genome.fa.s7859.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007859.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110221_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3538007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2065844--2065997	79	1.9	80	85	6	213	37	16	9	36	1.81
2068097--2068353	82	3.1	83	81	2	268	31	19	18	29	1.96
2068292--2068405	39	2.8	39	78	15	117	32	16	17	33	1.93
2068111--2068479	81	4.5	82	78	6	248	31	18	17	31	1.95
2073884--2074065	42	4.3	42	74	9	138	47	15	17	19	1.83
2073884--2074067	84	2.2	85	83	1	217	47	15	16	20	1.83
2077022--2077055	13	2.5	14	90	4	52	0	11	2	85	0.71
2077022--2077058	16	2.4	15	86	8	56	0	10	2	86	0.67
2079882--2080256	81	4.6	83	79	5	334	33	18	17	31	1.94
2080008--2080213	41	5.0	42	69	19	139	33	16	17	33	1.92
2080069--2080190	42	3.0	40	74	17	119	32	16	18	32	1.93
2079898--2080256	164	2.2	161	80	9	372	33	17	16	32	1.93
2085660--2085841	42	4.3	42	74	9	138	47	15	17	19	1.83
2085660--2085843	84	2.2	85	83	1	217	47	15	16	20	1.83
2085862--2085950	44	2.0	44	93	0	151	31	23	16	28	1.96
2088797--2088831	15	2.4	15	90	4	54	0	14	2	82	0.77
2094931--2094966	2	18.5	2	94	5	65	0	50	0	50	1.00
2095984--2096011	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2096923--2096962	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2106018--2106063	20	2.2	21	92	3	76	26	13	19	41	1.88
2108435--2108783	46	7.8	46	93	4	590	31	21	7	38	1.81
2112529--2112589	29	2.1	28	87	3	86	19	13	6	60	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2115179--2115220	11	3.9	11	84	6	59	42	0	0	57	0.99
2115161--2115380	20	10.9	20	73	13	139	45	4	3	46	1.41
2115134--2115239	2	54.0	2	67	17	53	47	1	4	46	1.34
2115330--2115395	33	2.0	33	81	0	78	43	6	3	46	1.43
2115500--2115565	20	3.2	20	76	20	73	42	9	6	42	1.61
2115434--2115573	13	10.1	13	67	21	63	45	8	5	40	1.58
2115575--2115685	50	2.2	50	95	0	204	45	6	8	40	1.59
2115680--2115729	24	2.1	24	88	7	75	40	6	10	44	1.63
2115694--2115739	24	1.9	24	86	8	67	43	6	6	43	1.56
2116313--2116408	2	46.0	2	69	19	54	47	6	2	43	1.40
2116300--2116449	27	5.7	26	74	18	107	48	7	2	42	1.45
2116300--2116543	27	10.0	24	70	22	93	45	7	3	43	1.48
2116468--2116571	27	3.9	27	75	9	104	42	5	1	50	1.37
2116288--2116543	139	1.9	131	85	7	352	45	7	3	42	1.50
2116468--2116570	54	1.9	54	84	7	138	42	5	1	49	1.38
2116539--2116576	15	2.6	14	91	8	58	42	7	0	50	1.31
2116597--2116633	15	2.5	15	100	0	74	40	8	13	37	1.74
2116728--2116814	33	2.6	33	94	0	156	41	8	5	44	1.58
2116711--2116785	18	4.3	18	72	16	59	44	5	6	44	1.53
2116742--2116799	20	3.2	20	61	38	51	37	6	6	48	1.57
2117190--2117395	112	1.8	113	83	7	276	32	28	5	33	1.81
2117583--2117635	6	8.8	6	78	0	52	47	43	5	3	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2117583--2117632	18	2.8	18	87	0	64	44	46	6	4	1.47
2117574--2117635	24	2.6	24	84	0	70	46	41	4	6	1.51
2117574--2117637	18	3.6	18	80	0	56	45	42	4	7	1.54
2120243--2120287	20	2.2	20	88	0	63	15	11	17	55	1.68
2120363--2120411	18	2.7	19	84	9	66	22	16	26	34	1.95
2121005--2121042	13	2.8	13	82	17	51	60	0	2	36	1.11
2121303--2121376	35	2.1	35	94	0	130	43	12	0	44	1.41
2121373--2121446	34	2.1	35	95	2	132	28	0	28	43	1.55
2123068--2123144	24	3.1	24	85	9	93	37	0	1	61	1.05
2123079--2123152	24	2.9	25	92	8	114	40	0	1	58	1.07
2123079--2123141	3	21.0	3	79	12	67	38	0	1	60	1.07
2124407--2124490	35	2.4	33	77	13	89	35	2	1	60	1.17
2125166--2125217	20	2.6	21	76	11	56	26	7	0	65	1.20
2131317--2131548	82	2.8	82	94	0	401	26	13	22	37	1.91
2134385--2134439	22	2.5	22	81	0	65	34	10	14	40	1.81
2135121--2135356	83	3.0	77	89	7	366	25	21	20	32	1.98
2135302--2135385	31	2.8	31	94	3	145	21	19	23	35	1.96
2135219--2135454	107	2.1	108	90	5	366	25	19	20	33	1.96
2135333--2136009	76	8.6	79	92	4	1086	25	21	20	33	1.97
2135964--2136047	31	2.8	31	89	3	127	21	19	23	35	1.96
2135884--2136190	107	2.8	107	93	2	506	23	20	21	34	1.96
2136071--2136154	31	2.8	31	92	3	136	21	17	23	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2136318--2136391	24	2.9	25	92	8	114	40	0	1	58	1.07
2136318--2136380	3	21.0	3	79	12	67	38	0	1	60	1.07
2138968--2139000	16	2.1	16	94	0	57	48	12	15	24	1.78
2141153--2141179	14	1.9	14	100	0	54	22	37	14	25	1.93
2142422--2142587	29	5.8	29	76	7	144	53	15	2	29	1.55
2142409--2142587	57	3.1	56	79	10	175	53	14	2	29	1.55
2144856--2144900	18	2.5	20	75	17	53	55	0	0	44	0.99
2147321--2147391	2	35.5	2	100	0	142	49	0	0	50	1.00
2148061--2148171	55	2.0	55	100	0	222	43	15	18	23	1.87
2149438--2149506	3	22.7	3	82	2	57	53	11	1	33	1.46
2149444--2149502	6	9.8	6	92	0	73	52	13	0	33	1.41
2149471--2149637	86	1.9	86	98	0	325	44	15	10	29	1.80
2156545--2156607	19	3.2	20	78	8	67	71	1	11	15	1.22
2156777--2156842	13	5.2	13	80	8	64	74	0	10	15	1.07
2156774--2156868	44	2.2	44	81	9	113	72	0	8	18	1.09
2156769--2156876	12	8.7	12	74	17	71	71	0	9	19	1.13
2156801--2156866	18	3.6	17	78	19	62	69	0	7	22	1.13
2156836--2156876	8	4.9	8	85	11	55	70	0	4	24	1.06
2156963--2157006	18	2.5	17	81	7	52	72	2	2	22	1.07
2158058--2158099	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2158665--2158724	15	3.8	15	71	26	52	38	13	23	25	1.91
2158669--2158734	33	2.0	33	90	0	105	40	12	22	24	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2158764--2158876	51	2.2	51	90	0	172	39	14	22	23	1.90
2158815--2158894	36	2.2	36	95	0	142	40	13	21	25	1.90
2159266--2159639	106	3.5	105	84	5	487	22	18	24	33	1.96
2164801--2164894	33	3.1	31	72	20	83	72	1	10	15	1.17
2164911--2164951	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
2165082--2165136	18	2.9	18	79	17	58	70	1	7	20	1.20
2165226--2165268	17	2.5	16	82	14	50	76	2	4	16	1.05
2166315--2166351	2	18.5	2	94	0	65	51	0	0	48	1.00
2173445--2173643	56	3.6	55	88	2	290	26	16	16	40	1.90
2174608--2174660	20	2.7	20	94	5	90	43	11	18	26	1.84
2177179--2177349	4	42.8	4	91	0	270	49	20	0	29	1.49
2183902--2184225	59	5.5	58	85	4	350	37	17	8	35	1.82
2183942--2184226	59	4.8	59	89	1	419	38	18	9	33	1.84
2184724--2184774	20	2.5	21	84	9	70	19	33	15	31	1.93
2185881--2185949	36	1.9	36	90	0	111	37	20	5	36	1.77
2189800--2189837	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2190462--2190519	28	2.1	27	83	3	71	39	13	6	39	1.72
2190613--2190657	17	2.6	17	85	3	63	37	4	0	57	1.19
2195121--2195183	25	2.4	26	79	12	67	39	1	4	53	1.31
2195683--2195743	23	2.7	23	92	2	97	55	0	9	34	1.33
2196139--2196206	25	2.8	23	80	17	68	51	1	1	45	1.19
2196139--2196185	25	1.9	26	87	12	73	53	2	0	44	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2196147--2196206	22	2.4	25	78	15	63	48	1	1	48	1.21
2198009--2198244	45	5.2	45	83	2	285	40	14	19	25	1.89
2204636--2204687	24	2.2	24	82	0	59	34	26	21	17	1.95
2204676--2204745	24	3.0	24	75	6	72	30	25	17	27	1.97
2205408--2205459	21	2.5	21	87	9	72	30	21	11	36	1.89
2211376--2211422	22	2.1	22	96	0	85	46	17	14	21	1.83
2214637--2214989	54	6.5	54	84	1	242	33	20	16	30	1.94
2214675--2214988	108	2.9	108	89	0	484	34	19	16	30	1.94
2214675--2214987	162	1.9	162	88	1	475	34	19	15	30	1.93
2215313--2215364	21	2.5	21	78	12	63	34	23	9	32	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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