genome.fa.s7931.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007931.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110339_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2341804

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1236442--1236620	82	2.2	82	84	3	225	37	17	12	32	1.87
1236607--1236735	42	3.1	41	71	17	131	27	15	20	36	1.93
1240697--1240977	36	8.2	36	79	10	211	38	12	19	28	1.89
1240840--1240914	29	2.6	29	97	0	141	36	10	20	33	1.87
1240898--1240994	36	2.7	37	84	7	119	35	12	19	32	1.89
1241880--1241962	32	2.6	32	77	7	96	32	25	14	27	1.95
1243015--1243068	11	4.6	11	77	20	56	3	16	1	77	1.00
1243010--1243079	12	6.1	10	76	20	50	2	15	4	77	1.05
1246099--1246142	3	15.0	3	81	13	56	65	2	2	29	1.16
1246093--1246137	20	2.2	20	88	7	65	66	0	2	31	1.04
1256321--1256365	22	2.0	23	86	4	65	66	0	2	31	1.04
1260438--1260546	29	3.8	29	91	4	177	35	20	4	39	1.73
1260438--1260547	57	1.9	58	92	5	188	36	20	4	39	1.73
1267043--1267090	23	2.1	23	84	7	62	70	0	6	22	1.09
1267303--1267398	2	49.5	2	75	15	60	44	3	1	51	1.24
1267260--1267312	22	2.6	19	78	16	61	45	3	1	49	1.31
1267237--1267360	23	5.4	21	75	16	79	45	2	1	50	1.24
1267257--1267369	25	4.5	25	86	6	149	45	2	0	51	1.21
1267233--1267367	25	5.6	24	81	10	143	45	2	1	49	1.26
1267771--1267803	14	2.4	14	94	0	57	33	6	30	30	1.82
1270379--1270403	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
1282118--1282190	24	3.0	25	71	15	64	58	9	1	30	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1295066--1295117	26	2.0	26	100	0	104	19	15	7	57	1.62
1296807--1296857	15	3.3	15	75	21	52	47	0	17	35	1.48
1300367--1300490	46	2.8	45	87	3	178	37	8	21	32	1.83
1306520--1306950	213	2.0	213	96	0	799	39	11	16	32	1.84
1308625--1308668	21	2.1	21	83	8	54	63	11	9	15	1.51
1309233--1309280	18	2.8	18	84	6	55	39	0	4	56	1.19
1311724--1311748	13	1.9	13	100	0	50	4	8	8	80	1.03
1321170--1321269	52	1.9	52	87	4	148	49	14	23	14	1.79
1322014--1322684	105	6.4	105	95	0	1144	33	25	18	22	1.97
1323192--1323239	18	2.8	18	84	6	55	39	0	4	56	1.19
1326390--1326712	163	2.0	163	95	0	583	32	14	16	35	1.89
1329674--1329698	13	1.9	13	100	0	50	16	16	4	64	1.44
1338713--1338753	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
1339170--1339217	22	2.1	23	84	3	62	62	10	10	16	1.53
1339169--1339221	23	2.3	24	80	9	65	62	11	9	16	1.54
1339887--1339914	5	5.6	5	100	0	56	35	0	0	64	0.94
1339932--1339978	6	7.8	6	81	13	53	14	2	0	82	0.75
1339925--1339980	24	2.4	23	83	13	71	14	1	1	82	0.84
1339902--1339980	32	2.5	32	76	17	85	15	5	1	78	0.99
1339939--1340001	24	2.6	23	82	7	63	17	1	3	77	0.97
1340047--1340084	17	2.2	18	85	4	51	7	13	5	73	1.22
1341701--1341738	17	2.2	18	90	4	60	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1342578--1342637	31	1.9	31	89	0	93	55	6	5	33	1.48
1343151--1343188	19	1.9	20	84	10	51	42	21	2	34	1.67
1345614--1345663	18	2.8	18	100	0	100	50	12	4	34	1.58
1355247--1355277	16	1.9	16	100	0	62	25	3	25	45	1.69
1357049--1357100	21	2.5	21	96	0	95	23	7	17	51	1.70
1358412--1358457	20	2.3	20	96	0	83	30	13	30	26	1.93
1358317--1358543	115	2.0	115	82	0	274	32	14	23	29	1.94
1358485--1358545	22	3.1	19	79	13	52	29	14	32	22	1.94
1358505--1358559	22	2.5	22	85	8	67	30	18	25	25	1.98
1359693--1359909	94	2.3	94	82	4	258	29	14	25	29	1.95
1360305--1360422	20	5.5	20	74	17	103	41	13	25	19	1.88
1360284--1360466	47	4.0	47	76	13	184	41	12	25	21	1.87
1360305--1360465	87	1.8	87	92	4	270	40	11	26	20	1.87
1360509--1360786	45	6.2	45	86	3	319	39	9	21	29	1.85
1365024--1365207	95	1.9	94	83	5	237	29	14	26	29	1.95
1365589--1365721	20	5.9	21	67	25	76	43	12	24	18	1.85
1365577--1365745	47	3.6	47	94	0	302	44	11	23	21	1.84
1365808--1366062	45	5.7	45	86	4	282	39	9	20	29	1.85
1365808--1366062	90	2.8	90	85	2	341	39	9	20	29	1.85
1365845--1366106	90	2.9	87	75	14	237	42	8	18	30	1.80
1366651--1366700	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
1366759--1366860	45	2.2	45	81	11	111	47	6	21	24	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1369014--1369077	22	2.9	21	76	15	58	54	25	0	20	1.44
1370486--1370520	13	2.7	13	86	0	52	42	5	14	37	1.69
1374166--1374270	37	2.8	37	85	0	138	41	14	14	29	1.85
1378320--1378673	183	1.9	183	93	1	602	28	20	20	30	1.98
1379828--1379941	36	3.2	34	71	9	86	25	16	14	43	1.85
1379812--1379986	72	2.4	75	84	8	218	26	18	13	41	1.87
1379828--1380020	72	2.7	72	82	8	180	25	17	15	41	1.88
1380057--1380373	105	3.1	104	90	3	482	30	20	12	36	1.90
1380273--1380341	36	1.9	36	87	0	102	20	20	17	42	1.90
1380548--1381178	105	6.0	105	89	2	903	33	26	18	21	1.96
1381721--1381825	37	2.8	37	82	0	129	41	14	13	30	1.84
1383151--1383334	95	1.9	93	82	9	230	30	15	26	28	1.96
1383735--1383862	27	5.3	27	66	24	113	42	13	24	20	1.87
1383704--1383891	47	4.0	47	92	1	306	41	12	25	20	1.87
1391411--1391756	173	2.0	173	100	0	692	28	12	32	26	1.92
1394746--1394838	42	2.2	42	90	0	141	26	20	20	32	1.97
1394877--1394901	13	1.9	13	100	0	50	32	24	16	28	1.96
1394898--1394971	22	3.5	22	69	14	64	25	18	22	32	1.97
1394891--1394954	20	3.2	19	71	16	65	25	20	23	31	1.98
1394892--1394973	42	2.0	42	95	0	146	25	18	24	31	1.97
1394757--1395023	135	2.0	135	91	0	435	31	18	20	28	1.97
1394934--1395129	80	2.5	80	89	1	295	32	16	21	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1395012--1395296	122	2.3	122	86	1	376	29	17	22	30	1.96
1395092--1395171	42	1.9	42	84	0	106	26	17	21	35	1.95
1394890--1395272	202	1.9	203	89	0	597	29	18	21	30	1.97
1395220--1395306	42	2.1	41	85	8	115	26	16	21	35	1.94
1395680--1395901	53	4.2	52	86	4	311	29	21	26	22	1.99
1396049--1396099	24	2.1	24	82	13	61	23	0	1	74	0.92
1398866--1399016	45	3.4	45	84	3	205	42	8	17	31	1.80
1399647--1399738	44	2.0	45	80	12	100	50	7	20	21	1.73
1399655--1399746	45	2.0	46	84	12	120	46	6	22	23	1.75
1402982--1403016	13	2.7	13	90	0	52	42	5	11	40	1.65
1403507--1403564	23	2.6	23	81	5	75	36	13	15	34	1.87
1406975--1407033	21	2.8	21	89	0	91	16	38	27	16	1.91
1409770--1409830	21	3.0	21	73	7	54	21	32	26	19	1.97
1410934--1411150	117	1.9	117	84	5	296	29	12	8	48	1.70
1411603--1411678	22	3.5	22	96	0	134	36	18	21	23	1.95
1411481--1411656	95	1.8	96	82	8	225	31	15	22	30	1.95
1412061--1412193	20	5.9	21	65	25	67	42	12	24	19	1.86
1412049--1412237	47	4.0	47	92	0	306	42	11	24	21	1.86
1422856--1422948	42	2.2	42	90	0	141	25	20	20	33	1.97
1422876--1423094	42	5.0	42	71	13	145	29	18	21	31	1.97
1423008--1423081	22	3.5	22	69	14	64	25	18	22	32	1.97
1423001--1423064	20	3.2	19	71	16	65	25	20	23	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1422865--1423133	135	2.0	135	89	0	412	30	19	20	28	1.97
1423044--1423239	80	2.5	80	94	1	331	31	17	22	28	1.97
1423122--1423406	122	2.3	122	85	5	380	28	17	22	30	1.97
1423202--1423281	42	1.9	42	84	5	108	26	17	21	35	1.95
1423000--1423365	202	1.8	202	92	1	626	29	18	23	28	1.97
1423790--1423992	53	3.8	53	86	2	300	31	21	26	21	1.98
1426921--1427071	45	3.4	45	87	3	205	41	8	17	31	1.80
1426921--1427090	45	3.8	45	84	4	155	41	8	17	32	1.79
1429984--1430045	22	2.8	22	81	13	65	53	24	0	22	1.46
1430857--1430885	15	1.9	15	100	0	58	27	31	6	34	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12