genome.fa.s7884.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007884.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110264_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2814991

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  13  of  13  ( 1544 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2647477--2647562	19	4.2	19	76	16	82	34	5	27	31	1.81
2648031--2648092	32	1.9	32	96	0	115	20	16	32	30	1.95
2648067--2648112	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
2648078--2648114	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
2648442--2648475	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2654275--2654299	12	2.1	12	100	0	50	36	0	24	40	1.55
2655286--2655358	18	3.9	18	80	16	87	20	19	31	28	1.97
2655282--2655358	38	2.1	37	92	2	127	22	19	29	28	1.98
2661136--2661160	12	2.1	12	100	0	50	36	0	24	40	1.55
2662130--2662209	18	4.2	19	79	9	83	21	17	32	28	1.96
2662139--2662211	18	3.9	18	82	7	92	20	19	31	28	1.97
2666863--2666954	43	2.1	43	93	2	157	40	8	7	43	1.64
2670442--2670547	18	5.9	18	88	0	149	19	20	32	27	1.97
2671557--2671584	12	2.3	12	100	0	56	67	0	25	7	1.15
2674249--2674336	42	2.2	40	89	4	131	34	36	12	17	1.87
2674451--2674590	48	2.9	48	87	2	192	41	19	12	26	1.87
2674448--2674590	24	6.0	24	86	3	171	41	19	12	26	1.87
2674524--2674620	48	2.0	48	82	7	117	42	15	13	28	1.85
2678141--2678199	31	1.9	31	82	6	75	27	15	5	52	1.63
2682099--2682278	62	2.9	62	92	3	283	45	12	11	31	1.77
2685441--2686358	200	4.6	201	93	2	1575	26	14	14	44	1.84
2685441--2686358	397	2.3	400	95	2	1652	26	14	14	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2687736--2687797	3	20.7	3	83	0	79	29	29	1	40	1.66
2687739--2687791	18	2.9	18	94	0	88	30	28	1	39	1.67
2689353--2689796	197	2.3	199	93	2	770	26	14	16	42	1.87
2689630--2690735	176	6.0	185	87	7	1381	27	14	16	42	1.87
2689963--2690746	187	4.0	196	89	5	1173	27	15	15	41	1.87
2690832--2690861	15	2.0	15	93	0	51	23	6	6	63	1.43
2691079--2691126	19	2.7	18	87	6	62	58	10	2	29	1.43
2692107--2692162	24	2.5	21	76	18	58	50	7	1	41	1.40
2693357--2693405	19	2.6	20	87	12	77	38	18	0	42	1.50
2693794--2694604	181	4.5	180	84	6	1064	27	15	13	44	1.84
2693785--2694603	356	2.3	352	87	4	1144	27	15	13	43	1.84
2696359--2696402	18	2.3	20	84	11	65	50	2	0	47	1.13
2704114--2704169	24	2.3	24	96	0	103	10	12	23	53	1.69
2704113--2704162	14	3.9	14	77	20	63	10	12	26	52	1.70
2704127--2704182	24	2.3	24	90	0	85	12	10	19	57	1.64
2706603--2706632	15	2.0	15	100	0	60	46	0	13	40	1.43
2708660--2708726	27	2.5	27	92	0	116	26	19	17	35	1.94
2709070--2709142	30	2.5	30	82	6	87	46	8	5	39	1.57
2713187--2713230	23	1.9	23	90	0	70	54	6	2	36	1.40
2720749--2720800	18	2.9	17	77	8	59	34	0	9	55	1.32
2721940--2721967	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2725157--2725187	6	5.2	6	100	0	62	48	0	51	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2729506--2729646	71	2.0	70	85	1	192	45	4	19	30	1.71
2738092--2738134	20	2.1	21	87	8	63	18	13	0	67	1.23
2738091--2738140	20	2.5	20	75	15	59	18	18	0	64	1.30
2754309--2754374	30	2.2	30	86	2	98	37	4	28	28	1.77
2761548--2761667	30	4.0	30	100	0	240	33	23	20	23	1.97
2762469--2762507	19	2.1	19	90	0	60	25	25	15	33	1.95
2764349--2764397	19	2.7	17	84	9	53	30	20	24	24	1.98
2765165--2765193	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2769955--2769999	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2771419--2771527	23	4.7	23	80	0	137	18	28	24	28	1.98
2771418--2771527	46	2.4	46	96	0	211	18	28	24	29	1.98
2775729--2775799	26	2.7	26	80	10	72	32	19	21	26	1.97
2776411--2776472	30	2.1	30	84	0	79	30	6	32	30	1.83
2777565--2777611	22	2.1	22	92	0	76	61	6	4	27	1.39
2777999--2778028	13	2.3	13	100	0	60	60	0	0	40	0.97
2779161--2779217	2	29.0	2	96	3	107	49	0	0	50	1.00
2781771--2781843	31	2.3	32	88	2	103	20	17	32	28	1.96
2788250--2788291	21	2.0	21	95	0	75	45	14	16	23	1.84
2797590--2797711	24	5.0	23	81	10	127	23	25	26	24	2.00
2797673--2797707	17	2.1	17	100	0	70	25	28	22	22	1.99
2797591--2797690	11	8.6	11	72	10	74	24	24	27	25	2.00
2797990--2798041	21	2.5	21	87	0	77	48	30	0	21	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2797990--2798093	7	14.9	7	68	11	61	45	32	0	22	1.53
2798004--2798086	35	2.4	34	84	9	114	44	31	0	24	1.54
2797988--2798079	28	3.3	26	74	15	78	44	31	0	23	1.54
2798225--2798273	25	2.0	24	88	11	73	44	4	8	42	1.53
2798849--2798903	2	28.0	2	96	3	103	50	0	0	49	1.00
2799147--2799189	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2801614--2801665	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
2801651--2801728	41	1.9	41	89	0	120	42	20	15	21	1.89
2801654--2801767	20	5.7	20	84	2	120	34	24	16	24	1.96
2802285--2802365	19	4.5	19	73	16	73	46	24	17	11	1.80
2802361--2802545	19	10.1	19	75	14	165	12	22	21	43	1.86
2802361--2802545	33	5.1	38	78	12	156	12	22	21	43	1.86
2802488--2802545	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
2804546--2804668	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
2804602--2804668	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
2806025--2806060	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
2806243--2806369	33	3.9	32	85	8	184	15	22	18	42	1.89
2806236--2806368	66	2.0	66	95	0	239	17	22	18	41	1.90
2808653--2808677	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2808852--2808904	23	2.2	24	90	3	81	39	20	15	24	1.91
2809959--2810014	20	2.8	20	91	0	85	39	23	23	14	1.91
2810038--2810094	14	3.8	14	71	24	53	8	21	21	49	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2810033--2810147	19	6.6	19	78	17	126	12	22	20	45	1.84
2810033--2810146	32	3.3	33	86	8	140	12	22	20	44	1.84
2812131--2812197	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
2812186--2812243	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
2812170--2812248	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
2812255--2812350	14	5.7	18	70	21	73	11	19	21	46	1.81
2812260--2812350	32	2.8	33	93	3	157	10	18	21	48	1.79
2812335--2812388	20	2.8	19	86	5	72	16	24	24	35	1.95
2812323--2812388	19	3.4	19	81	4	78	15	22	24	37	1.92
2814208--2814248	20	2.1	19	86	4	55	51	19	17	12	1.76
2814501--2814544	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
2814731--2814824	20	4.7	20	80	7	91	24	17	25	32	1.96
2814813--2814925	20	5.6	20	82	4	127	15	25	18	39	1.91
2814775--2814925	61	2.5	61	77	10	166	17	22	19	39	1.92
2814813--2814910	21	4.8	21	84	3	137	15	26	18	39	1.90
2814813--2814925	41	2.8	41	91	0	154	15	25	18	39	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13

The End!