genome.fa.s7931.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007931.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110339_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2341804

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  9  of  12  ( 1358 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1682024--1682130	48	2.2	48	83	3	144	50	8	15	25	1.72
1682025--1682114	24	3.8	24	93	0	144	51	8	15	24	1.72
1682300--1682356	12	4.4	14	79	18	61	29	0	0	70	0.88
1682301--1682355	17	3.5	17	79	16	66	30	0	0	69	0.89
1682296--1682344	25	2.0	24	88	11	73	32	0	0	67	0.91
1688608--1690249	106	15.6	106	94	1	2786	33	25	18	22	1.96
1689703--1689850	43	3.3	43	66	14	125	33	27	17	21	1.96
1690449--1690777	164	2.0	167	86	6	463	30	24	21	23	1.99
1690439--1690776	84	4.0	84	77	6	312	30	25	21	23	1.99
1691034--1691092	21	2.9	21	85	9	70	30	0	0	69	0.89
1691046--1691097	6	8.3	6	77	14	52	25	0	0	75	0.81
1691044--1691099	14	4.1	14	76	4	60	25	0	0	75	0.81
1694326--1694363	20	1.9	20	100	0	76	23	36	28	10	1.88
1694350--1694382	14	2.4	14	94	0	57	24	39	30	6	1.79
1694327--1694363	10	3.7	10	86	13	58	24	37	27	10	1.88
1694374--1694448	33	2.3	33	88	4	107	26	24	40	9	1.85
1694452--1694507	29	1.9	29	85	0	76	21	28	35	14	1.92
1696052--1696143	29	3.1	28	70	11	69	40	3	20	35	1.69
1696052--1696217	60	2.8	60	83	8	205	41	4	20	33	1.72
1696314--1696358	19	2.5	19	85	7	58	40	2	2	55	1.24
1705815--1705990	59	2.9	59	83	6	221	38	18	13	29	1.89
1706168--1706235	35	1.9	35	88	5	102	50	17	4	27	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1712041--1712095	22	2.4	24	82	11	71	20	7	0	72	1.07
1713110--1713147	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
1713353--1713920	134	4.2	134	86	3	750	33	18	18	29	1.95
1714520--1715030	45	11.4	46	82	4	519	40	19	18	21	1.92
1714967--1715186	38	5.6	38	80	7	219	35	19	20	24	1.95
1714967--1715186	76	2.8	79	82	9	270	35	19	20	24	1.95
1716124--1716190	25	2.8	23	75	14	73	58	4	7	29	1.46
1717157--1717214	9	6.4	9	74	18	50	3	22	0	74	0.97
1717118--1717210	14	7.3	13	75	19	65	2	23	1	73	1.01
1717152--1717209	19	2.9	21	73	23	61	3	22	0	74	0.97
1717160--1717212	26	2.1	24	80	16	54	3	20	0	75	0.96
1717111--1717210	53	1.9	52	80	13	116	2	23	2	73	1.04
1717147--1717214	5	13.6	5	71	17	52	2	22	0	75	0.94
1717139--1717231	35	2.7	31	78	15	87	2	22	2	73	1.05
1717155--1717235	35	2.3	35	83	8	94	2	22	2	72	1.08
1717171--1717241	25	2.8	24	83	10	72	1	23	2	71	1.07
1717132--1717234	12	9.7	10	70	16	57	1	23	1	72	1.04
1722274--1722316	17	2.5	17	92	0	68	69	6	0	23	1.12
1728191--1728263	31	2.4	31	83	4	85	31	17	19	31	1.95
1733506--1733539	17	2.0	17	100	0	68	35	23	23	17	1.95
1734143--1734230	18	4.9	18	87	0	113	25	17	31	26	1.97
1735696--1735740	19	2.4	19	100	0	90	15	6	51	26	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1736576--1736648	18	4.1	17	72	10	65	32	4	4	58	1.36
1737982--1738070	21	4.5	19	77	10	88	55	2	1	41	1.20
1738557--1738830	135	2.0	135	100	0	548	42	9	12	35	1.75
1740156--1740233	39	2.0	39	94	0	138	29	28	12	29	1.93
1745717--1745749	16	2.1	16	100	0	66	30	27	18	24	1.98
1755640--1755673	16	2.1	15	89	10	50	38	5	20	35	1.77
1755768--1755812	23	2.0	23	86	0	63	20	22	20	37	1.94
1758737--1758811	36	2.1	36	82	5	89	25	18	16	40	1.91
1763605--1763630	8	3.2	8	100	0	52	34	0	0	65	0.93
1764380--1764430	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
1764380--1764630	20	12.2	20	73	9	130	40	18	21	18	1.91
1764484--1764627	43	3.4	43	88	3	213	37	16	25	20	1.93
1765407--1765476	6	12.0	6	98	1	126	0	17	51	31	1.45
1765563--1765713	20	7.4	20	83	7	187	23	23	16	36	1.94
1765563--1765713	40	3.7	40	85	5	212	23	23	16	36	1.94
1765563--1765734	83	2.1	81	83	8	213	22	23	16	36	1.94
1765561--1765838	20	13.6	20	75	8	130	19	21	19	39	1.93
1765788--1765838	19	2.6	20	90	3	77	15	17	23	43	1.88
1767104--1767443	36	9.5	36	76	16	223	44	3	7	44	1.48
1767207--1767329	63	2.0	63	82	9	153	42	5	7	44	1.56
1767176--1767364	99	1.9	98	83	9	242	43	5	7	43	1.55
1767416--1767461	24	2.0	24	86	4	67	36	0	8	54	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1767280--1767472	36	5.3	33	76	16	118	45	1	7	46	1.40
1767467--1767508	3	14.3	3	90	5	68	28	0	2	69	1.01
1767499--1767553	22	2.5	20	78	16	56	21	3	1	72	1.09
1768756--1768788	3	11.3	3	93	6	59	30	0	0	69	0.88
1768858--1768914	27	2.0	29	83	6	73	21	8	0	70	1.14
1769344--1769383	20	2.0	21	85	5	55	22	2	2	72	1.09
1774460--1774927	85	5.5	83	81	4	488	37	18	18	26	1.93
1774460--1774928	169	2.8	170	85	2	584	37	18	18	26	1.93
1775518--1775556	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
1775542--1775812	36	7.6	36	78	14	244	44	4	7	43	1.51
1775645--1775768	63	2.0	63	91	3	205	45	4	5	44	1.48
1775606--1775819	99	2.2	98	84	6	283	45	4	6	42	1.50
1775682--1775741	27	2.3	26	86	8	79	46	5	5	43	1.47
1775576--1775890	36	9.0	34	74	16	211	47	3	6	42	1.43
1775903--1775961	3	19.3	3	83	13	68	27	0	1	71	0.96
1775903--1775963	12	5.1	11	90	7	77	26	0	1	72	0.94
1776741--1776773	10	3.4	10	87	4	50	69	0	21	9	1.15
1777110--1777174	22	3.2	20	78	19	57	10	4	4	80	1.01
1777142--1777174	17	1.9	17	93	0	57	3	0	9	87	0.63
1778689--1778739	22	2.3	22	96	0	93	23	29	37	9	1.87
1790220--1790397	90	2.0	90	92	2	295	38	9	6	46	1.62
1794049--1794102	21	2.6	21	77	11	65	24	25	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1794665--1794703	17	2.2	18	90	4	62	12	0	15	71	1.14
1800741--1800781	20	2.0	20	100	0	82	14	14	46	24	1.82
1803670--1803712	20	2.2	20	86	0	59	32	16	20	30	1.95
1811191--1811294	21	4.9	21	82	10	115	31	25	21	22	1.98
1811240--1811305	21	3.1	21	91	4	98	34	24	21	19	1.96
1811745--1811774	9	3.2	9	90	9	51	90	0	0	10	0.47
1811745--1811774	10	3.1	10	95	4	53	90	0	0	10	0.47
1813288--1813332	16	2.9	15	77	9	54	22	0	31	46	1.52
1813934--1814075	64	2.2	65	82	5	164	28	22	18	30	1.97
1813972--1814107	64	2.1	65	82	6	161	29	21	18	30	1.97
1820241--1820354	59	1.9	58	85	7	158	50	0	10	37	1.43
1820266--1820388	59	2.1	60	83	4	151	53	3	9	33	1.50
1820522--1820569	20	2.4	20	100	0	96	29	31	14	25	1.95
1820654--1820694	21	2.0	21	100	0	82	39	19	9	31	1.84
1820682--1820729	19	2.5	20	96	3	89	43	25	14	16	1.86
1821299--1821364	20	3.3	20	89	4	98	12	18	21	48	1.80
1822868--1822916	21	2.3	21	85	0	71	16	14	34	34	1.89
1823331--1823447	21	5.6	21	80	8	130	21	35	17	24	1.95
1823329--1823447	42	2.8	41	87	2	166	21	36	17	25	1.95
1823547--1823593	23	2.0	23	95	0	85	31	31	23	12	1.92
1824933--1824978	20	2.3	20	88	0	65	41	23	15	19	1.89
1825059--1825252	106	1.8	107	96	1	363	43	18	8	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1825295--1825341	6	7.8	6	80	0	58	17	2	23	57	1.50
1825288--1825341	18	3.0	18	94	0	90	18	1	24	55	1.52
1827572--1827649	24	3.2	24	92	0	120	39	20	19	20	1.92
1828570--1828621	18	2.9	18	94	0	86	44	7	21	26	1.79
1828569--1828774	20	10.4	20	67	14	81	35	11	22	29	1.90
1828607--1828832	40	5.6	40	69	12	133	33	12	23	29	1.92
1828605--1828815	80	2.6	81	75	8	198	34	12	23	29	1.92
1830028--1830068	21	2.0	21	90	4	66	41	4	7	46	1.53
1830193--1830241	22	2.2	21	75	10	53	44	0	0	55	0.99
1830339--1830389	23	2.2	23	82	0	57	45	1	1	50	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12