genome.fa.s7952.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007952.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110377_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3169409

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3405--3435	12	2.6	12	100	0	62	16	9	19	54	1.68
13035--13083	24	2.1	24	88	3	73	40	6	0	53	1.26
13049--13137	31	2.9	31	86	6	121	39	6	0	53	1.27
13187--13251	30	2.2	30	88	0	94	41	10	1	46	1.48
13285--13348	27	2.6	25	82	12	78	32	1	1	64	1.13
13277--13365	29	3.1	29	80	6	110	34	1	1	62	1.10
13387--13484	30	3.4	28	72	13	90	48	0	9	41	1.35
13771--13845	31	2.6	27	77	18	80	60	6	1	32	1.31
14527--14602	29	2.8	29	80	11	81	61	2	1	34	1.18
17025--17090	25	2.7	25	93	4	109	25	6	24	43	1.77
23074--23100	13	2.1	13	100	0	54	77	0	14	7	0.97
24994--25046	4	13.2	4	81	15	65	71	0	3	24	1.02
24994--25046	15	3.3	15	85	14	79	71	0	3	24	1.02
34113--34168	21	2.6	22	85	2	69	23	21	17	37	1.94
34542--34582	19	2.0	21	82	17	52	60	0	31	7	1.24
39942--40005	15	4.2	15	72	4	56	20	12	6	60	1.53
39937--40019	30	2.9	29	79	12	75	20	13	6	60	1.54
40252--40287	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
43862--43901	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
46406--46459	24	2.2	24	100	0	108	35	22	16	25	1.95
47122--47227	34	3.2	33	85	5	133	29	21	9	39	1.85
48229--48730	198	2.5	198	87	1	720	32	24	15	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49703--49742	14	2.8	14	96	3	71	37	0	42	20	1.52
50286--50380	44	2.1	45	84	7	122	18	13	7	60	1.57
50287--50387	15	6.8	15	73	10	82	18	12	7	60	1.56
50594--50631	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
50956--51028	33	2.1	35	95	5	132	39	10	10	38	1.76
57218--57316	45	2.2	45	94	0	171	26	16	21	36	1.94
58376--58441	35	1.9	34	87	3	96	30	15	19	34	1.93
62987--63060	31	2.4	31	93	0	121	20	12	13	54	1.71
63813--63839	6	4.5	6	100	0	54	51	0	14	33	1.43
72012--72041	13	2.3	13	100	0	60	76	0	0	23	0.78
73567--73668	43	2.4	43	98	0	195	19	19	34	26	1.96
73478--73802	177	1.8	177	89	0	515	22	18	32	26	1.97
73611--73859	134	1.9	134	86	0	363	22	19	32	25	1.98
73868--74352	65	7.4	64	83	6	521	38	13	18	29	1.89
73985--74087	30	3.2	30	69	21	82	37	13	16	32	1.88
74195--74319	36	3.7	36	67	14	102	37	15	20	27	1.92
73868--74352	132	3.7	130	82	6	591	38	13	18	29	1.89
74272--74313	21	2.0	20	86	4	57	42	16	21	19	1.89
74325--74364	15	2.7	15	96	0	71	35	10	20	35	1.86
74260--74429	80	2.1	80	95	0	304	35	13	20	30	1.91
74195--74458	145	1.8	146	95	0	485	36	13	20	29	1.91
74198--74499	145	2.0	144	89	5	417	36	13	19	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75250--75301	26	2.0	26	88	7	79	73	0	3	23	1.00
75257--75297	19	2.2	19	86	8	57	73	0	2	24	0.96
75773--75853	33	2.5	33	87	4	110	28	12	18	40	1.87
75907--75955	23	2.1	24	88	3	73	67	0	0	32	0.91
76909--77166	110	2.4	110	86	2	353	23	18	22	34	1.96
81150--81205	26	2.2	26	80	6	60	73	1	5	19	1.12
81165--81205	19	2.2	19	86	8	57	73	0	2	24	0.96
81680--81760	33	2.5	33	89	4	119	28	13	18	39	1.89
81811--81871	3	21.7	3	78	18	69	65	0	0	34	0.93
81811--81871	20	3.3	19	80	17	74	65	0	0	34	0.93
81811--81874	23	2.7	25	86	13	91	65	0	0	34	0.93
82333--82361	10	2.7	11	94	5	51	79	0	3	17	0.87
85114--85139	11	2.4	11	100	0	52	61	15	0	23	1.33
87514--87562	24	2.0	24	100	0	98	8	24	8	59	1.54
89681--89808	3	42.7	3	88	3	168	60	0	0	39	1.03
91041--91070	3	10.0	3	92	0	51	63	3	0	33	1.11
92582--92630	2	26.0	2	84	12	68	46	0	0	53	1.00
93678--93741	31	2.1	31	90	0	101	56	10	6	26	1.57
95139--95173	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
95173--95207	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
99610--99706	44	2.1	48	88	7	148	27	11	20	40	1.87
109345--109374	15	1.9	16	93	6	53	73	0	23	3	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109332--109445	16	7.1	17	72	21	61	75	0	18	5	1.04
109356--109445	17	5.1	17	74	15	76	76	1	16	5	1.03
109637--109686	16	3.4	16	68	21	54	46	6	24	24	1.75
109636--109689	28	1.9	28	100	0	108	42	7	24	25	1.80
110394--110525	51	2.6	51	100	0	264	28	15	25	29	1.96
110490--110561	36	2.0	36	100	0	144	25	19	25	30	1.98
110439--110711	87	3.0	87	88	10	404	28	16	26	28	1.97
110526--110838	51	6.1	51	90	3	461	29	16	27	27	1.97
110548--110945	51	7.6	54	85	6	303	29	16	25	29	1.96
110526--110945	99	4.0	105	83	8	393	29	15	25	29	1.96
110698--110947	55	4.6	55	81	9	239	29	16	24	30	1.96
111555--111592	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
111556--111589	17	2.0	17	100	0	68	52	0	0	47	1.00
126418--126468	21	2.3	23	86	6	70	49	21	7	21	1.75
136780--136829	20	2.5	20	93	3	82	28	40	12	20	1.87
137871--137930	3	20.0	3	84	6	77	38	1	0	60	1.07
137873--137928	18	2.9	18	92	7	85	39	1	0	58	1.08
137867--137930	21	3.2	20	84	8	85	37	1	0	60	1.06
139246--139350	18	6.1	17	70	18	65	32	1	1	63	1.16
150729--150782	23	2.4	22	81	9	65	81	1	16	0	0.78
152053--152282	115	2.0	114	91	0	370	34	15	20	29	1.93
152969--153367	114	3.5	114	96	1	739	39	14	17	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153167--153513	186	1.9	186	87	1	507	36	14	16	32	1.89
153277--153415	73	1.9	73	86	0	197	32	17	13	35	1.89
153346--153714	113	3.3	109	84	5	445	37	14	17	30	1.91
153167--153553	186	2.1	186	85	0	506	36	14	16	31	1.89
153347--153839	112	4.3	108	80	9	407	38	15	17	29	1.90
153635--153927	124	2.4	121	83	9	357	42	16	18	23	1.88
154071--154124	3	18.0	3	86	7	65	40	0	0	59	0.98
154072--154122	18	2.8	18	85	8	77	41	0	0	58	0.98
155269--155370	18	6.1	17	68	21	63	32	1	1	63	1.16
155273--155360	30	2.9	29	78	11	88	32	1	2	63	1.14
159333--159364	16	2.0	16	100	0	64	37	6	6	50	1.53
164722--164776	20	2.8	19	83	13	67	27	16	27	29	1.97
165259--165300	14	2.9	14	80	20	50	40	9	21	28	1.84
165428--165488	23	2.7	23	89	5	97	21	21	27	29	1.98
175054--175084	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
175295--175348	18	2.9	18	81	8	56	31	24	22	22	1.98
175282--175355	19	4.0	19	77	12	82	29	27	22	20	1.98
175816--175886	2	35.5	2	100	0	142	49	0	0	50	1.00
176225--176283	22	2.7	22	94	0	100	28	27	22	22	1.99
176328--176377	21	2.3	22	86	10	68	32	28	16	24	1.96
179124--179165	18	2.4	18	84	4	50	28	14	0	57	1.38
193309--193356	18	2.8	17	75	6	51	27	18	20	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194386--194485	32	3.2	32	81	2	121	38	13	19	30	1.89
194390--194483	31	3.0	32	78	9	102	38	13	17	30	1.88
196376--196532	60	2.6	59	79	4	145	31	22	5	40	1.78
196417--196532	60	1.9	61	84	6	157	28	23	6	41	1.80
196660--196796	59	2.3	58	82	6	168	37	5	27	29	1.80
196880--196923	22	2.0	22	82	4	54	52	15	0	31	1.44
197337--197379	16	2.6	17	77	7	52	51	2	13	32	1.54
199720--200114	200	2.0	194	97	2	736	34	10	30	23	1.89
201122--201154	15	2.2	15	89	10	50	57	0	6	36	1.23
201592--201629	20	1.9	20	84	10	51	23	7	2	65	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16