genome.fa.s7859.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007859.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110221_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3538007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
420--452	3	11.0	3	87	12	50	63	0	0	36	0.95
599--717	40	2.9	42	77	5	125	26	20	30	23	1.98
1039--1101	31	2.1	31	91	5	103	38	9	15	36	1.81
1047--1116	31	2.3	31	85	2	97	42	11	17	28	1.83
1047--1124	31	2.5	31	80	10	88	41	14	16	28	1.87
1317--1409	34	2.6	34	80	11	100	41	11	17	29	1.84
7246--7433	30	6.4	30	75	7	163	57	11	13	17	1.65
7300--7433	60	2.2	60	85	2	180	57	8	14	19	1.63
7301--7471	90	1.9	90	82	7	213	56	9	14	19	1.65
8857--8906	3	17.0	3	88	12	77	64	0	0	36	0.94
10456--10502	20	2.4	20	85	3	60	31	10	4	53	1.55
19860--19942	13	6.0	13	68	21	53	61	0	1	37	1.04
19863--19949	16	5.3	16	77	10	77	59	0	2	37	1.10
20388--20427	21	1.9	21	85	10	55	20	5	10	65	1.42
24045--24095	23	2.3	22	80	6	59	52	0	5	41	1.25
25768--25807	3	13.3	3	89	10	64	67	0	0	32	0.91
35879--35958	21	3.7	22	77	8	76	25	33	25	16	1.95
41610--41663	28	1.9	28	88	0	81	24	25	7	42	1.80
45042--45068	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
50938--50982	18	2.5	18	82	13	65	46	11	31	11	1.74
56858--56948	29	3.1	29	100	0	182	35	13	20	30	1.91
62718--62742	12	2.1	12	100	0	50	36	24	16	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65844--65876	14	2.3	15	89	5	50	51	21	0	27	1.48
65785--65901	61	1.9	61	82	6	148	47	13	3	35	1.60
69587--69643	24	2.4	24	100	0	114	42	7	26	24	1.80
78726--78780	20	2.8	20	86	5	67	29	18	14	38	1.90
80247--80431	58	3.2	58	78	6	196	35	3	16	45	1.63
80249--80438	87	2.2	87	79	7	199	34	3	16	46	1.63
80249--80431	29	6.3	29	82	5	167	34	3	16	45	1.63
83659--83700	21	2.0	21	85	0	57	19	28	21	30	1.97
83966--84035	24	3.0	24	77	6	72	21	7	20	51	1.71
84456--84496	20	2.0	21	86	13	59	46	7	4	41	1.53
85935--86000	32	2.1	32	82	2	80	36	18	4	40	1.71
88467--88492	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
89414--89474	8	7.2	8	89	10	95	62	0	0	37	0.96
89415--89474	17	3.5	17	100	0	120	63	0	0	36	0.95
90994--91196	45	4.5	45	83	2	248	25	17	16	40	1.90
91003--91196	89	2.2	90	86	3	275	25	17	15	41	1.88
97053--97095	20	2.1	20	83	12	52	53	6	9	30	1.59
97671--97791	26	5.2	26	59	31	67	22	19	17	41	1.90
97710--97784	25	3.2	25	63	24	63	22	21	18	37	1.94
97596--97889	45	6.5	45	94	0	464	24	19	16	40	1.91
102448--102551	23	4.5	23	90	0	163	21	19	21	38	1.94
105295--105615	43	7.5	43	82	4	371	28	15	25	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105295--105615	86	3.7	85	86	4	414	28	15	25	31	1.96
105584--105667	43	2.0	43	83	4	107	22	17	23	35	1.95
106111--106178	21	3.1	23	75	8	63	5	36	14	42	1.70
106084--106170	21	4.1	21	84	0	102	4	35	17	42	1.70
108711--108994	42	6.8	42	82	6	296	32	19	20	27	1.97
108711--108994	83	3.4	83	80	7	303	32	19	20	27	1.97
108711--108994	124	2.3	124	83	6	335	32	19	20	27	1.97
109516--109635	41	2.9	41	84	0	159	32	16	15	35	1.90
109546--109833	42	7.0	41	75	14	200	27	19	18	35	1.95
109546--109833	82	3.5	82	79	11	293	27	19	18	35	1.95
109539--109833	124	2.4	125	75	12	277	27	18	17	35	1.94
112195--112350	65	2.4	65	83	5	190	31	18	19	30	1.96
112967--113059	44	2.1	44	83	0	114	37	25	13	22	1.92
112979--113123	21	6.8	21	69	3	92	37	23	13	25	1.92
113980--114049	35	2.0	35	81	15	83	27	25	17	30	1.97
122769--122812	18	2.4	18	92	0	70	43	18	9	29	1.80
123486--123707	111	2.0	111	93	0	381	36	8	10	45	1.69
125120--125159	18	2.2	18	100	0	80	25	32	22	20	1.98
132474--132519	3	15.3	3	82	8	58	58	0	0	41	0.98
132476--132519	19	2.5	17	85	10	61	59	0	0	40	0.98
132474--132519	14	3.5	14	80	14	62	58	0	0	41	0.98
132744--133316	113	5.0	113	86	6	620	30	16	14	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134037--134209	94	1.8	94	92	2	294	35	23	14	27	1.93
135513--135607	1	95.0	1	68	0	55	0	15	0	84	0.63
135512--135604	6	15.0	6	80	12	100	0	17	0	82	0.66
135521--135610	16	5.8	16	79	12	98	0	16	0	83	0.65
135515--135610	21	4.5	21	78	19	101	0	16	0	83	0.65
135514--135604	25	3.6	27	73	24	99	0	16	0	83	0.65
135515--135607	31	2.9	30	86	12	116	0	16	0	83	0.64
142834--142865	15	2.1	15	94	0	55	46	6	18	28	1.73
146708--146739	15	2.1	15	94	0	55	46	6	18	28	1.73
150613--150644	15	2.1	15	94	0	55	46	6	18	28	1.73
154787--154818	15	2.1	15	94	0	55	46	6	18	28	1.73
160175--160216	3	14.0	3	94	0	75	64	0	0	35	0.94
160791--160889	49	2.0	49	98	0	189	35	5	32	27	1.79
165086--165172	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
165752--165791	18	2.2	18	86	0	53	22	17	32	27	1.96
167436--167476	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
167526--167554	10	2.9	10	100	0	58	48	0	31	20	1.50
168319--168353	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
168662--168748	31	2.8	30	79	10	95	40	1	4	54	1.29
169444--169529	31	2.8	29	81	11	100	53	3	1	41	1.25
169439--169505	20	3.5	20	73	16	54	53	1	2	41	1.25
170105--170284	74	2.5	74	80	9	228	48	8	15	27	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173564--173619	2	28.0	2	92	0	94	48	1	1	48	1.22
176095--176159	29	2.4	26	75	22	62	63	9	1	26	1.34
176580--176621	19	2.1	21	82	8	52	57	9	4	28	1.51
176733--176762	14	2.1	14	93	0	51	50	6	0	43	1.28
176848--176891	11	3.8	11	77	11	52	25	22	22	29	1.99
182798--182840	18	2.3	19	96	4	79	74	6	4	13	1.19
182880--182912	15	2.1	17	88	11	52	33	15	6	45	1.70
184510--184549	15	2.7	15	96	0	71	37	17	10	35	1.83
186192--186233	23	1.9	23	85	9	61	52	2	7	38	1.42
191458--191483	12	2.2	12	100	0	52	53	0	0	46	1.00
193398--193429	6	5.3	6	100	0	64	34	0	65	0	0.93
200760--200886	49	2.6	49	81	5	148	25	26	23	23	2.00
201362--201439	23	3.4	23	92	0	120	34	26	15	23	1.94
201544--201585	20	2.1	20	90	0	66	61	16	9	11	1.55
203717--203807	31	3.0	31	96	3	168	32	6	17	42	1.75
203872--203938	19	3.5	19	91	0	98	40	10	13	35	1.79
204044--204085	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
204114--204153	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
204368--204437	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95
205166--205203	17	2.2	18	90	4	60	7	5	44	42	1.56
205206--205257	18	2.9	18	80	11	61	11	5	38	44	1.65
205966--206102	61	2.2	61	88	0	193	36	8	7	47	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206159--206346	33	5.6	33	73	13	141	44	4	6	45	1.49
206189--206280	11	8.0	11	69	25	57	46	3	3	46	1.35
206159--206312	51	3.0	51	94	0	254	44	3	5	45	1.46
206159--206427	84	3.2	84	85	6	322	43	5	5	46	1.49
206188--206414	51	4.5	50	83	6	192	43	5	4	46	1.47
206341--206427	32	2.8	32	82	5	88	41	6	3	48	1.47
206399--206437	13	3.0	13	84	0	51	35	5	5	53	1.45
206424--206478	18	2.8	18	86	10	65	43	5	9	41	1.59
206441--206485	18	2.5	17	86	13	56	46	6	6	40	1.56
206513--206711	103	1.9	103	81	6	242	44	4	7	44	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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