genome.fa.s7819.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007819.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110156_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3855360

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2435931--2436004	24	3.1	23	71	11	69	45	6	4	43	1.49
2435913--2436004	47	2.0	47	95	0	166	43	8	6	41	1.61
2435913--2435988	23	3.3	23	75	10	91	40	9	7	42	1.66
2436105--2436191	33	2.6	34	81	5	106	66	11	2	19	1.33
2440915--2440981	33	2.0	33	88	0	98	44	17	4	32	1.69
2441248--2441419	12	15.5	11	69	17	54	22	4	1	71	1.11
2441249--2441387	66	2.1	68	80	10	153	24	5	0	69	1.13
2441358--2441420	22	2.8	23	79	11	69	22	1	1	74	0.99
2448501--2448619	60	2.0	60	81	3	141	41	9	20	29	1.83
2448908--2448946	18	2.2	18	86	9	53	53	5	38	2	1.37
2449445--2449477	13	2.5	13	95	0	57	36	6	0	57	1.23
2450512--2450536	13	1.9	13	100	0	50	40	8	12	40	1.72
2453751--2453790	19	2.1	19	95	0	71	32	0	35	32	1.58
2454840--2454917	21	3.7	21	96	0	138	25	26	23	24	2.00
2455786--2455862	20	4.1	20	67	23	67	19	27	32	20	1.97
2461152--2461190	3	13.0	3	88	0	60	61	5	0	33	1.18
2461152--2461190	12	3.2	12	96	0	69	61	5	0	33	1.18
2461423--2461478	16	3.3	16	68	22	51	19	23	8	48	1.77
2461861--2462035	91	1.9	91	88	3	262	22	22	15	39	1.91
2463033--2463130	33	2.9	34	80	10	121	8	13	1	77	1.03
2463059--2463129	16	4.4	16	77	13	74	8	12	1	77	1.05
2463047--2463105	24	2.6	23	75	24	70	8	13	0	77	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2463049--2463113	19	3.7	18	76	21	66	9	13	0	76	1.00
2476958--2477000	3	14.7	3	85	4	61	60	2	0	37	1.10
2478882--2478974	21	4.3	21	75	15	91	24	12	26	35	1.92
2478904--2478989	44	2.0	44	81	4	102	26	16	24	32	1.96
2479628--2479686	22	2.7	22	82	10	66	55	20	8	15	1.65
2479642--2479686	22	2.0	22	91	0	72	57	20	6	15	1.60
2479807--2479864	24	2.4	24	91	0	98	55	10	8	25	1.62
2488252--2488503	121	2.1	122	85	0	344	43	9	16	30	1.79
2494650--2494690	19	2.1	20	86	4	57	82	12	0	4	0.81
2494805--2494850	18	2.6	18	89	3	67	28	28	8	34	1.87
2496279--2496355	38	2.0	38	100	0	154	24	25	18	31	1.97
2502813--2502863	24	2.2	22	83	10	66	35	5	1	56	1.35
2503730--2503806	39	2.0	39	92	0	127	22	42	18	16	1.89
2504112--2504143	16	1.9	17	93	6	57	78	9	12	0	0.97
2505244--2505320	12	6.7	11	79	10	75	29	2	2	64	1.20
2505245--2505309	34	1.9	34	84	12	89	30	3	3	63	1.25
2505255--2505320	23	3.0	21	78	18	80	30	3	1	65	1.17
2505325--2505367	2	21.5	2	90	0	68	48	0	2	48	1.14
2505457--2505504	18	2.5	19	77	16	55	45	6	0	47	1.27
2505324--2505641	129	2.5	123	75	17	306	40	6	5	47	1.53
2505577--2505639	23	2.7	23	80	5	72	47	0	0	52	1.00
2506119--2506170	7	6.9	7	79	16	59	26	0	0	73	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2506117--2506172	16	3.2	16	79	20	60	25	0	0	75	0.81
2506123--2506175	13	4.1	14	85	9	69	26	0	0	73	0.83
2506115--2506175	20	3.2	20	76	21	67	26	0	0	73	0.83
2506115--2506170	23	2.5	23	80	13	80	26	0	0	73	0.84
2507757--2507809	14	3.7	14	85	5	70	22	13	9	54	1.67
2510402--2510455	13	4.2	13	83	7	65	83	0	16	0	0.65
2512685--2512949	83	3.2	83	95	1	460	27	13	21	36	1.92
2515178--2515378	54	3.8	52	80	7	212	39	15	21	23	1.91
2515750--2515804	22	2.5	22	90	0	92	34	12	14	38	1.84
2516307--2516628	166	1.9	164	90	4	513	35	14	12	38	1.84
2516626--2516907	36	7.7	36	72	9	230	31	19	10	37	1.86
2516636--2516932	73	4.1	73	97	0	522	32	20	11	35	1.89
2516939--2517273	113	3.0	113	95	0	589	37	15	18	27	1.92
2517514--2517590	39	2.0	39	92	0	127	22	42	18	16	1.89
2517895--2517926	16	1.9	17	93	6	57	78	9	12	0	0.97
2519026--2519102	12	6.7	11	79	10	75	29	2	2	64	1.20
2519027--2519091	34	1.9	34	84	12	89	30	3	3	63	1.25
2519037--2519102	23	3.0	21	78	18	80	30	3	1	65	1.17
2519107--2519159	2	26.5	2	92	0	88	49	0	1	49	1.12
2519248--2519295	18	2.5	19	77	16	55	45	6	0	47	1.27
2519828--2519857	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2524047--2525122	164	6.5	164	77	5	804	30	25	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2524042--2525085	84	12.6	83	78	5	948	29	25	20	24	1.99
2524042--2525122	248	4.3	248	90	0	1543	30	25	20	23	1.99
2525698--2525748	24	2.2	22	83	10	66	33	7	1	56	1.39
2526755--2526789	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2526973--2527015	19	2.3	19	83	0	50	39	2	4	53	1.34
2527740--2527783	21	2.1	21	91	8	72	38	0	0	61	0.96
2529767--2529869	44	2.4	43	86	3	136	48	5	14	31	1.67
2531537--2531590	2	28.0	2	77	7	58	51	0	0	48	1.00
2531682--2531772	30	3.0	30	85	0	119	21	26	10	40	1.87
2535679--2535718	12	3.3	12	85	0	62	32	0	0	67	0.91
2537611--2537649	18	2.1	20	86	13	57	23	2	0	74	0.94
2550158--2550192	12	2.9	12	100	0	70	42	0	0	57	0.99
2551819--2552024	76	2.7	76	87	0	288	23	31	24	20	1.98
2557774--2557836	21	2.9	21	83	4	63	20	38	25	15	1.92
2557818--2557857	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
2559788--2559838	9	6.2	8	76	19	52	13	0	27	58	1.36
2559790--2559833	17	2.6	17	85	7	63	13	0	29	56	1.38
2560425--2560633	76	2.8	76	88	0	303	23	32	23	20	1.98
2563482--2563509	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2579942--2579977	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2581360--2581385	6	4.3	6	100	0	52	34	50	15	0	1.45
2582120--2582234	21	5.5	21	67	15	76	36	25	18	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2582109--2582250	42	3.4	42	92	1	234	38	21	17	21	1.93
2583505--2583547	17	2.5	17	80	0	59	46	0	0	53	1.00
2583737--2583778	16	2.7	15	86	13	59	38	0	0	61	0.96
2585052--2585166	35	3.3	35	97	0	212	27	13	17	40	1.88
2585959--2586007	23	2.2	22	85	3	62	57	12	16	14	1.66
2591572--2591601	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
2592369--2592412	21	2.2	21	92	8	74	34	4	0	61	1.16
2592411--2592519	30	3.6	30	81	6	121	25	11	11	52	1.69
2594605--2594686	4	21.5	4	85	9	109	21	3	24	50	1.65
2594605--2594686	34	2.4	34	93	0	137	21	3	24	50	1.65
2595441--2595470	13	2.2	14	94	5	53	23	6	26	43	1.78
2595737--2595829	31	3.0	31	95	0	159	25	27	12	33	1.93
2598507--2598531	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2604970--2605060	45	2.0	44	95	2	164	39	12	8	39	1.74
2604980--2605076	45	2.2	45	87	3	135	40	15	9	35	1.79
2605804--2605864	30	2.0	30	96	0	113	29	11	31	27	1.92
2605938--2605976	20	2.0	20	94	0	69	38	30	17	12	1.88
2605938--2605976	9	4.1	9	81	12	51	38	30	17	12	1.88
2605983--2606086	29	3.6	29	89	0	145	18	29	29	22	1.97
2606386--2606428	23	1.9	23	95	4	79	41	13	34	9	1.77
2606782--2606830	23	2.1	24	85	11	66	48	0	6	44	1.27
2609029--2609061	17	1.9	17	93	0	57	45	12	6	36	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2609046--2609111	21	3.0	22	70	22	66	48	7	4	39	1.52
2609244--2609349	13	8.9	12	76	13	67	49	4	2	43	1.38
2609266--2609368	11	8.6	12	74	12	52	49	8	1	39	1.45
2609319--2609720	12	30.1	13	68	22	155	43	10	2	43	1.53
2609319--2609720	26	15.6	26	72	18	188	43	10	2	43	1.53
2609319--2609777	122	3.8	123	94	4	794	43	10	2	43	1.52
2609677--2609723	14	3.5	14	74	11	53	42	12	2	42	1.55
2613442--2613502	28	2.2	28	91	5	97	55	11	0	32	1.36
2613442--2613509	28	2.4	27	81	13	84	54	10	0	35	1.35
2613479--2613527	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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