genome.fa.s7952.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007952.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110377_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3169409

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2818757--2818827	31	2.3	31	90	2	108	33	25	2	38	1.71
2819177--2819334	63	2.5	63	81	4	167	26	20	19	33	1.96
2822995--2823059	21	3.0	23	82	11	82	27	24	13	33	1.93
2826012--2826049	15	2.5	15	100	0	76	21	23	0	55	1.44
2827195--2827247	21	2.5	22	87	9	74	26	24	16	32	1.97
2829431--2829884	103	4.4	100	71	12	229	32	8	21	37	1.84
2829555--2830073	207	2.5	205	81	4	598	32	9	22	35	1.85
2829413--2830073	104	6.4	102	71	10	368	33	9	21	35	1.86
2833159--2833230	37	1.9	37	91	0	117	41	15	2	40	1.61
2841947--2841988	14	3.0	14	85	0	66	57	21	14	7	1.61
2844146--2844182	19	1.9	19	94	0	65	29	18	18	32	1.96
2844239--2844356	36	3.3	36	93	0	200	17	25	24	32	1.97
2845396--2845432	19	1.9	19	94	0	65	29	18	18	32	1.96
2848394--2848454	3	21.0	3	77	12	65	27	3	1	67	1.16
2848387--2848449	29	2.2	30	88	8	103	25	4	3	66	1.26
2848400--2848465	28	2.3	28	82	7	71	27	4	1	66	1.20
2856146--2856249	36	3.0	35	79	9	115	32	20	12	34	1.90
2856496--2856596	28	3.7	28	81	11	120	29	8	14	46	1.75
2856496--2856611	54	2.1	56	79	7	130	30	8	13	47	1.73
2856692--2856756	28	2.3	28	92	5	105	27	6	18	47	1.72
2856744--2856860	37	3.4	37	68	20	115	29	12	12	44	1.80
2856711--2856934	67	3.4	65	85	6	276	29	11	13	45	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2857019--2857136	63	1.9	62	84	8	159	27	17	11	42	1.85
2857273--2857486	46	4.9	45	75	11	198	24	31	19	24	1.98
2857355--2857514	82	1.9	86	87	7	238	24	31	18	25	1.98
2857214--2857569	128	2.8	129	88	3	538	24	31	18	25	1.98
2857394--2857672	40	6.6	43	72	16	165	22	30	18	28	1.98
2857217--2857679	43	10.9	43	72	12	280	23	30	19	26	1.98
2857469--2857672	83	2.5	83	94	1	347	22	29	18	29	1.97
2857837--2857900	3	22.0	3	78	12	71	28	3	1	67	1.15
2857831--2857898	32	2.1	32	91	5	111	26	4	2	66	1.25
2857846--2857911	28	2.3	28	82	7	71	27	4	1	66	1.20
2866144--2866202	25	2.4	24	75	8	57	64	6	3	25	1.34
2866646--2866715	32	2.2	32	86	0	95	21	27	24	27	1.99
2868628--2868656	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2874056--2874102	22	2.1	22	88	4	67	44	2	0	53	1.12
2874050--2874127	32	2.5	33	79	14	92	47	2	0	50	1.15
2874658--2874716	29	2.0	29	86	0	82	37	13	6	42	1.71
2875200--2875240	19	2.2	19	86	4	57	7	9	2	80	0.99
2877039--2877089	19	2.6	20	87	3	68	43	21	17	17	1.88
2877039--2877336	20	14.6	20	77	7	161	38	19	23	18	1.93
2877164--2877334	40	4.2	40	83	4	216	36	17	25	19	1.94
2877143--2877336	63	3.1	63	88	2	286	36	18	25	19	1.94
2877323--2877366	20	2.2	20	87	0	61	54	15	15	13	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2877443--2877515	6	12.5	6	91	5	123	35	47	16	0	1.47
2877443--2877515	23	3.1	24	90	7	114	35	47	16	0	1.47
2877443--2877515	17	4.2	17	92	3	119	35	47	16	0	1.47
2878027--2878175	6	26.3	6	87	9	217	0	17	51	30	1.51
2878027--2878172	22	6.5	23	88	8	221	0	17	50	30	1.51
2878297--2878340	23	1.9	23	95	0	79	22	27	15	34	1.95
2878341--2878443	6	17.3	6	97	2	199	0	16	49	33	1.46
2878521--2878559	19	2.1	19	85	0	51	15	15	17	51	1.77
2878532--2878636	53	2.0	52	96	1	192	17	18	17	47	1.83
2878264--2878905	320	2.0	322	96	3	1197	16	18	26	38	1.91
2878615--2878661	24	2.0	24	95	0	85	25	25	14	34	1.94
2878662--2878763	6	17.3	6	90	8	165	0	15	51	32	1.44
2878662--2878763	29	3.5	29	92	6	154	0	15	51	32	1.44
2878841--2878884	20	2.2	20	87	0	61	13	15	15	54	1.71
2878871--2879218	20	16.6	20	76	10	171	18	22	19	39	1.92
2878873--2879114	20	11.3	22	81	10	188	19	24	17	37	1.94
2879168--2879218	19	2.6	19	90	3	75	15	15	23	45	1.85
2882643--2882700	27	2.1	27	100	0	116	25	6	22	44	1.77
2887696--2887770	21	3.6	21	68	20	66	41	13	16	29	1.86
2887675--2887770	42	2.3	42	90	3	158	39	15	14	30	1.87
2887830--2887908	21	3.7	21	89	1	113	22	30	18	27	1.98
2892579--2892621	19	2.3	19	100	0	86	30	13	6	48	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2894397--2894427	15	2.0	16	93	6	55	70	0	22	6	1.09
2894887--2894926	18	2.0	20	86	13	57	55	5	15	25	1.60
2899533--2899599	23	2.9	23	69	22	59	35	8	0	55	1.32
2907342--2907967	105	6.0	105	96	0	1094	33	25	18	22	1.96
2907883--2908054	88	2.0	87	90	1	272	33	23	19	23	1.97
2907971--2908580	105	5.8	105	96	0	1053	33	25	18	21	1.96
2907358--2909024	613	2.7	613	96	0	3041	33	25	18	22	1.97
2908496--2908666	88	1.9	88	93	0	297	33	23	19	23	1.97
2908577--2909024	106	4.2	106	91	2	659	32	25	18	22	1.97
2914656--2914688	15	2.2	15	100	0	66	33	6	15	45	1.70
2914810--2914866	21	2.8	21	91	2	89	36	21	15	26	1.93
2914787--2914866	21	3.9	20	79	9	74	37	21	16	25	1.93
2920039--2920139	32	3.2	32	94	0	175	15	30	25	27	1.96
2920140--2920201	31	2.0	31	87	0	88	20	22	25	30	1.98
2921772--2921815	23	1.9	23	90	9	72	25	2	15	56	1.51
2928524--2928585	2	32.0	2	79	12	67	51	1	0	46	1.10
2928563--2928718	18	8.3	18	66	18	77	46	5	3	44	1.41
2928533--2928696	80	2.1	79	80	8	183	48	4	2	44	1.35
2928525--2928781	13	19.3	13	71	15	127	47	4	3	43	1.42
2928639--2928718	18	4.3	18	78	13	83	48	5	2	43	1.38
2928568--2928761	98	2.0	98	96	0	361	46	5	4	43	1.46
2928750--2928798	17	3.0	17	82	11	66	51	6	6	36	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2928753--2928809	15	3.4	17	83	9	73	54	5	7	33	1.50
2928771--2928809	18	2.2	18	95	4	71	58	5	5	30	1.41
2928834--2928916	2	42.0	2	71	20	50	46	1	4	46	1.31
2928786--2928916	68	1.9	68	90	3	210	48	1	4	45	1.32
2929052--2929090	20	2.0	20	84	0	51	38	7	7	46	1.61
2929023--2929090	31	2.2	31	84	10	86	39	4	10	45	1.58
2929093--2929144	14	3.7	14	76	0	59	21	0	30	48	1.51
2929093--2929151	28	2.1	28	90	0	91	22	0	30	47	1.51
2929093--2929151	14	4.2	14	75	0	55	22	0	30	47	1.51
2929378--2929419	19	2.2	20	91	8	70	26	30	0	42	1.55
2929363--2929457	46	2.0	47	88	6	140	26	28	0	45	1.54
2929532--2929561	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2930003--2930057	2	27.5	2	92	0	92	45	0	1	52	1.11
2930166--2930205	18	2.1	20	90	9	66	40	0	35	25	1.56
2930685--2930731	14	3.7	14	71	26	50	51	4	0	44	1.21
2930683--2930732	23	2.1	24	96	3	93	48	4	0	48	1.20
2930993--2931023	16	1.9	16	100	0	62	41	12	25	19	1.87
2931693--2931742	24	2.1	24	84	0	64	46	26	4	24	1.70
2933215--2933250	2	17.5	2	94	5	63	47	0	2	50	1.15
2939050--2939086	14	2.6	14	86	4	56	70	2	2	24	1.14
2939250--2939309	30	2.0	29	83	3	75	36	10	13	40	1.78
2953661--2953719	24	2.5	24	85	0	82	16	11	15	55	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2953676--2953724	24	2.0	24	88	0	71	20	8	12	59	1.58
2953893--2953951	24	2.5	24	80	0	82	6	13	22	57	1.59
2956073--2956116	13	3.3	13	81	6	52	65	2	0	31	1.05
2959451--2959492	21	2.0	22	90	9	70	47	4	7	40	1.52
2960181--2960220	21	2.0	20	85	9	55	42	10	5	42	1.60
2962006--2962048	22	2.0	22	90	4	70	20	37	25	16	1.93
2962081--2962122	21	2.0	21	85	0	57	21	40	23	14	1.90
2963398--2963445	20	2.5	19	80	6	60	50	6	12	31	1.65
2964955--2965003	20	2.5	20	86	6	64	24	40	20	14	1.89
2966058--2966393	169	2.0	169	84	4	437	24	33	17	24	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16