genome.fa.s7819.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007819.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110156_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3855360

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894406--894442	13	2.8	13	100	0	74	56	0	0	43	0.99
894592--894681	10	8.6	10	73	25	64	76	3	2	17	1.02
894592--894679	6	15.2	6	69	19	53	76	3	2	18	1.04
894585--894679	18	5.3	18	75	14	81	75	3	2	18	1.03
894592--894681	14	6.4	14	74	20	73	76	3	2	17	1.02
894594--894681	21	4.1	21	72	23	69	77	3	2	17	1.01
894596--894681	36	2.7	32	78	18	97	76	3	2	17	1.03
894676--894712	19	1.9	20	88	5	58	64	5	2	27	1.28
895940--895978	18	2.2	19	86	9	55	58	2	0	38	1.12
895960--896337	36	10.6	35	83	10	311	46	6	3	43	1.46
895960--896350	37	10.9	36	82	9	355	46	6	3	43	1.48
896347--896382	18	1.9	19	94	5	65	38	5	0	55	1.23
896685--896713	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
896886--896929	22	2.0	22	82	8	54	72	6	6	13	1.25
897027--897068	15	2.9	15	86	10	52	71	2	0	26	0.98
897025--897068	20	2.2	20	87	4	61	70	2	0	27	0.99
897769--898094	39	8.4	38	79	12	324	46	6	3	43	1.46
897770--898094	117	2.8	110	82	10	364	46	6	3	43	1.46
901436--901543	56	1.9	56	83	7	139	33	20	16	29	1.95
901492--901637	64	2.3	64	83	3	186	32	19	17	30	1.95
902311--902374	30	2.1	30	88	0	92	20	18	26	34	1.96
922338--922805	152	3.0	149	73	14	398	50	7	15	26	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
922374--922928	157	3.6	155	81	6	633	48	6	16	28	1.71
925226--925268	19	2.3	19	80	8	52	41	6	0	51	1.29
928899--928944	23	2.0	23	95	0	83	36	0	13	50	1.41
932191--932217	14	1.9	14	100	0	54	51	48	0	0	1.00
934587--934672	35	2.5	35	84	0	100	40	20	1	37	1.61
934641--934683	21	2.0	21	100	0	86	46	13	0	39	1.44
935291--935525	127	1.9	127	89	5	368	35	13	14	35	1.86
936885--936924	17	2.4	17	87	8	55	72	0	10	17	1.11
936869--936930	18	3.6	18	77	16	60	72	0	8	19	1.09
937058--937125	17	3.8	19	72	14	65	70	0	10	19	1.15
938009--938058	24	2.1	24	92	0	82	42	8	10	40	1.68
939448--939478	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
941598--941857	130	2.0	130	100	0	520	27	17	25	29	1.98
945106--945216	51	2.2	51	78	3	116	20	27	30	20	1.98
945370--945409	10	4.0	10	86	0	53	30	27	0	42	1.56
945448--945486	18	2.2	18	90	4	62	35	0	2	61	1.10
948199--948296	48	2.0	48	100	0	196	26	16	22	34	1.95
951442--951522	23	3.5	23	73	15	76	46	8	9	34	1.68
951433--951647	47	4.6	47	92	1	322	42	7	12	38	1.70
951478--951671	24	8.2	24	66	22	88	40	7	12	39	1.70
952016--952094	22	3.6	22	72	13	81	32	21	16	29	1.95
953558--953612	20	2.7	21	74	5	58	25	14	25	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
954637--954687	20	2.5	20	96	0	93	39	19	21	19	1.93
955628--955730	28	3.7	28	89	0	143	22	11	29	36	1.89
957424--957458	2	17.5	2	93	0	61	48	0	2	48	1.16
957638--957682	18	2.7	16	81	18	56	22	2	2	73	1.05
957780--957895	56	2.0	58	88	3	173	51	6	7	33	1.57
957947--958037	20	5.2	19	72	20	58	68	1	3	27	1.12
957939--958033	50	1.9	50	93	0	163	70	2	3	24	1.13
958194--958233	20	2.0	20	90	0	62	32	12	17	37	1.87
959453--959510	29	2.0	29	86	0	80	13	37	25	22	1.91
959569--959620	20	2.6	20	93	0	86	26	30	30	11	1.92
959598--959691	33	2.8	33	91	0	134	25	27	38	8	1.85
959547--959687	10	13.1	10	68	14	75	24	29	35	9	1.88
959695--959779	29	2.9	29	94	0	143	22	30	34	12	1.92
959838--959894	29	2.0	29	93	6	98	21	31	35	12	1.90
965738--965816	25	3.2	24	69	7	61	69	5	5	20	1.27
966332--966384	21	2.5	21	90	0	88	18	9	33	37	1.83
968070--968111	14	2.9	14	82	6	57	71	0	0	28	0.86
970717--970797	40	2.0	42	95	4	148	48	12	9	29	1.73
971882--971981	50	2.0	50	88	7	150	36	9	22	33	1.85
979503--979752	125	2.0	125	98	1	484	45	13	4	36	1.65
985778--985823	24	1.9	24	90	0	74	19	10	10	58	1.61
985801--985935	35	3.9	35	85	4	184	19	5	17	57	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
985800--985935	36	3.9	36	87	3	206	19	5	16	58	1.59
985800--985935	71	1.9	70	92	4	229	19	5	16	58	1.59
985916--985982	25	2.6	26	97	2	127	28	0	23	47	1.52
986650--986687	14	2.5	15	87	8	51	34	0	5	60	1.19
986650--986681	16	2.0	16	100	0	64	37	0	6	56	1.25
986706--986757	8	6.5	8	81	0	50	40	28	1	28	1.67
990425--990451	14	1.9	14	100	0	54	40	7	7	44	1.60
990991--991031	21	1.9	22	95	5	75	36	0	0	63	0.95
991199--991254	16	3.4	16	72	18	60	35	0	8	55	1.31
991186--991255	34	2.1	34	83	5	88	35	4	7	52	1.48
991198--991271	34	2.2	34	92	0	130	37	1	8	52	1.40
991209--991268	20	3.3	19	69	26	58	40	1	6	51	1.38
991205--991287	34	2.4	34	87	4	103	39	2	9	48	1.49
991810--991918	31	3.5	31	86	2	148	33	14	28	23	1.94
995885--995952	3	22.0	3	75	11	57	70	0	1	27	0.96
995883--995926	10	3.9	12	78	21	51	61	0	2	36	1.09
995888--995926	10	3.9	10	93	0	60	61	0	2	35	1.10
995879--995948	23	3.2	22	84	7	81	70	0	1	28	0.96
995902--995966	13	5.1	13	81	9	71	75	0	0	24	0.81
995902--995966	14	4.1	15	84	13	69	75	0	0	24	0.81
995909--995966	20	2.8	21	72	20	50	77	0	0	22	0.77
995909--995966	6	9.2	6	83	10	62	77	0	0	22	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
996193--996454	141	1.9	141	88	1	400	25	18	28	27	1.98
997413--997459	24	2.0	24	86	0	67	8	14	0	76	1.01
997415--997462	16	2.9	16	82	11	60	6	14	0	79	0.92
997424--997463	17	2.3	18	91	4	64	7	12	0	80	0.91
997424--997463	18	2.3	18	91	4	64	7	12	0	80	0.91
1007298--1007330	9	3.7	9	95	0	57	78	18	0	3	0.87
1008409--1008447	16	2.3	18	82	13	55	66	7	5	20	1.36
1010954--1011015	3	20.0	3	76	12	54	69	0	1	29	0.98
1010952--1010995	10	3.9	12	78	21	51	61	0	2	36	1.09
1010957--1010995	10	3.9	10	93	0	60	61	0	2	35	1.10
1010971--1011028	13	4.5	13	82	6	64	74	0	0	25	0.82
1010971--1011021	14	3.3	15	83	10	59	74	0	0	25	0.82
1010978--1011029	6	8.2	6	81	12	50	76	0	0	23	0.78
1010981--1011029	24	2.0	24	84	7	64	77	0	0	22	0.77
1012310--1012387	31	2.5	31	89	0	120	33	15	28	23	1.95
1012651--1012726	31	2.5	31	95	0	134	36	17	23	22	1.94
1020542--1020600	8	7.4	8	94	0	64	54	0	0	45	0.99
1020547--1020598	2	26.0	2	96	0	95	51	0	0	48	1.00
1021634--1021669	18	2.0	18	88	0	54	16	0	11	72	1.12
1025466--1025505	21	1.9	21	84	0	53	40	2	0	57	1.12
1027357--1027392	18	1.9	19	88	5	56	41	8	0	50	1.33
1030077--1030151	30	2.4	33	78	17	88	16	29	28	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1034773--1034820	25	1.9	25	87	8	71	27	20	6	45	1.75
1036220--1036271	23	2.3	23	86	0	77	53	19	15	11	1.71
1036296--1036340	22	2.0	22	83	8	56	82	8	6	2	0.93
1042702--1042793	20	4.6	20	100	0	184	30	19	19	30	1.97
1045726--1045798	20	3.7	20	88	3	103	38	4	26	31	1.75
1045903--1045966	28	2.3	28	97	0	119	31	6	4	57	1.44
1046625--1046691	34	2.0	34	90	0	107	43	13	14	28	1.84
1067875--1068245	109	3.3	107	71	14	295	41	13	14	30	1.84
1067767--1068273	217	2.3	219	87	3	723	40	12	14	33	1.83
1067764--1068273	108	4.6	107	72	12	365	40	12	14	32	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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