genome.fa.s7859.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007859.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110221_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3538007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

This is table  12  of  18  ( 2075 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2427734--2427801	28	2.5	28	88	7	95	35	7	14	42	1.74
2427752--2428000	64	3.9	64	84	9	346	31	12	10	45	1.76
2427752--2428000	129	1.9	129	86	8	355	31	12	10	45	1.76
2428173--2428216	15	2.9	15	93	0	70	31	20	4	43	1.72
2428612--2428881	128	2.1	128	87	5	404	27	30	19	23	1.98
2429137--2429204	3	23.0	3	82	8	77	29	4	1	64	1.21
2431334--2431375	21	2.0	22	86	9	61	30	9	16	42	1.80
2432776--2432806	14	2.2	14	94	0	53	38	16	22	22	1.92
2436448--2436511	25	2.5	26	85	7	87	59	4	26	9	1.48
2463508--2463549	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2468527--2468567	20	2.0	20	85	0	55	34	21	9	34	1.87
2479094--2479136	22	1.9	23	85	4	61	44	4	9	41	1.57
2479092--2479142	22	2.3	21	74	9	57	45	3	7	43	1.51
2479120--2479158	16	2.4	16	87	12	53	43	0	7	48	1.31
2479927--2480003	31	2.4	32	80	2	93	27	31	29	11	1.92
2480829--2480881	21	2.5	21	93	0	88	30	5	18	45	1.73
2480829--2480891	21	3.0	21	86	4	56	31	7	17	42	1.78
2480914--2480971	29	2.0	29	100	0	116	27	17	17	37	1.92
2485208--2485280	31	2.4	29	80	13	83	30	31	21	16	1.95
2488187--2488285	31	3.2	30	72	7	81	24	31	29	15	1.95
2500914--2501279	196	1.8	199	80	4	443	36	21	16	25	1.94
2501997--2502079	3	27.3	3	87	7	114	37	0	1	61	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2503433--2503507	35	2.2	33	81	11	82	21	4	2	72	1.14
2506170--2506230	24	2.6	25	84	10	83	65	0	24	9	1.23
2509812--2509917	50	2.1	49	78	13	110	19	16	21	41	1.90
2510404--2510440	17	2.2	17	90	0	56	70	5	2	21	1.20
2515731--2515878	58	2.5	60	82	6	178	27	18	24	29	1.98
2517202--2517260	29	2.0	29	96	0	109	50	13	11	23	1.74
2530778--2530821	13	3.4	13	75	12	54	75	2	0	22	0.92
2531036--2531085	24	2.2	24	82	13	61	34	10	8	48	1.66
2531936--2532057	43	2.9	41	87	9	165	20	19	38	21	1.94
2531936--2532057	21	5.7	21	84	10	158	20	19	38	21	1.94
2531936--2532057	64	1.9	63	85	9	167	20	19	38	21	1.94
2532332--2532371	21	1.9	21	89	0	62	50	10	10	30	1.69
2535431--2535595	43	3.8	43	91	5	237	21	19	36	22	1.95
2535431--2535595	21	7.8	21	75	12	158	21	19	36	22	1.95
2535869--2535908	21	1.9	21	89	0	62	50	10	10	30	1.69
2535815--2535923	51	2.1	51	86	0	146	48	9	10	32	1.68
2538970--2539091	21	5.8	21	80	8	140	20	18	38	22	1.93
2538970--2539091	42	2.9	43	87	6	160	20	18	38	22	1.93
2544715--2544789	11	7.6	10	72	16	50	78	1	14	5	0.99
2546686--2546883	55	3.6	55	88	1	281	34	10	14	40	1.80
2546686--2546967	110	2.7	103	82	6	300	35	9	15	40	1.80
2546882--2547039	53	3.0	53	89	0	246	32	6	18	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2547159--2547229	22	3.3	22	73	15	85	22	18	26	32	1.97
2547144--2547276	42	3.2	42	88	5	191	21	20	24	33	1.97
2547144--2547212	20	3.3	20	69	15	59	18	23	24	33	1.97
2547144--2547305	83	1.9	83	82	8	204	23	20	24	30	1.99
2547417--2547515	42	2.4	42	86	5	130	26	20	21	32	1.97
2547451--2547525	20	3.7	20	80	3	87	25	22	20	32	1.98
2547587--2547774	81	2.2	83	85	9	247	34	23	18	23	1.96
2551391--2551420	15	2.0	15	93	0	51	56	23	0	20	1.42
2551650--2551684	15	2.2	16	90	5	54	31	2	11	54	1.51
2556439--2556474	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
2564048--2564106	31	1.9	31	89	0	91	33	11	16	37	1.86
2565730--2565854	31	4.0	31	92	0	214	22	18	19	40	1.92
2566444--2566476	16	2.1	16	100	0	66	42	0	18	39	1.50
2569922--2569952	7	4.6	7	96	4	55	9	29	0	61	1.28
2571261--2571385	31	4.0	31	91	2	198	20	18	22	39	1.93
2573393--2573429	10	3.8	10	89	10	51	18	24	27	29	1.98
2574127--2574172	20	2.4	19	92	3	74	10	30	23	34	1.89
2575214--2575273	27	2.2	27	100	0	120	31	8	10	50	1.66
2576729--2576778	24	2.1	24	85	7	66	22	2	16	60	1.46
2583629--2583671	20	2.1	21	87	8	63	13	16	0	69	1.19
2586965--2587014	24	2.1	24	88	7	75	24	2	14	60	1.45
2588038--2588110	31	2.4	31	81	4	85	23	10	13	52	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2592978--2593504	137	3.8	137	87	1	689	25	19	21	33	1.97
2593590--2593633	21	2.1	21	95	0	79	38	4	4	52	1.42
2594359--2594427	21	3.3	21	75	0	75	24	23	27	24	2.00
2594418--2594554	42	3.3	41	80	8	118	27	19	28	24	1.99
2595113--2595146	17	2.0	17	88	11	52	52	5	0	41	1.25
2596341--2596382	22	1.9	22	85	9	59	57	4	2	35	1.33
2597074--2597105	14	2.3	14	94	0	55	28	12	21	37	1.90
2597864--2597935	22	3.3	22	90	0	108	62	19	11	6	1.50
2603326--2604172	286	3.0	286	95	0	1541	37	20	17	24	1.93
2604853--2604910	29	1.9	29	86	6	80	50	10	24	15	1.75
2610398--2610450	22	2.4	22	87	6	72	22	28	22	26	1.99
2611160--2611411	32	7.9	32	88	1	339	35	18	18	26	1.94
2613779--2613884	36	2.9	36	94	2	176	47	18	16	16	1.83
2614661--2614707	22	2.1	22	84	7	60	61	19	12	6	1.52
2616456--2616492	8	4.5	8	89	3	56	45	13	0	40	1.43
2620929--2620970	15	2.8	15	100	0	84	11	14	16	57	1.66
2622286--2622464	21	7.6	24	67	22	78	53	1	1	44	1.18
2625790--2625821	15	2.0	17	88	11	50	68	3	15	12	1.32
2637953--2638006	24	2.4	22	87	9	74	59	0	7	33	1.25
2640024--2640190	31	5.4	31	76	8	126	41	8	8	40	1.68
2640034--2640190	62	2.6	60	81	10	176	42	8	8	40	1.66
2648346--2648370	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2656170--2656263	47	2.0	47	89	0	143	19	20	30	29	1.97
2657913--2658004	47	2.0	47	88	0	139	30	30	19	19	1.97
2678713--2678742	15	2.0	15	93	0	51	70	6	16	6	1.31
2683339--2683387	15	3.3	15	83	8	64	46	2	0	51	1.12
2684579--2684616	16	2.4	16	100	0	76	39	0	10	50	1.37
2684629--2684669	21	1.9	22	90	5	66	36	9	2	51	1.48
2684777--2684819	2	21.5	2	95	0	77	46	0	2	51	1.13
2691679--2691843	83	2.0	83	90	0	258	40	12	21	25	1.88
2697019--2697089	5	14.4	5	78	11	67	40	16	4	38	1.68
2697010--2697079	22	3.2	22	93	0	113	41	17	4	37	1.69
2697718--2698330	115	5.3	114	79	7	605	40	9	11	38	1.74
2697720--2698330	227	2.7	224	81	6	681	40	9	11	38	1.74
2697718--2698330	114	5.3	115	80	7	636	40	9	11	38	1.74
2700024--2700053	15	2.0	15	100	0	60	60	20	6	13	1.55
2700187--2700244	22	2.6	22	81	8	64	31	22	12	34	1.91
2700187--2700235	22	2.2	23	85	10	66	28	24	12	34	1.91
2700483--2700528	19	2.4	19	88	0	74	21	26	10	41	1.86
2700796--2700890	49	1.9	49	97	0	181	30	13	10	45	1.77
2701476--2701527	20	2.6	20	81	0	68	26	13	17	42	1.86
2705044--2705076	17	1.9	17	93	0	57	30	15	24	30	1.95
2711428--2711462	13	2.6	14	86	9	54	17	14	2	65	1.38
2714118--2714187	31	2.3	31	82	2	79	44	12	8	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2714137--2714210	31	2.4	30	82	8	78	32	16	13	37	1.87
2714890--2714949	26	2.3	26	80	5	68	28	3	3	65	1.25
2715138--2715209	31	2.3	31	87	0	99	36	9	9	44	1.70
2720754--2720779	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2720795--2720851	23	2.5	22	77	8	69	50	1	5	42	1.35
2720961--2720998	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
2729018--2729060	19	2.3	19	96	4	79	27	23	32	16	1.96
2731228--2731281	24	2.4	23	84	9	67	33	0	46	20	1.51
2737680--2737768	44	2.0	44	82	10	110	28	1	20	50	1.55
2738331--2738451	54	2.2	54	84	5	147	28	24	19	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18