1.86
2381943--2381985	18	2.4	18	92	0	68	9	16	27	46	1.77
2382545--2382658	20	5.7	20	84	2	120	23	18	24	33	1.97
2382545--2382661	61	1.9	61	87	0	171	23	17	23	35	1.96
2382545--2382679	61	2.2	61	82	5	166	22	18	23	35	1.96
2382647--2382742	41	2.3	41	90	0	156	19	21	16	41	1.90
2382647--2382739	21	4.6	20	74	4	87	19	22	17	40	1.91
2386396--2386467	29	2.5	29	100	0	144	38	11	11	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2386489--2386547	30	2.0	30	93	0	100	38	5	23	32	1.77
2386793--2386860	24	2.8	24	70	18	68	23	23	25	27	2.00
2392158--2392232	29	2.7	28	92	8	127	40	10	10	38	1.75
2392253--2392311	30	2.0	30	93	0	100	38	5	23	32	1.77
2392557--2392624	24	2.8	24	70	18	68	23	23	25	27	2.00
2394594--2394679	38	2.3	38	97	0	163	20	26	2	50	1.61
2394738--2394789	19	2.8	18	80	5	68	32	17	1	48	1.58
2397525--2397594	31	2.3	30	76	11	72	32	21	7	38	1.81
2399043--2399259	112	1.9	111	97	0	407	26	12	24	35	1.91
2399285--2399347	23	2.7	23	87	4	92	20	26	26	25	1.99
2405450--2405487	20	1.9	20	88	0	58	23	34	31	10	1.89
2405966--2406183	103	2.1	103	97	0	409	24	13	24	38	1.91
2406200--2406262	23	2.7	23	87	4	92	20	26	26	25	1.99
2408545--2408579	2	17.5	2	93	0	61	45	0	0	54	0.99
2412890--2412952	29	2.1	30	85	2	83	42	11	12	33	1.78
2419331--2419380	21	2.4	21	89	0	82	14	10	12	64	1.51
2421905--2421990	31	2.8	31	92	0	136	43	10	19	26	1.84
2425844--2425895	20	2.5	21	84	3	70	38	19	23	19	1.93
2425881--2426018	41	3.4	41	83	6	163	34	25	18	21	1.96
2425884--2425998	20	5.7	20	84	6	133	31	26	19	22	1.98
2426152--2426185	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
2428033--2428124	19	5.4	19	66	24	78	43	18	21	16	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2428033--2428159	33	3.8	33	85	4	175	44	18	21	14	1.86
2428034--2428166	66	2.0	66	92	0	221	43	18	21	16	1.88
2428322--2428358	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
2429709--2429774	21	3.1	21	67	4	53	19	19	36	24	1.95
2430048--2430232	91	2.0	90	91	6	300	47	18	12	21	1.82
2431944--2432042	33	3.0	33	92	1	162	39	23	26	11	1.88
2431919--2432064	19	8.1	19	71	17	114	41	20	26	11	1.86
2432060--2432107	19	2.5	19	77	12	53	10	14	27	47	1.76
2432626--2432678	20	2.7	20	87	0	79	28	20	26	24	1.99
2432689--2432740	20	2.5	20	81	3	59	17	25	19	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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