genome.fa.s7931.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007931.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110339_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2341804

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155286--155335	2	25.0	2	95	0	91	48	0	2	50	1.12
156246--156302	21	2.7	21	86	0	87	21	21	26	31	1.98
158865--158940	23	3.3	23	85	3	91	19	25	19	35	1.95
160640--160730	44	2.1	44	100	0	182	27	2	28	41	1.68
161565--161616	2	26.0	2	76	7	52	51	5	0	42	1.25
180169--180230	30	2.1	30	100	0	124	24	22	27	25	2.00
182305--182343	2	19.5	2	89	10	62	48	0	2	48	1.15
183517--183567	24	2.1	24	85	7	68	33	0	3	62	1.13
194417--194485	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73
194426--194485	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
194565--194659	21	4.5	21	80	13	115	23	35	18	22	1.96
194684--194746	21	3.0	21	86	6	76	22	22	28	26	1.99
196024--196071	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
197317--197385	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73
197326--197385	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
197465--197605	21	6.7	21	84	8	180	21	36	19	21	1.95
197626--197668	21	2.0	21	91	8	70	23	23	32	20	1.98
197762--197801	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
198512--198814	106	2.9	106	91	1	464	34	24	18	22	1.96
207526--207752	113	2.0	113	98	0	436	29	15	12	41	1.84
214226--214270	22	2.0	22	100	0	90	35	4	22	37	1.74
216378--216455	24	3.2	24	96	0	138	34	20	23	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221354--221385	11	2.9	11	100	0	64	15	0	18	65	1.27
222489--222547	29	2.1	28	87	9	84	37	6	16	38	1.76
223060--223097	19	2.1	19	85	9	53	47	0	21	31	1.51
223515--223558	21	2.1	21	91	0	70	22	25	27	25	2.00
229369--229412	22	2.0	22	86	0	61	20	18	15	45	1.85
230127--230241	51	2.3	51	84	3	142	36	6	6	50	1.54
232565--232689	60	2.1	60	90	3	198	21	15	12	51	1.75
233199--233257	21	2.7	22	73	5	66	23	25	18	32	1.97
233246--233297	20	2.6	20	96	0	95	40	17	19	23	1.91
233286--233333	20	2.4	20	89	0	69	25	27	20	27	1.99
236470--236503	6	5.7	6	85	0	50	58	20	2	17	1.51
236468--236510	18	2.4	18	96	0	77	53	25	4	16	1.62
236570--236835	140	1.9	140	99	0	523	29	13	15	42	1.85
236822--236916	37	2.6	37	83	4	115	40	24	15	20	1.91
236889--236932	20	2.2	20	84	4	54	29	25	20	25	1.99
236922--236979	20	2.9	20	81	0	62	12	15	25	46	1.80
239122--239208	20	4.5	19	87	8	106	39	26	17	17	1.91
239133--239208	20	3.8	20	91	3	118	39	25	17	18	1.91
239234--239299	20	3.3	20	97	0	123	16	19	24	39	1.92
239447--239496	18	2.8	18	100	0	100	42	6	20	32	1.76
241230--241297	20	3.5	20	79	2	75	45	23	16	14	1.84
241683--241725	22	2.0	22	95	0	77	18	16	41	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241901--241956	20	2.8	20	78	10	69	23	23	17	35	1.95
249891--249958	33	2.1	33	100	0	136	32	14	14	38	1.87
250711--250787	38	2.1	38	90	4	122	11	10	36	41	1.76
250959--251028	37	1.9	37	91	2	115	12	10	35	41	1.77
250480--251338	256	3.4	257	87	7	1243	23	12	28	35	1.91
251216--251302	38	2.3	37	88	5	131	11	12	39	36	1.80
251880--251924	18	2.6	17	86	6	65	28	26	6	37	1.82
252224--252267	19	2.3	19	96	0	79	34	11	4	50	1.59
254662--254709	15	3.3	15	75	18	57	52	2	39	6	1.39
258199--258246	15	3.3	15	75	18	57	52	2	39	6	1.39
260141--260522	48	8.0	48	84	4	486	28	18	15	37	1.91
262338--262370	16	2.1	16	94	0	57	57	21	12	9	1.62
263451--263510	14	4.6	14	84	16	83	55	20	11	13	1.69
263465--263516	14	3.6	14	86	2	59	55	21	11	11	1.66
265030--265124	28	3.4	28	97	0	172	32	22	25	20	1.97
266705--266777	34	2.2	34	88	9	107	75	2	4	17	1.08
266851--266941	4	22.8	4	79	12	62	65	1	0	32	1.00
266822--266929	45	2.4	44	84	9	139	64	0	1	33	1.04
266812--266941	45	3.0	43	78	16	135	64	0	2	32	1.11
266824--266944	48	2.6	46	82	13	135	64	0	1	33	1.09
269976--270005	5	5.8	5	92	7	51	0	16	0	83	0.65
269975--270018	10	4.1	11	83	13	56	6	15	0	77	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269975--270017	16	2.7	15	79	13	50	4	16	0	79	0.90
280419--280498	39	2.1	38	86	6	108	73	5	3	17	1.16
280419--280498	35	2.2	38	86	6	112	73	5	3	17	1.16
280532--280585	23	2.4	23	81	9	58	61	0	3	35	1.14
280541--280620	31	2.7	29	77	11	74	65	1	3	30	1.18
282353--282463	42	2.6	42	91	0	177	49	12	14	23	1.77
282353--282421	22	3.2	22	65	29	58	52	10	13	24	1.71
284232--284490	106	2.4	106	83	3	313	23	18	22	35	1.95
284880--285021	72	1.9	75	83	9	186	41	11	16	30	1.84
284883--285040	72	2.1	75	79	9	164	42	11	17	29	1.84
285806--285882	22	3.5	22	100	0	154	23	12	27	36	1.91
286489--286528	17	2.4	16	83	4	53	2	15	7	75	1.14
288516--288553	5	7.2	5	88	11	58	76	0	5	18	0.97
288512--288553	15	2.6	17	85	14	70	71	0	9	19	1.13
289838--289910	24	3.3	24	70	21	86	49	8	15	27	1.72
289832--289942	42	2.6	42	92	0	186	49	11	15	23	1.77
289832--289942	22	5.2	22	67	23	76	49	11	15	23	1.77
295707--295812	56	1.9	56	88	0	158	45	4	8	41	1.55
296986--297047	20	3.1	20	71	17	65	45	11	4	38	1.61
299720--299870	66	2.3	66	91	0	248	21	19	21	37	1.95
304037--304423	74	5.2	74	91	1	614	31	20	10	37	1.87
309758--309845	15	5.9	14	71	23	65	72	0	18	9	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
309754--309842	29	3.0	28	80	11	99	74	0	16	8	1.07
309793--309853	16	3.9	16	83	12	74	70	0	22	6	1.10
309817--309870	18	3.1	18	87	10	69	68	0	24	7	1.15
311300--311592	55	5.4	54	85	6	367	28	15	25	30	1.96
311300--311603	110	2.8	110	86	3	418	28	16	25	29	1.96
314264--314612	74	5.1	62	86	7	216	32	19	11	36	1.87
314328--314797	74	6.4	74	91	1	694	31	18	11	38	1.86
315117--315226	43	2.5	44	80	2	107	32	15	19	32	1.93
316058--316154	23	4.2	23	84	2	115	35	26	22	15	1.94
316071--316167	46	2.1	46	84	0	131	35	23	23	17	1.96
316071--316167	23	4.2	23	82	5	97	35	23	23	17	1.96
319147--319224	30	2.6	30	74	20	74	60	8	12	17	1.58
319847--319915	3	22.7	3	88	2	75	59	2	0	37	1.12
320114--320599	134	3.7	133	73	7	373	25	17	31	25	1.97
321053--321327	133	2.0	137	90	2	432	40	12	16	30	1.85
327969--328012	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
331723--332284	280	2.0	280	100	0	1124	35	19	11	34	1.87
333985--334031	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
334324--334372	19	2.5	19	86	3	62	30	28	16	24	1.96
334322--334460	20	6.9	20	78	5	122	33	29	13	23	1.93
335419--335472	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
335647--335671	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
337997--338052	29	1.9	29	88	0	85	28	14	21	35	1.92
337999--338060	29	2.1	29	81	0	70	32	16	22	29	1.95
338039--338077	20	2.0	20	89	0	60	46	20	15	17	1.84
338044--338085	20	2.1	20	86	0	57	47	21	11	19	1.81
339619--339736	21	5.6	21	83	0	146	22	19	36	22	1.95
339619--339740	42	2.9	41	87	2	172	22	19	36	21	1.95
340147--340187	21	2.0	21	85	0	55	36	36	12	14	1.84
341721--341774	20	2.7	19	83	8	72	46	22	16	14	1.84
342131--342176	22	2.1	22	91	0	74	19	17	43	19	1.88
342959--343000	21	2.0	21	90	0	66	26	30	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12