genome.fa.s7952.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007952.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110377_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3169409

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2078253--2078476	42	5.1	42	72	14	154	33	21	20	23	1.97
2078145--2078482	21	15.9	21	71	14	123	34	20	20	23	1.96
2078260--2078531	134	2.0	133	84	6	354	31	20	21	26	1.98
2078491--2078544	21	2.6	21	87	0	81	20	20	27	31	1.97
2078885--2078915	12	2.6	12	100	0	62	67	6	9	16	1.39
2078910--2078954	17	2.6	17	85	0	63	73	2	2	22	1.05
2088342--2088507	29	5.7	29	76	7	138	37	6	22	34	1.79
2095053--2095217	29	5.6	28	72	11	118	38	6	21	33	1.80
2096843--2097202	177	2.1	173	94	3	623	49	12	7	31	1.68
2102965--2103011	24	2.0	24	100	0	94	48	8	0	42	1.33
2103228--2103310	37	2.3	36	83	8	98	37	7	15	39	1.75
2103250--2103330	37	2.2	36	80	6	101	37	4	17	40	1.71
2106736--2106783	21	2.3	21	92	0	87	18	18	31	31	1.95
2109092--2109174	37	2.3	38	83	8	109	34	3	18	43	1.67
2109092--2109175	36	2.3	37	85	6	109	34	3	17	44	1.67
2111162--2111194	17	1.9	17	100	0	66	48	33	6	12	1.65
2122082--2122140	21	2.7	22	76	5	75	22	25	20	32	1.98
2122157--2122242	20	4.3	20	86	0	118	29	25	19	25	1.99
2122389--2122474	20	4.3	20	86	0	118	29	25	19	25	1.99
2122126--2122594	232	2.0	236	97	2	885	33	23	14	28	1.94
2123064--2123117	20	2.7	20	88	0	72	12	16	22	48	1.80
2123080--2123120	20	2.0	20	95	0	73	12	14	17	56	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2123084--2123127	20	2.2	20	87	0	61	13	13	18	54	1.71
2123351--2123673	162	2.0	161	99	0	637	32	21	21	24	1.98
2125190--2125255	20	3.3	20	91	0	105	36	24	19	19	1.95
2126451--2126512	14	4.3	14	73	6	52	37	0	16	46	1.47
2126612--2126665	20	2.7	20	85	5	74	42	27	18	11	1.84
2126710--2126836	20	6.3	20	86	0	146	29	21	20	28	1.98
2126710--2126952	40	6.4	40	76	11	231	27	18	21	32	1.97
2126728--2126944	54	3.9	54	84	3	263	25	18	22	32	1.97
2126841--2126887	20	2.3	20	85	0	67	21	19	25	34	1.96
2126897--2126952	20	2.8	20	91	0	85	30	17	19	32	1.95
2126749--2126952	74	2.8	73	72	8	187	25	18	23	33	1.97
2126923--2127192	140	1.9	140	95	0	486	42	14	12	29	1.83
2129396--2129449	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2130263--2130309	20	2.3	20	92	0	76	25	21	27	25	1.99
2132756--2132814	31	1.9	31	92	0	100	44	3	8	44	1.51
2137646--2137702	21	2.7	21	83	5	71	28	10	28	33	1.90
2140121--2140189	32	2.2	32	86	5	95	18	8	26	46	1.78
2145780--2146470	348	2.0	349	93	0	1197	39	19	12	29	1.87
2159572--2159691	41	2.9	41	93	0	204	40	15	17	26	1.90
2162625--2162695	30	2.4	30	92	0	115	32	15	5	46	1.69
2166588--2166667	41	2.0	41	94	0	142	42	16	16	25	1.88
2182577--2182640	3	21.0	3	90	3	101	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2184015--2184074	29	2.0	30	83	6	77	28	3	3	65	1.25
2184467--2184507	15	2.6	16	77	18	50	31	0	0	68	0.90
2184353--2184615	144	1.8	144	84	5	363	36	9	8	45	1.67
2184622--2184649	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2194026--2194065	18	2.2	18	90	0	62	37	0	37	25	1.56
2196239--2196648	183	2.2	183	89	0	615	43	13	14	27	1.83
2196474--2196815	163	2.1	162	90	1	533	43	13	14	28	1.83
2198440--2198562	65	1.9	65	84	3	167	31	2	39	26	1.69
2202190--2202243	21	2.6	21	96	0	99	37	22	14	25	1.93
2205227--2205484	118	2.2	116	83	2	311	31	16	13	38	1.87
2206578--2206634	3	19.3	3	96	3	107	0	33	0	66	0.92
2206636--2206660	3	8.3	3	100	0	50	0	68	0	32	0.90
2211234--2211287	20	2.7	20	75	11	65	27	33	12	25	1.93
2211311--2211395	20	4.2	20	76	16	95	41	22	16	20	1.90
2211791--2211815	13	1.9	13	100	0	50	4	8	8	80	1.03
2212649--2212688	20	2.0	20	100	0	80	35	20	35	10	1.86
2213684--2213723	21	2.0	20	85	5	53	15	7	35	42	1.75
2214100--2214193	21	4.5	21	68	9	66	21	37	20	21	1.95
2216236--2216281	24	1.9	24	90	0	74	52	15	2	30	1.55
2216659--2216708	25	2.0	25	92	0	82	44	22	6	28	1.76
2217114--2217149	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
2219399--2219452	24	2.2	24	86	0	72	38	14	20	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2219578--2219611	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
2220164--2220202	15	2.5	15	83	4	51	66	0	5	28	1.12
2220359--2220467	20	5.6	20	71	10	73	25	15	20	38	1.92
2220359--2220403	19	2.4	19	85	7	56	28	13	22	35	1.92
2220415--2220468	20	2.7	20	85	0	81	20	18	24	37	1.94
2222026--2222058	18	1.9	18	88	11	52	27	30	0	42	1.56
2224801--2224844	21	2.1	21	86	0	61	45	6	13	34	1.70
2225086--2225161	29	2.6	29	85	2	89	27	27	13	31	1.94
2229066--2229097	3	10.7	3	93	0	55	3	34	28	34	1.73
2229052--2229097	12	3.8	12	91	0	65	10	34	21	32	1.88
2230971--2231191	110	2.0	111	96	0	408	44	10	8	35	1.70
2231485--2231581	51	1.9	50	83	8	124	21	28	29	19	1.98
2232339--2232385	20	2.4	19	79	10	58	51	10	19	19	1.75
2232127--2232780	181	3.6	181	93	0	1083	41	14	17	26	1.87
2232520--2232566	20	2.4	19	79	10	58	53	10	17	19	1.72
2234970--2235033	21	3.0	21	88	0	92	43	10	28	17	1.82
2235068--2235133	33	2.0	33	87	0	96	31	0	43	24	1.54
2235318--2235358	21	2.0	21	90	0	64	56	0	41	2	1.13
2235321--2235409	33	2.7	33	96	1	160	52	0	44	2	1.13
2237221--2238405	200	5.9	200	93	1	1948	36	14	17	32	1.90
2239889--2239933	12	3.8	12	87	0	63	37	11	33	17	1.85
2239889--2239933	6	7.5	6	82	0	54	37	11	33	17	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2244500--2244549	22	2.4	20	75	12	55	38	18	6	38	1.75
2244681--2244719	20	2.0	20	94	0	69	10	10	15	64	1.50
2244590--2244815	112	2.0	111	93	1	391	26	12	14	46	1.80
2244728--2244768	21	2.0	21	85	4	57	34	12	12	41	1.80
2244697--2244907	91	2.3	92	93	1	361	27	13	14	44	1.83
2244880--2244928	19	2.5	20	93	3	82	12	12	14	61	1.58
2245277--2245328	24	2.2	24	83	16	74	55	3	0	40	1.18
2245360--2245432	14	5.3	14	67	8	51	49	1	1	47	1.18
2245360--2245432	28	2.6	28	74	6	78	49	1	1	47	1.18
2245476--2245532	23	2.4	23	73	2	60	40	15	7	36	1.75
2245485--2245725	87	2.8	87	90	0	374	34	14	8	41	1.77
2245569--2245613	23	2.0	23	86	0	63	40	17	8	33	1.81
2245650--2245706	23	2.5	23	85	0	87	33	15	7	43	1.74
2250832--2250933	37	2.8	37	88	2	154	41	13	11	33	1.81
2253475--2253536	25	2.5	25	91	0	97	33	20	8	37	1.83
2254738--2254806	20	3.6	18	74	24	61	78	2	15	2	1.00
2254741--2254800	15	3.9	15	73	16	50	78	1	16	3	0.97
2254777--2254816	15	2.6	16	82	17	50	77	2	15	5	1.04
2256294--2256333	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
2256436--2256509	20	3.7	20	81	3	94	28	24	27	20	1.99
2256427--2256509	41	2.0	41	88	4	123	26	26	26	20	1.99
2256531--2256649	21	5.7	21	82	8	127	24	20	33	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2256729--2256786	30	2.0	29	86	10	82	43	17	6	32	1.75
2256729--2256788	29	2.0	30	90	6	95	41	16	8	33	1.78
2256933--2257013	32	2.5	32	85	0	99	29	16	22	32	1.95
2257664--2257711	21	2.2	22	92	3	80	29	18	10	41	1.84
2257631--2257870	58	4.0	58	82	6	309	26	20	14	39	1.90
2257808--2257889	37	2.2	37	89	2	121	26	20	15	36	1.93
2258586--2258692	37	2.9	37	91	0	169	41	14	11	32	1.82
2258930--2259038	13	8.8	13	66	20	56	22	2	1	73	1.06
2259093--2259142	26	1.9	26	84	8	66	18	8	4	70	1.28
2263416--2263453	19	2.0	19	85	10	51	44	0	15	39	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16