genome.fa.s7860.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007860.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110223_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2941097

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2646401--2646476	21	3.7	21	91	1	109	27	17	34	21	1.95
2646497--2646594	21	4.6	22	78	6	71	26	17	31	24	1.97
2646539--2646617	21	3.8	21	96	0	149	25	18	35	20	1.95
2646698--2646757	30	2.0	30	93	0	102	43	21	5	30	1.74
2647736--2647929	75	2.6	75	82	0	235	32	19	16	31	1.94
2651221--2651312	7	12.9	7	84	6	73	2	17	0	80	0.81
2651219--2651316	8	12.2	8	82	9	76	2	17	0	80	0.80
2651238--2651313	21	3.3	22	78	12	82	0	21	0	78	0.74
2651236--2651313	17	4.9	17	83	10	85	0	20	0	79	0.73
2651245--2651312	8	8.8	8	88	9	97	0	22	0	77	0.76
2656242--2656303	24	2.6	24	80	12	58	62	1	6	29	1.29
2656961--2656999	20	2.0	20	85	10	53	56	0	2	41	1.13
2657224--2657271	24	1.9	25	87	8	71	62	8	2	27	1.35
2657258--2657329	30	2.4	30	79	11	85	62	4	1	31	1.23
2658694--2658758	3	23.7	3	76	17	70	63	0	3	33	1.10
2658695--2658752	21	2.7	21	97	2	107	63	0	3	32	1.11
2667865--2667895	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2670211--2670235	10	2.5	10	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2670267--2670319	9	5.9	9	80	12	56	73	1	3	20	1.08
2677615--2678056	158	2.7	158	81	11	493	48	7	16	27	1.72
2680892--2680971	30	2.7	30	92	0	97	17	41	13	27	1.87
2692112--2692151	21	1.9	21	84	0	53	57	2	27	12	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2691972--2692368	198	2.0	197	95	4	721	35	13	20	30	1.91
2697731--2697769	19	2.1	19	90	0	60	35	2	5	56	1.35
2697781--2697829	26	1.9	25	91	4	80	22	2	12	63	1.39
2700156--2700270	60	1.9	59	82	1	140	28	19	23	28	1.98
2701057--2701107	14	3.8	13	78	12	50	56	7	3	31	1.46
2701808--2701886	29	2.7	29	86	0	113	31	26	8	32	1.87
2707943--2708011	29	2.3	30	85	2	95	37	24	7	30	1.83
2707960--2708040	29	2.8	28	83	3	81	43	19	8	28	1.81
2708041--2708093	18	3.0	18	88	2	81	11	18	49	20	1.78
2708096--2708121	10	2.6	10	100	0	52	34	30	23	11	1.90
2715217--2715285	29	2.3	30	90	2	104	37	26	7	28	1.83
2715232--2715309	29	2.7	29	81	0	84	43	21	7	26	1.80
2720984--2721042	20	3.0	20	89	0	91	37	20	18	23	1.94
2721041--2721088	20	2.4	20	92	0	78	43	22	12	20	1.86
2721058--2721131	20	3.7	20	75	12	71	36	25	13	24	1.92
2721059--2721138	40	2.0	40	85	7	108	35	25	13	26	1.93
2722421--2722467	19	2.5	19	92	0	85	51	4	25	19	1.65
2723389--2723485	46	2.1	46	96	0	176	34	14	29	21	1.93
2724545--2724588	22	2.0	22	81	0	52	50	18	18	13	1.79
2726021--2726112	21	4.5	21	78	2	89	21	18	39	20	1.93
2726024--2726112	42	2.2	40	85	4	115	22	16	40	20	1.91
2726687--2726785	42	2.4	42	84	0	126	20	17	33	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2728270--2728313	20	2.2	20	95	0	79	54	18	18	9	1.69
2728319--2728361	20	2.2	20	86	0	59	13	18	20	46	1.83
2728696--2728754	22	2.7	22	91	0	91	20	18	40	20	1.91
2728853--2728890	20	2.0	20	84	5	51	44	13	15	26	1.83
2728897--2728945	20	2.5	20	96	0	89	22	10	22	44	1.82
2728936--2729002	20	3.3	20	89	0	98	23	19	22	34	1.97
2729840--2730065	76	3.1	74	81	6	244	29	2	11	56	1.47
2730659--2730700	17	2.4	18	88	4	59	21	4	0	73	1.01
2732893--2732923	12	2.6	12	100	0	62	54	6	9	29	1.57
2739063--2739284	117	1.9	118	84	6	299	28	14	9	48	1.74
2745410--2745506	5	18.8	5	78	8	88	21	5	1	72	1.11
2747121--2747349	76	3.1	73	81	9	248	30	1	11	56	1.42
2747940--2747980	16	2.4	18	88	8	59	21	4	0	73	1.02
2748027--2748078	19	2.7	19	76	5	61	23	7	0	69	1.14
2750870--2750909	20	2.0	20	90	4	64	72	0	17	10	1.11
2754972--2755003	16	2.0	16	93	0	55	71	0	12	15	1.14
2756701--2757183	139	3.5	139	82	3	489	45	13	12	27	1.81
2757820--2757878	21	2.8	22	92	5	95	45	25	8	20	1.79
2759453--2759661	110	1.9	110	94	0	373	29	24	11	34	1.91
2761245--2761301	22	2.6	22	85	0	78	14	22	33	29	1.93
2768232--2768431	65	3.1	64	79	9	219	32	24	18	25	1.97
2769628--2769685	20	2.7	20	79	12	62	27	22	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2771647--2771757	41	2.7	41	83	6	143	31	18	15	35	1.92
2774788--2774833	18	2.6	18	89	0	74	34	26	23	15	1.94
2789164--2789232	30	2.3	30	87	9	97	33	8	21	36	1.84
2791007--2791067	23	2.7	23	84	0	86	16	22	24	36	1.94
2791822--2791901	22	3.6	22	93	0	124	21	18	16	43	1.88
2795423--2795464	15	2.8	16	82	10	52	23	2	0	73	0.94
2797289--2797314	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
2798102--2798143	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2802861--2802902	17	2.5	17	96	0	75	50	7	9	33	1.62
2818987--2819034	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
2819143--2819989	421	2.0	414	95	4	1526	37	13	8	40	1.75
2819831--2819892	22	2.7	23	85	5	81	38	17	6	37	1.76
2822227--2822251	11	2.3	11	100	0	50	0	16	0	84	0.63
2822400--2822444	11	4.1	11	97	0	81	8	6	8	75	1.19
2823344--2823419	26	2.7	28	78	10	75	46	1	0	52	1.08
2823380--2823428	21	2.3	20	75	6	53	46	0	0	53	1.00
2826578--2826665	39	2.3	39	84	4	106	26	29	15	28	1.96
2834508--2834554	12	3.9	12	91	5	69	72	0	10	17	1.12
2834508--2834555	18	2.7	18	87	6	71	72	0	10	16	1.10
2839024--2839079	18	2.9	19	86	10	78	48	1	0	50	1.11
2839030--2839079	18	2.7	18	93	6	82	48	0	0	52	1.00
2839430--2839460	14	2.2	14	94	0	53	41	6	16	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2839732--2839814	42	2.0	43	87	2	123	53	1	2	43	1.21
2840832--2840869	2	19.5	2	89	5	60	55	0	0	44	0.99
2843896--2843997	34	2.9	35	82	10	136	34	18	20	26	1.96
2845895--2845954	29	2.1	29	100	0	120	20	20	6	53	1.67
2849143--2849219	31	2.5	31	93	0	127	42	10	15	31	1.81
2849172--2849222	16	3.2	16	68	15	52	41	9	15	33	1.80
2854451--2854521	34	2.1	34	100	0	142	38	22	12	26	1.90
2855298--2855341	20	2.2	20	91	0	70	25	15	13	45	1.83
2855307--2855347	20	2.0	20	85	0	55	24	12	19	43	1.85
2856001--2856035	17	2.1	16	94	5	61	51	0	0	48	1.00
2864124--2864397	20	13.6	20	75	8	223	37	25	17	18	1.93
2864185--2864396	41	5.2	41	91	1	329	37	25	17	19	1.93
2866458--2866507	18	2.8	18	96	0	91	34	20	4	42	1.70
2866512--2866891	94	4.1	94	94	1	638	21	12	18	47	1.81
2866979--2867058	33	2.4	33	89	0	115	47	20	20	12	1.81
2867070--2867161	19	5.4	18	68	24	74	11	19	20	47	1.81
2867068--2867161	33	2.8	33	93	0	152	11	20	21	46	1.82
2867587--2867705	42	2.8	42	81	5	107	22	36	17	23	1.95
2869056--2869091	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2869198--2869257	19	3.4	19	73	21	76	45	18	21	15	1.86
2870682--2870735	24	2.2	24	86	0	81	38	20	18	22	1.93
2871593--2871705	20	5.6	20	71	4	91	19	18	23	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2871598--2871705	41	2.7	41	88	1	155	19	17	24	38	1.92
2871638--2871705	21	3.3	21	78	12	77	19	17	25	38	1.93
2871576--2871728	61	2.5	60	72	7	146	22	17	23	36	1.95
2871577--2871727	41	3.7	42	76	9	143	21	17	23	37	1.94
2871717--2871766	20	2.5	20	87	6	66	16	18	22	44	1.87
2871816--2871869	20	2.7	19	75	8	63	16	18	31	33	1.93
2873964--2874011	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
2874725--2874811	3	29.0	3	77	0	84	24	34	5	35	1.79
2874725--2874826	18	5.7	18	79	0	87	22	34	6	36	1.81
2874733--2874823	42	2.2	42	91	0	146	21	35	7	35	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16