genome.fa.s7884.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007884.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110264_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2814991

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  1  of  13  ( 1544 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3159--3240	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
9429--9473	18	2.5	18	96	0	81	35	26	15	22	1.94
13756--13802	23	2.0	24	91	4	78	40	12	19	27	1.88
14340--14403	28	2.3	28	100	0	128	40	3	25	31	1.71
27461--27490	12	2.5	12	94	0	51	6	33	30	30	1.83
29113--29152	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
36461--36541	40	2.0	40	100	0	162	32	30	0	37	1.58
38391--38571	92	2.0	92	95	3	330	32	7	10	49	1.64
38911--38970	23	2.9	21	85	9	70	16	25	33	25	1.96
49067--49118	13	4.0	13	89	0	86	32	19	23	25	1.97
51656--51697	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
55191--55227	11	3.5	11	78	14	51	56	21	0	21	1.42
55185--55230	20	2.3	20	100	0	92	54	17	0	28	1.43
56755--56791	19	1.9	19	88	0	56	27	5	27	40	1.78
58229--58284	19	2.9	19	94	2	94	16	8	30	44	1.78
62542--62653	35	3.2	35	87	0	152	42	20	0	35	1.58
63339--63560	57	3.9	57	85	6	299	27	17	19	35	1.94
63552--63600	21	2.4	21	86	3	64	22	18	26	32	1.97
63343--63580	113	2.1	114	88	2	372	25	18	19	36	1.94
63496--63677	78	2.4	77	85	6	235	26	15	22	34	1.95
63630--63698	20	3.5	20	100	0	138	27	15	27	28	1.96
63690--63773	37	2.3	37	89	0	132	25	13	21	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63760--63812	20	2.7	20	90	0	88	22	16	20	39	1.92
63802--63841	21	1.9	21	89	0	62	22	15	27	35	1.94
64459--64567	35	3.1	34	88	5	155	33	0	22	42	1.60
72013--72042	13	2.2	14	94	5	53	76	0	13	10	1.01
72542--72583	22	2.0	21	85	4	57	16	7	2	73	1.15
76193--76237	23	2.0	23	86	0	63	46	2	2	48	1.26
78773--79144	37	9.9	37	81	9	337	45	2	8	43	1.48
79157--79199	20	2.2	20	87	8	61	25	0	0	74	0.82
79155--79197	15	2.9	14	86	6	59	25	0	0	74	0.82
80438--80473	9	4.2	9	96	3	58	0	11	5	83	0.80
80438--80473	17	2.1	17	90	10	56	0	11	5	83	0.80
80444--80495	17	3.1	16	83	8	59	7	7	1	82	0.91
84694--84886	99	1.9	100	84	3	255	34	17	16	31	1.92
86245--87164	85	10.8	85	83	2	1040	36	21	17	25	1.94
86245--87164	171	5.4	171	85	1	1134	36	21	17	25	1.94
87899--87957	27	2.2	27	84	6	75	37	1	10	50	1.46
87939--88145	37	5.5	37	74	13	154	44	3	6	45	1.47
87939--88100	39	4.3	39	78	12	167	45	3	4	46	1.42
88004--88053	24	2.0	26	88	7	77	46	4	4	46	1.40
87939--88150	74	2.8	74	80	7	205	44	3	6	44	1.48
88059--88143	38	2.3	38	80	10	95	44	2	9	43	1.49
88167--88232	13	4.8	14	83	10	66	30	0	0	69	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98070--98132	23	2.7	23	83	9	83	19	25	25	30	1.98
100094--100152	30	2.0	29	84	12	77	47	15	6	30	1.71
108344--108400	21	2.8	20	68	7	51	66	5	8	19	1.38
111063--111341	82	3.4	82	87	1	380	36	15	15	32	1.89
116774--116936	43	3.8	42	72	7	130	26	17	22	33	1.96
116884--117026	44	3.2	44	79	0	142	27	17	25	28	1.98
121130--121171	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
121284--121368	33	2.5	33	90	5	125	18	25	35	20	1.95
121335--121389	20	2.7	21	86	8	78	16	30	32	20	1.94
126816--126880	25	2.6	24	76	7	67	26	21	21	30	1.98
131615--131664	20	2.5	20	87	6	66	18	2	40	40	1.62
131628--131668	20	2.0	20	100	0	82	14	4	41	39	1.67
131633--131680	20	2.5	19	86	10	62	20	4	37	37	1.72
138435--138476	21	2.0	21	81	9	50	47	11	16	23	1.80
139136--139369	42	5.6	42	73	8	192	33	19	16	30	1.94
139136--139369	41	5.6	40	74	14	179	33	19	16	30	1.94
139532--139681	73	2.1	73	96	0	273	50	14	5	29	1.65
140823--140994	93	1.8	93	79	0	200	31	22	15	31	1.94
145775--145896	25	5.0	25	91	3	189	34	24	20	20	1.96
146424--146474	22	2.5	20	80	6	57	23	29	11	35	1.90
152716--152783	25	2.8	25	79	2	75	33	23	16	26	1.95
158215--158267	22	2.4	22	90	0	88	54	16	9	18	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159663--159734	35	2.1	35	84	5	92	33	13	19	33	1.91
161661--161710	10	4.7	11	75	7	50	24	26	28	22	1.99
161660--161710	21	2.4	21	100	0	102	23	25	27	23	2.00
168087--168172	45	1.9	45	95	0	154	37	11	30	20	1.89
175390--175543	31	5.0	31	95	1	247	20	20	22	37	1.95
177062--177093	16	2.0	16	100	0	64	18	25	31	25	1.98
177723--177765	18	2.4	19	88	7	63	67	4	9	18	1.36
184420--184482	7	8.9	7	75	15	58	19	0	1	79	0.82
184420--184496	35	2.2	35	81	11	86	19	1	1	77	0.90
185080--185134	25	2.1	27	83	12	71	78	1	14	5	1.02
186613--186663	18	2.8	19	80	17	63	25	5	0	68	1.12
186638--186678	13	3.3	13	80	10	50	24	4	0	70	1.06
186613--186677	21	3.2	21	71	26	59	24	6	0	69	1.11
200498--200555	28	2.0	29	83	9	75	60	8	1	29	1.36
203323--203392	21	3.3	20	82	7	77	18	27	18	35	1.94
212855--213087	116	2.0	116	91	1	378	31	21	22	24	1.98
216667--216713	20	2.3	20	77	0	58	29	8	25	36	1.86
219029--219074	24	1.9	24	86	0	65	58	13	8	19	1.60
219029--219081	24	2.2	24	79	0	61	58	13	9	18	1.61
220259--220324	20	3.2	22	62	24	52	24	12	15	48	1.78
220256--220341	40	2.2	40	97	0	163	24	10	15	50	1.75
225167--225218	22	2.5	21	82	14	63	34	23	9	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243355--243391	18	2.1	18	90	10	58	24	24	5	45	1.74
245640--245689	26	1.9	26	84	8	66	38	2	0	60	1.09
248609--248830	31	7.1	31	88	4	295	27	16	19	35	1.94
248609--248830	63	3.5	62	85	5	297	27	16	19	35	1.94
249485--249528	21	2.1	21	86	0	61	29	22	22	25	1.99
249568--249635	19	3.6	19	93	0	109	29	16	11	42	1.83
250405--250455	21	2.4	22	96	3	95	21	19	17	41	1.91
250405--250464	21	2.8	21	89	5	75	21	21	21	35	1.96
250726--250773	2	23.5	2	95	4	87	50	2	0	47	1.12
252691--252767	21	3.7	21	76	11	77	33	33	9	23	1.86
252749--252802	21	2.6	21	84	0	72	31	37	14	16	1.89
254613--254689	38	2.0	38	89	0	118	41	12	16	28	1.86
265386--265450	29	2.2	29	86	5	87	21	18	21	38	1.93
268143--268179	18	2.1	18	89	0	56	24	18	21	35	1.96
273740--273896	21	7.8	20	73	6	75	39	24	17	18	1.92
273863--274056	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
273863--274056	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
274439--274509	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
274589--274698	21	5.8	20	74	17	108	45	18	24	11	1.83
274582--274698	41	3.1	38	81	14	145	46	17	25	11	1.81
274649--274705	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
274641--274721	33	2.5	33	95	0	144	46	22	22	8	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274739--274827	14	5.7	14	73	21	79	8	24	23	42	1.83
274722--274834	32	3.5	32	96	3	208	9	23	21	45	1.81
276524--277264	93	8.1	93	97	1	1399	21	12	19	45	1.83
276524--277264	183	4.0	186	96	2	1399	21	12	19	45	1.83
277312--277407	19	5.3	19	78	13	103	45	28	16	9	1.78
277403--277466	16	3.7	18	80	18	82	12	21	20	45	1.84
277425--277480	14	3.7	14	80	17	67	10	21	23	44	1.83
277471--277517	20	2.4	20	89	3	69	10	14	29	44	1.79
277408--277499	32	2.8	33	88	3	141	9	19	23	46	1.80
279437--279472	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13