genome.fa.s7884.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007884.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110264_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2814991

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2422968--2422998	14	2.2	14	94	0	53	58	25	12	3	1.50
2423195--2423274	14	5.7	14	83	5	108	55	18	16	10	1.69
2423316--2423395	40	1.9	41	90	7	126	38	15	10	36	1.80
2424366--2424459	31	3.0	31	87	3	136	36	22	20	21	1.95
2424637--2424683	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
2425195--2425238	21	2.1	21	86	0	61	15	25	27	31	1.96
2428235--2428359	31	4.0	31	91	2	198	36	21	20	21	1.95
2428537--2428583	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
2429094--2429137	21	2.1	21	86	0	61	15	25	27	31	1.96
2431670--2431760	23	3.9	23	83	1	101	26	24	23	26	2.00
2436854--2436892	19	2.2	19	86	9	55	28	5	5	61	1.39
2438428--2438469	19	2.1	21	91	8	70	7	9	0	83	0.81
2440422--2440455	15	2.3	15	90	10	52	79	2	17	0	0.86
2442058--2442274	66	3.4	65	66	16	175	32	24	16	26	1.96
2441934--2442340	124	3.3	119	85	6	496	32	24	16	26	1.96
2444464--2444519	29	2.0	28	82	10	69	32	3	8	55	1.48
2444986--2445014	12	2.3	13	94	5	51	48	0	0	51	1.00
2445190--2445278	43	2.1	43	93	0	151	20	4	29	46	1.70
2454809--2454966	60	2.6	59	77	9	167	39	6	20	32	1.80
2457753--2457788	2	18.5	2	94	5	65	52	0	0	47	1.00
2458292--2458497	10	20.4	10	83	7	177	47	7	2	42	1.45
2458292--2458497	4	51.5	4	85	0	223	47	7	2	42	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2461355--2461401	23	2.0	23	100	0	94	38	8	17	36	1.80
2462646--2462679	11	3.2	11	91	4	52	26	0	0	73	0.83
2463577--2463694	60	2.0	59	83	8	150	26	23	22	27	2.00
2468145--2468197	19	2.5	22	77	22	60	62	7	0	30	1.23
2479100--2479410	129	2.4	126	80	7	313	49	6	16	27	1.70
2479110--2479401	43	6.8	43	75	12	253	48	6	16	27	1.71
2479909--2479953	4	11.2	4	100	0	90	48	0	0	51	1.00
2480130--2480176	24	2.0	24	86	0	67	55	10	6	27	1.58
2488527--2488553	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2499109--2499351	83	3.0	83	87	3	350	39	5	12	42	1.65
2500150--2500181	13	2.5	13	94	0	55	28	6	28	37	1.81
2500222--2500270	21	2.3	21	100	0	98	46	16	14	22	1.82
2504273--2504517	83	3.0	82	87	3	341	39	4	11	44	1.60
2508644--2508669	6	4.3	6	100	0	52	15	53	30	0	1.42
2512365--2512935	48	11.8	48	75	8	381	25	16	24	33	1.96
2512365--2512937	96	5.9	98	77	7	451	25	16	24	33	1.96
2514302--2514334	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2515068--2515119	3	17.3	3	100	0	104	34	0	0	65	0.93
2515927--2516024	48	2.0	48	82	3	117	29	12	23	34	1.91
2517656--2517694	15	2.7	15	92	4	62	35	0	7	56	1.28
2518124--2518356	42	5.7	42	77	4	163	36	16	17	29	1.91
2518240--2518398	80	2.0	81	86	3	223	36	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2518124--2518404	40	6.9	41	76	5	196	35	15	17	30	1.92
2521292--2521335	15	2.9	15	86	3	61	6	18	0	75	1.02
2521292--2521346	25	2.2	25	80	6	67	9	16	0	74	1.06
2522903--2523284	163	2.3	163	92	1	622	35	30	10	23	1.88
2525867--2525927	32	1.9	32	89	0	95	22	24	26	26	2.00
2529035--2529106	14	5.6	12	77	17	58	69	1	4	25	1.14
2529005--2529101	29	3.4	28	78	17	92	64	4	4	26	1.29
2529005--2529106	28	3.5	28	78	17	86	65	3	3	26	1.27
2529181--2529231	26	2.0	26	84	7	68	66	0	1	31	1.03
2530948--2531829	105	8.4	105	93	0	1440	23	18	25	33	1.96
2532575--2532604	11	2.7	11	100	0	60	0	6	0	93	0.35
2532538--2532773	118	2.0	115	90	2	373	14	23	14	47	1.80
2543237--2543308	14	5.6	12	77	17	58	69	1	4	25	1.14
2543207--2543303	29	3.4	28	78	17	92	64	4	4	26	1.29
2543207--2543308	28	3.5	28	78	17	86	65	3	3	26	1.27
2545363--2545391	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2546114--2546204	3	30.3	3	93	4	157	34	1	0	64	1.01
2548755--2548815	31	2.0	31	83	6	79	34	1	6	57	1.34
2548737--2548814	31	2.7	27	70	22	68	38	2	5	53	1.37
2549894--2550129	131	1.8	131	81	0	301	43	16	11	29	1.82
2552175--2552220	3	15.3	3	95	0	83	63	0	2	34	1.07
2553804--2553871	35	1.9	35	90	0	109	27	8	26	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2553841--2553957	47	2.5	48	84	4	148	27	11	23	36	1.90
2557317--2557440	64	2.0	63	93	4	198	30	18	21	29	1.97
2560097--2560142	23	2.0	23	91	0	74	21	19	28	30	1.98
2567722--2567773	19	2.7	19	90	0	86	17	21	30	30	1.96
2567838--2567875	20	1.9	20	94	0	67	23	21	28	26	1.99
2568723--2568749	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
2568926--2568990	31	2.1	31	97	0	121	33	24	21	20	1.97
2569443--2569487	19	2.3	20	84	7	65	48	22	4	24	1.68
2569789--2569842	20	2.4	23	88	11	78	25	24	18	31	1.97
2569830--2569991	64	2.5	64	82	6	193	24	24	19	32	1.98
2573247--2573330	31	2.8	29	77	16	73	35	25	19	20	1.95
2573271--2573336	31	2.1	31	94	0	114	34	24	19	21	1.96
2574130--2574187	20	2.6	22	89	10	84	25	22	20	31	1.98
2574175--2574336	64	2.5	64	81	6	184	24	24	18	32	1.97
2576955--2577002	21	2.3	21	96	0	87	35	18	18	27	1.95
2581269--2581311	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
2581291--2581444	69	2.2	69	85	5	197	29	27	27	15	1.96
2581747--2581818	29	2.5	29	90	0	108	38	11	12	37	1.79
2581832--2581909	30	2.6	29	80	8	84	34	8	20	35	1.84
2582112--2582178	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
2582898--2582958	31	2.0	31	83	6	79	34	1	6	57	1.34
2582880--2582957	31	2.7	27	70	22	68	38	2	5	53	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2584040--2584275	131	1.8	131	81	0	301	43	16	11	29	1.82
2586322--2586358	3	12.3	3	94	0	65	62	0	2	35	1.10
2586357--2586400	3	14.7	3	100	0	88	34	0	31	34	1.58
2587973--2588040	35	1.9	35	90	0	109	27	8	26	36	1.86
2588010--2588126	47	2.5	48	84	4	148	28	11	23	36	1.89
2591476--2591599	64	2.0	63	91	4	189	30	19	20	29	1.97
2594271--2594350	23	3.6	22	73	13	74	28	21	22	27	1.99
2604435--2604459	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
2604601--2604690	31	2.9	30	81	14	78	34	25	20	20	1.96
2604626--2604690	31	2.1	31	94	0	112	33	24	20	21	1.97
2605487--2605524	20	1.9	20	100	0	76	23	23	21	31	1.98
2605533--2605693	64	2.5	64	81	8	166	26	23	18	32	1.97
2608309--2608358	21	2.4	21	96	0	91	36	18	20	26	1.95
2609027--2609085	31	1.9	31	92	0	100	44	1	8	45	1.44
2609109--2609374	22	12.5	22	76	9	205	48	11	0	40	1.39
2609109--2609374	44	6.2	44	82	7	352	48	11	0	40	1.39
2609109--2609374	66	4.2	66	84	9	345	48	11	0	40	1.39
2609114--2609364	80	3.0	80	79	10	261	49	11	0	39	1.40
2609189--2609219	14	2.2	14	100	0	62	45	12	0	41	1.42
2610923--2611523	199	2.9	207	89	6	970	22	24	18	34	1.96
2612452--2612516	30	2.2	29	83	5	76	72	1	20	6	1.14
2614004--2614084	42	1.9	42	84	0	108	34	18	18	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2614333--2614388	28	2.0	28	86	10	80	46	3	0	50	1.19
2614766--2614985	82	2.7	81	87	4	273	33	15	19	32	1.93
2614766--2615054	42	7.0	41	81	6	271	32	16	19	31	1.94
2620759--2620789	14	2.2	14	100	0	62	29	12	6	51	1.65
2623355--2623396	20	2.2	20	86	4	59	28	7	7	57	1.52
2623362--2623432	20	3.4	20	70	16	63	28	7	8	56	1.55
2627362--2627401	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
2629415--2629508	32	2.9	32	80	0	98	48	8	3	39	1.50
2629291--2629781	198	2.6	188	84	8	604	46	10	5	37	1.62
2641584--2641608	13	1.9	13	100	0	50	44	24	8	24	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13