genome.fa.s7859.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007859.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110221_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3538007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

This is table  11  of  18  ( 2075 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2222582--2222650	23	3.0	23	82	0	93	33	26	23	17	1.96
2224073--2224117	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2226526--2226571	24	1.9	24	95	0	83	32	26	23	17	1.97
2226525--2226577	24	2.2	24	86	0	79	33	30	20	15	1.93
2226566--2226634	24	2.9	25	80	6	81	27	27	20	24	1.99
2233451--2233491	16	2.6	16	78	14	50	58	7	0	34	1.26
2241289--2241319	12	2.6	12	94	0	53	12	6	9	70	1.31
2245006--2245186	85	2.1	85	85	3	238	29	17	20	32	1.96
2246415--2246456	19	2.2	19	87	8	59	59	4	7	28	1.44
2252596--2252642	21	2.2	21	100	0	94	36	21	4	38	1.73
2253914--2253965	20	2.6	20	100	0	104	34	9	26	28	1.88
2256420--2256481	32	1.9	32	90	0	97	32	30	17	19	1.95
2256896--2256929	13	2.6	13	90	0	50	29	41	26	2	1.70
2259564--2259606	20	2.2	20	95	0	77	41	0	0	58	0.98
2259949--2260019	2	35.5	2	97	0	133	52	0	0	47	1.00
2261047--2261076	13	2.3	13	94	0	51	70	0	0	30	0.88
2263300--2263373	38	1.9	38	91	0	121	27	6	21	44	1.77
2263295--2263386	37	2.6	33	76	19	87	28	6	21	43	1.77
2263371--2263880	37	14.0	36	91	1	736	38	12	22	26	1.90
2263371--2263882	73	7.0	72	90	2	740	38	12	22	26	1.90
2263371--2263882	110	4.7	109	90	3	757	38	12	22	26	1.90
2265069--2265142	32	2.4	31	80	8	87	35	21	14	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2266203--2266278	11	6.9	12	77	18	76	1	10	7	80	0.97
2269232--2269261	13	2.3	13	94	0	51	70	0	0	30	0.88
2269374--2269407	17	1.9	18	88	5	52	70	2	5	20	1.21
2284959--2285536	185	3.2	182	89	2	870	40	14	16	28	1.87
2284959--2285536	183	3.2	184	90	2	871	40	14	16	28	1.87
2287988--2288031	21	2.1	21	91	0	70	43	11	31	13	1.80
2288062--2288131	33	2.1	33	97	0	131	28	1	45	24	1.62
2288315--2288353	18	2.2	18	95	0	69	58	0	35	5	1.20
2289909--2289957	19	2.6	19	93	0	80	34	2	8	55	1.41
2290306--2291864	200	7.8	200	88	2	2094	37	14	16	31	1.89
2290306--2291863	802	1.9	802	87	1	2298	37	14	16	31	1.89
2292662--2292732	35	2.0	36	94	2	126	29	29	25	15	1.96
2294687--2294739	24	2.2	24	86	0	70	39	1	11	47	1.50
2294967--2295935	200	4.8	200	86	3	1209	39	12	15	32	1.85
2294967--2295935	401	2.4	397	85	4	1254	39	12	15	32	1.85
2297096--2297144	19	2.6	19	86	0	71	32	2	10	55	1.45
2299751--2300257	200	2.5	197	85	5	664	38	14	15	31	1.88
2300326--2300374	23	2.1	23	92	0	80	32	20	8	38	1.82
2300356--2300406	16	3.2	16	97	0	93	39	19	9	31	1.84
2302241--2302400	41	3.7	42	77	10	146	26	18	6	47	1.74
2302215--2302377	43	3.9	43	80	7	149	26	19	5	49	1.70
2303799--2303828	11	2.7	11	100	0	60	16	6	20	56	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2309583--2309634	20	2.5	20	90	6	77	59	0	0	40	0.97
2309600--2309644	20	2.2	20	84	0	54	53	6	2	37	1.40
2310972--2311016	20	2.5	18	80	19	58	24	24	11	40	1.87
2310985--2311022	20	1.9	20	100	0	76	23	28	10	36	1.88
2311392--2311447	25	2.2	25	80	0	67	1	21	8	67	1.27
2312056--2312106	3	17.0	3	87	0	57	56	7	0	35	1.28
2312058--2312106	18	2.7	18	83	0	71	55	8	0	36	1.30
2312304--2312921	133	4.6	133	79	4	568	26	17	31	24	1.97
2312427--2312921	266	1.9	266	82	5	635	25	17	32	24	1.97
2312929--2312997	35	2.0	35	88	2	104	37	14	18	28	1.91
2313046--2313076	15	2.1	15	93	0	53	58	12	0	29	1.35
2313437--2313471	16	2.3	15	95	5	61	25	0	25	48	1.51
2317125--2317184	30	2.0	31	83	3	77	65	6	16	11	1.46
2318862--2318906	19	2.3	19	88	3	63	57	2	0	40	1.11
2320678--2320747	3	23.3	3	94	5	124	67	0	0	32	0.91
2322913--2322954	20	2.1	20	86	8	59	42	0	2	54	1.13
2325544--2325578	18	1.9	18	94	0	61	40	11	0	48	1.39
2326515--2326545	16	1.9	16	100	0	62	51	9	0	38	1.35
2330689--2330723	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2331687--2332111	73	5.9	71	86	5	518	26	22	13	38	1.91
2331687--2332111	36	11.8	36	85	3	534	26	22	13	38	1.91
2331987--2332087	21	5.4	21	65	26	73	25	23	10	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2332080--2332122	15	2.9	15	89	0	59	27	25	13	32	1.94
2332178--2332296	36	3.3	36	77	8	109	34	22	9	33	1.86
2335796--2335840	21	2.1	21	83	4	54	22	31	26	20	1.98
2337565--2337618	23	2.3	23	96	0	99	18	25	22	33	1.97
2337565--2337633	23	3.0	23	86	0	84	20	23	21	34	1.96
2338709--2339249	139	3.9	139	86	0	706	36	17	18	27	1.93
2340794--2340818	11	2.3	11	100	0	50	8	8	16	68	1.38
2342241--2342469	76	3.0	76	87	7	320	34	10	18	36	1.85
2342669--2342960	100	2.9	99	81	7	288	36	9	11	41	1.75
2343716--2343839	40	3.2	40	67	19	98	40	16	4	38	1.68
2343635--2343820	78	2.4	78	86	5	261	41	16	4	37	1.68
2343633--2343877	78	3.1	78	80	5	257	37	18	7	36	1.79
2343793--2344624	411	2.0	412	88	1	1242	35	15	9	39	1.80
2353841--2353980	71	2.0	70	97	1	262	37	17	15	29	1.91
2357263--2357319	24	2.4	24	100	0	114	40	15	24	19	1.90
2366450--2366521	23	3.1	23	84	7	85	23	20	34	20	1.96
2366477--2366531	23	2.4	23	84	6	67	29	25	27	18	1.98
2375727--2375769	19	2.3	19	84	8	52	72	0	6	20	1.08
2380272--2380306	7	4.9	7	89	3	52	17	0	37	45	1.48
2381485--2381559	38	2.0	38	91	0	123	18	10	21	49	1.77
2389675--2389713	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2390712--2390761	22	2.3	22	100	0	100	38	4	34	24	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2393027--2393110	31	2.8	29	79	10	98	80	0	10	8	0.89
2393027--2393111	29	3.0	27	73	14	73	80	0	10	9	0.92
2393024--2393101	15	5.5	14	72	15	63	80	0	12	6	0.88
2396440--2396481	14	2.9	14	85	3	57	76	0	2	21	0.90
2396524--2396600	37	2.1	37	85	7	104	45	3	2	48	1.34
2396703--2396853	36	4.1	36	80	4	151	41	6	5	47	1.52
2396645--2396859	36	5.9	37	74	14	139	41	6	5	46	1.53
2397477--2397954	81	5.8	80	78	6	472	23	20	25	30	1.99
2397432--2397941	165	3.1	165	89	1	747	22	21	25	30	1.99
2404315--2404356	14	2.9	14	85	3	57	76	0	2	21	0.90
2404399--2404475	37	2.1	37	85	7	104	45	3	2	48	1.34
2404579--2404729	36	4.1	36	80	4	151	41	6	5	47	1.52
2404521--2404735	36	5.9	37	74	14	139	41	6	5	46	1.53
2405049--2405095	20	2.3	20	89	10	78	42	2	0	55	1.12
2405083--2405133	17	2.7	19	79	14	54	41	1	7	49	1.43
2405084--2405131	19	2.8	16	84	15	60	41	2	8	47	1.45
2405221--2405250	10	3.0	10	100	0	60	40	0	0	60	0.97
2405220--2405258	10	3.7	11	89	6	55	46	0	0	53	1.00
2406579--2406621	10	4.2	10	81	3	50	74	9	4	11	1.20
2407025--2407053	14	2.1	14	93	6	51	75	0	10	13	1.04
2408835--2408895	31	2.0	31	90	0	95	44	11	4	39	1.62
2409865--2409942	29	2.5	30	75	10	77	24	5	11	58	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2414193--2414247	21	2.6	21	97	0	101	45	14	7	32	1.72
2414933--2415039	36	3.1	34	81	10	101	36	0	2	60	1.11
2415739--2415780	21	2.0	22	86	9	61	19	30	23	26	1.98
2416310--2416404	28	3.2	28	76	16	100	52	4	4	38	1.40
2416311--2416427	34	3.7	32	75	18	111	51	5	3	39	1.43
2416760--2417390	128	4.9	128	93	1	978	33	19	23	23	1.97
2419466--2419541	3	26.0	3	81	10	86	28	3	1	65	1.18
2427220--2427480	105	2.5	106	91	3	429	31	15	12	40	1.85
2427535--2427631	29	3.5	29	83	6	130	27	10	15	46	1.78
2427597--2427647	25	2.0	25	85	7	68	29	7	13	49	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18