genome.fa.s7860.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007860.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110223_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2941097

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

This is table  12  of  16  ( 1828 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2027664--2027968	150	2.0	150	96	0	565	33	18	22	26	1.96
2029496--2029541	23	2.0	23	100	0	92	17	21	4	56	1.58
2030655--2032327	832	2.0	835	99	0	3282	29	20	23	26	1.99
2036731--2036784	17	3.2	17	72	0	54	31	0	3	64	1.11
2038310--2038357	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
2038361--2038454	21	4.5	21	92	5	129	18	35	26	20	1.95
2038977--2039060	39	2.1	39	91	2	132	58	3	1	36	1.23
2039005--2039079	33	2.2	34	85	2	98	57	2	2	37	1.27
2039471--2039705	128	1.8	128	96	0	434	31	22	23	22	1.98
2039778--2039818	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
2044827--2044883	28	2.0	28	100	0	114	24	21	29	24	1.99
2057699--2057766	14	5.7	11	75	19	57	45	1	2	50	1.26
2057699--2057786	13	7.1	13	71	17	62	47	1	4	46	1.30
2057731--2057796	24	2.7	25	81	13	75	46	0	7	45	1.31
2057957--2058009	11	4.4	11	84	15	61	43	3	9	43	1.55
2057971--2058077	24	4.4	24	69	17	85	44	1	9	43	1.47
2059160--2059189	13	2.2	14	94	5	53	70	0	3	26	1.03
2059521--2059620	50	2.0	50	90	0	155	44	7	2	47	1.41
2059913--2059949	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
2060056--2060186	20	6.5	20	79	5	138	30	27	15	26	1.96
2060713--2060829	21	5.7	21	84	6	116	36	24	15	23	1.93
2060735--2060866	20	6.5	20	83	5	133	31	27	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2060713--2060866	82	1.9	82	91	0	254	33	25	16	24	1.96
2063945--2063979	18	1.9	18	94	0	61	54	22	2	20	1.58
2064037--2064319	140	2.0	140	97	0	530	27	13	15	43	1.84
2064290--2064509	20	11.6	20	76	11	205	33	20	19	25	1.97
2064499--2064576	20	3.9	20	87	0	102	14	17	24	43	1.86
2064696--2064752	14	4.1	14	84	6	80	47	19	1	31	1.60
2064696--2064768	28	2.6	28	87	8	96	50	17	2	28	1.60
2064687--2064749	14	4.6	14	84	7	67	49	19	1	30	1.58
2066028--2066130	21	4.9	21	75	4	100	23	20	35	20	1.96
2066008--2066130	42	2.9	42	80	2	140	24	18	35	21	1.95
2066008--2066124	21	5.6	21	74	8	76	23	18	35	22	1.96
2066603--2066651	20	2.5	20	93	0	80	40	26	18	14	1.89
2066717--2066792	33	2.3	34	86	2	100	14	17	19	48	1.81
2066784--2066832	20	2.5	20	90	6	73	18	18	26	36	1.94
2068711--2068800	20	4.6	20	80	1	83	45	23	16	14	1.84
2068789--2068820	14	2.3	14	94	0	55	50	21	21	6	1.71
2069159--2069216	22	2.6	22	88	0	89	17	18	43	20	1.89
2069424--2069470	21	2.2	21	80	0	58	34	19	21	25	1.96
2069515--2069551	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
2069647--2069686	20	2.0	20	95	0	71	42	10	0	47	1.37
2069666--2069729	14	5.1	13	80	12	64	46	6	0	46	1.27
2070658--2070716	24	2.5	24	74	0	64	10	10	20	59	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2071007--2071043	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
2071601--2071778	90	2.0	89	94	3	313	26	31	15	26	1.96
2071601--2071778	89	2.0	90	95	1	322	26	31	15	26	1.96
2085084--2085572	238	2.1	238	90	0	762	22	27	17	31	1.97
2097720--2097784	36	1.9	36	84	12	93	35	0	33	30	1.58
2098273--2098324	21	2.5	21	78	9	63	21	26	17	34	1.95
2098314--2098365	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
2098354--2098447	20	4.7	20	91	0	134	27	27	20	24	1.99
2099052--2099105	14	3.5	14	75	22	54	11	22	20	46	1.82
2099034--2099104	33	2.2	33	81	0	79	19	21	21	38	1.94
2100679--2100770	42	2.2	42	86	1	132	20	16	42	20	1.89
2100706--2100766	21	2.9	21	73	9	70	21	13	42	22	1.87
2101108--2101168	20	3.0	20	85	0	68	34	22	16	26	1.95
2101134--2101208	20	3.8	19	82	5	87	40	18	24	17	1.91
2101176--2101212	19	1.9	19	94	0	65	51	13	21	13	1.75
2101189--2101271	33	2.5	33	92	3	132	54	18	16	10	1.71
2101278--2101361	19	4.6	19	72	15	70	14	21	21	42	1.88
2101314--2101380	20	3.4	19	79	6	71	16	20	22	40	1.91
2101915--2101962	18	2.7	18	93	0	87	14	12	45	27	1.81
2103279--2103352	20	3.8	20	80	1	78	48	20	17	13	1.80
2103601--2103644	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
2103830--2103934	20	5.2	20	84	6	131	22	18	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2103810--2103945	41	3.3	41	83	6	177	23	17	25	33	1.96
2103814--2103965	41	3.7	40	79	5	110	23	18	23	34	1.96
2103974--2104047	21	3.5	21	87	5	114	33	17	27	21	1.96
2105101--2105183	1	83.0	1	78	0	85	89	0	0	10	0.50
2105101--2105181	8	10.6	8	89	10	134	88	0	0	11	0.50
2105101--2105188	36	2.4	37	94	5	151	87	0	0	12	0.54
2106676--2106739	17	3.7	17	89	2	92	29	29	7	32	1.86
2109063--2109110	23	2.1	23	84	0	60	37	12	16	33	1.86
2109537--2109599	23	2.7	23	85	0	81	39	20	4	34	1.74
2109944--2110009	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
2110115--2113026	198	14.8	198	95	2	5242	31	16	15	36	1.90
2110115--2113026	789	3.7	791	95	1	5270	31	16	15	36	1.90
2113145--2113193	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
2115073--2115137	21	3.1	21	79	0	76	16	30	13	38	1.88
2117353--2117395	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
2117358--2117404	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
2117539--2117584	20	2.3	20	86	13	69	17	15	10	56	1.67
2117325--2117796	180	2.6	180	88	2	671	26	16	14	42	1.86
2119594--2119645	24	2.2	24	82	3	61	50	9	7	32	1.64
2136620--2136666	18	2.6	18	93	0	76	27	23	19	29	1.98
2136974--2137025	24	2.2	24	100	0	104	28	3	7	59	1.43
2146668--2146721	20	2.7	20	94	0	90	25	20	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2153789--2153837	25	2.0	25	84	8	64	30	24	28	16	1.96
2155157--2155204	23	2.1	23	84	0	60	35	10	18	35	1.85
2155632--2155694	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2155271--2156758	431	3.5	431	97	0	2782	38	11	7	41	1.71
2156063--2156125	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2156494--2156556	23	2.7	23	90	0	90	38	19	4	38	1.73
2156977--2157063	39	2.2	39	95	0	156	17	13	20	48	1.81
2157334--2157370	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2158090--2158152	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2158498--2158563	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
2161032--2161374	183	1.9	183	90	2	546	33	17	14	34	1.90
2161733--2161794	23	2.7	23	87	0	88	38	19	4	37	1.73
2161378--2162428	431	2.4	430	95	1	1917	39	11	7	41	1.70
2162163--2162225	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2162644--2163383	198	3.7	198	97	0	1399	30	17	14	37	1.90
2163502--2163550	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
2165342--2165407	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
2165441--2165484	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
2167705--2167751	20	2.4	19	79	10	58	19	17	12	51	1.77
2168067--2168114	20	2.4	19	75	21	53	16	18	14	50	1.79
2167672--2168146	181	2.6	180	89	1	716	26	17	14	42	1.87
2168220--2168705	229	2.1	228	95	1	875	39	8	7	45	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2168952--2168976	11	2.3	11	100	0	50	36	24	8	32	1.84
2171311--2171372	28	2.2	29	94	2	108	40	19	6	33	1.77
2176206--2176742	265	2.0	265	92	0	887	40	17	12	29	1.86
2176947--2177074	23	5.7	23	88	5	163	31	25	23	20	1.98
2176947--2177053	46	2.3	46	91	3	180	30	24	25	19	1.98
2187106--2187143	20	1.9	20	94	0	67	31	34	15	18	1.92
2187175--2187243	19	3.6	19	94	0	120	24	33	15	26	1.95
2187227--2187334	45	2.4	46	85	4	157	30	22	17	29	1.97
2187304--2187352	19	2.6	19	84	9	57	24	30	18	26	1.98
2193656--2193742	23	3.9	23	77	14	92	29	27	21	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16