genome.fa.s7859.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007859.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110221_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3538007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
696884--696973	41	2.2	42	81	2	101	34	27	15	22	1.94
699068--699102	4	8.8	4	100	0	70	25	0	0	74	0.82
701738--701800	31	2.0	31	100	0	126	31	22	6	39	1.79
703870--703931	3	20.3	3	96	3	115	66	1	0	32	1.02
706293--706331	20	2.0	20	94	0	69	25	17	28	28	1.98
706317--706347	16	1.9	16	93	0	53	25	19	22	32	1.97
706297--706368	36	2.0	36	82	15	87	27	18	23	30	1.97
706400--706485	21	4.4	21	74	15	76	29	10	27	32	1.90
706761--706800	20	2.0	20	100	0	80	40	10	5	45	1.60
709934--709999	16	3.9	16	77	14	69	31	19	22	25	1.98
709950--710017	20	3.6	19	78	15	79	26	16	29	27	1.97
709933--710009	36	2.1	36	95	0	136	28	18	27	25	1.98
712225--712297	29	2.4	30	79	4	76	39	6	20	32	1.79
714564--714603	21	2.0	20	85	5	53	45	5	17	32	1.70
739958--739991	16	2.1	16	88	0	50	23	14	0	61	1.33
740851--740912	24	2.6	24	94	0	106	48	14	24	12	1.79
740935--740984	20	2.5	20	78	12	59	78	4	6	12	1.08
742945--742984	21	1.9	21	89	0	62	42	10	20	27	1.83
746060--746098	20	2.0	20	90	10	62	10	10	0	79	0.94
747661--747974	155	2.0	155	98	0	610	40	19	11	28	1.86
752309--752353	15	3.4	13	82	14	56	75	0	0	24	0.80
752309--752353	16	2.7	17	80	13	58	75	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
752313--752354	14	2.9	14	86	13	59	76	0	0	23	0.79
757135--757203	27	2.6	27	85	0	102	63	5	2	27	1.31
757190--757252	5	12.8	5	85	9	67	65	0	12	22	1.26
762590--762622	16	2.1	16	88	11	50	81	0	0	18	0.68
774158--774294	45	3.1	44	84	7	177	33	16	8	41	1.78
774721--774777	22	2.8	20	82	10	69	29	31	8	29	1.87
774723--774936	94	2.3	95	86	2	288	27	26	13	32	1.94
780389--780524	45	3.1	44	82	4	166	33	19	8	39	1.81
780967--781157	92	2.0	92	82	6	224	28	25	13	33	1.93
785244--785294	21	2.4	21	86	0	75	27	15	25	31	1.96
785453--785518	6	11.5	6	98	1	111	30	53	16	0	1.44
787193--787220	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
787374--787425	26	2.0	26	88	0	77	30	17	23	28	1.97
787374--787425	13	4.0	13	82	0	68	30	17	23	28	1.97
791771--791812	15	2.7	15	88	3	57	57	11	19	11	1.65
795639--795756	51	2.3	50	85	7	157	55	5	38	1	1.32
797642--797672	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
797715--797935	85	2.6	84	85	5	288	33	18	20	28	1.96
797913--797958	13	3.5	13	84	0	65	28	19	21	30	1.98
797907--797958	26	2.0	26	84	0	68	32	17	21	28	1.96
801877--802198	45	7.3	45	86	3	404	29	20	9	40	1.84
801886--802186	88	3.4	90	84	5	425	28	20	9	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801887--802225	177	1.9	178	89	4	533	28	21	10	39	1.86
802618--802667	27	1.9	25	92	8	82	30	24	12	34	1.91
802659--802835	94	1.9	95	88	3	268	25	26	16	31	1.97
810754--810823	32	2.2	32	97	0	131	35	21	17	25	1.95
818561--818607	16	2.9	16	80	0	58	21	21	14	42	1.88
818981--819046	27	2.4	27	84	0	87	25	21	21	31	1.98
821757--821804	24	2.0	24	92	8	80	29	4	0	66	1.10
822492--822556	16	4.1	16	81	11	80	30	0	7	61	1.24
823510--823539	13	2.2	14	94	5	53	30	0	0	70	0.88
823716--823768	14	3.8	14	73	16	56	26	0	1	71	0.96
826858--827032	90	2.0	89	93	1	296	46	6	10	37	1.63
836706--836755	20	2.5	20	83	0	64	28	16	18	38	1.91
842130--842163	18	1.9	17	88	5	50	32	2	0	64	1.08
847462--847498	15	2.5	15	95	0	65	24	24	10	40	1.87
849805--850077	148	1.8	148	89	3	433	48	6	6	37	1.57
850029--850107	34	2.4	34	81	10	92	56	0	3	39	1.17
850026--850116	35	2.6	34	75	13	87	54	0	3	41	1.16
850157--850201	22	2.0	23	83	8	58	66	4	0	28	1.11
851448--851540	3	31.0	3	72	8	64	56	0	2	40	1.11
851482--851540	9	6.6	9	94	0	100	55	0	1	42	1.09
851876--852128	139	1.8	139	86	1	373	28	18	13	38	1.90
852050--852485	123	3.7	123	84	11	577	25	18	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
852029--852489	245	1.9	232	83	9	572	26	18	15	39	1.90
852288--852501	113	1.9	111	91	3	349	26	18	16	38	1.92
852869--852944	22	3.5	22	88	0	116	36	11	15	35	1.85
854281--854514	75	3.2	71	79	8	181	30	19	16	32	1.94
854330--854518	75	2.5	76	82	9	219	30	20	16	32	1.95
857617--857682	1	66.0	1	81	0	69	0	10	0	89	0.49
857610--857668	15	3.8	16	84	8	86	0	10	0	89	0.47
857618--857682	12	4.8	13	83	16	80	0	10	0	89	0.49
857610--857679	24	2.9	23	82	6	86	0	12	0	87	0.55
857610--857682	28	2.5	28	82	4	92	0	12	0	87	0.54
857617--857682	31	2.2	30	88	2	96	0	10	0	89	0.49
861542--861613	36	2.0	36	91	0	117	27	11	20	40	1.87
863289--863367	34	2.4	34	81	10	92	56	0	3	39	1.17
863286--863362	35	2.2	34	80	11	86	55	0	3	40	1.18
864685--864787	3	34.0	3	77	5	64	59	3	0	36	1.16
864691--864787	21	4.5	21	75	11	79	59	4	0	36	1.16
866039--866098	23	2.5	24	76	13	61	48	1	1	48	1.21
866401--866462	29	2.1	29	82	5	72	40	1	6	51	1.37
867009--867039	11	2.8	11	90	0	53	38	0	0	61	0.96
872857--872890	13	2.6	13	100	0	68	47	14	38	0	1.45
873293--873419	23	5.4	23	74	15	107	11	11	16	59	1.60
892291--892349	16	3.7	16	93	0	100	25	32	6	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
892441--892521	40	2.0	40	83	11	103	46	3	3	45	1.38
893013--893046	17	2.0	17	88	0	50	20	14	14	50	1.78
893266--893316	19	2.7	19	85	8	70	82	1	7	7	0.92
893588--893832	82	3.0	82	93	2	415	34	7	5	53	1.52
893842--894004	35	4.8	35	75	17	123	35	5	0	58	1.26
893829--894519	22	32.0	22	72	19	159	38	5	2	53	1.38
893827--894106	93	3.1	91	76	12	262	36	6	1	55	1.35
893842--894091	71	3.6	72	75	18	217	36	6	1	55	1.33
894064--894351	2	143.5	2	73	17	197	41	4	2	52	1.34
893829--894346	8	65.4	8	69	21	177	38	5	1	53	1.35
893900--894359	67	7.0	65	70	19	230	39	5	1	52	1.35
894540--894578	17	2.3	17	81	0	51	53	2	0	43	1.14
894595--894675	11	7.5	11	70	10	51	48	4	1	45	1.32
894541--894638	11	9.7	10	68	23	55	47	3	2	46	1.29
894464--894663	21	9.7	22	70	16	90	43	4	2	50	1.36
894605--894663	22	2.8	20	87	9	91	47	3	0	49	1.18
894696--894854	11	14.7	11	64	18	57	44	5	3	47	1.40
894686--894730	20	2.2	20	88	0	63	42	4	6	46	1.50
894781--894859	2	40.0	2	69	20	51	44	2	2	50	1.29
894778--894837	20	2.9	20	83	14	77	45	5	1	48	1.34
894781--894861	24	3.6	24	76	17	84	44	2	2	50	1.28
894726--894860	55	2.5	55	76	10	143	43	5	2	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
906279--906321	19	2.3	19	84	8	52	58	6	16	18	1.60
912701--912740	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
912654--912739	44	2.0	44	81	9	104	25	33	25	15	1.95
914679--914712	17	2.0	17	88	0	50	14	0	32	52	1.42
914957--914989	11	3.0	11	100	0	66	18	0	27	54	1.44
915351--915390	21	1.9	22	90	10	66	20	37	25	17	1.94
916508--916558	26	2.0	26	88	0	75	27	19	23	29	1.98
917706--918045	170	2.0	171	84	4	445	46	12	20	20	1.83
929440--929473	15	2.1	15	89	10	50	73	0	2	23	0.97
934893--935026	20	6.7	20	82	5	117	29	24	18	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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