genome.fa.s7952.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007952.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110377_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3169409

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2649363--2649401	17	2.2	18	81	9	53	58	0	0	41	0.98
2651873--2651966	46	2.0	46	95	0	170	54	9	14	21	1.69
2652337--2652384	23	2.1	23	88	7	71	62	6	6	25	1.42
2652592--2652634	23	1.9	23	85	4	61	58	0	11	30	1.34
2653845--2653903	23	2.5	23	86	2	82	25	5	0	69	1.09
2654322--2654387	27	2.4	27	94	0	123	30	15	16	37	1.90
2655774--2655833	23	2.6	22	78	17	59	48	1	1	48	1.21
2655772--2655860	47	2.0	44	82	6	106	48	2	1	48	1.21
2663988--2664029	16	2.6	16	81	11	50	66	2	2	28	1.16
2665321--2665367	24	2.0	24	100	0	94	34	17	17	31	1.92
2665324--2665375	24	2.2	24	92	0	86	38	17	15	28	1.90
2665898--2665922	8	3.1	8	100	0	50	36	24	24	16	1.94
2666231--2666358	51	2.5	51	84	1	159	15	32	32	19	1.93
2666382--2666490	49	2.2	49	91	6	177	25	26	21	26	1.99
2670592--2670628	18	2.1	18	94	0	65	21	18	29	29	1.97
2672136--2672356	110	2.0	111	92	0	372	47	9	7	35	1.64
2674098--2674179	29	2.8	29	92	1	128	34	14	9	41	1.79
2678857--2678938	29	2.8	29	92	1	128	32	14	10	41	1.81
2691466--2691627	6	26.2	6	74	13	96	17	15	10	56	1.67
2691466--2691624	62	2.6	64	87	5	220	17	15	10	56	1.66
2696640--2696703	20	3.2	20	66	16	60	26	15	7	50	1.71
2696635--2697058	39	11.0	39	85	4	350	29	17	13	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2696600--2696924	78	4.1	79	81	5	356	28	16	14	39	1.89
2697499--2697832	136	2.5	135	86	5	446	33	16	23	26	1.96
2700534--2700568	3	12.0	3	87	6	54	62	0	0	37	0.95
2700776--2701115	130	2.6	130	77	6	328	24	17	31	26	1.97
2701214--2701489	65	4.2	64	77	10	226	41	13	16	28	1.86
2701569--2701632	33	2.0	32	84	3	83	28	25	15	31	1.96
2702700--2702727	12	2.3	12	100	0	56	7	7	7	78	1.09
2702694--2702756	32	2.0	32	90	3	101	4	14	7	73	1.23
2705177--2705243	22	3.1	22	89	2	100	29	22	23	23	1.99
2709515--2709747	30	7.8	30	73	7	154	58	9	13	18	1.62
2709515--2709747	59	3.9	59	80	9	208	58	9	13	18	1.62
2709514--2709747	89	2.6	88	78	9	199	58	9	13	18	1.63
2709586--2709771	60	3.1	59	79	15	188	59	9	13	17	1.60
2709586--2709771	30	6.2	30	72	9	105	59	9	13	17	1.60
2717735--2717896	63	2.6	62	87	5	245	20	21	21	35	1.96
2722425--2722483	25	2.4	25	97	0	109	40	16	23	18	1.91
2723173--2723220	23	2.1	23	92	0	78	37	12	16	33	1.86
2723258--2723919	328	2.0	331	95	2	1190	38	10	8	42	1.69
2723962--2724026	23	2.8	23	79	9	78	40	20	3	36	1.68
2724432--2724518	39	2.2	39	95	0	156	17	13	20	48	1.81
2724773--2724809	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2725198--2725248	25	2.0	25	92	0	84	39	19	7	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2725434--2725485	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
2725444--2725506	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
2727898--2727943	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
2729375--2729453	18	4.4	17	75	17	70	34	2	3	59	1.29
2729374--2729450	38	2.0	39	85	12	106	35	2	3	58	1.30
2729716--2729757	21	2.0	21	86	9	59	64	11	0	23	1.27
2730061--2730113	23	2.3	23	93	0	88	39	26	11	22	1.88
2732526--2732608	6	13.7	6	68	25	50	51	1	0	46	1.08
2732537--2732599	28	2.3	28	86	8	85	49	1	0	49	1.10
2732541--2732603	16	3.8	16	76	17	65	49	1	0	49	1.10
2732623--2732807	31	5.8	30	72	20	135	51	2	3	42	1.34
2732630--2732676	24	1.9	25	82	4	60	55	4	2	38	1.31
2732686--2732747	14	4.4	14	76	11	54	45	0	6	48	1.28
2732635--2732843	65	3.2	63	77	14	192	51	2	4	42	1.34
2732713--2732821	15	7.1	15	68	20	57	52	2	2	42	1.30
2732666--2732908	21	11.2	21	69	16	88	49	3	5	41	1.42
2732569--2732843	131	2.1	132	82	8	321	49	2	4	44	1.33
2732594--2732801	65	3.2	64	81	13	228	49	2	4	43	1.35
2732790--2732892	22	4.8	22	77	11	88	52	4	5	36	1.47
2732914--2733016	22	4.9	21	77	13	104	44	5	7	41	1.57
2732932--2733018	41	2.1	41	86	4	120	44	5	8	41	1.58
2732974--2733024	13	4.2	13	73	19	56	41	1	7	49	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2733076--2733125	18	2.6	19	73	17	50	22	0	38	40	1.54
2733189--2733315	2	65.5	2	84	12	167	45	2	1	50	1.24
2733356--2733404	13	3.6	13	76	10	53	44	6	2	46	1.39
2733358--2733405	15	3.3	15	74	11	55	45	6	2	45	1.40
2733551--2733599	19	2.5	19	93	3	80	46	26	12	14	1.79
2733711--2733796	22	3.9	22	93	0	145	23	50	6	19	1.72
2733715--2733806	22	4.2	22	88	2	123	26	47	6	19	1.73
2734488--2734516	15	1.9	15	100	0	58	27	27	24	20	1.99
2734598--2734667	26	2.7	26	93	4	115	18	21	17	42	1.89
2739164--2739247	41	2.0	43	95	4	154	17	30	22	28	1.97
2741213--2741246	15	2.3	15	94	0	59	35	32	14	17	1.91
2741331--2741440	29	3.8	29	96	2	195	15	23	16	44	1.86
2741816--2741859	19	2.3	19	92	0	70	22	25	18	34	1.96
2741834--2741988	64	2.4	63	76	14	165	26	19	19	34	1.95
2743163--2743229	20	3.7	20	73	22	83	8	20	20	49	1.76
2743181--2743214	14	2.4	14	90	0	50	8	20	17	52	1.71
2743163--2743229	34	2.0	34	93	0	116	8	20	20	49	1.76
2743709--2743758	25	2.0	25	96	0	91	44	22	8	26	1.80
2743847--2743932	34	2.5	34	88	0	136	38	18	23	19	1.93
2743901--2743949	20	2.5	20	75	0	62	28	22	26	22	1.99
2746619--2746652	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
2747248--2747278	16	1.9	16	93	0	53	67	0	3	29	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2747303--2747378	20	3.8	20	83	0	98	22	15	25	36	1.93
2747384--2747451	20	3.3	20	71	4	64	27	17	22	32	1.96
2747439--2747492	20	2.7	19	75	8	63	24	14	33	27	1.94
2747609--2747677	2	35.0	2	72	18	56	47	1	2	47	1.25
2747582--2747664	18	4.3	19	76	15	73	45	2	4	46	1.37
2747609--2747673	21	3.1	21	78	10	64	47	1	3	47	1.27
2747591--2747672	19	4.4	18	77	15	62	47	1	3	47	1.27
2747815--2748700	424	2.1	430	91	3	1437	30	10	8	50	1.68
2747815--2748700	217	4.1	216	90	3	1369	30	10	8	50	1.68
2750702--2750747	17	2.6	18	89	3	67	26	26	13	34	1.92
2751796--2751840	21	2.1	21	100	0	90	17	8	24	48	1.75
2751997--2755360	4	859.8	4	94	4	6002	25	25	0	49	1.51
2760780--2760805	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2762502--2762613	44	2.6	43	85	5	145	32	24	16	26	1.96
2770452--2770490	20	2.0	19	90	5	60	30	17	28	23	1.97
2770542--2770581	20	2.0	20	90	0	62	30	17	25	27	1.97
2770801--2770840	21	1.9	21	84	0	53	57	7	10	25	1.57
2775901--2775942	20	2.1	20	86	0	57	69	16	0	14	1.20
2778649--2778706	28	2.1	28	100	0	116	31	25	3	39	1.73
2793204--2793253	24	2.1	24	100	0	100	12	30	4	54	1.55
2796351--2796418	19	3.4	20	83	6	93	39	0	17	42	1.50
2802698--2802756	14	4.3	13	78	8	55	64	10	1	23	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2802748--2802879	48	2.8	45	81	15	151	68	6	3	21	1.28
2802769--2802887	52	2.4	48	85	9	152	66	8	4	21	1.36
2802748--2802881	44	2.9	45	79	18	141	68	5	3	21	1.27
2803657--2803695	20	1.9	21	84	5	53	56	2	0	41	1.13
2811400--2811434	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
2811638--2811706	25	2.8	25	76	6	61	27	20	26	26	1.99
2811693--2811739	24	2.0	24	86	0	67	34	25	17	23	1.96
2811929--2811998	29	2.3	31	87	4	99	34	24	2	38	1.70
2812347--2812505	63	2.5	63	81	4	160	24	20	22	32	1.98
2818453--2818524	25	2.9	25	95	0	126	22	22	31	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16