genome.fa.s7860.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007860.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110223_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2941097

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2194355--2194404	19	2.6	19	81	18	59	70	0	8	22	1.13
2195065--2195257	76	2.6	74	86	8	250	55	13	0	30	1.42
2195150--2195197	25	2.0	24	83	4	60	62	12	2	22	1.40
2195068--2195281	76	2.9	75	78	11	226	57	11	1	29	1.43
2200017--2200066	19	2.5	20	81	12	59	68	0	8	24	1.16
2200740--2200966	76	3.1	73	80	8	244	58	11	0	29	1.39
2200731--2200931	72	2.7	72	82	4	215	59	12	0	27	1.34
2201431--2201480	20	2.5	20	100	0	100	22	28	12	38	1.89
2202329--2202386	3	18.3	3	79	10	62	63	0	1	34	1.04
2202328--2202392	29	2.2	30	89	10	98	64	0	1	33	1.03
2203210--2203545	168	2.0	168	100	0	672	47	26	13	13	1.79
2203915--2203965	20	2.5	20	93	0	93	52	5	3	37	1.44
2203966--2204018	26	2.0	26	100	0	106	60	11	7	20	1.55
2204651--2204685	2	17.5	2	87	0	52	45	0	5	48	1.26
2205517--2205578	20	3.0	20	84	13	81	25	9	38	25	1.86
2206014--2206085	25	2.8	25	76	17	67	30	2	0	66	1.06
2206011--2206079	27	2.5	27	77	17	70	30	2	0	66	1.06
2206049--2206106	23	2.4	25	85	8	75	27	3	0	68	1.05
2206179--2206216	20	1.9	20	84	10	51	28	10	2	57	1.45
2211281--2212545	83	15.3	83	83	3	1362	34	21	17	26	1.95
2211285--2212545	163	7.7	163	83	3	1356	34	21	17	26	1.95
2211533--2212692	83	14.0	85	80	7	409	34	21	18	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2213195--2213285	20	4.5	20	83	1	101	35	9	28	26	1.88
2213420--2213475	20	2.8	20	91	0	85	30	8	35	25	1.86
2213971--2214019	23	2.0	25	84	11	66	28	2	0	69	1.00
2213971--2214031	25	2.5	24	78	10	61	26	4	0	68	1.09
2214183--2214221	19	2.1	19	85	0	51	43	0	5	51	1.24
2232241--2232287	19	2.6	19	80	10	53	48	0	4	46	1.21
2242754--2242787	17	2.0	17	88	0	50	50	2	2	44	1.32
2253161--2253216	22	2.5	22	86	11	71	32	8	21	37	1.84
2256070--2256128	14	4.6	13	76	18	61	71	1	25	1	1.05
2256074--2256125	20	2.5	20	87	9	70	71	1	25	1	1.07
2257881--2257931	20	2.5	20	96	0	93	25	29	19	25	1.99
2261770--2261832	30	2.1	30	84	0	81	30	15	7	46	1.75
2265863--2265904	12	3.4	12	80	6	57	26	19	0	54	1.44
2265848--2265904	25	2.2	26	93	3	98	24	21	1	52	1.56
2265862--2265902	13	3.2	13	79	6	57	24	17	0	58	1.38
2267622--2267671	23	2.2	23	92	3	84	24	22	20	34	1.97
2269721--2269829	24	4.5	24	72	4	76	20	12	14	52	1.74
2272463--2272526	29	2.1	31	82	5	78	31	17	6	45	1.73
2272604--2272638	3	12.0	3	93	6	63	65	0	0	34	0.93
2272637--2272673	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
2278367--2278416	9	5.4	9	80	20	59	84	0	14	2	0.72
2278368--2278416	10	5.0	10	81	18	59	85	0	12	2	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2278367--2278416	17	2.8	17	87	9	64	84	0	14	2	0.72
2281604--2281672	23	3.0	23	80	0	75	28	24	23	23	1.99
2281688--2281905	103	2.1	103	94	0	382	37	22	13	26	1.92
2283269--2283329	20	2.9	20	90	7	86	19	24	24	31	1.98
2284797--2285455	331	2.0	333	90	0	1043	37	16	16	30	1.90
2284778--2285455	166	4.1	166	91	0	1034	37	15	16	30	1.90
2287470--2287566	3	31.7	3	81	8	115	60	0	0	39	0.97
2287700--2287984	124	2.4	121	85	7	366	23	18	15	42	1.89
2287931--2288056	36	3.5	36	97	0	234	19	21	11	48	1.79
2287966--2288028	20	3.3	20	67	24	64	17	23	7	50	1.72
2288111--2288199	17	5.1	17	68	24	60	20	20	10	49	1.77
2288111--2288202	36	2.6	36	91	5	152	19	20	9	50	1.76
2287966--2288278	143	2.2	143	95	1	563	25	18	13	41	1.88
2288143--2289064	113	8.2	113	84	6	1232	28	19	14	37	1.91
2288708--2288757	17	2.9	17	70	21	50	22	18	10	50	1.76
2288143--2289064	225	4.1	226	89	4	1363	28	19	14	37	1.91
2289497--2289573	22	3.5	22	87	0	118	40	11	12	35	1.80
2289922--2290128	54	3.9	53	82	9	239	25	21	14	38	1.92
2292106--2292325	114	1.9	114	89	1	343	30	20	15	34	1.93
2294573--2294629	6	9.5	6	86	7	80	0	14	3	82	0.80
2294923--2294962	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2300871--2300955	3	27.7	3	86	9	118	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2303609--2303700	44	2.1	44	95	0	166	30	11	16	41	1.84
2305516--2305552	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
2307469--2307507	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2312797--2312836	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
2313876--2314017	75	1.9	75	84	5	189	47	2	3	45	1.34
2313861--2314004	37	3.8	38	82	5	168	47	2	4	45	1.36
2317289--2317313	9	2.8	9	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2318121--2318165	18	2.5	18	96	0	81	17	22	13	46	1.83
2328173--2328245	35	2.1	36	92	2	121	46	20	17	15	1.84
2335363--2335463	27	3.7	27	100	0	202	52	2	21	22	1.60
2335985--2336013	14	2.0	15	93	6	51	27	3	6	62	1.37
2337350--2337400	20	2.5	21	81	12	61	35	17	11	35	1.87
2337536--2337605	20	3.5	20	84	0	77	34	17	22	25	1.96
2367663--2367744	40	2.0	40	81	9	96	29	25	30	14	1.95
2368633--2368680	24	2.0	24	87	0	69	25	18	20	35	1.95
2369688--2369736	24	2.0	25	88	4	73	42	4	0	53	1.20
2369873--2369918	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2375825--2375882	20	2.6	22	89	10	84	25	22	20	31	1.98
2379439--2379476	20	1.9	20	100	0	76	23	23	21	31	1.98
2382357--2382405	19	2.6	18	78	9	53	57	2	2	38	1.22
2391718--2391777	21	2.8	22	76	5	77	23	30	26	20	1.98
2393349--2393387	18	2.2	18	85	0	51	35	30	25	7	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2393652--2393689	17	2.3	17	86	4	51	18	2	26	52	1.58
2398034--2398282	35	7.1	34	68	17	118	48	6	6	39	1.52
2398043--2398265	70	3.1	70	79	5	225	46	6	5	40	1.54
2398035--2398329	140	2.1	139	80	8	332	47	5	6	41	1.50
2402243--2402274	6	5.3	6	100	0	64	15	0	53	31	1.43
2403630--2403663	16	2.2	16	89	5	52	32	2	2	61	1.26
2416914--2416980	35	1.9	35	84	0	89	35	0	20	43	1.53
2417321--2417355	11	3.1	11	88	8	52	65	2	0	31	1.07
2417321--2417355	17	2.1	17	88	0	52	65	2	0	31	1.07
2417446--2417497	24	2.2	24	92	0	86	42	3	15	38	1.65
2417864--2417911	20	2.4	21	82	6	55	54	4	4	37	1.39
2421794--2421885	43	2.1	43	81	0	103	29	23	15	31	1.95
2422275--2422338	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
2423108--2423140	17	1.9	17	88	11	50	39	12	3	45	1.57
2424997--2425044	20	2.5	19	83	10	53	31	14	4	50	1.62
2427031--2427105	5	15.0	5	100	0	150	40	0	20	40	1.52
2427722--2427764	22	2.0	20	82	13	50	51	0	0	48	1.00
2427923--2428002	26	2.7	31	79	18	116	36	23	17	22	1.95
2427921--2428009	26	3.2	26	68	23	74	33	22	20	23	1.97
2429707--2429753	24	2.0	24	86	0	67	4	27	6	61	1.39
2431914--2431981	29	2.3	30	74	2	75	51	4	2	41	1.37
2432594--2432621	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2438814--2438848	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
2441302--2441509	104	2.0	105	92	0	346	36	15	19	28	1.93
2446616--2446674	21	2.7	23	94	5	104	10	37	0	52	1.35
2447020--2447062	15	2.8	15	89	10	61	34	18	9	37	1.83
2447066--2447214	80	1.9	80	94	0	262	20	5	32	41	1.75
2447530--2447596	21	3.5	21	63	23	56	34	17	13	34	1.89
2447512--2447598	36	2.4	36	96	0	156	32	19	14	33	1.92
2448479--2448651	86	2.0	86	96	2	321	38	13	19	28	1.90
2451048--2451097	21	2.4	21	83	3	66	22	0	10	68	1.19
2451631--2451818	19	9.6	20	74	10	122	35	24	12	27	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16