genome.fa.s7884.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007884.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110264_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2814991

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
650152--650194	21	2.0	21	95	0	77	23	30	25	20	1.99
658723--658879	21	7.5	21	77	11	144	28	22	21	26	1.99
658701--658941	83	2.9	83	77	7	197	27	22	21	28	1.99
658763--658961	62	3.2	60	80	13	158	28	22	20	29	1.98
658910--659024	41	2.8	41	93	2	187	24	22	20	32	1.98
658862--658983	62	2.0	62	93	3	210	24	22	21	31	1.98
658862--659028	62	2.7	62	85	9	200	24	22	20	32	1.98
658869--659031	21	7.9	20	75	11	134	25	22	20	31	1.98
659714--659906	21	9.2	21	87	1	244	27	21	23	27	1.99
659728--659933	62	3.3	62	91	0	304	29	20	22	27	1.98
659724--659989	83	3.2	83	81	7	247	28	21	23	27	1.99
659922--660093	21	8.2	21	79	8	181	25	20	23	30	1.98
659791--660095	62	4.9	62	80	10	216	28	20	22	28	1.99
659889--660093	42	4.9	42	76	10	199	26	20	22	30	1.98
659916--660104	104	1.8	104	82	3	245	26	20	22	30	1.98
665554--665688	48	2.7	49	84	8	166	50	11	11	25	1.73
665533--665698	51	3.3	51	79	9	178	50	12	12	25	1.74
666968--666993	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
672977--673121	64	2.2	65	83	6	170	26	19	24	29	1.98
678203--678249	18	2.5	19	78	21	55	17	0	8	74	1.05
678206--678258	23	2.3	24	78	18	60	16	0	7	75	1.02
681066--681090	13	1.9	13	100	0	50	16	24	8	52	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
685902--685944	20	2.2	20	88	8	63	41	16	11	30	1.83
706474--706527	25	2.2	25	100	0	108	46	20	3	29	1.68
707491--707576	23	3.9	23	79	14	92	25	17	22	34	1.95
707520--707558	19	2.1	19	95	0	69	28	15	20	35	1.93
707722--707746	10	2.5	10	100	0	50	48	20	16	16	1.82
709337--709399	11	5.9	11	69	14	51	38	1	3	57	1.24
709526--709584	23	2.6	23	89	5	84	25	15	20	38	1.91
710258--710291	18	2.0	18	88	11	54	35	0	0	64	0.94
713440--713484	20	2.2	21	88	4	65	31	24	17	26	1.97
713674--713731	22	2.7	22	78	5	66	24	41	8	25	1.83
713913--713946	14	2.4	14	95	0	59	8	17	23	50	1.74
716031--716149	21	5.7	21	83	0	139	20	35	19	25	1.96
717491--717523	13	2.4	14	90	5	50	30	0	18	51	1.46
717502--717637	64	2.1	63	84	1	182	27	2	16	52	1.55
717705--717749	20	2.2	20	96	0	81	26	20	26	26	1.99
719159--719195	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
719581--719630	25	2.0	25	96	0	91	44	22	8	26	1.80
720641--720685	21	2.1	21	83	0	54	31	26	24	17	1.97
721259--721293	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
722297--722599	148	2.0	149	96	0	554	28	17	19	34	1.95
722578--722622	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
726389--726423	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727414--727717	149	2.0	149	96	0	554	28	17	20	34	1.95
727696--727740	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
728501--728536	18	2.0	18	94	0	63	19	2	22	55	1.56
730800--730853	24	2.2	24	93	0	90	42	20	14	22	1.88
730816--730867	24	2.2	24	82	0	59	38	19	17	25	1.93
730980--731013	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
731802--731959	20	7.8	20	71	15	101	27	12	23	36	1.90
731803--731915	41	2.8	40	81	10	122	29	12	23	34	1.92
731836--731964	60	2.1	62	82	5	156	27	13	22	35	1.92
731867--732056	102	1.9	101	80	11	228	26	15	23	34	1.95
747941--747979	16	2.6	14	84	15	51	35	2	0	61	1.10
747954--747999	24	1.9	24	86	0	65	28	2	2	67	1.14
747979--748015	16	2.4	16	86	13	51	27	2	5	64	1.28
747932--748028	41	2.4	40	83	11	126	29	2	3	64	1.20
756800--756908	43	2.5	43	85	2	139	54	5	2	37	1.38
756893--756934	11	3.7	11	83	3	57	50	2	0	47	1.14
757631--757844	111	1.9	111	95	0	383	37	6	10	45	1.64
759649--759681	3	11.0	3	93	0	57	33	30	33	3	1.73
759894--759978	35	2.5	33	78	14	91	25	8	10	55	1.62
763571--763690	51	2.4	50	81	8	127	26	28	29	15	1.96
765448--765507	23	2.6	22	79	7	66	45	1	3	50	1.28
765265--765567	102	2.9	104	68	16	277	50	2	2	43	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765160--765580	204	2.0	208	94	4	733	48	3	3	44	1.34
768294--768373	18	4.4	18	93	0	133	43	12	15	28	1.82
772194--772232	20	2.0	20	89	0	60	20	17	35	25	1.95
772195--772245	20	2.5	20	83	0	57	23	15	29	31	1.95
773479--773521	23	1.9	22	86	13	61	51	2	4	41	1.35
773797--773826	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
789169--789845	137	4.9	133	76	11	427	24	19	32	22	1.97
789169--789994	149	5.9	136	76	11	587	25	19	32	23	1.97
789428--790011	149	4.0	147	79	10	626	25	18	32	22	1.97
789340--790002	286	2.3	286	85	5	867	25	19	33	22	1.97
800425--800468	21	2.1	21	100	0	88	43	18	9	29	1.80
804695--804725	16	1.9	16	93	0	53	41	3	12	41	1.59
805345--805381	7	5.3	7	86	0	56	18	0	35	45	1.50
805469--805495	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
811502--811568	31	2.2	30	86	2	89	38	2	8	49	1.50
826607--826678	22	3.2	22	79	16	85	26	22	20	30	1.98
834240--834265	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
834352--834521	89	1.9	89	83	8	220	37	6	2	52	1.42
835663--835734	36	2.0	36	94	0	126	18	27	36	18	1.94
836550--836589	21	1.9	21	100	0	80	27	0	15	57	1.38
836599--836700	40	2.5	40	78	10	118	44	0	11	43	1.47
836599--836712	40	2.9	36	73	20	95	41	0	13	44	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836818--836872	15	3.6	16	70	20	55	41	0	14	43	1.45
836771--836876	30	3.5	30	84	7	133	39	0	13	46	1.49
836979--837004	4	6.5	4	100	0	52	23	0	23	53	1.46
839298--839483	60	3.1	59	83	9	191	47	10	0	41	1.41
839391--839483	11	8.6	11	70	25	56	47	10	0	41	1.38
839447--839489	14	2.9	14	86	6	50	46	13	0	39	1.44
839744--839789	14	3.3	14	90	0	65	43	6	0	50	1.28
839747--839910	60	2.7	59	81	9	179	45	9	1	43	1.43
839887--840104	11	18.2	12	64	23	52	46	11	0	42	1.43
839796--839928	21	6.2	21	63	23	62	47	9	0	42	1.40
839894--840083	59	3.2	59	84	8	217	46	10	0	42	1.42
839781--840018	108	2.2	108	96	0	440	46	10	0	42	1.44
841098--841241	64	2.2	65	88	3	211	30	17	21	30	1.96
841631--841659	15	1.9	15	100	0	58	34	24	6	34	1.82
844846--844900	25	2.2	25	96	0	101	30	16	14	38	1.89
849508--849561	20	2.7	21	88	11	87	16	16	37	29	1.91
852515--852572	21	2.8	20	76	5	71	51	8	3	36	1.49
852634--852710	17	4.4	17	78	14	84	48	7	0	44	1.32
852655--852699	20	2.2	20	84	15	65	55	8	0	35	1.31
853089--853249	44	3.4	44	71	19	110	52	11	0	34	1.43
853163--853225	28	2.2	30	94	5	112	57	12	0	30	1.36
853167--853232	28	2.4	28	87	10	107	56	13	0	30	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
854598--854710	60	1.9	59	83	7	147	32	16	15	35	1.90
858192--858248	29	1.9	29	85	3	78	59	5	8	26	1.48
863691--863830	70	2.0	70	100	0	280	37	21	8	32	1.84
869578--869626	25	2.0	25	100	0	98	24	16	22	36	1.94
869699--869751	14	3.9	14	87	9	74	66	0	0	33	0.92
869699--869757	3	20.0	3	83	10	77	66	1	0	32	1.02
869908--870254	43	8.0	44	72	12	181	24	19	30	25	1.98
870040--870240	40	4.8	41	74	10	167	23	18	32	24	1.97
869950--870292	129	2.7	129	94	1	607	24	20	30	25	1.99
869952--870292	46	7.8	46	71	14	159	24	20	29	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13