genome.fa.s7860.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007860.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110223_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2941097

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2452710--2452763	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2453493--2453528	18	2.0	18	94	0	63	55	22	2	19	1.56
2453933--2453985	20	2.7	20	90	0	88	20	16	20	41	1.90
2454045--2454185	61	2.2	63	86	8	189	50	17	0	31	1.51
2455578--2455661	42	2.0	42	85	0	114	21	16	36	25	1.94
2457808--2457857	20	2.6	19	84	6	73	46	22	20	12	1.83
2457854--2457913	20	3.0	20	90	2	86	15	15	21	48	1.81
2458177--2458234	22	2.7	21	81	5	62	20	15	39	24	1.91
2458355--2458419	20	3.2	20	97	0	121	18	18	24	38	1.93
2458364--2458520	20	7.8	20	73	11	81	26	16	26	30	1.97
2458355--2458439	40	2.1	40	82	4	100	23	18	23	34	1.97
2459023--2459270	112	2.2	112	80	9	265	28	14	13	43	1.83
2460160--2460202	20	2.2	20	91	4	70	39	25	16	18	1.91
2460175--2460354	83	2.2	82	84	3	236	38	22	14	25	1.92
2461799--2461836	20	1.9	20	88	0	58	26	13	23	36	1.91
2462885--2462925	20	2.0	20	90	0	64	29	17	19	34	1.94
2466361--2466426	33	2.0	33	96	0	123	22	9	31	36	1.86
2472917--2473306	193	2.0	196	98	1	759	22	31	12	33	1.91
2480458--2480527	3	23.0	3	81	8	79	34	0	0	65	0.93
2480458--2480528	25	2.9	25	87	6	92	35	0	0	64	0.94
2481971--2482331	149	2.4	147	81	10	386	38	8	7	45	1.64
2482090--2482371	149	1.9	147	83	5	365	37	7	7	47	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2482830--2482892	28	2.2	28	85	0	81	34	3	0	61	1.12
2488089--2488142	8	6.5	8	89	8	72	85	0	14	0	0.61
2488087--2488136	18	2.8	18	90	3	75	86	0	14	0	0.58
2488088--2488142	26	2.1	26	93	0	92	85	0	14	0	0.60
2488600--2488661	32	1.9	32	86	0	88	43	17	16	22	1.87
2493460--2493678	76	2.9	76	89	2	327	25	20	20	33	1.97
2493536--2493922	121	3.2	121	92	2	641	25	20	20	33	1.97
2493612--2493725	45	2.5	45	82	5	122	25	19	21	34	1.96
2493657--2493799	76	1.9	74	85	5	198	25	18	20	34	1.96
2493733--2493836	45	2.3	45	89	0	154	27	20	19	32	1.96
2493445--2493983	197	2.8	193	84	5	640	25	20	20	33	1.97
2493778--2493983	76	2.7	76	92	0	340	24	20	20	33	1.97
2494138--2494206	3	23.0	3	85	8	88	36	0	0	63	0.94
2495635--2496035	149	2.6	155	82	6	442	38	7	8	45	1.62
2497969--2498042	35	2.2	33	85	9	96	58	9	9	22	1.59
2499184--2499322	74	1.9	75	85	7	194	30	25	20	23	1.99
2505065--2505186	21	5.8	21	74	15	92	24	31	16	27	1.96
2505109--2505165	23	2.6	22	83	8	71	26	28	14	31	1.94
2507118--2507177	21	3.0	21	75	15	56	16	0	25	58	1.38
2509050--2509074	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
2509265--2509619	131	2.7	132	84	3	437	27	19	29	23	1.98
2510718--2510827	30	3.5	30	68	29	84	37	14	21	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2510718--2510869	66	2.3	67	89	3	227	40	13	21	25	1.89
2511010--2511118	36	3.0	36	84	1	146	39	10	18	32	1.84
2511019--2511143	36	3.4	37	81	7	139	40	12	16	31	1.85
2511022--2511154	37	3.6	38	79	7	105	39	12	16	31	1.86
2511479--2511512	16	2.1	16	94	0	59	23	0	26	50	1.50
2513556--2513582	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2513830--2513905	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
2517469--2517498	15	2.0	15	100	0	60	13	46	26	13	1.80
2517920--2517995	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
2521559--2521588	15	2.0	15	100	0	60	13	46	26	13	1.80
2522010--2522085	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
2525648--2525676	14	2.1	14	100	0	58	13	44	27	13	1.82
2526098--2526173	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
2529738--2529767	15	2.0	15	100	0	60	13	46	26	13	1.80
2530190--2530265	35	2.2	35	97	0	143	40	15	10	32	1.82
2533823--2533852	15	2.0	15	100	0	60	13	46	26	13	1.80
2534273--2534348	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
2537910--2537939	15	2.0	15	100	0	60	13	46	26	13	1.80
2538361--2538436	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
2553478--2553512	15	2.2	17	90	10	56	40	0	11	48	1.39
2559628--2559662	6	5.8	6	87	12	54	17	17	17	48	1.81
2561960--2562053	6	15.2	6	71	21	52	73	0	18	8	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2561939--2562030	12	7.8	11	68	21	53	73	0	19	6	1.04
2561969--2562030	24	2.7	23	80	7	72	77	0	16	6	0.97
2562023--2562052	16	1.9	16	93	6	53	66	0	20	13	1.24
2563309--2563618	127	2.4	127	88	5	439	36	15	26	21	1.94
2564361--2565375	55	18.7	55	87	4	1424	29	14	27	27	1.95
2564361--2565375	108	9.4	110	93	2	1451	29	14	27	27	1.95
2569949--2570031	29	2.8	31	80	9	109	57	13	9	19	1.63
2569949--2570034	30	2.9	30	82	6	113	59	12	9	18	1.60
2571751--2572128	134	2.8	133	86	5	494	26	17	28	26	1.98
2572399--2572625	33	6.7	33	66	12	102	38	11	17	32	1.86
2572448--2572607	36	4.6	36	68	8	107	40	11	18	29	1.86
2572447--2572679	70	3.3	69	83	5	265	39	11	18	30	1.85
2572713--2572851	67	2.1	68	82	11	171	41	13	15	28	1.86
2572654--2572966	64	4.8	64	73	13	178	42	13	14	29	1.83
2574492--2574522	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2577462--2577577	49	2.4	48	79	9	121	35	28	8	27	1.86
2579102--2579129	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2579270--2579362	30	3.1	30	78	6	98	60	10	11	17	1.59
2582944--2583208	43	6.2	43	78	6	110	34	18	22	24	1.96
2582971--2583227	43	6.0	42	82	3	291	33	19	22	24	1.97
2582976--2583224	85	2.9	85	85	3	304	33	18	22	25	1.96
2582964--2583225	86	3.1	85	82	3	321	33	18	22	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2583198--2583301	41	2.5	41	80	3	109	33	16	19	30	1.94
2583343--2583493	81	1.9	81	88	5	234	31	23	16	28	1.96
2583307--2583484	40	4.4	40	73	12	150	32	23	15	29	1.95
2583345--2583521	81	2.2	82	82	8	211	32	22	15	29	1.95
2584870--2584909	12	3.2	12	80	19	55	40	2	2	55	1.27
2585688--2585978	147	2.0	147	88	0	438	33	16	12	37	1.87
2586074--2586322	43	5.8	43	78	6	227	51	9	14	24	1.71
2586093--2586322	87	2.7	86	78	7	236	52	10	13	24	1.71
2595518--2595560	11	3.8	11	81	3	50	4	20	2	72	1.14
2596043--2596082	21	2.0	21	90	5	64	42	12	20	25	1.86
2597493--2597530	2	19.5	2	94	5	69	52	0	0	47	1.00
2599210--2599337	63	2.0	63	100	0	256	32	17	9	40	1.81
2603373--2603427	27	2.0	27	100	0	110	7	29	14	49	1.70
2604838--2604862	9	2.8	9	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2619754--2619812	2	30.0	2	96	3	111	49	0	0	50	1.00
2622360--2622427	9	7.6	9	74	12	59	30	11	2	54	1.51
2622360--2622427	27	2.5	27	97	0	127	30	11	2	54	1.51
2627825--2627870	22	2.1	22	91	0	74	63	0	2	34	1.07
2627819--2627871	22	2.7	18	74	20	61	64	0	1	33	1.05
2630734--2630836	29	3.6	29	94	2	172	45	1	0	51	1.19
2630733--2630818	2	44.0	2	95	4	158	48	0	0	51	1.00
2639319--2639347	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2639568--2639614	15	3.3	14	80	11	51	65	2	0	31	1.04
2639591--2639638	24	1.9	25	87	8	71	62	8	2	27	1.35
2639625--2639696	30	2.4	30	79	11	85	62	4	1	31	1.23
2641078--2641161	3	29.0	3	88	7	120	63	0	1	35	1.03
2641494--2642069	123	4.9	119	80	10	512	28	18	14	38	1.90
2641752--2642090	113	3.0	113	82	3	452	30	18	14	36	1.91
2642989--2643058	34	2.1	32	86	5	95	22	30	15	31	1.95
2643423--2643498	21	3.7	21	94	1	127	26	18	35	19	1.95
2643679--2643738	30	2.0	30	93	0	102	43	21	5	30	1.74
2643870--2643960	45	2.0	45	97	0	173	31	16	13	38	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16