genome.fa.s7860.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007860.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110223_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2941097

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1645--1718	20	3.7	20	78	10	96	35	18	22	22	1.96
1604--1738	21	6.5	21	76	13	118	30	23	22	22	1.99
1624--1738	41	2.8	41	86	5	178	31	21	23	23	1.98
1624--1774	82	1.8	82	81	8	191	31	21	21	25	1.98
2372--2398	6	4.5	6	100	0	54	0	14	51	33	1.43
2484--2545	21	3.0	20	80	13	72	33	22	22	20	1.97
5411--5473	22	2.9	22	92	4	101	25	22	26	25	2.00
6211--6255	22	2.1	21	87	4	63	17	24	31	26	1.97
7516--7556	21	2.0	21	100	0	82	29	14	41	14	1.86
8434--8494	31	2.0	31	96	0	113	34	13	21	31	1.91
15700--16135	200	2.2	201	86	2	608	27	21	17	32	1.96
16929--17048	33	3.5	33	75	11	118	33	10	20	35	1.87
17050--17127	31	2.5	31	100	0	156	47	10	15	26	1.77
17166--17361	36	5.4	36	79	3	169	43	11	19	25	1.84
17157--17334	72	2.5	71	81	3	194	42	11	19	25	1.85
17342--17379	15	2.5	15	91	0	58	36	15	26	21	1.93
18557--18926	189	2.0	189	88	0	551	29	20	17	33	1.95
19729--19804	38	2.0	38	97	0	143	26	25	13	35	1.92
19980--20112	70	1.9	70	93	0	230	51	18	16	13	1.76
22382--22417	15	2.3	15	90	4	54	61	5	5	27	1.41
23009--23059	23	2.2	24	86	10	70	76	5	3	13	1.11
26268--26293	4	6.5	4	100	0	52	26	0	0	73	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27817--27876	28	2.2	28	87	3	86	31	21	3	43	1.69
34255--34298	8	5.6	8	81	13	56	86	2	9	2	0.75
34255--34299	15	3.0	15	87	9	65	84	2	11	2	0.80
34250--34318	18	3.8	18	75	3	57	79	4	13	2	0.99
34257--34339	13	6.4	12	73	17	51	79	4	13	2	0.99
34259--34354	41	2.3	41	81	1	120	77	4	15	3	1.06
34256--34340	7	12.0	7	73	12	57	78	4	14	2	1.00
35397--35451	25	2.2	26	80	6	67	30	18	25	25	1.98
35404--35454	25	2.0	25	88	0	75	25	19	27	27	1.99
36066--36193	64	2.0	64	95	0	229	32	22	15	28	1.95
36128--36413	156	1.8	155	84	3	367	36	21	15	26	1.93
36427--36654	121	1.9	121	90	0	366	34	26	15	24	1.95
36709--37062	84	4.2	84	88	2	503	35	24	18	22	1.96
36709--37116	84	4.8	84	83	4	455	34	23	19	23	1.96
37468--37520	3	17.3	3	81	11	63	33	3	0	62	1.13
39082--39138	30	1.9	30	85	0	78	19	12	7	61	1.53
41729--42097	20	18.5	20	84	5	451	34	26	18	20	1.96
42779--42825	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
43000--43024	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
45304--45576	19	15.4	19	81	15	345	46	18	20	14	1.83
45304--45598	33	8.5	35	83	12	273	46	18	20	14	1.84
45332--45598	52	5.0	52	90	5	428	46	17	21	14	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45335--45598	109	2.5	103	90	7	429	46	17	21	14	1.83
45605--45705	19	5.6	19	85	12	142	14	23	17	43	1.87
45812--45848	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
47233--47295	21	3.0	21	70	9	65	20	19	36	23	1.95
47807--47863	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
47788--47880	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
47751--47885	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
47881--48009	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
47881--47972	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
48053--48523	93	5.1	93	97	1	903	46	18	12	22	1.83
48053--48523	185	2.6	184	98	0	915	46	18	12	22	1.83
50216--50330	33	3.5	33	91	0	194	43	20	25	10	1.84
50240--50335	19	5.6	18	72	22	82	40	22	26	10	1.86
50224--50313	14	5.7	14	72	23	72	40	23	26	10	1.86
50347--50401	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
50331--50401	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
50342--50423	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
50354--50442	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
50522--50592	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
50774--50828	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
50974--51146	20	8.6	20	83	5	215	19	19	26	34	1.96
50976--51146	60	2.8	60	84	0	243	19	19	26	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51202--51253	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
55602--55644	3	14.0	3	95	4	77	32	0	0	67	0.91
55764--55816	2	26.5	2	100	0	106	0	50	0	49	1.00
58320--58448	3	43.0	3	93	0	222	35	0	0	63	1.00
63890--63921	15	2.1	15	94	0	55	28	18	6	46	1.73
71235--71337	26	4.0	25	77	17	97	84	0	14	0	0.68
71232--71337	37	2.9	36	82	9	128	83	0	15	0	0.69
71235--71331	9	11.8	8	85	13	119	85	1	13	0	0.65
71235--71332	1	98.0	1	71	0	70	85	1	13	0	0.64
71235--71334	40	2.4	39	86	8	137	85	1	14	0	0.66
72484--72997	84	6.1	84	92	1	802	27	13	21	37	1.91
73770--74615	112	7.5	112	91	3	1301	38	14	19	28	1.90
74561--74650	36	2.5	36	92	0	144	50	11	21	17	1.77
74898--74975	3	26.0	3	94	0	111	38	1	0	60	1.05
80498--80559	27	2.3	27	91	0	97	37	11	4	46	1.61
80631--80727	10	9.2	11	68	18	55	38	4	0	57	1.18
80826--80870	20	2.3	20	84	3	56	20	8	0	71	1.12
87499--87744	95	2.7	94	83	10	300	29	18	19	32	1.96
89109--89180	37	1.9	37	86	5	101	31	16	11	40	1.84
89121--89279	87	1.8	87	90	2	257	33	15	13	36	1.87
89283--89374	37	2.5	37	82	3	105	26	21	14	38	1.91
89198--89747	203	2.7	203	80	3	550	29	18	12	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89588--89675	36	2.5	36	84	1	115	29	18	10	42	1.83
89195--90036	102	8.3	101	78	10	612	28	18	12	40	1.87
89623--89933	65	4.6	66	75	11	272	28	19	10	41	1.85
89623--89933	66	4.6	64	75	11	282	28	19	10	41	1.85
89764--89866	37	2.8	36	85	2	143	28	18	11	41	1.85
89696--89965	139	1.9	139	86	4	384	29	18	11	40	1.87
89756--89879	36	3.4	36	82	3	151	29	18	10	41	1.84
89841--90038	103	1.9	102	87	3	290	28	18	13	39	1.88
91902--91997	2	50.5	2	74	13	60	40	5	0	54	1.23
92095--92135	19	2.2	20	78	13	50	17	9	0	73	1.09
92761--92798	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
101649--101693	17	2.7	17	86	3	56	17	0	11	71	1.14
101933--102026	39	2.4	39	82	6	111	32	9	12	44	1.75
101986--102071	27	3.5	25	78	10	88	36	13	17	32	1.89
110248--110365	2	59.0	2	100	0	236	50	0	0	50	1.00
114265--114321	20	2.8	20	94	0	96	33	17	22	26	1.96
114854--114906	22	2.4	21	84	9	70	15	26	26	32	1.95
114867--114909	22	2.0	22	95	0	77	18	25	27	27	1.98
124781--124805	13	1.9	13	100	0	50	16	4	0	80	0.87
132436--132527	10	9.6	9	76	13	76	16	26	28	29	1.97
132436--132527	19	4.7	20	78	14	93	16	26	28	29	1.97
132436--132527	29	3.2	29	83	9	116	16	26	28	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132493--132532	19	2.1	19	90	0	62	17	22	35	25	1.95
135895--135932	19	2.1	18	85	14	51	26	13	0	60	1.33
138291--138488	99	2.0	99	96	0	369	36	6	16	40	1.74
141096--141125	14	2.1	14	93	0	51	60	0	3	36	1.14
143821--143873	26	2.0	26	92	0	88	33	24	13	28	1.93
144997--145048	25	2.1	25	100	0	104	19	34	11	34	1.88
146180--146220	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
148815--148876	21	3.1	19	80	13	70	20	30	17	30	1.96
152099--152143	17	2.8	17	77	12	51	53	0	6	40	1.27
156941--157199	36	7.2	36	91	0	403	17	24	24	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16