genome.fa.s7931.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007931.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110339_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2341804

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  11  of  12  ( 1358 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2069915--2069992	30	2.5	31	80	12	79	41	17	0	41	1.50
2070418--2070449	16	1.9	17	93	6	57	40	0	15	43	1.47
2071095--2071128	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
2072897--2072927	9	3.4	9	95	0	53	19	32	29	19	1.96
2075655--2075684	15	2.0	15	93	0	51	26	16	13	43	1.85
2081394--2081424	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2098799--2098841	21	2.1	20	83	12	52	23	20	4	51	1.66
2117130--2117844	356	2.0	356	97	0	1351	45	18	12	23	1.83
2120504--2120544	20	2.0	22	85	9	59	51	0	0	48	1.00
2120495--2120545	26	1.9	27	84	11	70	50	0	0	49	1.00
2121628--2121673	22	2.0	23	87	4	67	39	0	0	60	0.97
2121628--2121667	17	2.3	18	87	8	57	40	0	0	60	0.97
2121631--2121671	18	2.3	19	83	12	59	39	0	0	60	0.96
2121781--2121990	9	22.6	9	67	12	86	17	5	2	75	1.10
2121789--2121993	15	13.1	15	72	16	109	17	5	2	74	1.12
2121943--2122006	29	2.2	29	86	5	85	14	9	0	76	1.01
2121954--2122016	29	2.2	29	82	5	74	11	12	0	76	1.03
2124635--2124742	31	3.5	31	82	3	128	32	21	18	27	1.97
2128313--2128420	31	3.5	29	75	9	90	36	13	18	31	1.90
2128301--2128418	63	1.9	63	82	8	152	33	15	19	31	1.93
2128639--2128665	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2129319--2129370	20	2.6	20	93	0	86	28	21	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2136573--2136602	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
2142890--2142918	7	4.1	7	100	0	58	58	0	41	0	0.98
2144675--2144741	20	3.6	19	69	19	61	56	1	8	32	1.39
2145635--2145674	21	2.0	20	90	5	62	12	15	25	47	1.80
2145937--2145980	5	8.4	5	87	7	61	75	0	2	22	0.92
2146030--2146241	38	5.4	39	75	12	150	41	9	3	44	1.54
2146133--2146230	43	2.3	42	89	8	146	44	6	3	45	1.43
2146189--2146296	28	3.9	28	95	2	184	43	7	3	45	1.49
2146243--2146325	39	2.1	39	84	4	105	44	4	2	48	1.37
2146296--2146351	24	2.2	26	90	6	89	51	3	0	44	1.18
2146260--2146334	39	2.0	38	84	5	98	48	6	1	44	1.37
2147063--2147095	16	2.1	16	94	0	57	66	0	0	33	0.92
2148848--2148903	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
2151666--2151705	21	2.0	21	85	9	57	42	27	5	25	1.75
2153048--2153108	23	2.7	23	81	0	77	29	11	18	40	1.85
2163488--2163552	2	35.0	2	79	14	77	46	0	0	53	1.00
2164443--2165023	121	4.8	121	89	1	866	24	16	24	35	1.95
2164443--2165024	238	2.4	241	89	1	866	24	16	24	35	1.95
2165054--2165348	64	4.6	64	88	1	430	30	13	20	35	1.91
2170516--2170560	19	2.4	18	82	10	54	77	6	8	6	1.11
2170683--2170731	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
2170853--2170926	4	18.8	4	70	27	52	74	0	1	24	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2170756--2171000	63	4.2	58	71	20	145	69	4	3	22	1.21
2170854--2170936	23	3.7	22	79	12	80	73	0	1	25	0.90
2170857--2170922	13	5.0	13	71	8	53	74	0	1	24	0.91
2170806--2170953	29	5.0	29	71	19	101	70	4	2	23	1.15
2170886--2170952	34	2.0	34	85	5	91	73	2	0	23	0.97
2170924--2170974	22	2.4	22	86	3	68	72	7	1	17	1.18
2170938--2170999	22	2.8	22	78	9	63	74	6	4	14	1.19
2170857--2171000	7	19.4	7	68	21	55	73	2	2	20	1.08
2170863--2171000	52	2.6	50	76	14	120	73	2	2	21	1.10
2174817--2174863	18	2.7	18	84	12	55	38	0	0	61	0.96
2174943--2175098	26	5.7	26	67	21	77	39	3	14	42	1.63
2175193--2175425	2	117.5	2	64	25	70	46	5	2	45	1.39
2175226--2175425	26	8.2	25	72	21	126	47	4	2	46	1.36
2175280--2175361	9	9.7	9	71	17	50	52	7	1	39	1.37
2175279--2175387	41	2.6	43	82	10	125	49	5	1	43	1.36
2175323--2175426	49	2.1	47	82	8	120	47	1	0	50	1.19
2175298--2175420	34	3.7	33	73	12	108	47	4	1	47	1.31
2178174--2178234	19	3.4	19	73	13	74	3	13	31	52	1.56
2178625--2178655	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2179593--2179626	17	2.0	17	94	0	59	50	17	11	20	1.77
2181422--2181467	20	2.3	20	100	0	92	26	15	34	23	1.94
2182145--2182176	3	11.3	3	87	12	50	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2182145--2182175	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
2182434--2183350	52	17.6	52	94	0	1557	29	25	16	28	1.96
2183346--2183570	55	4.1	55	91	2	373	28	29	14	28	1.95
2183346--2183570	108	2.1	110	94	1	391	28	29	14	28	1.95
2184737--2184784	14	3.6	13	79	20	55	4	12	0	83	0.79
2184762--2184861	8	12.8	8	70	16	50	12	10	0	78	0.98
2184727--2184845	11	11.5	11	78	18	82	8	11	0	78	0.99
2191178--2191211	17	2.0	17	94	0	59	50	17	11	20	1.77
2193008--2193053	20	2.3	20	100	0	92	26	15	34	23	1.94
2193731--2193762	3	11.3	3	87	12	50	65	0	0	34	0.93
2193731--2193761	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
2196142--2196170	14	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
2196179--2196203	9	2.8	9	100	0	50	72	0	0	28	0.86
2197819--2197938	3	41.0	3	85	9	151	67	0	2	29	1.09
2198473--2198524	20	2.7	20	81	3	61	28	15	11	44	1.81
2199372--2199422	26	2.0	26	88	0	75	25	15	13	45	1.83
2199603--2199659	23	2.5	23	80	11	71	33	19	22	24	1.97
2203997--2204057	18	3.5	17	89	8	88	42	0	0	57	0.98
2203997--2204057	3	20.0	3	79	3	68	42	0	0	57	0.98
2210934--2210971	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2211278--2211339	9	6.7	9	77	14	63	79	1	19	0	0.82
2211281--2211339	8	7.5	8	71	17	52	81	1	16	0	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2211282--2211331	14	3.3	15	86	8	75	82	2	16	0	0.77
2211262--2211339	24	3.2	25	77	20	85	76	1	21	0	0.85
2215241--2215395	54	2.9	53	83	9	201	35	15	23	25	1.94
2215241--2215391	50	2.9	50	87	5	196	35	15	23	25	1.94
2215762--2215816	22	2.5	22	90	0	92	36	10	12	40	1.79
2216495--2217127	76	8.3	76	97	0	1158	24	19	21	34	1.97
2217285--2217345	3	21.0	3	80	12	74	39	0	0	60	0.97
2224266--2224345	23	3.4	23	87	5	99	23	13	17	45	1.84
2224583--2224635	26	2.0	26	85	7	72	41	11	16	30	1.84
2232242--2232287	24	2.0	24	86	4	67	56	0	4	39	1.19
2237994--2238037	18	2.6	18	82	13	58	40	0	2	56	1.11
2248588--2248619	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2249197--2249755	55	10.2	55	88	0	778	34	16	17	31	1.92
2250461--2250554	23	4.1	23	72	8	75	40	25	15	18	1.90
2250511--2250562	23	2.3	22	80	6	59	36	23	23	17	1.95
2250639--2250726	45	2.0	45	83	0	113	36	17	7	38	1.79
2252691--2252730	20	2.0	20	95	0	71	60	17	0	22	1.37
2261710--2261734	11	2.3	11	100	0	50	56	0	36	8	1.29
2267669--2267723	23	2.4	23	81	6	67	36	27	20	16	1.93
2273259--2273579	156	2.1	156	90	0	500	40	16	8	34	1.79
2274045--2274314	111	2.5	110	88	1	398	34	17	17	31	1.93
2274045--2274315	55	4.9	55	88	1	364	33	17	16	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2274291--2274353	33	1.9	33	90	0	99	39	19	19	22	1.92
2274324--2274723	55	7.3	55	88	3	554	34	15	19	31	1.92
2274072--2274723	256	2.5	254	83	7	783	34	16	18	30	1.93
2274355--2274723	107	3.4	108	88	4	535	33	15	18	31	1.92
2274324--2274712	162	2.4	164	87	2	557	34	14	19	31	1.92
2277576--2277611	18	2.0	18	94	0	63	41	0	0	58	0.98
2277582--2277633	20	2.6	19	87	9	68	44	0	0	55	0.99
2277576--2277622	20	2.5	18	80	12	58	40	0	0	59	0.97
2279977--2280024	23	2.1	23	88	7	71	43	0	4	52	1.20
2282278--2282359	2	43.0	2	82	13	102	50	1	1	47	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12