genome.fa.s7860.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007860.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110223_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2941097

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
735045--735104	23	2.5	24	84	15	72	31	5	1	61	1.27
735062--735123	12	5.4	11	77	9	52	25	4	0	69	1.08
735096--735123	12	2.3	12	100	0	56	14	7	0	78	0.95
735045--735112	23	2.9	23	78	12	68	27	5	1	64	1.25
739285--739411	63	2.0	63	100	0	254	31	14	18	36	1.90
749844--749943	48	2.1	48	98	0	191	34	11	23	32	1.89
750403--750489	43	2.0	43	100	0	174	33	20	11	34	1.89
754410--754493	44	1.9	44	90	0	132	28	8	10	52	1.65
754409--754504	44	2.2	44	84	3	131	26	11	9	53	1.67
754936--754987	21	2.5	21	93	0	86	46	13	17	23	1.83
755797--755859	31	2.0	31	93	0	108	22	25	15	36	1.94
757654--757750	31	3.1	30	88	7	149	21	27	14	36	1.93
760259--760291	10	2.9	12	82	17	52	48	6	18	27	1.71
762352--762415	13	4.9	13	80	0	74	28	20	18	32	1.96
762352--762415	26	2.5	26	89	0	92	28	20	18	32	1.96
762572--762620	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
763813--763844	16	2.0	16	100	0	64	68	12	12	6	1.37
771979--772022	21	2.1	20	87	8	61	31	15	15	36	1.90
773804--773838	15	2.2	16	90	5	54	51	0	14	34	1.42
774725--774766	21	2.0	21	90	0	66	35	16	16	30	1.92
781546--781597	25	2.2	23	83	10	61	57	13	5	23	1.57
781960--781999	21	1.9	21	84	0	53	62	0	7	30	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
784477--784506	15	2.0	15	93	0	51	56	0	20	23	1.42
784594--784700	11	9.1	11	70	11	54	77	0	3	17	0.97
784593--784715	8	14.2	9	73	21	63	76	0	4	18	0.99
784605--784705	46	2.2	46	82	3	125	78	0	3	16	0.96
784652--784702	22	2.4	22	83	9	61	74	0	1	23	0.92
784594--784705	13	8.7	13	69	20	67	77	0	3	17	0.96
784652--784785	42	3.5	36	78	15	117	68	1	2	27	1.10
784781--784841	23	2.8	21	74	16	54	67	4	6	21	1.33
785162--785230	34	2.0	34	94	0	120	31	14	11	42	1.82
785826--786084	98	2.6	98	82	5	295	19	20	25	34	1.96
785823--786218	105	3.8	103	77	7	335	20	20	25	33	1.97
786888--787015	31	3.9	31	72	17	82	34	12	20	32	1.90
786790--786982	67	2.8	67	84	3	251	38	12	20	28	1.89
786937--787051	33	3.5	33	89	5	162	32	11	19	37	1.87
787092--787566	36	13.9	36	71	17	254	38	12	19	30	1.88
787220--787278	30	2.0	30	86	6	84	32	10	16	40	1.82
787166--787548	100	3.8	100	87	5	514	37	11	19	31	1.88
788428--788478	22	2.3	22	96	0	93	25	11	27	35	1.91
789100--789145	16	2.8	17	80	6	51	0	17	8	73	1.07
789106--789179	8	9.1	8	71	8	60	1	14	5	78	1.00
792750--792779	15	2.0	15	93	0	51	56	0	20	23	1.42
792866--792924	13	4.6	13	75	10	50	77	1	3	16	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792866--792978	38	2.9	37	75	13	104	76	0	3	19	0.99
792867--792970	49	2.2	47	82	5	129	76	0	2	19	0.96
792910--793013	39	2.6	39	77	11	122	71	0	2	25	1.06
792892--792999	34	3.4	33	76	15	93	72	0	2	24	1.04
792867--792980	21	5.5	20	69	12	79	76	0	3	19	0.99
792914--793049	37	3.5	40	73	16	108	68	1	2	27	1.10
792914--793049	38	3.4	38	74	11	105	68	1	2	27	1.10
793024--793080	24	2.3	26	80	17	68	66	5	3	24	1.28
793024--793093	24	3.0	23	80	17	65	68	4	4	22	1.25
793045--793106	23	2.8	22	75	20	58	67	4	6	20	1.32
793428--793496	34	2.0	34	94	0	120	31	14	11	42	1.82
794318--794358	21	2.0	21	90	0	64	48	24	4	21	1.69
796889--796933	3	14.7	3	82	13	56	35	0	0	64	0.94
798533--798642	30	3.7	30	75	12	109	20	15	6	58	1.59
798919--798960	5	8.4	5	89	0	66	19	0	4	76	0.96
802358--802496	25	5.1	27	69	27	91	74	7	14	3	1.16
802349--802488	32	4.5	29	76	19	106	75	6	13	4	1.14
802358--802430	17	4.9	14	76	20	69	72	6	15	5	1.24
802358--802488	45	2.8	45	78	16	142	76	6	13	3	1.11
802361--802488	15	8.4	14	70	21	80	76	6	14	3	1.10
802423--802488	20	3.4	19	78	16	64	81	6	12	0	0.85
802440--802477	7	5.6	7	81	6	51	84	5	10	0	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802359--802491	33	4.2	31	78	14	121	76	6	14	3	1.09
804501--804541	3	13.3	3	85	14	57	34	0	0	65	0.93
804503--804548	21	2.2	21	92	3	76	34	0	0	65	0.93
805787--805834	19	2.5	19	93	0	78	33	22	27	16	1.96
807455--807522	23	3.0	23	80	0	64	19	26	23	30	1.98
811049--811098	19	2.6	19	100	0	100	30	18	30	22	1.97
811087--811144	20	2.6	23	78	10	68	31	22	20	25	1.98
811872--811925	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
812661--812705	23	2.0	23	86	8	65	20	26	26	26	1.99
813087--813123	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
814728--814790	30	2.1	30	85	5	83	22	12	4	60	1.51
816717--816863	41	3.6	40	69	15	120	33	16	17	33	1.92
816674--816865	82	2.3	81	80	5	233	33	16	17	33	1.92
816674--816943	82	3.3	79	76	9	231	32	16	17	33	1.93
816885--816961	41	1.9	41	86	2	111	33	18	14	33	1.91
818318--818366	24	2.1	23	84	3	62	53	0	2	44	1.12
830889--830963	3	25.0	3	82	5	80	41	1	0	57	1.07
837531--837584	20	2.6	21	85	5	65	40	22	14	22	1.90
837637--837686	20	2.5	20	76	0	55	34	16	22	28	1.95
842195--842224	13	2.2	14	94	5	53	0	6	6	86	0.70
843052--843250	104	1.9	103	85	3	276	26	15	27	31	1.95
850140--850333	90	2.2	90	94	0	334	37	23	10	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855340--855701	157	2.4	151	86	3	483	48	7	17	26	1.73
860121--860359	36	6.3	38	74	12	204	47	2	4	44	1.38
860125--860336	74	2.7	74	84	7	219	47	3	4	44	1.40
860387--860470	5	16.4	5	72	18	57	21	4	1	72	1.10
860384--860449	34	1.9	34	84	6	89	21	6	1	71	1.16
860387--860460	22	3.4	21	75	20	71	21	4	1	72	1.08
860393--860466	27	2.7	29	81	14	93	21	5	0	72	1.04
860386--860467	11	7.4	11	69	21	55	20	4	1	73	1.09
861650--861712	21	3.2	19	75	18	58	14	3	6	76	1.11
861732--861812	4	20.5	4	78	16	62	27	0	2	70	1.00
865658--865811	77	2.0	77	92	0	254	32	18	16	32	1.93
866962--867903	84	11.4	83	78	4	760	30	24	19	25	1.98
866962--867902	165	5.7	164	80	4	935	30	24	19	25	1.98
866962--867902	249	3.8	247	82	3	1023	30	24	19	25	1.98
868551--868699	36	4.1	36	80	8	165	44	3	7	44	1.48
868556--868733	75	2.3	78	86	4	236	44	3	7	44	1.48
868753--868787	12	3.0	12	95	4	63	48	0	0	51	1.00
870101--870168	15	4.7	15	67	10	52	26	0	2	70	1.01
870101--870168	11	5.9	11	75	14	57	26	0	2	70	1.01
870936--870964	15	2.0	15	93	6	51	34	20	27	17	1.95
876047--876279	52	4.3	52	75	11	150	39	18	9	31	1.84
876105--876279	52	3.3	52	78	4	156	40	18	9	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876366--876544	74	2.4	75	83	8	213	40	7	18	32	1.80
876517--876611	36	2.6	36	89	0	136	38	13	22	25	1.91
876676--876783	37	2.9	37	83	1	119	41	11	18	28	1.85
876798--876886	37	2.4	37	81	3	108	40	10	19	30	1.84
880463--880508	21	2.2	21	96	0	83	34	21	10	32	1.88
882262--882293	10	3.1	11	91	8	50	78	0	0	21	0.76
886210--886482	36	7.6	36	94	0	429	19	27	23	29	1.98
899461--899519	29	2.0	29	96	0	109	50	13	11	23	1.74
903941--904014	35	2.1	36	92	2	123	41	13	17	27	1.87
910085--910163	21	3.7	22	80	9	83	17	25	34	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16