genome.fa.s7952.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007952.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110377_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3169409

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

This is table  13  of  16  ( 1872 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2469720--2470058	111	3.1	111	95	0	606	36	7	11	44	1.69
2471566--2471621	18	3.1	18	92	0	94	30	30	17	21	1.96
2472073--2472117	15	2.9	16	90	6	74	13	28	31	26	1.94
2472165--2472221	15	3.7	15	81	9	78	15	28	35	21	1.94
2477042--2477142	17	5.7	17	73	16	71	60	0	0	37	1.10
2477057--2477185	16	8.9	16	69	26	74	59	0	1	37	1.12
2477104--2477194	27	3.3	27	81	7	101	58	1	1	39	1.13
2477225--2477283	14	4.4	14	83	12	79	55	0	0	44	0.99
2486153--2486191	8	5.0	8	87	6	62	0	48	2	48	1.15
2493687--2493725	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2494088--2494119	14	2.3	14	94	0	55	18	28	37	15	1.92
2497028--2497075	16	3.1	15	79	8	51	68	6	0	25	1.12
2505614--2505659	18	2.6	17	86	10	65	60	2	4	32	1.28
2513675--2513835	66	2.4	67	88	3	227	36	7	16	40	1.76
2513566--2513869	160	1.9	163	86	5	436	38	7	13	40	1.73
2513808--2513934	26	4.9	26	75	6	105	36	11	14	37	1.82
2513797--2514014	77	3.0	75	86	6	270	38	9	15	37	1.80
2513888--2514029	70	2.0	69	91	1	230	39	9	15	35	1.79
2515403--2515850	228	2.0	226	94	2	781	44	7	7	39	1.61
2515916--2515961	20	2.3	19	89	10	74	54	10	17	17	1.70
2516083--2516130	20	2.4	20	83	13	71	52	10	16	20	1.73
2518364--2518428	21	3.1	21	80	6	69	40	15	29	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2518462--2518527	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
2520320--2520368	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
2520487--2521852	198	6.9	198	98	0	2621	36	16	15	30	1.91
2520487--2521852	592	2.3	594	98	0	2621	36	16	15	30	1.91
2523287--2523358	3	24.0	3	78	0	72	36	4	34	25	1.75
2524557--2525393	183	4.6	183	97	0	1516	35	14	16	33	1.90
2528674--2528766	37	2.5	37	85	0	123	40	10	10	37	1.75
2529185--2529230	22	2.0	23	88	12	69	26	2	0	71	0.97
2529264--2529304	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
2529263--2529313	8	7.3	7	85	14	54	45	0	0	54	0.99
2529505--2529546	6	7.0	6	84	10	50	35	0	0	64	0.94
2529662--2529718	20	2.9	20	73	17	57	22	8	1	66	1.29
2534013--2534078	23	2.8	23	77	20	66	77	9	12	1	1.06
2534022--2534077	16	3.7	15	77	20	55	78	7	12	1	1.02
2534031--2534059	13	2.1	14	93	6	51	75	6	17	0	1.01
2534682--2534736	22	2.5	22	96	0	101	36	25	12	25	1.91
2535699--2536969	106	12.0	106	91	1	1953	34	24	18	22	1.96
2537706--2537810	37	2.8	37	83	0	129	40	14	12	33	1.83
2538206--2538258	23	2.3	23	83	9	63	32	0	1	66	1.03
2538341--2538366	13	2.0	13	100	0	52	23	7	0	69	1.14
2538494--2538548	22	2.3	24	78	12	60	32	3	0	63	1.12
2538484--2538581	28	3.6	27	78	13	76	29	3	1	66	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2538463--2538579	47	2.5	48	77	14	125	30	3	0	64	1.15
2538670--2538725	20	2.9	19	75	19	62	25	7	0	67	1.15
2539412--2539484	2	36.5	2	100	0	146	50	0	0	49	1.00
2548997--2549100	42	2.5	42	83	0	118	37	20	18	24	1.94
2549081--2549367	131	2.2	131	91	1	459	32	18	12	36	1.88
2549595--2549907	37	8.3	38	75	11	261	23	18	23	34	1.96
2549669--2549951	153	1.8	153	96	0	530	25	18	23	33	1.96
2550079--2550179	42	2.4	41	83	1	121	28	23	22	24	1.99
2549925--2550530	215	2.8	216	92	1	991	30	20	15	33	1.94
2550288--2550395	43	2.6	41	78	8	119	29	21	24	25	1.99
2554135--2554225	22	4.3	20	76	19	87	5	14	1	79	0.97
2554153--2554195	18	2.4	18	85	11	54	2	16	0	81	0.79
2554159--2554217	24	2.4	24	88	2	91	3	16	0	79	0.86
2554167--2554205	18	2.2	18	86	9	53	2	15	0	82	0.79
2554136--2554225	42	2.2	40	84	11	110	5	14	1	78	0.98
2567728--2567778	24	2.1	25	88	3	77	11	25	19	43	1.85
2572065--2572294	105	2.2	106	83	3	277	34	11	12	40	1.80
2573825--2573975	42	3.6	41	80	5	162	46	19	8	25	1.78
2583880--2584034	36	4.3	36	89	3	222	36	24	19	20	1.95
2584450--2585322	51	16.6	51	81	8	799	33	19	24	22	1.97
2584450--2585322	155	5.5	155	83	8	955	33	19	24	22	1.97
2584449--2585322	206	4.2	205	82	8	899	33	19	24	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2585311--2586083	55	14.2	55	84	6	878	30	15	27	27	1.96
2585334--2586083	108	6.9	110	85	6	881	29	15	27	27	1.96
2594341--2594681	80	4.3	80	78	5	300	28	18	15	37	1.91
2594425--2594681	81	3.2	81	78	7	206	28	19	15	37	1.91
2595598--2595624	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
2599674--2599765	21	4.2	21	70	15	78	39	2	3	55	1.28
2599710--2599787	23	3.4	23	76	13	97	34	5	5	55	1.44
2599689--2599787	46	2.2	45	96	3	182	36	4	4	55	1.38
2601145--2601197	17	2.8	20	80	13	67	49	3	1	45	1.31
2601351--2601407	29	2.0	29	89	0	87	36	5	12	45	1.64
2601579--2601656	29	2.7	29	81	2	102	32	7	12	47	1.70
2601696--2601771	28	2.6	29	89	4	109	32	9	13	44	1.75
2601580--2601796	115	1.9	116	93	0	373	31	12	12	43	1.80
2602371--2602432	28	2.2	29	82	2	72	67	1	12	17	1.30
2602563--2602594	15	2.1	15	94	0	55	78	0	9	12	0.97
2602758--2602790	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2611882--2611926	23	2.0	23	82	8	56	22	15	22	40	1.91
2615678--2615785	32	3.5	31	73	16	89	72	3	3	20	1.16
2615722--2615755	15	2.3	15	100	0	68	82	0	5	11	0.83
2615656--2615780	15	8.5	14	71	18	51	71	3	3	22	1.15
2615757--2615868	48	2.4	48	82	10	124	61	0	4	33	1.22
2615914--2615940	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2618837--2618879	17	2.6	17	80	20	56	58	0	2	39	1.11
2621478--2621517	20	2.0	21	90	5	64	22	5	5	67	1.30
2634182--2634277	50	1.9	50	97	0	183	39	15	27	17	1.90
2639216--2639285	19	4.1	17	74	23	58	35	1	4	58	1.26
2639320--2639365	3	15.3	3	82	8	58	28	6	0	65	1.17
2639309--2639363	18	3.2	18	75	25	57	30	7	0	61	1.23
2639437--2639489	20	2.7	20	71	28	58	15	9	0	75	1.04
2639463--2639518	17	3.2	17	80	14	60	21	7	0	71	1.09
2639477--2639516	20	2.0	21	90	5	64	25	7	0	67	1.16
2643334--2643509	95	1.9	95	90	2	282	30	18	20	30	1.96
2644754--2644976	72	3.1	72	91	0	347	30	18	13	38	1.89
2644955--2644984	15	1.9	16	93	6	53	26	23	6	43	1.78
2644766--2645011	72	3.4	71	88	3	325	29	18	13	38	1.89
2644978--2645067	39	2.4	37	74	7	90	28	22	13	35	1.92
2645097--2645171	39	1.9	39	86	0	105	26	21	13	38	1.90
2644994--2645524	104	5.0	102	85	10	697	29	19	12	37	1.89
2645136--2645360	65	3.6	64	77	9	264	29	19	12	38	1.88
2645225--2645276	22	2.4	22	100	0	104	28	25	9	36	1.87
2645189--2645377	59	3.1	58	75	12	200	27	20	12	39	1.88
2645134--2645377	124	2.0	123	95	0	434	29	19	11	38	1.88
2645311--2645396	36	2.4	36	88	0	127	24	19	13	41	1.88
2645247--2645524	101	2.7	101	94	1	484	29	20	12	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2645412--2645497	36	2.4	36	88	0	118	24	22	12	40	1.89
2645480--2645557	29	2.7	30	82	9	99	38	17	10	33	1.84
2645338--2645654	101	3.2	97	83	9	276	31	19	12	35	1.90
2645588--2645727	36	4.0	35	86	9	180	41	17	10	30	1.83
2645588--2645727	73	2.0	69	84	10	185	41	17	10	30	1.83
2647143--2647306	6	26.3	6	70	19	90	29	6	1	62	1.30
2647249--2647306	9	6.4	9	88	7	82	29	5	0	65	1.14
2647416--2647455	20	2.0	21	90	5	64	25	7	0	67	1.16
2648502--2649331	345	2.4	337	91	3	1301	44	3	6	44	1.48
2649329--2649388	26	2.2	27	82	11	70	51	1	1	45	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16