genome.fa.s7859.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007859.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110221_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3538007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2739875--2739943	18	3.7	18	71	21	54	56	0	7	36	1.27
2740270--2740329	30	2.0	30	96	0	111	51	13	3	31	1.57
2740558--2740657	32	3.1	31	72	16	87	38	31	12	19	1.88
2749717--2750192	43	10.9	43	85	3	504	20	24	21	33	1.97
2749717--2750191	88	5.4	87	82	3	483	20	24	21	33	1.97
2749717--2750216	131	3.8	130	80	4	547	19	24	21	34	1.97
2751587--2751697	39	2.8	39	85	8	127	49	0	2	46	1.22
2751587--2751672	39	2.2	40	87	4	129	52	0	1	46	1.08
2751650--2751720	35	2.2	31	82	14	81	46	1	2	49	1.25
2751753--2751821	25	2.9	23	77	12	59	42	1	2	53	1.24
2754774--2754813	13	3.1	13	79	13	55	52	27	7	12	1.66
2754771--2754812	14	3.1	14	80	13	61	52	28	7	11	1.64
2758566--2758626	26	2.3	26	72	10	61	14	8	29	47	1.73
2758937--2758968	15	2.1	15	94	0	55	9	6	18	65	1.42
2759199--2759324	44	2.9	44	98	0	243	33	13	8	44	1.75
2759238--2759309	20	3.2	23	63	21	62	29	15	11	44	1.80
2760913--2760996	41	2.0	41	97	0	159	44	8	19	28	1.79
2764553--2764592	22	1.9	21	85	10	55	27	22	25	25	2.00
2766317--2766369	20	2.5	20	81	6	61	22	20	28	28	1.99
2773834--2773920	21	4.0	21	70	16	70	21	20	27	29	1.98
2773853--2773937	44	1.9	44	82	0	107	25	21	24	28	1.99
2774476--2774563	42	2.1	42	95	0	158	31	7	10	50	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2778313--2778370	3	19.7	3	92	3	100	63	0	0	36	0.94
2778736--2779078	136	2.6	135	88	5	493	25	22	17	34	1.96
2779960--2780023	18	3.8	17	74	15	53	7	9	3	79	1.02
2793701--2793793	43	2.2	43	98	0	177	24	23	29	22	1.99
2794015--2794048	3	11.7	3	87	6	52	61	0	0	38	0.96
2794878--2794923	22	2.1	22	92	4	76	50	0	0	50	1.00
2805841--2805872	12	2.7	12	95	0	55	18	21	18	40	1.91
2813580--2813621	15	2.8	16	85	7	52	40	9	19	30	1.83
2826152--2826200	26	2.0	24	84	8	62	30	6	10	53	1.59
2830053--2830210	21	7.8	20	70	7	77	37	24	17	19	1.93
2830178--2830371	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
2830178--2830371	40	4.8	39	82	3	199	35	25	19	19	1.95
2830178--2830370	60	3.2	60	83	0	251	35	25	19	19	1.95
2830752--2830822	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
2830943--2830997	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
2830943--2831013	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
2831009--2831106	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
2831031--2831120	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
2831014--2831128	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
2832826--2833204	92	4.1	93	98	0	735	22	12	18	46	1.83
2832826--2833206	185	2.1	185	97	1	737	22	12	18	46	1.82
2833248--2833376	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2833284--2833376	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
2833248--2833376	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
2833372--2833506	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
2833394--2833450	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
2833377--2833469	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
2834951--2834986	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2835093--2835175	19	4.6	19	80	17	113	43	18	24	14	1.87
2835204--2835477	19	15.4	19	81	15	354	13	21	17	46	1.83
2835182--2835449	52	5.0	52	93	4	455	14	22	16	46	1.83
2835182--2835449	109	2.5	105	91	6	459	14	22	16	46	1.83
2837759--2837783	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2837958--2838004	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2838681--2839070	20	19.5	20	84	5	457	20	18	25	35	1.95
2841609--2841851	135	1.8	134	91	0	387	47	6	7	38	1.59
2843513--2843551	3	12.7	3	89	5	60	61	0	0	38	0.96
2843513--2843557	22	2.1	22	91	4	74	57	0	0	42	0.98
2843510--2843551	16	2.7	16	88	3	68	59	0	0	40	0.97
2844516--2844845	30	10.9	30	70	17	173	38	7	2	51	1.42
2844516--2844845	59	5.4	59	69	16	201	38	7	2	51	1.42
2844668--2844791	64	2.0	61	85	7	169	40	7	0	51	1.35
2844511--2844798	155	1.9	154	82	10	363	39	7	2	50	1.43
2844726--2844815	26	3.3	27	78	10	87	37	10	2	50	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2844516--2844852	29	11.1	29	70	17	204	39	7	2	51	1.42
2847680--2847962	133	2.2	131	80	10	287	25	19	9	45	1.80
2847589--2847995	43	9.4	43	71	15	211	25	19	8	46	1.78
2847739--2847995	133	1.9	131	78	13	276	24	21	8	46	1.79
2849055--2849101	21	2.2	21	81	11	51	40	2	12	44	1.54
2852059--2852126	15	4.2	16	71	15	59	47	0	1	51	1.09
2852220--2852282	23	2.7	23	80	5	63	46	1	1	50	1.20
2852258--2852310	20	2.7	20	75	16	56	49	1	0	49	1.12
2852266--2852421	30	5.5	29	71	20	100	48	1	0	50	1.14
2852617--2852736	42	2.9	42	88	2	161	45	19	16	18	1.85
2854576--2854705	64	2.0	65	89	1	199	26	35	20	18	1.95
2855739--2855834	31	3.1	31	83	3	122	35	21	18	23	1.96
2861086--2861182	31	3.1	31	79	2	106	36	20	18	24	1.95
2862943--2862977	12	2.9	12	91	0	61	31	25	20	22	1.98
2862996--2863033	19	2.0	19	89	0	58	18	39	21	21	1.93
2866829--2866909	31	2.6	31	88	0	99	35	11	12	40	1.78
2869315--2869353	20	2.0	20	89	0	60	35	20	20	23	1.96
2869351--2869408	20	3.0	20	82	5	75	41	24	15	18	1.89
2869851--2869893	20	2.2	20	87	4	61	11	13	25	48	1.77
2869854--2869898	20	2.2	20	80	7	56	15	11	20	53	1.72
2871815--2871856	12	3.5	12	83	0	57	28	2	2	66	1.16
2872000--2872098	42	2.4	42	79	6	119	23	35	19	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2872028--2872098	21	3.4	21	78	5	72	25	36	19	18	1.94
2873468--2873504	19	1.9	19	100	0	74	35	0	16	48	1.46
2873649--2873708	20	3.0	20	82	0	84	20	18	20	41	1.90
2873921--2874007	39	2.2	39	95	0	156	18	14	19	47	1.83
2874317--2874353	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2874775--2874824	20	2.5	20	86	0	73	46	22	16	16	1.84
2877264--2877291	3	9.3	3	100	0	56	0	35	0	64	0.94
2877645--2877678	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
2878231--2878268	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
2878425--2878496	19	3.7	19	86	3	90	30	11	22	36	1.89
2878424--2878555	40	3.3	40	81	5	126	25	13	22	37	1.91
2878444--2878569	59	2.1	60	81	7	141	23	15	22	38	1.92
2878463--2878557	20	4.8	20	85	3	120	22	15	23	38	1.92
2878464--2878590	60	2.1	60	81	8	143	23	16	21	38	1.93
2878577--2878632	20	2.9	19	76	10	60	25	14	28	32	1.94
2879247--2879434	83	2.3	82	85	0	241	31	15	21	31	1.94
2879841--2879889	22	2.2	22	92	0	80	42	8	18	30	1.79
2880858--2881022	86	2.0	83	85	3	222	29	23	17	29	1.97
2881058--2881267	42	5.0	41	70	11	158	33	14	23	28	1.94
2881022--2881286	42	6.4	40	71	10	140	33	15	22	28	1.95
2881034--2881290	83	3.1	83	85	0	336	32	15	23	28	1.95
2884725--2884778	21	2.6	21	96	0	99	25	16	27	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2884767--2884925	20	7.9	20	84	6	189	13	22	22	42	1.88
2884767--2884964	60	3.3	61	87	6	221	14	21	22	41	1.89
2884982--2885033	20	2.6	20	90	0	77	9	21	25	44	1.82
2885026--2885072	21	2.2	21	96	0	85	27	14	27	29	1.96
2888855--2889060	65	3.2	63	79	11	204	30	24	18	26	1.98
2889121--2889173	21	2.5	21	96	0	97	24	26	28	20	1.99
2889961--2890042	17	4.6	17	75	11	74	24	30	24	20	1.99
2889959--2890034	38	1.9	39	89	5	118	22	30	23	23	1.99
2889961--2890071	55	2.0	55	91	0	177	23	28	23	24	1.99
2890697--2890765	36	1.9	37	94	5	124	18	28	34	17	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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