genome.fa.s7884.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007884.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110264_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2814991

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2156438--2157777	84	16.1	83	78	7	1241	24	20	25	29	1.99
2156430--2157777	170	8.1	169	84	4	1440	24	20	25	29	1.99
2156567--2157754	334	3.6	333	84	5	1348	25	20	25	29	1.99
2162913--2162941	12	2.5	12	94	5	51	72	0	0	27	0.85
2163003--2163032	3	10.3	3	92	7	53	70	0	0	30	0.88
2164267--2164314	21	2.3	20	100	0	78	22	18	29	29	1.98
2164325--2164356	15	2.2	14	94	5	55	78	0	3	18	0.89
2164345--2164387	22	2.0	22	85	0	59	65	2	4	27	1.25
2164459--2164535	32	2.6	29	85	8	109	51	3	0	44	1.19
2164501--2164730	36	6.2	37	83	6	252	44	5	3	46	1.42
2165368--2165422	25	2.3	23	81	6	65	23	3	1	70	1.12
2169199--2169284	42	2.0	42	90	0	136	53	8	16	22	1.68
2180632--2180713	15	5.5	15	88	2	121	37	7	19	35	1.80
2180632--2180713	30	2.8	30	94	1	139	37	7	19	35	1.80
2180627--2180713	45	2.0	44	93	2	147	40	6	19	33	1.78
2180696--2180765	20	3.5	20	96	0	131	40	10	14	35	1.79
2180911--2180977	30	2.3	28	82	10	80	52	1	1	44	1.19
2180941--2181002	24	2.6	24	82	7	65	56	1	0	41	1.09
2180954--2181065	54	2.1	53	80	14	133	52	0	0	45	1.13
2181030--2181073	22	2.0	23	86	4	63	54	0	0	45	0.99
2181029--2181092	23	2.8	22	79	11	67	53	0	0	46	1.00
2180969--2181092	54	2.3	53	78	19	141	50	0	0	48	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2181281--2181400	42	2.9	42	94	0	213	45	18	20	16	1.86
2181528--2181640	60	1.9	60	83	3	147	43	10	12	33	1.77
2191203--2191255	20	2.8	20	72	16	58	45	0	0	54	0.99
2196363--2196403	21	2.0	21	85	0	55	26	41	24	7	1.81
2198104--2198304	110	1.8	111	89	3	316	20	17	23	37	1.94
2199800--2200170	2	197.0	2	71	24	251	53	4	1	40	1.28
2199707--2200171	44	10.1	47	76	16	331	54	3	1	39	1.30
2199801--2200069	19	13.3	19	76	17	174	55	3	0	40	1.21
2199718--2200154	7	60.4	7	74	20	304	54	4	1	39	1.29
2203092--2203247	65	2.4	64	86	3	206	29	18	23	28	1.98
2205889--2205962	23	3.3	22	70	14	71	27	21	21	29	1.99
2211460--2211485	10	2.6	10	100	0	52	7	23	7	61	1.49
2211727--2211882	65	2.4	64	82	5	181	31	19	20	28	1.97
2212259--2212332	7	11.1	7	80	13	86	55	4	0	40	1.19
2212275--2212328	18	2.9	18	89	8	74	57	3	0	38	1.17
2212267--2212371	25	4.3	25	72	23	89	53	4	2	39	1.37
2212368--2212460	5	18.6	5	100	0	186	40	19	19	20	1.91
2213001--2213094	5	19.2	5	75	20	92	57	2	2	38	1.23
2213001--2213094	40	2.4	40	96	3	174	57	2	2	38	1.23
2228615--2228639	11	2.3	11	100	0	50	20	8	36	36	1.82
2241655--2241688	14	2.4	14	90	0	50	26	14	26	32	1.95
2245060--2245108	20	2.5	20	89	0	71	18	12	24	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2246083--2246128	2	22.5	2	95	4	83	47	0	2	50	1.13
2246098--2246852	257	3.0	257	91	4	1296	28	10	15	45	1.79
2257475--2257586	30	3.6	30	77	9	125	29	2	5	62	1.31
2257482--2257586	34	3.2	33	76	10	117	29	2	5	61	1.33
2257549--2257608	26	2.3	27	80	8	70	33	3	3	60	1.30
2258048--2258087	20	2.2	19	86	13	57	27	0	0	72	0.85
2259312--2259363	15	3.5	15	76	5	52	26	26	19	26	1.99
2259309--2259347	14	2.7	15	84	4	53	25	33	20	20	1.97
2263387--2263421	15	2.3	15	95	0	61	20	0	37	42	1.52
2270717--2270746	13	2.3	13	94	0	51	16	43	23	16	1.87
2272418--2272536	48	2.5	47	82	5	141	24	15	17	42	1.89
2272418--2272533	24	4.8	24	85	6	128	25	15	17	42	1.88
2272470--2272543	24	3.1	24	84	3	78	25	13	17	43	1.86
2274602--2274648	18	2.6	18	89	0	76	17	48	21	12	1.79
2274625--2274654	13	2.3	13	94	0	51	16	43	23	16	1.87
2275344--2275379	18	2.0	18	94	0	63	33	13	5	47	1.67
2274992--2275748	382	2.0	382	99	0	1496	33	10	19	36	1.86
2277566--2277677	24	4.7	24	83	6	120	25	13	19	41	1.88
2277614--2277694	24	3.4	24	82	3	92	20	13	18	46	1.83
2279004--2279048	24	1.9	24	86	4	65	26	26	22	24	2.00
2284540--2284579	16	2.5	16	100	0	80	42	7	30	20	1.79
2287318--2287365	19	2.4	19	86	6	60	29	22	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2287310--2287365	21	2.8	21	83	5	71	28	21	23	26	1.99
2287333--2287453	64	1.9	64	84	0	161	35	21	17	25	1.95
2289281--2289323	23	1.9	22	85	4	59	44	0	16	39	1.48
2291838--2291868	16	1.9	16	93	0	53	25	9	29	35	1.88
2297686--2297737	21	2.5	21	84	3	61	19	7	13	59	1.58
2302833--2302873	15	2.8	16	78	17	52	24	2	0	73	0.96
2303056--2303122	2	34.0	2	93	3	118	50	0	0	49	1.00
2303336--2303382	20	2.4	19	82	10	58	21	2	2	74	1.03
2303386--2303410	7	3.6	7	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2303374--2303429	24	2.3	23	82	8	67	21	1	0	76	0.87
2303336--2303427	8	10.6	8	68	19	51	20	2	1	76	0.96
2314092--2314152	8	8.6	7	74	15	54	78	3	16	1	0.96
2314092--2314146	16	3.7	16	79	16	73	78	3	16	1	0.98
2314093--2314152	21	2.8	21	80	12	68	78	3	16	1	0.97
2314092--2314152	29	2.1	28	93	3	104	78	3	16	1	0.96
2314091--2314158	35	1.9	35	85	11	95	77	2	16	2	1.00
2315746--2315785	21	1.9	21	90	10	64	45	0	0	55	0.99
2315742--2315794	19	3.0	18	79	15	58	45	0	0	54	0.99
2316835--2316878	18	2.5	17	82	17	54	27	4	0	68	1.09
2324634--2324690	27	2.1	27	84	12	73	29	1	1	66	1.12
2324635--2324681	15	3.1	14	85	11	58	31	0	2	65	1.04
2326186--2326224	19	1.9	19	85	10	51	51	0	2	46	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2326899--2326925	14	1.9	14	100	0	54	29	0	7	62	1.22
2331539--2331578	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
2339016--2339105	44	2.0	44	100	0	180	33	8	22	35	1.85
2350043--2350087	21	2.1	21	83	0	54	55	4	0	40	1.20
2355030--2355786	128	5.9	128	97	0	1410	22	23	19	33	1.97
2356177--2356276	34	3.0	34	82	2	130	40	3	3	54	1.31
2356799--2356868	21	3.3	20	90	5	95	18	27	35	18	1.94
2358641--2358728	31	2.7	31	80	5	95	59	2	0	38	1.10
2358641--2358719	34	2.4	33	83	6	99	60	1	0	37	1.05
2358674--2358749	33	2.3	34	84	8	95	64	5	0	30	1.15
2361062--2361090	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2361120--2361155	3	12.0	3	93	0	63	36	0	0	63	0.94
2374754--2374789	7	5.1	7	100	0	72	0	27	0	72	0.85
2375189--2375252	18	3.7	18	81	8	78	39	6	25	29	1.80
2375819--2375912	38	2.5	37	89	3	143	39	39	10	10	1.75
2376356--2376401	23	2.0	23	100	0	92	34	21	13	30	1.91
2379572--2379609	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2379611--2379636	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
2379891--2380070	93	1.9	94	83	6	231	38	6	3	51	1.45
2380336--2380384	23	2.2	23	89	10	75	61	4	2	32	1.26
2381150--2381533	190	2.0	191	88	3	578	46	7	5	40	1.55
2384915--2384971	27	2.1	27	100	0	114	24	26	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2387515--2387575	23	2.7	23	94	0	113	27	27	27	16	1.97
2389131--2389168	20	1.9	20	88	0	58	26	21	18	34	1.96
2390081--2390119	21	1.9	20	84	5	51	30	15	20	33	1.94
2396100--2396508	190	2.1	190	84	3	536	44	8	6	39	1.62
2400955--2400998	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2411867--2411910	16	2.7	16	86	10	54	40	6	6	45	1.57
2417437--2417500	18	3.6	18	84	0	92	14	15	50	20	1.78
2422897--2422928	14	2.3	14	94	0	55	56	18	15	9	1.66
2422894--2423002	24	4.6	24	75	2	94	57	17	12	11	1.64
2422933--2422978	23	2.0	23	91	0	74	60	17	8	13	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13